E_Q9BLI1 ensembl134518/low_complexity TRASDJ PROTEIN (FRAGMENT). BTSAT1 Satellite/Centromeric BTSAT2 Satellite/Centromeric BTSAT3 Satellite/Centromeric BTSAT4 Satellite/Centromeric BTSAT6 Satellite/Centromeric ATCOPIA1LTR LTR/Copia autorepeat_1790 ciona_repeat autorepeat_1791 ciona_repeat autorepeat_1792 ciona_repeat E_Q00068 ensembl26115/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_1793 ciona_repeat autorepeat_1794 ciona_repeat autorepeat_1795 ciona_repeat autorepeat_1796 ciona_repeat autorepeat_1797 ciona_repeat autorepeat_1798 ciona_repeat autorepeat_1799 ciona_repeat NTC2A DNA/Pogo LOOPERN2_DR DNA F DNA HERVIP10FH LTR/ERV1 gi|3095156|gb|AF054232.1|AF054232 DNA E_Q9P930 ensembl12650/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). gi|159639|gb|M35470.1|MSQRTR1S DNA ATCOPIA81_I LTR/Copia TV1I LTR/Gypsy Drosophila virilis retrotransposon TV1, an internal portion. gi|4099804|gb|U89800.1|AGU89800 DNA E_Q95NH0 ensembl26548/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). (TGAA)n Simple_repeat DMSUFFIXC DNA Tigger2a_Art DNA/MER2_type 18-19 % div, 21-22% subst Eutheria; Cetartiodactyla E_P11227 ensembl19189/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. E_Q9NL34 ensembl5341/trans PROTEASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT). gi|1197546|gb|U47021.1|AGU47021 DNA DMRSP1 DNA E_Q963U3 ensembl12835/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). WANDERER_OS DNA 51693..86547 DNA E_O46184 ensembl19065/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). DM176_I LTR/Gypsy Drosophila melanogaster element 17.6 tRNA-Thr-ACG_ tRNA drr410 Waterman drr411 Waterman drr412 Waterman drr413 Waterman drr414 Waterman drr415 Waterman drr416 Waterman drr417 Waterman drr418 Waterman drr419 Waterman E_Q24701 ensembl6546/trans PLANARIAN MARINER-9 GENE. E_Q919G3 ensembl13336/trans PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE. drr420 Waterman E_Q963X8 ensembl26549/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). 169706..115790 DNA drr421 Waterman drr422 Waterman drr423 Waterman drr424 Waterman drr425 Waterman drr426 Waterman IAPEz-int LTR/ERVK drr427 Waterman drr428 Waterman drr429 Waterman PENELOPE LINE Drosophila virilis Penelope transposable element. 55280..182210 DNA DMRT1A LINE/R1 (= Pilger) DMRT1B LINE/R1 DMRT1C LINE/R1 drr430 Waterman Lx2By LINE/L1 8% div drr431 Waterman drr432 Waterman drr433 Waterman drr434 Waterman drr435 Waterman DIVER DNA drr436 Waterman drr437 Waterman drr438 Waterman drr439 Waterman HELITRONY1 DNA/Helitron HELITRONY2 DNA/Helitron HELITRONY3 DNA/Helitron HELITRONY4 DNA/Helitron E_Q963X7 ensembl26543/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr440 Waterman drr441 Waterman drr442 Waterman drr443 Waterman drr444 Waterman drr445 Waterman autorepeat_6300 ciona_repeat drr446 Waterman autorepeat_6301 ciona_repeat drr447 Waterman AC9_ZM DNA/HAT autorepeat_6302 ciona_repeat drr448 Waterman autorepeat_6303 ciona_repeat drr449 Waterman autorepeat_6304 ciona_repeat Zaphod2 DNA/Tip100 MER91A-C are non-autonomous derivatives and dependents; ~60 (broken) copies left; 26% kimura; full ORF 760-3288; 55% similar to Zaphod protein; gave rise to one human gene (EST 10459804); (MER69 and MER43 are more distant can be named Arthur) Dec 2001 autorepeat_6305 ciona_repeat autorepeat_6306 ciona_repeat autorepeat_6307 ciona_repeat autorepeat_6308 ciona_repeat ATCOPIA75_I LTR/Copia autorepeat_6309 ciona_repeat (CAGCG)n Simple_repeat (TAAAAA)n Simple_repeat URR1A DNA/MER1_type URR1B DNA/MER1_type ATCOPIA70LTR LTR/Copia gi|4099810|gb|U89803.1|AGU89803 DNA drr450 Waterman drr451 Waterman drr452 Waterman GGREP1 Unknown 18% subst level, occurs in goose drr453 Waterman GGREP2 Unknown Subfamilies suggest retroposon drr454 Waterman drr455 Waterman AT9NMU1 DNA/MuDR autorepeat_6310 ciona_repeat drr456 Waterman autorepeat_6311 ciona_repeat drr457 Waterman autorepeat_6312 ciona_repeat drr458 Waterman autorepeat_6313 ciona_repeat drr459 Waterman autorepeat_6314 ciona_repeat autorepeat_6315 ciona_repeat autorepeat_6316 ciona_repeat autorepeat_6317 ciona_repeat autorepeat_6318 ciona_repeat autorepeat_6319 ciona_repeat drr460 Waterman drr461 Waterman drr462 Waterman drr463 Waterman drr464 Waterman drr465 Waterman autorepeat_6320 ciona_repeat ATCOPIA89LTR LTR/Copia drr466 Waterman autorepeat_6321 ciona_repeat drr467 Waterman autorepeat_6322 ciona_repeat drr468 Waterman autorepeat_6323 ciona_repeat drr469 Waterman autorepeat_6324 ciona_repeat autorepeat_6325 ciona_repeat autorepeat_6326 ciona_repeat autorepeat_6327 ciona_repeat autorepeat_6328 ciona_repeat autorepeat_6329 ciona_repeat E_Q963V2 ensembl3264/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr470 Waterman drr471 Waterman drr472 Waterman drr473 Waterman drr474 Waterman drr475 Waterman autorepeat_6330 ciona_repeat drr476 Waterman autorepeat_6331 ciona_repeat drr477 Waterman autorepeat_6332 ciona_repeat drr478 Waterman autorepeat_6333 ciona_repeat drr479 Waterman autorepeat_6334 ciona_repeat autorepeat_6335 ciona_repeat autorepeat_6336 ciona_repeat autorepeat_6337 ciona_repeat autorepeat_6338 ciona_repeat autorepeat_6339 ciona_repeat 190243..196983 DNA TEKAYLTR LTR/Gypsy (CCTAA)n Simple_repeat CarLTR1A LTR/ERVL (5 bp dups) CarLTR1B LTR/ERVL (5 bp dups) drr480 Waterman gi|6671102:3303-3503,repeat_region DNA drr481 Waterman drr482 Waterman drr483 Waterman drr484 Waterman drr485 Waterman (A)n Simple_repeat autorepeat_6340 ciona_repeat drr486 Waterman autorepeat_6341 ciona_repeat drr487 Waterman autorepeat_3000 ciona_repeat autorepeat_6342 ciona_repeat drr488 Waterman autorepeat_3001 ciona_repeat autorepeat_6343 ciona_repeat drr489 Waterman autorepeat_3002 ciona_repeat autorepeat_6344 ciona_repeat 177708..130922 DNA autorepeat_3003 ciona_repeat autorepeat_6345 ciona_repeat autorepeat_6346 ciona_repeat autorepeat_3004 ciona_repeat autorepeat_6347 ciona_repeat E_O96544 ensembl20162/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_3005 ciona_repeat autorepeat_6348 ciona_repeat autorepeat_3006 ciona_repeat autorepeat_6349 ciona_repeat autorepeat_3007 ciona_repeat autorepeat_3008 ciona_repeat autorepeat_3009 ciona_repeat DMRSXA DNA DMRSXB DNA E_Q9ZQQ6 ensembl19122/trans PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE. gi|159636|gb|M35467.1|MSQRTR1P DNA drr490 Waterman drr491 Waterman drr492 Waterman drr493 Waterman drr494 Waterman drr495 Waterman autorepeat_6350 ciona_repeat drr496 Waterman autorepeat_6351 ciona_repeat drr497 Waterman autorepeat_3010 ciona_repeat autorepeat_6352 ciona_repeat drr498 Waterman autorepeat_3011 ciona_repeat autorepeat_6353 ciona_repeat drr499 Waterman TAT1LTR_ATH LTR/Gypsy autorepeat_3012 ciona_repeat autorepeat_6354 ciona_repeat autorepeat_6355 ciona_repeat autorepeat_3013 ciona_repeat autorepeat_6356 ciona_repeat GYPSYDR2_LTR repeat HARBINGERN3_DR DNA autorepeat_3014 ciona_repeat autorepeat_6357 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ensembl6581/trans Y75D11A.4 PROTEIN. autorepeat_3026 ciona_repeat autorepeat_6369 ciona_repeat ROMANIAT5 LTR/Copia autorepeat_3027 ciona_repeat autorepeat_3028 ciona_repeat autorepeat_3029 ciona_repeat LOR1-int LTR/ERV1 13% mer4 group autorepeat_5710 ciona_repeat autorepeat_5711 ciona_repeat autorepeat_5712 ciona_repeat autorepeat_5713 ciona_repeat autorepeat_5714 ciona_repeat autorepeat_6370 ciona_repeat autorepeat_5715 ciona_repeat autorepeat_6371 ciona_repeat autorepeat_3030 ciona_repeat autorepeat_5716 ciona_repeat autorepeat_6372 ciona_repeat autorepeat_5717 ciona_repeat autorepeat_6373 ciona_repeat autorepeat_3031 ciona_repeat autorepeat_5718 ciona_repeat autorepeat_6374 ciona_repeat autorepeat_3032 ciona_repeat autorepeat_5719 ciona_repeat autorepeat_6375 ciona_repeat autorepeat_3033 ciona_repeat autorepeat_6376 ciona_repeat autorepeat_3034 ciona_repeat autorepeat_6377 ciona_repeat autorepeat_3035 ciona_repeat autorepeat_6378 ciona_repeat autorepeat_3036 ciona_repeat 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MSR1 Satellite MMVL30 LTR/Retroviral LTR39-int LTR/ERV1 (HERV39) autorepeat_5720 ciona_repeat BILBO LINE/LOA Drosophila subobscura non-LTR retrotransposon BILBO. autorepeat_5721 ciona_repeat autorepeat_5722 ciona_repeat ATGP5LTR LTR/Gypsy autorepeat_5723 ciona_repeat CIN4E_ZM LINE/L1 autorepeat_5724 ciona_repeat autorepeat_6380 ciona_repeat autorepeat_5725 ciona_repeat autorepeat_6381 ciona_repeat autorepeat_5726 ciona_repeat autorepeat_6382 ciona_repeat HAT1N_DR DNA autorepeat_3040 ciona_repeat autorepeat_5727 ciona_repeat autorepeat_6383 ciona_repeat autorepeat_3041 ciona_repeat autorepeat_5728 ciona_repeat autorepeat_6384 ciona_repeat MER101B LTR/ERV1 mer4 group 20% autorepeat_3042 ciona_repeat autorepeat_5729 ciona_repeat autorepeat_6385 ciona_repeat autorepeat_3043 ciona_repeat autorepeat_6386 ciona_repeat autorepeat_3044 ciona_repeat autorepeat_6387 ciona_repeat autorepeat_3045 ciona_repeat autorepeat_6388 ciona_repeat autorepeat_3046 ciona_repeat autorepeat_6389 ciona_repeat autorepeat_3047 ciona_repeat LTR10B1 LTR/ERV1 HERVI-LTR 14-17% autorepeat_3048 ciona_repeat autorepeat_3049 ciona_repeat autorepeat_5730 ciona_repeat autorepeat_5731 ciona_repeat autorepeat_5732 ciona_repeat autorepeat_5733 ciona_repeat autorepeat_5734 ciona_repeat autorepeat_6390 ciona_repeat Contig300 WI_ciona_repeat autorepeat_5735 ciona_repeat autorepeat_6391 ciona_repeat Contig301 WI_ciona_repeat autorepeat_5736 ciona_repeat autorepeat_6392 ciona_repeat Contig302 WI_ciona_repeat autorepeat_3050 ciona_repeat autorepeat_5737 