; parse-gtf  -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.pep.all.fa -org_name Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60 -task all -taxid 3197 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome
; Program version       	1.48
; Input files
;	gtf          	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.gtf
;	fasta        	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna.toplevel.fa
;	fasta_pep    	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.pep.all.fa
;	fasta_rm     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna_rm.genome.fa
; Output files
;	contigs_txt  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/contigs.txt
;	fasta_rm_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna_rm.genome_lengths.tab
;	three_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_three_prime_utr.gtf
;	exon_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_exon.gtf
;	gene         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/gene.tab
;	transcript   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/transcript.tab
;	contig_rm    	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/contig_rm.tab
;	fasta_pep_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.pep.all_lengths.tab
;	contig       	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/contig.tab
;	five_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_five_prime_utr.gtf
;	peptidic_sequences	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/peptidic_sequences.fasta
;	stop_codon   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/stop_codon.tab
;	gene_start_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_gene_start.gtf
;	gene_end_gtf 	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_gene_end.gtf
;	exon         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/exon.tab
;	start_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_start_codon.gtf
;	gene_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_gene.gtf
;	transcript_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_transcript.gtf
;	fasta_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60.dna.toplevel_lengths.tab
;	tss_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_tss.gtf
;	organism     	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/organism.tab
;	log          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/log.txt
;	contigs_txt_rm	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/contigs_rm.txt
;	cds          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/cds.tab
;	start_codon  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/start_codon.tab
;	tts_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_tts.gtf
;	stop_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60/genome/Marchantia_polymorpha.MpTak1_v7.1.60_stop_codon.gtf
; Parsed rows per feature type
;	cds          	123397
;	exon         	135590
;	five_prime_utr	28665
;	gene         	18263
;	start_codon  	22273
;	stop_codon   	22262
;	three_prime_utr	24882
;	transcript   	22819
; Parsed rows per contig
;	Contig       	Total	cds	exon	five_prime_utr	gene	start	stop	three_prime_utr	transcript
;	1            	68107	22370	24199	4470	2730	3455	3448	3930	3505
;	2            	53368	16272	17905	3893	2542	3084	3078	3448	3146
;	3            	51846	16044	17618	3752	2419	2904	2905	3187	3017
;	4            	47194	14243	15744	3483	2287	2752	2741	3129	2815
;	5            	47899	14219	15740	3675	2383	2893	2907	3129	2953
;	6            	47188	14721	16244	3336	2097	2584	2586	2969	2651
;	7            	41938	13231	14490	2960	1871	2275	2274	2498	2339
;	8            	37140	11351	12499	2752	1779	2120	2117	2338	2184
;	U            	1337	374	460	127	63	73	73	91	76
;	V            	2134	572	691	217	92	133	133	163	133
; Host name	baobab
; Job started	2024-11-29.101418
; Job done	2024-11-29.103354
; Seconds	32.7
;	user	32.7
;	system	1.39
;	cuser	1697.3
;	csystem	100.55