# This provides a default set of configurations which is merged with your
# provided MultiTestDB.conf.
#
# You should provide a MultiTestDB.conf which defines the databases

{ 
 'databases' => { 
    'multi' => { 
    	'compara'                => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
    },
    'orth_qm_goc' => {
    	'compara'                => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
    },
    'orth_qm_wga' => {
    	'cc21_pair_species' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
    	'cc21_prepare_orth' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
        'cc21_prev_orth_test' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
    	'cc21_select_mlss'  => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor',
    },
    'homology' => {'compara' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor'},
    'parse_pair_aligner_conf' => {'compara' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor'},
    'homo_sapiens' => { 'core' => 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor' },
    'mus_musculus' => { 'core' => 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor' },
    'felis_catus' => { 'core' => 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor' },
    'pan_troglodytes' => { 'core' => 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor' },
    'triticum_aestivum' => { 'core' => 'Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor' },
    'test_master' => {'compara' => 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::DBAdaptor'},
 }

#uncomment to use preloaded databases (useful when doing lots of testing)
,'preloaded' => { 
#    'multi' => { 'compara'    => 'kb3_ensembl_compara_test_dup' },
#    'homo_sapiens' => { 'core' => 'kb3_homo_sapiens_core_test' },
#    'mus_musculus' => { 'core' => 'kb3_mus_musculus_core_test' },
#    'rattus_norvegicus' => { 'core' => 'kb3_rattus_norvegicus_core_test' },
#    'equus_caballus' => { 'core' => 'kb3_equus_caballus_core_test' },
#    'felis_catus' => { 'core' => 'kb3_felis_catus_core_test' },
#    'canis_familiaris' => { 'core' => 'kb3_canis_familiaris_core_test' },
#    'gorilla_gorilla' => { 'core' => 'kb3_gorilla_gorilla_core_test' },
#    'loxodonta_africana' => { 'core' => 'kb3_loxodonta_africana_core_test' },
#    'oryctolagus_cuniculus' => { 'core' => 'kb3_oryctolagus_cuniculus_core_test' },
#    'pan_troglodytes' => { 'core' => 'kb3_pan_troglodytes_core_test' },
#    'sus_scrofa' => { 'core' => 'kb3_sus_scrofa_core_test' },
#    'tarsius_syrichta' => { 'core' => 'kb3_tarsius_syrichta_core_test' },
#    'macaca_mulatta' => { 'core' => 'kb3_macaca_mulatta_core_test' },
#    'pongo_abelii' => { 'core' => 'kb3_pongo_abelii_core_test' },
#    'callithrix_jacchus' => { 'core' => 'kb3_callithrix_jacchus_core_test' },
#    'bos_taurus' => { 'core' => 'kb3_bos_taurus_core_test' },
 } 
}