ciona_repeat autorepeat_6393 ciona_repeat Contig303 WI_ciona_repeat autorepeat_3051 ciona_repeat autorepeat_5738 ciona_repeat autorepeat_6394 ciona_repeat gi|3095149|gb|AF054228.1|AF054228 DNA Contig304 WI_ciona_repeat autorepeat_3052 ciona_repeat autorepeat_5739 ciona_repeat autorepeat_6395 ciona_repeat Contig305 WI_ciona_repeat autorepeat_3053 ciona_repeat autorepeat_6396 ciona_repeat Contig306 WI_ciona_repeat autorepeat_3054 ciona_repeat autorepeat_6397 ciona_repeat MT2A LTR/MaLR Contig307 WI_ciona_repeat autorepeat_3055 ciona_repeat autorepeat_6398 ciona_repeat MT2B LTR/MaLR Contig308 WI_ciona_repeat autorepeat_3056 ciona_repeat autorepeat_6399 ciona_repeat MT2C LTR/MaLR autorepeat_3057 ciona_repeat Contig309 WI_ciona_repeat autorepeat_3058 ciona_repeat autorepeat_3059 ciona_repeat E_Q24335 ensembl12247/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_5740 ciona_repeat autorepeat_5741 ciona_repeat autorepeat_2400 ciona_repeat autorepeat_5742 ciona_repeat autorepeat_5743 ciona_repeat autorepeat_2401 ciona_repeat autorepeat_5744 ciona_repeat Contig310 WI_ciona_repeat autorepeat_2402 ciona_repeat autorepeat_5745 ciona_repeat Contig311 WI_ciona_repeat autorepeat_2403 ciona_repeat autorepeat_5746 ciona_repeat MER102a DNA/MER1_type 23% Contig312 WI_ciona_repeat autorepeat_2404 ciona_repeat autorepeat_3060 ciona_repeat autorepeat_5747 ciona_repeat MER102b DNA/MER1_type 23% Contig313 WI_ciona_repeat autorepeat_2405 ciona_repeat autorepeat_3061 ciona_repeat autorepeat_5748 ciona_repeat 91ES8_RN Satellite Contig314 WI_ciona_repeat autorepeat_2406 ciona_repeat autorepeat_3062 ciona_repeat autorepeat_5749 ciona_repeat Contig315 WI_ciona_repeat autorepeat_2407 ciona_repeat autorepeat_3063 ciona_repeat ATCOPIA36_I LTR/Copia Contig316 WI_ciona_repeat autorepeat_2408 ciona_repeat autorepeat_3064 ciona_repeat MSTA LTR/MaLR Contig317 WI_ciona_repeat autorepeat_2409 ciona_repeat autorepeat_3065 ciona_repeat MSTB LTR/MaLR autorepeat_3066 ciona_repeat MSTC LTR/MaLR Contig318 WI_ciona_repeat autorepeat_3067 ciona_repeat MSTD LTR/MaLR Contig319 WI_ciona_repeat autorepeat_3068 ciona_repeat autorepeat_3069 ciona_repeat Leu.TAA tRNA RC35S Satellite ATCOPIA55LTR LTR/Copia gi|11612469|gb|AF294482.1|AF294482 DNA Leu.TAG tRNA E_Q04135 ensembl12246/low_complexity PUTATIVE RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE (EC 2.7.7.49) (REVERSE TRANSCRIPTASE) (ORF 2). MER20B DNA/MER1_type 25-26% autorepeat_5750 ciona_repeat autorepeat_5751 ciona_repeat autorepeat_5752 ciona_repeat Bridge1_FR LINE/Penelope (unchanged) (CAACT)n Simple_repeat autorepeat_2410 ciona_repeat autorepeat_5753 ciona_repeat (CCCTA)n Simple_repeat autorepeat_2411 ciona_repeat autorepeat_5754 ciona_repeat Contig320 WI_ciona_repeat autorepeat_2412 ciona_repeat autorepeat_5755 ciona_repeat Contig321 WI_ciona_repeat autorepeat_2413 ciona_repeat autorepeat_5756 ciona_repeat Contig322 WI_ciona_repeat autorepeat_2414 ciona_repeat autorepeat_3070 ciona_repeat autorepeat_5757 ciona_repeat MER104A DNA/Tc2 Contig323 WI_ciona_repeat autorepeat_2415 ciona_repeat autorepeat_3071 ciona_repeat autorepeat_5758 ciona_repeat MER104B DNA/Tc2 LINE2E_CE LINE/CR1 Contig324 WI_ciona_repeat autorepeat_2416 ciona_repeat autorepeat_3072 ciona_repeat autorepeat_5759 ciona_repeat MER104C DNA/Tc2 Contig325 WI_ciona_repeat autorepeat_2417 ciona_repeat autorepeat_3073 ciona_repeat MER104D DNA/MER2_type Contig326 WI_ciona_repeat autorepeat_2418 ciona_repeat autorepeat_3074 ciona_repeat autorepeat_2419 ciona_repeat autorepeat_3075 ciona_repeat Contig327 WI_ciona_repeat autorepeat_3076 ciona_repeat Contig328 WI_ciona_repeat autorepeat_3077 ciona_repeat Contig329 WI_ciona_repeat autorepeat_3078 ciona_repeat autorepeat_3079 ciona_repeat HER_LINE LINE/Shark (Scyliorhinus torazame) E_Q9FWC7 ensembl8505/trans PUTATIVE PLANT DISEASE RESISTANCE POLYPROTEIN. 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(GGAGAA)n Simple_repeat CRUISER DNA ATDNAI26T9 DNA/MuDR autorepeat_5770 ciona_repeat autorepeat_5771 ciona_repeat autorepeat_5772 ciona_repeat 45770..38016 DNA autorepeat_2430 ciona_repeat autorepeat_5773 ciona_repeat autorepeat_2431 ciona_repeat autorepeat_5774 ciona_repeat Contig340 WI_ciona_repeat autorepeat_2432 ciona_repeat autorepeat_5775 ciona_repeat Contig341 WI_ciona_repeat autorepeat_2433 ciona_repeat autorepeat_5776 ciona_repeat Contig342 WI_ciona_repeat autorepeat_2434 ciona_repeat autorepeat_3090 ciona_repeat autorepeat_5777 ciona_repeat MER106A DNA/MER1_type 20% Contig343 WI_ciona_repeat autorepeat_2435 ciona_repeat autorepeat_3091 ciona_repeat autorepeat_5778 ciona_repeat MER106B DNA/MER1_type Contig344 WI_ciona_repeat autorepeat_2436 ciona_repeat autorepeat_3092 ciona_repeat autorepeat_5779 ciona_repeat autorepeat_2437 ciona_repeat autorepeat_3093 ciona_repeat Contig345 WI_ciona_repeat autorepeat_2438 ciona_repeat autorepeat_3094 ciona_repeat Contig346 WI_ciona_repeat autorepeat_2439 ciona_repeat autorepeat_3095 ciona_repeat Contig347 WI_ciona_repeat autorepeat_3096 ciona_repeat Contig348 WI_ciona_repeat autorepeat_3097 ciona_repeat Contig349 WI_ciona_repeat autorepeat_3098 ciona_repeat autorepeat_3099 ciona_repeat gi|11612466|gb|AF294479.1|AF294479 DNA MDG1_LTR LTR/Gypsy DMSAT6 Satellite D.melanogaster satellite repeat DNA sequence. BEL_I LTR/PAO MI167_AT Other/Centromeric autorepeat_5780 ciona_repeat autorepeat_5781 ciona_repeat autorepeat_5782 ciona_repeat autorepeat_2440 ciona_repeat autorepeat_5783 ciona_repeat autorepeat_2441 ciona_repeat autorepeat_5784 ciona_repeat Contig350 WI_ciona_repeat autorepeat_2442 ciona_repeat autorepeat_5785 ciona_repeat Contig351 WI_ciona_repeat autorepeat_2443 ciona_repeat autorepeat_5786 ciona_repeat Contig352 WI_ciona_repeat autorepeat_2444 ciona_repeat autorepeat_5787 ciona_repeat Contig353 WI_ciona_repeat autorepeat_2445 ciona_repeat autorepeat_5788 ciona_repeat autorepeat_2446 ciona_repeat autorepeat_5789 ciona_repeat Contig354 WI_ciona_repeat autorepeat_2447 ciona_repeat Contig355 WI_ciona_repeat autorepeat_2448 ciona_repeat Contig356 WI_ciona_repeat autorepeat_2449 ciona_repeat Contig357 WI_ciona_repeat Contig358 WI_ciona_repeat Contig359 WI_ciona_repeat MARINER5_CE DNA/Mariner tRNA-Lys-AAA tRNA (CTAG)n Simple_repeat tRNA-Thr-ACY_ tRNA tRNA-Lys-AAG tRNA ATCOPIA5LTR LTR/Copia autorepeat_5790 ciona_repeat autorepeat_5791 ciona_repeat autorepeat_5792 ciona_repeat autorepeat_2450 ciona_repeat autorepeat_5793 ciona_repeat autorepeat_2451 ciona_repeat autorepeat_5794 ciona_repeat Contig360 WI_ciona_repeat autorepeat_2452 ciona_repeat autorepeat_5795 ciona_repeat Contig361 WI_ciona_repeat autorepeat_2453 ciona_repeat autorepeat_5796 ciona_repeat Contig362 WI_ciona_repeat autorepeat_2454 ciona_repeat autorepeat_5797 ciona_repeat autorepeat_2455 ciona_repeat autorepeat_5798 ciona_repeat Tigger3b DNA/MER2_type (MER7B) 15% div Contig363 WI_ciona_repeat autorepeat_2456 ciona_repeat autorepeat_5799 ciona_repeat Contig364 WI_ciona_repeat autorepeat_2457 ciona_repeat Contig365 WI_ciona_repeat autorepeat_2458 ciona_repeat Contig366 WI_ciona_repeat autorepeat_2459 ciona_repeat E_Q963V9 ensembl24243/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig367 WI_ciona_repeat Contig368 WI_ciona_repeat Contig369 WI_ciona_repeat DMREP1 DNA SushiiDR1 LTR/Gypsy LTR43-internal LTR/Retroviral L1MD2_5end LINE/L1 autorepeat_1800 ciona_repeat autorepeat_1801 ciona_repeat LOOPERN6_DR DNA autorepeat_1802 ciona_repeat autorepeat_1803 ciona_repeat autorepeat_1804 ciona_repeat autorepeat_2460 ciona_repeat autorepeat_1805 ciona_repeat autorepeat_2461 ciona_repeat DMREPG DNA Contig370 WI_ciona_repeat autorepeat_1806 ciona_repeat autorepeat_2462 ciona_repeat Contig371 WI_ciona_repeat autorepeat_1807 ciona_repeat autorepeat_2463 ciona_repeat autorepeat_1808 ciona_repeat autorepeat_2464 ciona_repeat Contig372 WI_ciona_repeat autorepeat_1809 ciona_repeat autorepeat_2465 ciona_repeat MER4-internal LTR/MER4-group Contig373 WI_ciona_repeat autorepeat_2466 ciona_repeat Contig374 WI_ciona_repeat autorepeat_2467 ciona_repeat Contig375 WI_ciona_repeat autorepeat_2468 ciona_repeat Contig376 WI_ciona_repeat autorepeat_2469 ciona_repeat Contig377 WI_ciona_repeat Contig378 WI_ciona_repeat Contig379 WI_ciona_repeat MLT1E1 LTR/MaLR BLOOD DNA MLT1E2 LTR/MaLR MLT1E3 LTR/MaLR NDNAX1_CE DNA? autorepeat_1810 ciona_repeat autorepeat_1811 ciona_repeat autorepeat_1812 ciona_repeat autorepeat_1813 ciona_repeat autorepeat_1814 ciona_repeat autorepeat_2470 ciona_repeat autorepeat_1815 ciona_repeat autorepeat_2471 ciona_repeat Contig380 WI_ciona_repeat autorepeat_1816 ciona_repeat autorepeat_2472 ciona_repeat autorepeat_1817 ciona_repeat autorepeat_2473 ciona_repeat Contig381 WI_ciona_repeat autorepeat_1818 ciona_repeat autorepeat_2474 ciona_repeat PALTA1_CE DNA/Tc1? Contig382 WI_ciona_repeat autorepeat_1819 ciona_repeat autorepeat_2475 ciona_repeat Contig383 WI_ciona_repeat autorepeat_2476 ciona_repeat Contig384 WI_ciona_repeat autorepeat_2477 ciona_repeat Contig385 WI_ciona_repeat autorepeat_2478 ciona_repeat Contig386 WI_ciona_repeat autorepeat_2479 ciona_repeat Contig387 WI_ciona_repeat Contig388 WI_ciona_repeat Contig389 WI_ciona_repeat E_Q95JM3 ensembl63139/trans HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN. (CCGAG)n Simple_repeat MLT1F1 LTR/MaLR MLT1F2 LTR/MaLR E_Q9U997 ensembl17145/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_1820 ciona_repeat autorepeat_1821 ciona_repeat autorepeat_1822 ciona_repeat autorepeat_1823 ciona_repeat autorepeat_1824 ciona_repeat