; parse-gtf -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.pep.all.fa -org_name Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55 -task all -taxid 3917 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome ; Program version 1.48 ; Input files ; fasta_pep /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.pep.all.fa ; fasta_rm /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna_rm.genome.fa ; gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.gtf ; fasta /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna.toplevel.fa ; Output files ; fasta_rm_lengths /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna_rm.genome_lengths.tab ; tss_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_tss.gtf ; stop_codon /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/stop_codon.tab ; contig_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/contig_rm.tab ; log /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/log.txt ; start_codon /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/start_codon.tab ; stop_codon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_stop_codon.gtf ; exon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_exon.gtf ; 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gene_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_gene.gtf ; contigs_txt /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/contigs.txt ; tts_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_tts.gtf ; gene /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/gene.tab ; five_prime_utr_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_five_prime_utr.gtf ; gene_start_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_gene_start.gtf ; cds /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/cds.tab ; start_codon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_start_codon.gtf ; gene_end_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55_gene_end.gtf ; fasta_lengths /var/www/html/rsat/data/genomes/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55/genome/Vigna_unguiculata.ASM411807v1.55.dna.toplevel_lengths.tab ; Parsed rows per feature type ; cds 325317 ; exon 358119 ; five_prime_utr 68808 ; gene 31814 ; start_codon 54231 ; stop_codon 54123 ; three_prime_utr 59070 ; transcript 54348 ; Parsed rows per contig ; Contig Total cds exon five_prime_utr gene start stop three_prime_utr transcript ; 1 85358 27359 30306 6063 2694 4612 4611 5098 4615 ; 10 65848 20847 23105 4567 2201 3693 3696 4035 3704 ; 11 74796 23924 26473 5272 2467 4096 4079 4386 4099 ; 2 75213 24688 27144 5041 2169 3902 3889 4478 3902 ; 3 155804 51045 55934 10606 4615 8146 8130 9177 8151 ; 4 64657 20055 22488 4675 2217 3697 3700 4112 3713 ; 5 104026 33823 37186 7087 3251 5557 5544 6014 5564 ; 6 82636 26528 29479 5896 2513 4409 4402 4986 4423 ; 7 106103 35052 38389 7120 3075 5458 5425 6130 5454 ; 8 79843 26150 28659 5503 2353 4186 4178 4621 4193 ; 9 98573 32616 35544 6524 2913 5096 5096 5681 5103 ; 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