; parse-gtf  -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.pep.all.fa -org_name Cucumis_melo.Melonv4.57 -task all -taxid 3656 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome
; Program version       	1.48
; Input files
;	fasta        	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna.toplevel.fa
;	gtf          	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.gtf
;	fasta_pep    	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.pep.all.fa
;	fasta_rm     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna_rm.genome.fa
; Output files
;	transcript   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/transcript.tab
;	start_codon  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/start_codon.tab
;	gene_end_gtf 	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_gene_end.gtf
;	contig_rm    	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/contig_rm.tab
;	log          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/log.txt
;	stop_codon   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/stop_codon.tab
;	contigs_txt  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/contigs.txt
;	fasta_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna.toplevel_lengths.tab
;	gene_start_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_gene_start.gtf
;	five_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_five_prime_utr.gtf
;	fasta_rm_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.dna_rm.genome_lengths.tab
;	tts_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_tts.gtf
;	contig       	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/contig.tab
;	contigs_txt_rm	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/contigs_rm.txt
;	cds          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/cds.tab
;	gene         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/gene.tab
;	gene_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_gene.gtf
;	start_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_start_codon.gtf
;	tss_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_tss.gtf
;	fasta_pep_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57.pep.all_lengths.tab
;	stop_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_stop_codon.gtf
;	peptidic_sequences	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/peptidic_sequences.fasta
;	transcript_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_transcript.gtf
;	three_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_three_prime_utr.gtf
;	organism     	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/organism.tab
;	exon         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/exon.tab
;	exon_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Cucumis_melo.Melonv4.57/genome/Cucumis_melo.Melonv4.57_exon.gtf
; Parsed rows per feature type
;	cds          	128202
;	exon         	137797
;	five_prime_utr	24500
;	gene         	28299
;	start_codon  	26135
;	stop_codon   	26112
;	three_prime_utr	23560
;	transcript   	28299
; Parsed rows per contig
;	Contig       	Total	cds	exon	five_prime_utr	gene	start	stop	three_prime_utr	transcript
;	contig1      	7	1	1	1	1	0	1	1	1
;	contig10     	29656	8948	9565	1688	2026	1872	1868	1663	2026
;	contig11     	26234	7975	8524	1455	1777	1643	1628	1455	1777
;	contig12     	38448	11699	12609	2226	2554	2346	2361	2099	2554
;	contig13     	30265	9060	9770	1779	2057	1899	1907	1736	2057
;	contig2      	42724	12819	13824	2472	2913	2680	2646	2457	2913
;	contig3      	32744	10244	10867	1825	2122	1937	1951	1676	2122
;	contig4      	33251	9995	10769	1956	2250	2083	2055	1893	2250
;	contig5      	42809	13141	14081	2445	2802	2579	2623	2336	2802
;	contig6      	31722	9682	10433	1846	2086	1923	1906	1760	2086
;	contig7      	42735	12894	13881	2508	2867	2644	2671	2403	2867
;	contig8      	33803	10193	11006	2002	2247	2102	2090	1916	2247
;	contig9      	38506	11551	12467	2297	2597	2427	2405	2165	2597
; Host name	baobab
; Job started	2023-11-03.161231
; Job done	2023-11-03.200558
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;	cuser	13827.8
;	csystem	175.18