autorepeat_2480 ciona_repeat autorepeat_1825 ciona_repeat autorepeat_2481 ciona_repeat ATHILA2_I LTR/Gypsy autorepeat_1826 ciona_repeat autorepeat_2482 ciona_repeat Contig390 WI_ciona_repeat autorepeat_1827 ciona_repeat autorepeat_2483 ciona_repeat Contig391 WI_ciona_repeat autorepeat_1828 ciona_repeat autorepeat_2484 ciona_repeat Contig392 WI_ciona_repeat autorepeat_1829 ciona_repeat autorepeat_2485 ciona_repeat Contig393 WI_ciona_repeat autorepeat_2486 ciona_repeat Contig394 WI_ciona_repeat autorepeat_2487 ciona_repeat Contig395 WI_ciona_repeat autorepeat_2488 ciona_repeat Contig396 WI_ciona_repeat autorepeat_2489 ciona_repeat Contig397 WI_ciona_repeat Contig398 WI_ciona_repeat Contig399 WI_ciona_repeat 48139,179527 DNA E_Q00962 ensembl26198/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. MLT1G1 LTR/MaLR Mariner1a_GG DNA/Mariner closest match to lacewing mariner U11650; bp 389-730 not a consensus but from GenBank AP003795; about 360 nucleotides deleted at pos ~388 MLT1G3 LTR/MaLR incomplete 5' end autorepeat_1830 ciona_repeat autorepeat_1831 ciona_repeat autorepeat_1832 ciona_repeat autorepeat_1833 ciona_repeat ATCOPIA21LTR LTR/Copia autorepeat_1834 ciona_repeat autorepeat_2490 ciona_repeat autorepeat_1835 ciona_repeat autorepeat_2491 ciona_repeat autorepeat_1836 ciona_repeat autorepeat_2492 ciona_repeat autorepeat_1837 ciona_repeat autorepeat_2493 ciona_repeat autorepeat_1838 ciona_repeat autorepeat_2494 ciona_repeat E_Q94240 ensembl8796/low_complexity HYPOTHETICAL 67.0 KDA PROTEIN. autorepeat_1839 ciona_repeat autorepeat_2495 ciona_repeat autorepeat_2496 ciona_repeat autorepeat_2497 ciona_repeat autorepeat_2498 ciona_repeat autorepeat_2499 ciona_repeat E_Q9XUR0 ensembl20243/trans T05F1.12 PROTEIN. MLT1H1 LTR/MaLR MLT1H2 LTR/MaLR HERVP71A_I LTR/ERV1 LTR71 LTR11 LTR/ERV supposedly HTLV related; 2 copies so far; young.. autorepeat_1840 ciona_repeat autorepeat_1841 ciona_repeat autorepeat_1842 ciona_repeat autorepeat_1843 ciona_repeat autorepeat_1844 ciona_repeat autorepeat_1845 ciona_repeat autorepeat_1846 ciona_repeat autorepeat_1847 ciona_repeat autorepeat_1848 ciona_repeat ATGP2NLTR1 LTR/Gypsy autorepeat_1849 ciona_repeat RIRE8B_I LTR/Rice gypsy ATLANTYS1_LTR LTR/Gypsy L1PA12_5end LINE/L1 (CAGTA)n Simple_repeat SSRS2 Satellite/Centromeric URR1 Other autorepeat_1850 ciona_repeat autorepeat_1851 ciona_repeat autorepeat_1852 ciona_repeat autorepeat_1853 ciona_repeat autorepeat_1854 ciona_repeat CASAT Satellite/Carp (Carassius auratus) autorepeat_1855 ciona_repeat autorepeat_1856 ciona_repeat autorepeat_1857 ciona_repeat autorepeat_1858 ciona_repeat autorepeat_1859 ciona_repeat L1M4_5end LINE/L1 MLT1J1 LTR/MaLR MLT1J2 LTR/MaLR AY1_DH Unknown D.hydei y chromosome-specific ay1 repetitive sequence. E_O15639 ensembl97986/trans MULTIFUNCTIONAL PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_1860 ciona_repeat autorepeat_1861 ciona_repeat autorepeat_1862 ciona_repeat GSAT_MM Satellite autorepeat_1863 ciona_repeat autorepeat_1864 ciona_repeat autorepeat_1865 ciona_repeat autorepeat_1866 ciona_repeat HATN10_DR DNA autorepeat_1867 ciona_repeat autorepeat_1868 ciona_repeat autorepeat_1869 ciona_repeat SHOOTER_ZM DNA/En-Spm CATCH3I_DR LTR gi|600841|gb|U11655.1|AGU11655 DNA autorepeat_1870 ciona_repeat autorepeat_1871 ciona_repeat autorepeat_1872 ciona_repeat autorepeat_1873 ciona_repeat autorepeat_1874 ciona_repeat autorepeat_1875 ciona_repeat autorepeat_1876 ciona_repeat autorepeat_1877 ciona_repeat autorepeat_1878 ciona_repeat autorepeat_1879 ciona_repeat 112403 DNA E_Q963V7 ensembl3274/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). E_Q9AVN2 ensembl8247/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). (CAGGG)n Simple_repeat ATCOPIA74LTR LTR/Copia autorepeat_1880 ciona_repeat autorepeat_1881 ciona_repeat autorepeat_1882 ciona_repeat autorepeat_1883 ciona_repeat autorepeat_1884 ciona_repeat autorepeat_1885 ciona_repeat autorepeat_1886 ciona_repeat RLTR2_MM LTR/ERV autorepeat_1887 ciona_repeat autorepeat_1888 ciona_repeat autorepeat_1889 ciona_repeat INVADER2 DNA 166021 DNA INVADER3 DNA INVADER4 DNA INVADER5 DNA Arthur1 DNA/Tip100 26% kimura subst E_Q18309 ensembl9734/trans C29F5.6 PROTEIN. TC2_FR1 DNA/TC2 3.5% Kimura Closest similarity to HsTC2. TA duplication. TC2_FR2 DNA/TC2 closest similarity to TC2_FR1; very young, ave 4.5 % kimura, while having lots of CGs. TC2_FR4 DNA/TC2 similar at DNA level to TC2_FR2; 3.5% div, TA duplication; ORF (222-1058) incomplete, still miss a bit. TC2_FR5 DNA/TC2 TC2_FR6 DNA/TC2 2.2% subst level. Partly non-consensus: only 3 copies not the TC2_FR6a internal deletion product autorepeat_1890 ciona_repeat autorepeat_1891 ciona_repeat B2L_S SINE/B4 B2-like retroposon from Sciurognathi autorepeat_1892 ciona_repeat autorepeat_1893 ciona_repeat CERP1 Unknown autorepeat_1894 ciona_repeat CERP2 DNA? autorepeat_1895 ciona_repeat E_P91908 ensembl12620/low_complexity M04C7.2 PROTEIN. CERP3 Unknown autorepeat_1896 ciona_repeat Maui LINE/L2 I made this into a consensus sequence; most significantly added a 242 bp fragment of the 3' UTR (pos 4351-4592) CERP4 DNA autorepeat_1897 ciona_repeat autorepeat_1898 ciona_repeat autorepeat_1899 ciona_repeat RSINE1 SINE/B4 (B5) RNRAL LTR/Retroviral gi|18087061|gb|AF387852.1|AF387852 DNA RMER17A2 LTR/ERVK 8-9% div RIRE3_LTR LTR/Rice Asn.GTT tRNA B1_MM SINE/Alu MER52-int LTR/ERV1 L1M2a_5end LINE/L1 autorepeat_7000 ciona_repeat autorepeat_7001 ciona_repeat autorepeat_7002 ciona_repeat MER2 DNA/MER2_type 15-16% div autorepeat_7003 ciona_repeat MER3 DNA/MER1_type 16% div MER110-int LTR/ERV1 autorepeat_7004 ciona_repeat autorepeat_7005 ciona_repeat (TACG)n Simple_repeat autorepeat_7006 ciona_repeat MER6 DNA/MER2_type autorepeat_7007 ciona_repeat E_Q9NBI4 ensembl9023/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_7008 ciona_repeat ATCOPIA82_I LTR/Copia MER8 DNA/MER2_type 12% (21% with CGs) autorepeat_7009 ciona_repeat MER9 LTR/ERVK 9-10% div ROXELEMENT DNA RIRE1_OS_LTR LTR/Copia MTE2 LTR/MaLR MTE3 LTR/MaLR (CACGA)n Simple_repeat E_Q95SX7 ensembl12250/low_complexity LD46618P. autorepeat_7010 ciona_repeat STONOR_ZM_LTR LTR/Copia autorepeat_7011 ciona_repeat autorepeat_7012 ciona_repeat autorepeat_7013 ciona_repeat HARBINGERN7_DR DNA autorepeat_7014 ciona_repeat autorepeat_7015 ciona_repeat autorepeat_7016 ciona_repeat autorepeat_7017 ciona_repeat E_O01419 ensembl12282/low_complexity POL PROTEIN. autorepeat_7018 ciona_repeat autorepeat_7019 ciona_repeat 67872..78296 DNA Pigibakku DNA/PiggyBac incomplete; only three copies; not a consensus; strong similarity to PiggyBac (IFP2) drr500 Waterman drr501 Waterman drr502 Waterman MDM2_OS DNA/MuDR drr503 Waterman Chaplin8 DNA/MER1 product of ORF 932-2767 is > 60% similar to Charlie8 transposase over full-length; 5.5% subst level. drr504 Waterman drr505 Waterman drr506 Waterman tRNA-SeC(e)-TGA tRNA drr507 Waterman drr508 Waterman drr509 Waterman autorepeat_7020 ciona_repeat autorepeat_7021 ciona_repeat autorepeat_7022 ciona_repeat autorepeat_7023 ciona_repeat autorepeat_7024 ciona_repeat autorepeat_7025 ciona_repeat autorepeat_7026 ciona_repeat autorepeat_7027 ciona_repeat autorepeat_7028 ciona_repeat autorepeat_7029 ciona_repeat LTR52-int LTR/ERVL drr510 Waterman LTRJI1_OS LTR drr511 Waterman drr512 Waterman drr513 Waterman drr514 Waterman drr515 Waterman drr516 Waterman drr517 Waterman drr518 Waterman drr519 Waterman autorepeat_7030 ciona_repeat autorepeat_7031 ciona_repeat autorepeat_7032 ciona_repeat autorepeat_7033 ciona_repeat autorepeat_7034 ciona_repeat autorepeat_7035 ciona_repeat autorepeat_7036 ciona_repeat autorepeat_7037 ciona_repeat autorepeat_7038 ciona_repeat autorepeat_7039 ciona_repeat 55955 DNA GYPSY2 DNA GYPSY3 DNA GYPSY4 DNA GYPSY5 DNA GYPSY6 DNA drr520 Waterman drr521 Waterman drr522 Waterman LMER1 Other/rabbit drr523 Waterman drr524 Waterman drr525 Waterman ATGP9LTR LTR/Gypsy (CTTAT)n Simple_repeat drr526 Waterman drr527 Waterman drr528 Waterman drr529 Waterman autorepeat_7040 ciona_repeat autorepeat_7041 ciona_repeat autorepeat_7042 ciona_repeat autorepeat_7043 ciona_repeat autorepeat_7044 ciona_repeat autorepeat_7045 ciona_repeat DNA9TA1_DR DNA autorepeat_7046 ciona_repeat autorepeat_7047 ciona_repeat autorepeat_7048 ciona_repeat autorepeat_7049 ciona_repeat HELITRON2_OS DNA/Helitron (CAGAA)n Simple_repeat drr530 Waterman drr531 Waterman drr532 Waterman drr533 Waterman drr534 Waterman drr535 Waterman drr536 Waterman a_repeat ciona_repeat drr537 Waterman drr538 Waterman gi|3095155|gb|AF054231.1|AF054231 DNA drr539 Waterman XLGST1 Unknown autorepeat_7050 ciona_repeat XLGST2 Unknown autorepeat_7051 ciona_repeat XLGST3 Unknown autorepeat_7052 ciona_repeat autorepeat_7053 ciona_repeat autorepeat_7054 ciona_repeat E_Q963T5 ensembl26545/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_7055 ciona_repeat autorepeat_7056 ciona_repeat ROO_LTR LTR/PAO autorepeat_7057 ciona_repeat autorepeat_7058 ciona_repeat autorepeat_7059 ciona_repeat Oamar1 DNA/Mariner drr540 Waterman drr541 Waterman drr542 Waterman drr543 Waterman tRNA-Leu-TTA tRNA drr544 Waterman drr545 Waterman autorepeat_6400 ciona_repeat drr546 Waterman autorepeat_6401 ciona_repeat drr547 Waterman autorepeat_6402 ciona_repeat drr548 Waterman gi|159618|gb|M93691.1|MSQRT2RET DNA DMALU1 DNA autorepeat_6403 ciona_repeat drr549 Waterman autorepeat_6404 ciona_repeat autorepeat_7060 ciona_repeat tRNA-Leu-TTG tRNA autorepeat_6405 ciona_repeat autorepeat_7061 ciona_repeat autorepeat_6406 ciona_repeat autorepeat_7062 ciona_repeat