; parse-gtf -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.pep.all.fa -org_name Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40 -task all -taxid 280699 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome ; Program version 1.48 ; Input files ; fasta_rm /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.dna_rm.genome.fa ; gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.gtf ; fasta /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.dna.toplevel.fa ; fasta_pep /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40.pep.all.fa ; Output files ; peptidic_sequences /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/peptidic_sequences.fasta ; contigs_txt_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/contigs_rm.txt ; tts_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40_tts.gtf ; gene_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40_gene.gtf ; contig_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/contig_rm.tab ; gene /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/gene.tab ; stop_codon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40/genome/Cyanidioschyzon_merolae.ASM9120v1.40_stop_codon.gtf ; 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