autorepeat_6407 ciona_repeat autorepeat_7063 ciona_repeat autorepeat_6408 ciona_repeat autorepeat_7064 ciona_repeat ATCOPIA76_I LTR/Copia autorepeat_6409 ciona_repeat autorepeat_7065 ciona_repeat autorepeat_7066 ciona_repeat autorepeat_7067 ciona_repeat autorepeat_7068 ciona_repeat autorepeat_7069 ciona_repeat E_O18575 ensembl13663/trans MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT). ATCOPIA59LTR LTR/Copia drr550 Waterman drr551 Waterman drr552 Waterman drr553 Waterman drr554 Waterman drr555 Waterman (CAAGT)n Simple_repeat autorepeat_6410 ciona_repeat drr556 Waterman autorepeat_6411 ciona_repeat drr557 Waterman autorepeat_6412 ciona_repeat drr558 Waterman autorepeat_6413 ciona_repeat drr559 Waterman autorepeat_6414 ciona_repeat autorepeat_7070 ciona_repeat autorepeat_6415 ciona_repeat autorepeat_7071 ciona_repeat autorepeat_6416 ciona_repeat autorepeat_7072 ciona_repeat autorepeat_6417 ciona_repeat autorepeat_7073 ciona_repeat autorepeat_6418 ciona_repeat autorepeat_7074 ciona_repeat autorepeat_6419 ciona_repeat autorepeat_7075 ciona_repeat GRANDE1_ZD LTR/Zea Z.diploperennis DNA for Grande1-4 retrotransposon. autorepeat_7076 ciona_repeat autorepeat_7077 ciona_repeat autorepeat_7078 ciona_repeat autorepeat_7079 ciona_repeat ATGP10_I LTR/Gypsy drr560 Waterman drr561 Waterman drr562 Waterman drr563 Waterman drr564 Waterman drr565 Waterman autorepeat_6420 ciona_repeat drr566 Waterman autorepeat_6421 ciona_repeat drr567 Waterman E_Q9AVN4 ensembl8248/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_6422 ciona_repeat drr568 Waterman autorepeat_6423 ciona_repeat drr569 Waterman L1M4c_5end LINE/L1 (L1P2_5+L1M7_5) gi|6671107:227-441, DNA autorepeat_6424 ciona_repeat autorepeat_7080 ciona_repeat autorepeat_6425 ciona_repeat autorepeat_7081 ciona_repeat autorepeat_6426 ciona_repeat autorepeat_7082 ciona_repeat autorepeat_6427 ciona_repeat autorepeat_7083 ciona_repeat autorepeat_6428 ciona_repeat autorepeat_7084 ciona_repeat autorepeat_6429 ciona_repeat autorepeat_7085 ciona_repeat autorepeat_7086 ciona_repeat autorepeat_7087 ciona_repeat KIDDOB_OS DNA autorepeat_7088 ciona_repeat ACCORD_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7089 ciona_repeat FLAM_A SINE/Alu FLAM_C SINE/Alu CIRCE LINE/Composite drr570 Waterman drr571 Waterman drr572 Waterman drr573 Waterman PBANG1, DNA DM14G722 DNA drr574 Waterman drr575 Waterman autorepeat_6430 ciona_repeat drr576 Waterman autorepeat_6431 ciona_repeat drr577 Waterman autorepeat_6432 ciona_repeat drr578 Waterman autorepeat_6433 ciona_repeat drr579 Waterman autorepeat_6434 ciona_repeat autorepeat_7090 ciona_repeat autorepeat_6435 ciona_repeat autorepeat_7091 ciona_repeat autorepeat_6436 ciona_repeat autorepeat_7092 ciona_repeat autorepeat_6437 ciona_repeat autorepeat_7093 ciona_repeat autorepeat_6438 ciona_repeat autorepeat_7094 ciona_repeat autorepeat_6439 ciona_repeat autorepeat_7095 ciona_repeat autorepeat_7096 ciona_repeat autorepeat_7097 ciona_repeat autorepeat_7098 ciona_repeat autorepeat_7099 ciona_repeat B2_Mm1 SINE/B2 (CAGC)n Simple_repeat B2_Mm2 SINE/B2 drr580 Waterman drr581 Waterman Cheshire DNA/MER1_type 22% div drr582 Waterman DM14G731 DNA drr583 Waterman drr584 Waterman drr585 Waterman autorepeat_6440 ciona_repeat drr586 Waterman autorepeat_6441 ciona_repeat drr587 Waterman autorepeat_3100 ciona_repeat autorepeat_6442 ciona_repeat drr588 Waterman autorepeat_3101 ciona_repeat autorepeat_6443 ciona_repeat drr589 Waterman autorepeat_3102 ciona_repeat autorepeat_6444 ciona_repeat autorepeat_6445 ciona_repeat ATCOPIA93LTR LTR/Copia autorepeat_3103 ciona_repeat autorepeat_6446 ciona_repeat autorepeat_3104 ciona_repeat autorepeat_6447 ciona_repeat autorepeat_3105 ciona_repeat autorepeat_6448 ciona_repeat autorepeat_3106 ciona_repeat autorepeat_6449 ciona_repeat autorepeat_3107 ciona_repeat autorepeat_3108 ciona_repeat gi|6671105:31-146, DNA autorepeat_3109 ciona_repeat HATN5A_DR DNA drr590 Waterman drr591 Waterman ATCOPIA9LTR LTR/Copia drr592 Waterman drr593 Waterman ATTIR16T3A DNA drr594 Waterman drr595 Waterman autorepeat_6450 ciona_repeat drr596 Waterman autorepeat_6451 ciona_repeat drr597 Waterman BRIDGE1_FR LINE/Pufferfish autorepeat_3110 ciona_repeat autorepeat_6452 ciona_repeat drr598 Waterman autorepeat_3111 ciona_repeat autorepeat_6453 ciona_repeat drr599 Waterman autorepeat_6454 ciona_repeat autorepeat_3112 ciona_repeat autorepeat_6455 ciona_repeat autorepeat_3113 ciona_repeat autorepeat_6456 ciona_repeat autorepeat_3114 ciona_repeat autorepeat_6457 ciona_repeat autorepeat_3115 ciona_repeat autorepeat_6458 ciona_repeat autorepeat_3116 ciona_repeat autorepeat_6459 ciona_repeat autorepeat_3117 ciona_repeat autorepeat_3118 ciona_repeat autorepeat_3119 ciona_repeat FRAM SINE/Alu gi|1381115|gb|L78801.1|MSQTNCDSA DNA Trillian_a DNA/AcHobo 12jul2001 autorepeat_5800 ciona_repeat HSREP522 Satellite/telomeric autorepeat_5801 ciona_repeat gi|5804795|emb|AJ006551.1|AGA6551 DNA autorepeat_5802 ciona_repeat autorepeat_5803 ciona_repeat autorepeat_5804 ciona_repeat autorepeat_6460 ciona_repeat 57185..183094 DNA autorepeat_5805 ciona_repeat autorepeat_6461 ciona_repeat autorepeat_3120 ciona_repeat autorepeat_5806 ciona_repeat autorepeat_6462 ciona_repeat autorepeat_5807 ciona_repeat autorepeat_6463 ciona_repeat autorepeat_3121 ciona_repeat autorepeat_5808 ciona_repeat autorepeat_6464 ciona_repeat autorepeat_3122 ciona_repeat autorepeat_5809 ciona_repeat autorepeat_6465 ciona_repeat HE1_DR1 SINE autorepeat_3123 ciona_repeat autorepeat_6466 ciona_repeat autorepeat_3124 ciona_repeat autorepeat_6467 ciona_repeat ETnERV2 LTR/ERVK (RLTR13 LTRs) autorepeat_3125 ciona_repeat autorepeat_6468 ciona_repeat ETnERV3 LTR/ERVK (RLTR13Ba LTRs) autorepeat_3126 ciona_repeat autorepeat_6469 ciona_repeat autorepeat_3127 ciona_repeat E_Q9U5P0 ensembl3536/trans POLYMERASE POLYPROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_3128 ciona_repeat GYPSY5_LTR LTR/Gypsy autorepeat_3129 ciona_repeat autorepeat_5810 ciona_repeat autorepeat_5811 ciona_repeat autorepeat_5812 ciona_repeat autorepeat_5813 ciona_repeat autorepeat_5814 ciona_repeat autorepeat_6470 ciona_repeat autorepeat_5815 ciona_repeat autorepeat_6471 ciona_repeat autorepeat_5816 ciona_repeat autorepeat_6472 ciona_repeat autorepeat_3130 ciona_repeat autorepeat_5817 ciona_repeat autorepeat_6473 ciona_repeat MER110A LTR/ERV1 autorepeat_3131 ciona_repeat autorepeat_5818 ciona_repeat autorepeat_6474 ciona_repeat PALTA5_CE DNA/Tc1 autorepeat_3132 ciona_repeat autorepeat_5819 ciona_repeat autorepeat_6475 ciona_repeat autorepeat_3133 ciona_repeat autorepeat_6476 ciona_repeat His.GTG tRNA autorepeat_3134 ciona_repeat autorepeat_6477 ciona_repeat autorepeat_3135 ciona_repeat autorepeat_6478 ciona_repeat autorepeat_3136 ciona_repeat autorepeat_6479 ciona_repeat autorepeat_3137 ciona_repeat autorepeat_3138 ciona_repeat autorepeat_3139 ciona_repeat 86243..68671 DNA DMPORTO1 DNA E_O76193 ensembl28019/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). PIF12_ZM DNA/IS5 (Harbinger/PIF) autorepeat_5820 ciona_repeat autorepeat_5821 ciona_repeat autorepeat_5822 ciona_repeat Ile.GAT tRNA autorepeat_5823 ciona_repeat autorepeat_5824 ciona_repeat autorepeat_6480 ciona_repeat CR1POL LINE/Chicken autorepeat_5825 ciona_repeat autorepeat_6481 ciona_repeat autorepeat_5826 ciona_repeat autorepeat_6482 ciona_repeat autorepeat_3140 ciona_repeat autorepeat_5827 ciona_repeat autorepeat_6483 ciona_repeat DNA14-5-1_DR DNA autorepeat_3141 ciona_repeat autorepeat_5828 ciona_repeat autorepeat_6484 ciona_repeat autorepeat_3142 ciona_repeat autorepeat_5829 ciona_repeat autorepeat_6485 ciona_repeat autorepeat_3143 ciona_repeat autorepeat_6486 ciona_repeat autorepeat_3144 ciona_repeat autorepeat_6487 ciona_repeat autorepeat_3145 ciona_repeat autorepeat_6488 ciona_repeat autorepeat_3146 ciona_repeat autorepeat_6489 ciona_repeat autorepeat_3147 ciona_repeat autorepeat_3148 ciona_repeat Hu-U36a snoRNA Human U36a gmeth c/d snoRNA intron 5 rpL7a gi|3392914:137-208, autorepeat_3149 ciona_repeat Hu-U36b snoRNA Human U36b gmeth c/d snoRNA intron 4 rpL7a gi|3392913:42-112, Hu-U36c snoRNA Human U36c gmeth c/d snoRNA intron 6 rpL7a gi|3392915:119-186, ATCOPIA10_I LTR/Copia E_Q9KPI3 ensembl7531/trans RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE. Val.AAC tRNA autorepeat_5830 ciona_repeat autorepeat_5831 ciona_repeat autorepeat_5832 ciona_repeat autorepeat_5833 ciona_repeat ATCOPIA25LTR LTR/Copia autorepeat_5834 ciona_repeat autorepeat_6490 ciona_repeat Contig400 WI_ciona_repeat autorepeat_5835 ciona_repeat autorepeat_6491 ciona_repeat Contig401 WI_ciona_repeat autorepeat_5836 ciona_repeat autorepeat_6492 ciona_repeat Contig402 WI_ciona_repeat autorepeat_3150 ciona_repeat autorepeat_5837 ciona_repeat autorepeat_6493 ciona_repeat Contig403 WI_ciona_repeat autorepeat_3151 ciona_repeat autorepeat_5838 ciona_repeat autorepeat_6494 ciona_repeat Contig404 WI_ciona_repeat autorepeat_3152 ciona_repeat autorepeat_5839 ciona_repeat autorepeat_6495 ciona_repeat Contig405 WI_ciona_repeat autorepeat_3153 ciona_repeat autorepeat_6496 ciona_repeat Contig406 WI_ciona_repeat autorepeat_3154 ciona_repeat autorepeat_6497 ciona_repeat Contig407 WI_ciona_repeat autorepeat_3155 ciona_repeat autorepeat_6498 ciona_repeat autorepeat_3156 ciona_repeat autorepeat_6499 ciona_repeat Contig408 WI_ciona_repeat autorepeat_3157 ciona_repeat Contig409 WI_ciona_repeat autorepeat_3158 ciona_repeat autorepeat_3159 ciona_repeat E_Q27281 ensembl6264/trans TC1-LIKE TRANSPOSASE. HAT4_CE DNA/HAT (TAAAA)n Simple_repeat autorepeat_5840 ciona_repeat autorepeat_5841 ciona_repeat autorepeat_5842 ciona_repeat Dong2_FR LINE/Dong-R4 20% divergence Perhaps intermediates with this one and Dong_FR abound, but can't see too many. Probably mixture of subs; misses much of 5' end autorepeat_2500 ciona_repeat autorepeat_5843 ciona_repeat autorepeat_2501 ciona_repeat autorepeat_5844 ciona_repeat Contig410 WI_ciona_repeat autorepeat_2502 ciona_repeat autorepeat_5845 ciona_repeat Contig411 WI_ciona_repeat autorepeat_2503 ciona_repeat autorepeat_5846 ciona_repeat Contig412 WI_ciona_repeat autorepeat_2504 ciona_repeat autorepeat_3160 ciona_repeat autorepeat_5847 ciona_repeat Contig413 WI_ciona_repeat autorepeat_2505 ciona_repeat autorepeat_3161 ciona_repeat autorepeat_5848 ciona_repeat Contig414 WI_ciona_repeat autorepeat_2506 ciona_repeat autorepeat_3162 ciona_repeat autorepeat_5849 ciona_repeat Contig415 WI_ciona_repeat autorepeat_2507 ciona_repeat autorepeat_3163 ciona_repeat ATCOPIA37_I LTR/Copia Contig416 WI_ciona_repeat autorepeat_2508 ciona_repeat autorepeat_3164 ciona_repeat autorepeat_2509 ciona_repeat autorepeat_3165 ciona_repeat Contig417 WI_ciona_repeat autorepeat_3166 ciona_repeat Contig418 WI_ciona_repeat autorepeat_3167 ciona_repeat Contig419 WI_ciona_repeat autorepeat_3168 ciona_repeat Hu-U38a snoRNA Human U38a gmeth c/d snoRNA intron intron 4 ribosomal protein S8 gi|1770734|emb|X97582.1|HSU38ASNR autorepeat_3169 ciona_repeat Hu-U38b snoRNA Human U38b gmeth c/d snoRNA intron intron 5 ribosomal protein S8 gi|1770735|emb|X97583.1|HSU38BSNR NAREP1 DNA MER30B DNA/MER1_type 11% div (reversed March 2002) L1PA15-16_5end LINE/L1 autorepeat_5850 ciona_repeat autorepeat_5851 ciona_repeat autorepeat_5852 ciona_repeat autorepeat_2510 ciona_repeat autorepeat_5853 ciona_repeat autorepeat_2511 ciona_repeat autorepeat_5854 ciona_repeat Contig420 WI_ciona_repeat autorepeat_2512 ciona_repeat autorepeat_5855 ciona_repeat Contig421 WI_ciona_repeat autorepeat_2513 ciona_repeat autorepeat_5856 ciona_repeat Contig422 WI_ciona_repeat autorepeat_2514 ciona_repeat autorepeat_3170 ciona_repeat autorepeat_5857 ciona_repeat Contig423 WI_ciona_repeat autorepeat_2515 ciona_repeat autorepeat_3171 ciona_repeat autorepeat_5858 ciona_repeat Contig424 WI_ciona_repeat autorepeat_2516 ciona_repeat autorepeat_3172 ciona_repeat autorepeat_5859 ciona_repeat E_Q04514 ensembl15342/low_complexity TRANSPOSASE MARINER. Contig425 WI_ciona_repeat autorepeat_2517 ciona_repeat autorepeat_3173 ciona_repeat ATHILA4A_LTR LTR/Gypsy autorepeat_2518 ciona_repeat autorepeat_3174 ciona_repeat Contig426 WI_ciona_repeat autorepeat_2519 ciona_repeat autorepeat_3175 ciona_repeat B2_Felidae SINE/B2 13% div Contig427 WI_ciona_repeat autorepeat_3176 ciona_repeat Contig428 WI_ciona_repeat autorepeat_3177 ciona_repeat Contig429 WI_ciona_repeat autorepeat_3178 ciona_repeat autorepeat_3179 ciona_repeat MER4B-int LTR/ERV1 mer4 group HERV15 LTR/ERV1 LTR15 5% 67747 DNA HERV16 LTR/ERVL LTR16 >20% div MER31A LTR/ERV1 mer4 group 22% div HERV17 LTR/ERV1 LTR17 < 6% div (HERV-W) MER31B LTR/ERV1 mer4 group 18% div RIRE3_OS_I LTR/Gypsy autorepeat_5860 ciona_repeat autorepeat_5861 ciona_repeat autorepeat_5862 ciona_repeat autorepeat_2520 ciona_repeat autorepeat_5863 ciona_repeat autorepeat_2521 ciona_repeat autorepeat_5864 ciona_repeat Contig430 WI_ciona_repeat autorepeat_2522 ciona_repeat autorepeat_5865 ciona_repeat Contig431 WI_ciona_repeat autorepeat_2523 ciona_repeat autorepeat_5866 ciona_repeat HATN14_DR DNA TOL2_OL DNA/Medaka (Oryzias latipes) Contig432 WI_ciona_repeat autorepeat_2524 ciona_repeat autorepeat_3180 ciona_repeat autorepeat_5867 ciona_repeat Contig433 WI_ciona_repeat autorepeat_2525 ciona_repeat autorepeat_3181 ciona_repeat autorepeat_5868 ciona_repeat Contig434 WI_ciona_repeat autorepeat_2526 ciona_repeat autorepeat_3182 ciona_repeat autorepeat_5869 ciona_repeat autorepeat_2527 ciona_repeat autorepeat_3183 ciona_repeat Contig435 WI_ciona_repeat autorepeat_2528 ciona_repeat autorepeat_3184 ciona_repeat Contig436 WI_ciona_repeat autorepeat_2529 ciona_repeat autorepeat_3185 ciona_repeat Contig437 WI_ciona_repeat autorepeat_3186 ciona_repeat DMIFACA DNA Contig438 WI_ciona_repeat autorepeat_3187 ciona_repeat Contig439 WI_ciona_repeat autorepeat_3188 ciona_repeat autorepeat_3189 ciona_repeat MLT2A1 LTR/ERVL 8% div Ricksha DNA 19% MLT2A2 LTR/ERVL 10% div ALUII_DM Unknown D.melanogaster Alu II repetitive sequence. HERV23 LTR/MER4-group autorepeat_5870 ciona_repeat autorepeat_5871 ciona_repeat autorepeat_5872 ciona_repeat RIRE7_I LTR/Rice autorepeat_2530 ciona_repeat autorepeat_5873 ciona_repeat autorepeat_2531 ciona_repeat autorepeat_5874 ciona_repeat Contig440 WI_ciona_repeat autorepeat_2532 ciona_repeat autorepeat_5875 ciona_repeat Contig441 WI_ciona_repeat autorepeat_2533 ciona_repeat autorepeat_5876 ciona_repeat Contig442 WI_ciona_repeat autorepeat_2534 ciona_repeat autorepeat_3190 ciona_repeat autorepeat_5877 ciona_repeat Contig443 WI_ciona_repeat autorepeat_2535 ciona_repeat autorepeat_3191 ciona_repeat autorepeat_5878 ciona_repeat autorepeat_2536 ciona_repeat autorepeat_3192 ciona_repeat autorepeat_5879 ciona_repeat Contig444 WI_ciona_repeat autorepeat_2537 ciona_repeat autorepeat_3193 ciona_repeat Contig445 WI_ciona_repeat autorepeat_2538 ciona_repeat autorepeat_3194 ciona_repeat Contig446 WI_ciona_repeat autorepeat_2539 ciona_repeat autorepeat_3195 ciona_repeat Contig447 WI_ciona_repeat autorepeat_3196 ciona_repeat Contig448 WI_ciona_repeat autorepeat_3197 ciona_repeat Contig449 WI_ciona_repeat autorepeat_3198 ciona_repeat autorepeat_3199 ciona_repeat MLT2B1 LTR/ERVL 17.5% div MLT2B2 LTR/ERVL 18% div MLT2B3 LTR/ERVL 18-19% div E_Q9P958 ensembl19910/trans POL (REVERSE TRANSCRIPTASE-RNASE H) (FRAGMENT). MLT2B4 LTR/ERVL 21% HERV30 LTR/ERV1 8-9% div, LTR30 MLT2B5 LTR/ERVL autorepeat_5880 ciona_repeat ATCOPIA78LTR LTR/Copia autorepeat_5881 ciona_repeat autorepeat_5882 ciona_repeat 5S rRNA autorepeat_2540 ciona_repeat autorepeat_5883 ciona_repeat E_Q9LRU8 ensembl17899/trans NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN. autorepeat_2541 ciona_repeat autorepeat_5884 ciona_repeat GGCAN Unknown young, associated with (CA)n Contig450 WI_ciona_repeat autorepeat_2542 ciona_repeat autorepeat_5885 ciona_repeat Contig451 WI_ciona_repeat autorepeat_2543 ciona_repeat autorepeat_5886 ciona_repeat RLTR6_MM LTR/ERV1 VL30 Contig452 WI_ciona_repeat autorepeat_2544 ciona_repeat autorepeat_5887 ciona_repeat autorepeat_2545 ciona_repeat autorepeat_5888 ciona_repeat 101254,109812 DNA Contig453 WI_ciona_repeat autorepeat_2546 ciona_repeat autorepeat_5889 ciona_repeat Contig454 WI_ciona_repeat autorepeat_2547 ciona_repeat Contig455 WI_ciona_repeat autorepeat_2548 ciona_repeat Contig456 WI_ciona_repeat autorepeat_2549 ciona_repeat Contig457 WI_ciona_repeat Contig458 WI_ciona_repeat E_Q9Y1H7 ensembl25438/trans POL. Contig459 WI_ciona_repeat gi|159631|gb|M35462.1|MSQRTR1K DNA MLT2C1 LTR/ERVL 17% div Contig1 WI_ciona_repeat MLT2C2 LTR/ERVL 17-18% div Contig2 WI_ciona_repeat gi|3095148|gb|AF054227.1|AF054227 DNA Contig3 WI_ciona_repeat Contig4 WI_ciona_repeat Contig5 WI_ciona_repeat Contig6 WI_ciona_repeat Contig7 WI_ciona_repeat Contig8 WI_ciona_repeat Contig9 WI_ciona_repeat E_Q94GJ1 ensembl7081/trans PUTATIVE POLYPROTEIN. (GGA)n Simple_repeat MER34B LTR/ERV1 mer4 group 14-16% MER34C LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_5890 ciona_repeat MER34D LTR/ERV1 mer4 group 15% autorepeat_5891 ciona_repeat autorepeat_5892 ciona_repeat autorepeat_2550 ciona_repeat autorepeat_5893 ciona_repeat MLT2CA LTR/Retroviral autorepeat_2551 ciona_repeat autorepeat_5894 ciona_repeat MLT2CB LTR/Retroviral Contig460 WI_ciona_repeat autorepeat_2552 ciona_repeat autorepeat_5895 ciona_repeat Contig461 WI_ciona_repeat autorepeat_2553 ciona_repeat autorepeat_5896 ciona_repeat ATCOPIA8ALTR LTR/Copia autorepeat_2554 ciona_repeat autorepeat_5897 ciona_repeat Contig462 WI_ciona_repeat autorepeat_2555 ciona_repeat autorepeat_5898 ciona_repeat 154388 DNA Contig463 WI_ciona_repeat autorepeat_2556 ciona_repeat autorepeat_5899 ciona_repeat Contig464 WI_ciona_repeat autorepeat_2557 ciona_repeat Contig465 WI_ciona_repeat autorepeat_2558 ciona_repeat Contig466 WI_ciona_repeat autorepeat_2559 ciona_repeat Contig467 WI_ciona_repeat Contig468 WI_ciona_repeat Contig469 WI_ciona_repeat ATCOPIA38_LTR LTR/Copia HELENA_RT LINE autorepeat_1900 ciona_repeat autorepeat_1901 ciona_repeat gi|11612468|gb|AF294481.1|AF294481 DNA autorepeat_1902 ciona_repeat autorepeat_1903 ciona_repeat autorepeat_1904 ciona_repeat autorepeat_2560 ciona_repeat autorepeat_1905 ciona_repeat autorepeat_2561 ciona_repeat Contig470 WI_ciona_repeat autorepeat_1906 ciona_repeat autorepeat_2562 ciona_repeat autorepeat_1907 ciona_repeat autorepeat_2563 ciona_repeat Contig471 WI_ciona_repeat autorepeat_1908 ciona_repeat autorepeat_2564 ciona_repeat Contig472 WI_ciona_repeat autorepeat_1909 ciona_repeat autorepeat_2565 ciona_repeat Contig473 WI_ciona_repeat autorepeat_2566 ciona_repeat PAL3A_CE DNA Contig474 WI_ciona_repeat autorepeat_2567 ciona_repeat Contig475 WI_ciona_repeat autorepeat_2568 ciona_repeat Contig476 WI_ciona_repeat autorepeat_2569 ciona_repeat Contig477 WI_ciona_repeat Contig478 WI_ciona_repeat Contig479 WI_ciona_repeat DIVER2_I LTR/PAO Trp.CCA tRNA autorepeat_1910 ciona_repeat autorepeat_1911 ciona_repeat autorepeat_1912 ciona_repeat autorepeat_1913 ciona_repeat autorepeat_1914 ciona_repeat autorepeat_2570 ciona_repeat DMSAT353 DNA autorepeat_1915 ciona_repeat autorepeat_2571 ciona_repeat autorepeat_1916 ciona_repeat autorepeat_2572 ciona_repeat Bov-tA1 SINE/BovA Contig480 WI_ciona_repeat autorepeat_1917 ciona_repeat autorepeat_2573 ciona_repeat MERVL_LTR LTR/ERVL Bov-tA2 SINE/BovA Contig481 WI_ciona_repeat autorepeat_1918 ciona_repeat autorepeat_2574 ciona_repeat Bov-tA3 SINE/BovA Contig482 WI_ciona_repeat autorepeat_1919 ciona_repeat autorepeat_2575 ciona_repeat R2B_DM LINE/R2 Contig483 WI_ciona_repeat autorepeat_2576 ciona_repeat Contig484 WI_ciona_repeat autorepeat_2577 ciona_repeat Contig485 WI_ciona_repeat autorepeat_2578 ciona_repeat Contig486 WI_ciona_repeat autorepeat_2579 ciona_repeat Contig487 WI_ciona_repeat Contig488 WI_ciona_repeat Contig489 WI_ciona_repeat (TAGG)n Simple_repeat HERV70 LTR/ERV1 HY1 scRNA HY3 scRNA E_O18569 ensembl62543/trans MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT). HY4 scRNA HY5 scRNA autorepeat_1920 ciona_repeat autorepeat_1921 ciona_repeat REP522 Satellite/telomeric (follows L1 fragment; includes palindromic 'MER122') autorepeat_1922 ciona_repeat autorepeat_1923 ciona_repeat gi|3095153|gb|AF054230.1|AF054230 DNA autorepeat_1924 ciona_repeat autorepeat_2580 ciona_repeat MLT2FA LTR/Retroviral autorepeat_1925 ciona_repeat autorepeat_2581 ciona_repeat ATHILA3_I LTR/Gypsy MLT2FB LTR/Retroviral autorepeat_1926 ciona_repeat autorepeat_2582 ciona_repeat Contig490 WI_ciona_repeat autorepeat_1927 ciona_repeat autorepeat_2583 ciona_repeat Contig491 WI_ciona_repeat autorepeat_1928 ciona_repeat autorepeat_2584 ciona_repeat Contig492 WI_ciona_repeat autorepeat_1929 ciona_repeat autorepeat_2585 ciona_repeat Contig493 WI_ciona_repeat autorepeat_2586 ciona_repeat Contig494 WI_ciona_repeat autorepeat_2587 ciona_repeat Contig495 WI_ciona_repeat autorepeat_2588 ciona_repeat Contig496 WI_ciona_repeat autorepeat_2589 ciona_repeat Contig497 WI_ciona_repeat Contig498 WI_ciona_repeat Contig499 WI_ciona_repeat ATHILA7A_I LTR/Gypsy autorepeat_1930 ciona_repeat autorepeat_1931 ciona_repeat autorepeat_1932 ciona_repeat autorepeat_1933 ciona_repeat autorepeat_1934 ciona_repeat autorepeat_2590 ciona_repeat autorepeat_1935 ciona_repeat autorepeat_2591 ciona_repeat autorepeat_1936 ciona_repeat autorepeat_2592 ciona_repeat autorepeat_1937 ciona_repeat autorepeat_2593 ciona_repeat autorepeat_1938 ciona_repeat autorepeat_2594 ciona_repeat autorepeat_1939 ciona_repeat autorepeat_2595 ciona_repeat E_Q24699 ensembl6553/trans PLANARIAN MARINER-5 GENE. autorepeat_2596 ciona_repeat autorepeat_2597 ciona_repeat autorepeat_2598 ciona_repeat autorepeat_2599 ciona_repeat TAT1_ATH LTR/Gypsy (CATCC)n Simple_repeat MER39B LTR/ERV1 mer4 group 10% L1M4_orf2 LINE/L1 autorepeat_1940 ciona_repeat autorepeat_1941 ciona_repeat autorepeat_1942 ciona_repeat autorepeat_1943 ciona_repeat autorepeat_1944 ciona_repeat autorepeat_1945 ciona_repeat autorepeat_1946 ciona_repeat autorepeat_1947 ciona_repeat autorepeat_1948 ciona_repeat autorepeat_1949 ciona_repeat (CGGT)n Simple_repeat E_Q9BPQ0 ensembl16639/low_complexity POLYPROTEIN (FRAGMENT). MER39b Unknown/MER21_group autorepeat_1950 ciona_repeat autorepeat_1951 ciona_repeat autorepeat_1952 ciona_repeat autorepeat_1953 ciona_repeat autorepeat_1954 ciona_repeat autorepeat_1955 ciona_repeat autorepeat_1956 ciona_repeat PAL8D_CE DNA/HAT? autorepeat_1957 ciona_repeat (GAAAA)n Simple_repeat autorepeat_1958 ciona_repeat autorepeat_1959 ciona_repeat ORR1B-int LTR/MaLR gi|5804799|emb|AJ006554.1|AST6554 DNA Chaplin1a_FR DNA/MER1 GTCTAGAN duplication sites like MER1 group, 6% kimura L1_MM_3end LINE/L1 GypsyDR1 LTR/Gypsy GypsyDR2 LTR/Gypsy autorepeat_1960 ciona_repeat autorepeat_1961 ciona_repeat INVADER3_LTR LTR/Gypsy autorepeat_1962 ciona_repeat autorepeat_1963 ciona_repeat autorepeat_1964 ciona_repeat HE1_HJ SINE/Shark Heterodontus japonica autorepeat_1965 ciona_repeat autorepeat_1966 ciona_repeat autorepeat_1967 ciona_repeat autorepeat_1968 ciona_repeat autorepeat_1969 ciona_repeat gi|159624|gb|M35451.1|MSQRTR1D DNA ATCOPIA44LTR LTR/Copia Arg.TCG tRNA autorepeat_1970 ciona_repeat autorepeat_1971 ciona_repeat autorepeat_1972 ciona_repeat autorepeat_1973 ciona_repeat autorepeat_1974 ciona_repeat autorepeat_1975 ciona_repeat EN1_ZM DNA/En-Spm autorepeat_1976 ciona_repeat Arg.TCT tRNA autorepeat_1977 ciona_repeat autorepeat_1978 ciona_repeat autorepeat_1979 ciona_repeat E_Q9U1R6 ensembl62537/trans Y7A5A.4 PROTEIN. Samurai_LTR LTR/Gypsy (unchanged) autorepeat_1980 ciona_repeat E_Q9N3W4 ensembl31068/trans HYPOTHETICAL 78.9 KDA PROTEIN. autorepeat_1981 ciona_repeat autorepeat_1982 ciona_repeat ERV2-I_DR LTR/ERV autorepeat_1983 ciona_repeat autorepeat_1984 ciona_repeat autorepeat_1985 ciona_repeat autorepeat_1986 ciona_repeat autorepeat_1987 ciona_repeat autorepeat_1988 ciona_repeat autorepeat_1989 ciona_repeat tRNA-Leu-TTA(m) tRNA (mitochondrial) HATN1_DR DNA autorepeat_1990 ciona_repeat autorepeat_1991 ciona_repeat autorepeat_1992 ciona_repeat RLTR10B LTR/ERVK autorepeat_1993 ciona_repeat RLTR10C LTR/ERVK autorepeat_1994 ciona_repeat RLTR10D LTR/ERVK autorepeat_1995 ciona_repeat autorepeat_1996 ciona_repeat autorepeat_1997 ciona_repeat autorepeat_1998 ciona_repeat autorepeat_1999 ciona_repeat (TAAA)n Simple_repeat 37768..45296 DNA L1-3_DR LINE/L1 tRNA-Met_ tRNA RLTR11A LTR/ERVK MYSERV E_Q66162 ensembl17409/trans ORF V. RLTR11B LTR/ERVK MYSERV B2 SINE/B2 SWIMMER1 LINE/Medaka (Oryzias latipes) B3 SINE/B2 B4 SINE/B4 (B4s are composite ID-B1 elements) DNA13TA1_DR DNA MULV-int LTR/ERV1 E_O65863 ensembl15888/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). L1M3d_5end LINE/L1 CR1-B LINE/CR1 CR1-F LINE/CR1 BS LINE/Jockey BS Retrotransposon. HE1_MM SINE/Shark (Mustelus manazo) autorepeat_7100 ciona_repeat autorepeat_7101 ciona_repeat autorepeat_7102 ciona_repeat autorepeat_7103 ciona_repeat autorepeat_7104 ciona_repeat autorepeat_7105 ciona_repeat autorepeat_7106 ciona_repeat autorepeat_7107 ciona_repeat autorepeat_7108 ciona_repeat ATCOPIA83_I LTR/Copia autorepeat_7109 ciona_repeat ATHILA3_LTR LTR/Gypsy IAP LTR/Retroviral MUDR DNA/Maize (CGTAA)n Simple_repeat RLTR13A LTR/ERVK RLTR13B LTR/ERVK RLTR13C LTR/ERVK RLTR13D LTR/ERVK ONREP Satellite/Cichlid (Oreochromis niloticus) autorepeat_7110 ciona_repeat autorepeat_7111 ciona_repeat autorepeat_7112 ciona_repeat autorepeat_7113 ciona_repeat autorepeat_7114 ciona_repeat autorepeat_7115 ciona_repeat autorepeat_7116 ciona_repeat autorepeat_7117 ciona_repeat autorepeat_7118 ciona_repeat RHM5_XL Satellite similarity to tRNAs Xed out autorepeat_7119 ciona_repeat drr600 Waterman drr601 Waterman drr602 Waterman drr603 Waterman DS DNA/Maize Maize mutant wx-m1 Dissociation (Ds) insertion sequence. drr604 Waterman drr605 Waterman drr606 Waterman drr607 Waterman drr608 Waterman drr609 Waterman autorepeat_7120 ciona_repeat autorepeat_7121 ciona_repeat autorepeat_7122 ciona_repeat autorepeat_7123 ciona_repeat autorepeat_7124 ciona_repeat autorepeat_7125 ciona_repeat autorepeat_7126 ciona_repeat autorepeat_7127 ciona_repeat autorepeat_7128 ciona_repeat autorepeat_7129 ciona_repeat ID1 SINE ID2 SINE/ID ID3 SINE/ID drr610 Waterman MER41-int LTR/ERV1 mer4 group ID4 SINE/ID ID5 SINE/ID drr611 Waterman ID6 SINE/ID drr612 Waterman drr613 Waterman 16061 DNA drr614 Waterman drr615 Waterman drr616 Waterman DMORM2 DNA drr617 Waterman DMORM3 DNA drr618 Waterman drr619 Waterman autorepeat_7130 ciona_repeat DMORM6 DNA autorepeat_7131 ciona_repeat autorepeat_7132 ciona_repeat autorepeat_7133 ciona_repeat autorepeat_7134 ciona_repeat autorepeat_7135 ciona_repeat autorepeat_7136 ciona_repeat autorepeat_7137 ciona_repeat autorepeat_7138 ciona_repeat autorepeat_7139 ciona_repeat (CAACG)n Simple_repeat FB DNA gi|1196518|gb|L76160.1|MSQREP DNA ORR1A LTR/MaLR ORR1B LTR/MaLR ORR1C LTR/MaLR ORR1D LTR/MaLR gi|18087060|gb|AF387851.1|AF387851 DNA drr620 Waterman drr621 Waterman drr622 Waterman drr623 Waterman G2 DNA drr624 Waterman G3 DNA drr625 Waterman drr626 Waterman drr627 Waterman drr628 Waterman drr629 Waterman autorepeat_7140 ciona_repeat autorepeat_7141 ciona_repeat autorepeat_7142 ciona_repeat autorepeat_7143 ciona_repeat autorepeat_7144 ciona_repeat autorepeat_7145 ciona_repeat autorepeat_7146 ciona_repeat autorepeat_7147 ciona_repeat autorepeat_7148 ciona_repeat autorepeat_7149 ciona_repeat ATCOPIA50_I LTR/Copia ATCOPIA97_LTR LTR/Copia L1MB4_5end LINE/L1 BOV-A2 SINE/BovA L1P_orf2 LINE/L1 gi|16266046|gb|AF378002.1|AF378002 DNA drr630 Waterman drr631 Waterman drr632 Waterman drr633 Waterman drr634 Waterman drr635 Waterman drr636 Waterman drr637 Waterman drr638 Waterman drr639 Waterman autorepeat_7150 ciona_repeat autorepeat_7151 ciona_repeat autorepeat_7152 ciona_repeat autorepeat_7153 ciona_repeat autorepeat_7154 ciona_repeat autorepeat_7155 ciona_repeat autorepeat_7156 ciona_repeat autorepeat_7157 ciona_repeat autorepeat_7158 ciona_repeat autorepeat_7159 ciona_repeat E_Q99S60 ensembl7538/trans HYPOTHETICAL PROTEIN SAV2209. 135462 DNA E_Q10256 ensembl63167/trans HYPOTHETICAL PROTEIN C56F8.08 IN CHROMOSOME I. gi|159621|gb|M35448.1|MSQRTR1A DNA drr640 Waterman drr641 Waterman drr642 Waterman drr643 Waterman drr644 Waterman drr645 Waterman autorepeat_6500 ciona_repeat drr646 Waterman autorepeat_6501 ciona_repeat drr647 Waterman autorepeat_6502 ciona_repeat drr648 Waterman autorepeat_6503 ciona_repeat drr649 Waterman autorepeat_6504 ciona_repeat autorepeat_7160 ciona_repeat autorepeat_6505 ciona_repeat autorepeat_7161 ciona_repeat autorepeat_6506 ciona_repeat autorepeat_7162 ciona_repeat BSRa Satellite autorepeat_6507 ciona_repeat autorepeat_7163 ciona_repeat BSRb Satellite autorepeat_6508 ciona_repeat autorepeat_7164 ciona_repeat 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autorepeat_7179 ciona_repeat drr660 Waterman drr661 Waterman E_Q18285 ensembl11668/trans HYPOTHETICAL 36.6 KDA PROTEIN. drr662 Waterman drr663 Waterman drr664 Waterman drr665 Waterman autorepeat_6520 ciona_repeat drr666 Waterman autorepeat_6521 ciona_repeat drr667 Waterman autorepeat_6522 ciona_repeat drr668 Waterman autorepeat_6523 ciona_repeat drr669 Waterman autorepeat_6524 ciona_repeat autorepeat_7180 ciona_repeat (CGCTA)n Simple_repeat autorepeat_6525 ciona_repeat autorepeat_7181 ciona_repeat ATMU6N1 DNA/MuDR autorepeat_6526 ciona_repeat autorepeat_7182 ciona_repeat autorepeat_6527 ciona_repeat autorepeat_7183 ciona_repeat autorepeat_6528 ciona_repeat autorepeat_7184 ciona_repeat autorepeat_6529 ciona_repeat autorepeat_7185 ciona_repeat autorepeat_7186 ciona_repeat autorepeat_7187 ciona_repeat Tigger1 DNA/MER2_type 14% div (11.5% outside CpGs) autorepeat_7188 ciona_repeat Tigger2 DNA/MER2_type 14% div autorepeat_7189 ciona_repeat Tigger3 DNA/MER2_type (MER7) 15% div Tigger4 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Satellite/centromeric U6atac snRNA U62823.1 Human small nuclear RNA U6atac, partial sequence GSAT_ Satellite/centromeric 78981 DNA ATGP9BI LTR/Gypsy drr680 Waterman drr681 Waterman drr682 Waterman drr683 Waterman drr684 Waterman drr685 Waterman autorepeat_6540 ciona_repeat drr686 Waterman autorepeat_6541 ciona_repeat drr687 Waterman MER66-internal LTR/MER4-group autorepeat_3200 ciona_repeat autorepeat_6542 ciona_repeat drr688 Waterman autorepeat_3201 ciona_repeat autorepeat_6543 ciona_repeat TEKAY_ZM_LTR LTR/Gypsy drr689 Waterman autorepeat_6544 ciona_repeat autorepeat_3202 ciona_repeat autorepeat_6545 ciona_repeat autorepeat_3203 ciona_repeat autorepeat_6546 ciona_repeat autorepeat_3204 ciona_repeat autorepeat_6547 ciona_repeat autorepeat_3205 ciona_repeat autorepeat_6548 ciona_repeat E_O46185 ensembl12258/low_complexity PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_3206 ciona_repeat autorepeat_6549 ciona_repeat autorepeat_3207 ciona_repeat autorepeat_3208 ciona_repeat 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ciona_repeat autorepeat_6559 ciona_repeat autorepeat_3217 ciona_repeat autorepeat_3218 ciona_repeat autorepeat_3219 ciona_repeat ATREP11A DNA/Helitron E_Q23379 ensembl1836/trans HYPOTHETICAL 28.1 KDA PROTEIN. ARTSINE1A SINE ARTSINE1B SINE ARTSINE1C SINE autorepeat_100 ciona_repeat autorepeat_101 ciona_repeat autorepeat_102 ciona_repeat autorepeat_103 ciona_repeat autorepeat_104 ciona_repeat autorepeat_105 ciona_repeat autorepeat_106 ciona_repeat autorepeat_107 ciona_repeat autorepeat_5900 ciona_repeat autorepeat_108 ciona_repeat autorepeat_5901 ciona_repeat autorepeat_109 ciona_repeat autorepeat_5902 ciona_repeat autorepeat_5903 ciona_repeat autorepeat_5904 ciona_repeat autorepeat_6560 ciona_repeat autorepeat_5905 ciona_repeat autorepeat_6561 ciona_repeat autorepeat_5906 ciona_repeat autorepeat_6562 ciona_repeat 18S_ribosomal_RNA_gene ciona_repeat autorepeat_3220 ciona_repeat autorepeat_5907 ciona_repeat autorepeat_6563 ciona_repeat INVADER1_I LTR/Gypsy autorepeat_3221 ciona_repeat autorepeat_5908 ciona_repeat autorepeat_6564 ciona_repeat autorepeat_3222 ciona_repeat autorepeat_5909 ciona_repeat autorepeat_6565 ciona_repeat autorepeat_3223 ciona_repeat autorepeat_6566 ciona_repeat autorepeat_3224 ciona_repeat autorepeat_6567 ciona_repeat autorepeat_3225 ciona_repeat autorepeat_6568 ciona_repeat autorepeat_3226 ciona_repeat autorepeat_6569 ciona_repeat autorepeat_3227 ciona_repeat autorepeat_3228 ciona_repeat autorepeat_3229 ciona_repeat autorepeat_110 ciona_repeat autorepeat_111 ciona_repeat autorepeat_112 ciona_repeat autorepeat_113 ciona_repeat autorepeat_114 ciona_repeat autorepeat_115 ciona_repeat autorepeat_116 ciona_repeat autorepeat_117 ciona_repeat autorepeat_5910 ciona_repeat DM14G7VR DNA 37905..51019 DNA autorepeat_118 ciona_repeat autorepeat_5911 ciona_repeat autorepeat_119 ciona_repeat autorepeat_5912 ciona_repeat GRTE9 SINE/Tortoise (Geoclemys reevessi) autorepeat_5913 ciona_repeat E_O45287 ensembl51717/low_complexity C31C9.5 PROTEIN. autorepeat_5914 ciona_repeat autorepeat_6570 ciona_repeat MICROPIA_I LTR/Gypsy autorepeat_5915 ciona_repeat autorepeat_6571 ciona_repeat autorepeat_5916 ciona_repeat autorepeat_6572 ciona_repeat autorepeat_3230 ciona_repeat autorepeat_5917 ciona_repeat autorepeat_6573 ciona_repeat autorepeat_3231 ciona_repeat autorepeat_5918 ciona_repeat autorepeat_6574 ciona_repeat autorepeat_3232 ciona_repeat autorepeat_5919 ciona_repeat autorepeat_6575 ciona_repeat autorepeat_3233 ciona_repeat autorepeat_6576 ciona_repeat autorepeat_3234 ciona_repeat autorepeat_6577 ciona_repeat autorepeat_3235 ciona_repeat autorepeat_6578 ciona_repeat autorepeat_3236 ciona_repeat autorepeat_6579 ciona_repeat autorepeat_3237 ciona_repeat autorepeat_3238 ciona_repeat Hu-U45a snoRNA Human U45a gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321851|emb|X96644.1|HSA5ASN autorepeat_3239 ciona_repeat Hu-U45b snoRNA Human U45b gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321852|emb|X96645.1|HSA5BSN DMTNFB DNA autorepeat_120 ciona_repeat autorepeat_121 ciona_repeat autorepeat_122 ciona_repeat autorepeat_123 ciona_repeat autorepeat_124 ciona_repeat autorepeat_125 ciona_repeat autorepeat_126 ciona_repeat autorepeat_127 ciona_repeat autorepeat_5920 ciona_repeat autorepeat_128 ciona_repeat autorepeat_5921 ciona_repeat autorepeat_129 ciona_repeat autorepeat_5922 ciona_repeat autorepeat_5923 ciona_repeat autorepeat_5924 ciona_repeat autorepeat_6580 ciona_repeat autorepeat_5925 ciona_repeat autorepeat_6581 ciona_repeat autorepeat_5926 ciona_repeat autorepeat_6582 ciona_repeat autorepeat_3240 ciona_repeat autorepeat_5927 ciona_repeat autorepeat_6583 ciona_repeat autorepeat_3241 ciona_repeat autorepeat_5928 ciona_repeat autorepeat_6584 ciona_repeat autorepeat_3242 ciona_repeat autorepeat_5929 ciona_repeat autorepeat_6585 ciona_repeat autorepeat_3243 ciona_repeat autorepeat_6586 ciona_repeat autorepeat_3244 ciona_repeat autorepeat_6587 ciona_repeat autorepeat_3245 ciona_repeat autorepeat_6588 ciona_repeat autorepeat_3246 ciona_repeat autorepeat_6589 ciona_repeat autorepeat_3247 ciona_repeat AluYa5a2 SINE/Alu autorepeat_3248 ciona_repeat autorepeat_3249 ciona_repeat 127675 DNA (CGGAG)n Simple_repeat E_P03355 ensembl19188/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. autorepeat_130 ciona_repeat autorepeat_131 ciona_repeat autorepeat_132 ciona_repeat autorepeat_133 ciona_repeat autorepeat_134 ciona_repeat autorepeat_135 ciona_repeat TV1LTR LTR/Gypsy LTR from TV1 retrotransposon. autorepeat_136 ciona_repeat autorepeat_137 ciona_repeat autorepeat_5930 ciona_repeat autorepeat_138 ciona_repeat autorepeat_5931 ciona_repeat autorepeat_139 ciona_repeat autorepeat_5932 ciona_repeat autorepeat_5933 ciona_repeat autorepeat_5934 ciona_repeat autorepeat_6590 ciona_repeat Contig500 WI_ciona_repeat autorepeat_5935 ciona_repeat autorepeat_6591 ciona_repeat Contig501 WI_ciona_repeat autorepeat_5936 ciona_repeat autorepeat_6592 ciona_repeat Contig502 WI_ciona_repeat autorepeat_3250 ciona_repeat autorepeat_5937 ciona_repeat autorepeat_6593 ciona_repeat Contig503 WI_ciona_repeat autorepeat_3251 ciona_repeat autorepeat_5938 ciona_repeat autorepeat_6594 ciona_repeat Contig504 WI_ciona_repeat autorepeat_3252 ciona_repeat autorepeat_5939 ciona_repeat autorepeat_6595 ciona_repeat Contig505 WI_ciona_repeat autorepeat_3253 ciona_repeat autorepeat_6596 ciona_repeat gi|6671103:290-410, DNA Contig506 WI_ciona_repeat autorepeat_3254 ciona_repeat autorepeat_6597 ciona_repeat autorepeat_3255 ciona_repeat autorepeat_6598 ciona_repeat Contig507 WI_ciona_repeat autorepeat_3256 ciona_repeat autorepeat_6599 ciona_repeat Contig508 WI_ciona_repeat autorepeat_3257 ciona_repeat Contig509 WI_ciona_repeat autorepeat_3258 ciona_repeat autorepeat_3259 ciona_repeat 154253..4768 DNA BC1_MM SINE/ID (becomes scRNA in annotation) autorepeat_140 ciona_repeat autorepeat_141 ciona_repeat LTR25-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_142 ciona_repeat E_Q9SK60 ensembl21178/trans PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN. (CATGC)n Simple_repeat autorepeat_143 ciona_repeat autorepeat_144 ciona_repeat autorepeat_145 ciona_repeat autorepeat_146 ciona_repeat autorepeat_147 ciona_repeat autorepeat_5940 ciona_repeat autorepeat_148 ciona_repeat autorepeat_5941 ciona_repeat autorepeat_149 ciona_repeat autorepeat_5942 ciona_repeat S2 DNA autorepeat_2600 ciona_repeat autorepeat_5943 ciona_repeat autorepeat_2601 ciona_repeat autorepeat_5944 ciona_repeat GRANDE1_ZD_I LTR/Gypsy Contig510 WI_ciona_repeat autorepeat_2602 ciona_repeat autorepeat_5945 ciona_repeat Contig511 WI_ciona_repeat autorepeat_2603 ciona_repeat autorepeat_5946 ciona_repeat Contig512 WI_ciona_repeat autorepeat_2604 ciona_repeat autorepeat_3260 ciona_repeat autorepeat_5947 ciona_repeat F_Prefect_a DNA/Tip100 12jul2001 Contig513 WI_ciona_repeat autorepeat_2605 ciona_repeat autorepeat_3261 ciona_repeat autorepeat_5948 ciona_repeat Contig514 WI_ciona_repeat autorepeat_2606 ciona_repeat autorepeat_3262 ciona_repeat autorepeat_5949 ciona_repeat Contig515 WI_ciona_repeat autorepeat_2607 ciona_repeat autorepeat_3263 ciona_repeat ATCOPIA38_I LTR/Copia autorepeat_2608 ciona_repeat autorepeat_3264 ciona_repeat Contig516 WI_ciona_repeat autorepeat_2609 ciona_repeat autorepeat_3265 ciona_repeat Contig517 WI_ciona_repeat autorepeat_3266 ciona_repeat Contig518 WI_ciona_repeat autorepeat_3267 ciona_repeat Contig519 WI_ciona_repeat autorepeat_3268 ciona_repeat autorepeat_3269 ciona_repeat IVK_DM LINE/Jockey 113814,53219 DNA autorepeat_150 ciona_repeat autorepeat_151 ciona_repeat autorepeat_152 ciona_repeat autorepeat_153 ciona_repeat autorepeat_154 ciona_repeat IR4 DNA autorepeat_155 ciona_repeat autorepeat_156 ciona_repeat autorepeat_157 ciona_repeat autorepeat_5950 ciona_repeat autorepeat_158 ciona_repeat autorepeat_5951 ciona_repeat autorepeat_159 ciona_repeat autorepeat_5952 ciona_repeat autorepeat_2610 ciona_repeat autorepeat_5953 ciona_repeat autorepeat_2611 ciona_repeat autorepeat_5954 ciona_repeat Contig520 WI_ciona_repeat autorepeat_2612 ciona_repeat autorepeat_5955 ciona_repeat Charlie12_GGa DNA/MER1 Nonautonomous element with a ~1700 bp deletion at pos 233. About 80% identical at DNA level to Charlie12 in human genome. 16% subst level. Contig521 WI_ciona_repeat autorepeat_2613 ciona_repeat autorepeat_5956 ciona_repeat Contig522 WI_ciona_repeat autorepeat_2614 ciona_repeat autorepeat_3270 ciona_repeat autorepeat_5957 ciona_repeat CEREP1A DNA/HAT Contig523 WI_ciona_repeat autorepeat_2615 ciona_repeat autorepeat_3271 ciona_repeat autorepeat_5958 ciona_repeat Contig524 WI_ciona_repeat autorepeat_2616 ciona_repeat autorepeat_3272 ciona_repeat autorepeat_5959 ciona_repeat autorepeat_2617 ciona_repeat autorepeat_3273 ciona_repeat Contig525 WI_ciona_repeat autorepeat_2618 ciona_repeat autorepeat_3274 ciona_repeat Contig526 WI_ciona_repeat autorepeat_2619 ciona_repeat autorepeat_3275 ciona_repeat Contig527 WI_ciona_repeat autorepeat_3276 ciona_repeat Contig528 WI_ciona_repeat autorepeat_3277 ciona_repeat Contig529 WI_ciona_repeat autorepeat_3278 ciona_repeat autorepeat_3279 ciona_repeat DM14G7PRL DNA RC14 DNA DM14G7PRU DNA autorepeat_160 ciona_repeat autorepeat_161 ciona_repeat autorepeat_162 ciona_repeat autorepeat_163 ciona_repeat MER41A LTR/ERV1 mer4 group young autorepeat_164 ciona_repeat MER41B LTR/ERV1 mer4 group 9-10% autorepeat_165 ciona_repeat MER41C LTR/ERV1 mer4 group PRIMA41 LTR 9% div incl CGs autorepeat_166 ciona_repeat MER41D LTR/ERV1 mer4 group 14% autorepeat_167 ciona_repeat autorepeat_5960 ciona_repeat MER41E LTR/ERV1 mer4 group 13% autorepeat_168 ciona_repeat autorepeat_5961 ciona_repeat U1 snRNA autorepeat_169 ciona_repeat autorepeat_5962 ciona_repeat MER41F LTR/ERV1 U2 snRNA autorepeat_2620 ciona_repeat autorepeat_5963 ciona_repeat MER41G LTR/ERV1 Su DNA U3 snRNA autorepeat_2621 ciona_repeat autorepeat_5964 ciona_repeat U4 snRNA Contig530 WI_ciona_repeat autorepeat_2622 ciona_repeat autorepeat_5965 ciona_repeat U5 snRNA Contig531 WI_ciona_repeat autorepeat_2623 ciona_repeat autorepeat_5966 ciona_repeat E_Q9FL83 ensembl31136/trans NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN. U6 snRNA Contig532 WI_ciona_repeat autorepeat_2624 ciona_repeat autorepeat_3280 ciona_repeat autorepeat_5967 ciona_repeat CEREP2A Unknown U7 snRNA Contig533 WI_ciona_repeat autorepeat_2625 ciona_repeat autorepeat_3281 ciona_repeat autorepeat_5968 ciona_repeat U8 snRNA autorepeat_2626 ciona_repeat autorepeat_3282 ciona_repeat autorepeat_5969 ciona_repeat Contig534 WI_ciona_repeat autorepeat_2627 ciona_repeat autorepeat_3283 ciona_repeat Contig535 WI_ciona_repeat autorepeat_2628 ciona_repeat autorepeat_3284 ciona_repeat Contig536 WI_ciona_repeat autorepeat_2629 ciona_repeat autorepeat_3285 ciona_repeat Contig537 WI_ciona_repeat autorepeat_3286 ciona_repeat Contig538 WI_ciona_repeat autorepeat_3287 ciona_repeat gi|6671106:2786-4707, DNA Contig539 WI_ciona_repeat autorepeat_3288 ciona_repeat autorepeat_3289 ciona_repeat tRNA-Gln-CAA tRNA ATCOPIA48LTR LTR/Copia TTO1_NT LTR/Rice (1338AA), complete cds. DMPOGOR11 DNA tRNA-Gln-CAG tRNA autorepeat_170 ciona_repeat autorepeat_171 ciona_repeat autorepeat_172 ciona_repeat autorepeat_173 ciona_repeat autorepeat_174 ciona_repeat autorepeat_175 ciona_repeat autorepeat_176 ciona_repeat autorepeat_177 ciona_repeat autorepeat_5970 ciona_repeat autorepeat_178 ciona_repeat autorepeat_5971 ciona_repeat autorepeat_179 ciona_repeat autorepeat_5972 ciona_repeat autorepeat_2630 ciona_repeat autorepeat_5973 ciona_repeat autorepeat_2631 ciona_repeat autorepeat_5974 ciona_repeat Contig540 WI_ciona_repeat autorepeat_2632 ciona_repeat autorepeat_5975 ciona_repeat Contig541 WI_ciona_repeat autorepeat_2633 ciona_repeat autorepeat_5976 ciona_repeat Contig542 WI_ciona_repeat autorepeat_2634 ciona_repeat autorepeat_3290 ciona_repeat autorepeat_5977 ciona_repeat autorepeat_2635 ciona_repeat autorepeat_3291 ciona_repeat autorepeat_5978 ciona_repeat Contig543 WI_ciona_repeat autorepeat_2636 ciona_repeat autorepeat_3292 ciona_repeat autorepeat_5979 ciona_repeat Contig544 WI_ciona_repeat autorepeat_2637 ciona_repeat autorepeat_3293 ciona_repeat Contig545 WI_ciona_repeat autorepeat_2638 ciona_repeat autorepeat_3294 ciona_repeat Contig546 WI_ciona_repeat autorepeat_2639 ciona_repeat autorepeat_3295 ciona_repeat Contig547 WI_ciona_repeat autorepeat_3296 ciona_repeat Contig548 WI_ciona_repeat autorepeat_3297 ciona_repeat Contig549 WI_ciona_repeat autorepeat_3298 ciona_repeat autorepeat_3299 ciona_repeat HARBINGER1_DR DNA RC35 Satellite autorepeat_180 ciona_repeat autorepeat_181 ciona_repeat autorepeat_182 ciona_repeat autorepeat_183 ciona_repeat autorepeat_184 ciona_repeat autorepeat_185 ciona_repeat autorepeat_186 ciona_repeat autorepeat_187 ciona_repeat autorepeat_5980 ciona_repeat autorepeat_188 ciona_repeat autorepeat_5981 ciona_repeat autorepeat_189 ciona_repeat autorepeat_5982 ciona_repeat autorepeat_2640 ciona_repeat autorepeat_5983 ciona_repeat ATCOPIA35_LTR LTR/Copia autorepeat_2641 ciona_repeat autorepeat_5984 ciona_repeat Contig550 WI_ciona_repeat autorepeat_2642 ciona_repeat autorepeat_5985 ciona_repeat Contig551 WI_ciona_repeat autorepeat_2643 ciona_repeat autorepeat_5986 ciona_repeat EXPANDER1_DR N autorepeat_2644 ciona_repeat autorepeat_5987 ciona_repeat SushiiDR1_LTR LTR/Gypsy Contig552 WI_ciona_repeat autorepeat_2645 ciona_repeat autorepeat_5988 ciona_repeat Contig553 WI_ciona_repeat autorepeat_2646 ciona_repeat autorepeat_5989 ciona_repeat Contig554 WI_ciona_repeat autorepeat_2647 ciona_repeat Contig555 WI_ciona_repeat autorepeat_2648 ciona_repeat Contig556 WI_ciona_repeat autorepeat_2649 ciona_repeat Contig557 WI_ciona_repeat Contig558 WI_ciona_repeat Contig559 WI_ciona_repeat ETnERV LTR/ERVK autorepeat_190 ciona_repeat autorepeat_191 ciona_repeat autorepeat_192 ciona_repeat autorepeat_193 ciona_repeat MER44A DNA/MER2_type 16% autorepeat_194 ciona_repeat MER44B DNA/MER2_type 16% autorepeat_195 ciona_repeat MER44C DNA/MER2_type 16% autorepeat_196 ciona_repeat HATN5_DR DNA MER44D DNA/MER2_type 15% (MER44B in repbase) autorepeat_197 ciona_repeat autorepeat_5990 ciona_repeat autorepeat_198 ciona_repeat autorepeat_5991 ciona_repeat autorepeat_199 ciona_repeat autorepeat_5992 ciona_repeat tRNA-Met tRNA autorepeat_2650 ciona_repeat autorepeat_5993 ciona_repeat autorepeat_2651 ciona_repeat autorepeat_5994 ciona_repeat CELE12A DNA/Pogo Contig560 WI_ciona_repeat autorepeat_2652 ciona_repeat autorepeat_5995 ciona_repeat CR1-1_DR LINE/L2 CELE12B DNA/Pogo autorepeat_2653 ciona_repeat autorepeat_5996 ciona_repeat Contig561 WI_ciona_repeat autorepeat_2654 ciona_repeat autorepeat_5997 ciona_repeat E_O18577 ensembl62542/trans MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT). Contig562 WI_ciona_repeat autorepeat_2655 ciona_repeat autorepeat_5998 ciona_repeat Contig563 WI_ciona_repeat autorepeat_2656 ciona_repeat autorepeat_5999 ciona_repeat Contig564 WI_ciona_repeat autorepeat_2657 ciona_repeat Contig565 WI_ciona_repeat autorepeat_2658 ciona_repeat Contig566 WI_ciona_repeat autorepeat_2659 ciona_repeat Contig567 WI_ciona_repeat Contig568 WI_ciona_repeat Contig569 WI_ciona_repeat CATCH2LTR_DR LTR IVK DNA gi|1480673|gb|U60875.1|AAU60875 DNA L1-7_DR LINE/L1 MER45A DNA/AcHobo 22% div MER45B DNA/AcHobo 22% div MER45C DNA/AcHobo 22% div Dong_FR LINE/Dong-R4 These are site specific LINEs in other organisms. Very young (ave 6%, but some < 1% diverged). First Dong-R4 type LINE in vertebrates, as far as I know. autorepeat_2660 ciona_repeat autorepeat_2661 ciona_repeat autorepeat_2662 ciona_repeat ATCOPIA82LTR LTR/Copia Contig570 WI_ciona_repeat autorepeat_2663 ciona_repeat Contig571 WI_ciona_repeat autorepeat_2664 ciona_repeat Contig572 WI_ciona_repeat autorepeat_2665 ciona_repeat Contig573 WI_ciona_repeat autorepeat_2666 ciona_repeat Contig574 WI_ciona_repeat autorepeat_2667 ciona_repeat Contig575 WI_ciona_repeat autorepeat_2668 ciona_repeat Contig576 WI_ciona_repeat autorepeat_2669 ciona_repeat Contig577 WI_ciona_repeat MER45R DNA/AcHobo Contig578 WI_ciona_repeat Contig579 WI_ciona_repeat ROO_I LTR/PAO E_Q963Y9 ensembl39856/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). 162380..161838 DNA MER46C DNA/MER2_type (Zombi_c) 14% div 139093..165245 DNA TC1_DM DNA/Tc1 autorepeat_2670 ciona_repeat autorepeat_2671 ciona_repeat autorepeat_2672 ciona_repeat Contig580 WI_ciona_repeat autorepeat_2673 ciona_repeat CELE14B DNA Contig581 WI_ciona_repeat autorepeat_2674 ciona_repeat Contig582 WI_ciona_repeat autorepeat_2675 ciona_repeat Contig583 WI_ciona_repeat autorepeat_2676 ciona_repeat Contig584 WI_ciona_repeat autorepeat_2677 ciona_repeat Contig585 WI_ciona_repeat autorepeat_2678 ciona_repeat Contig586 WI_ciona_repeat autorepeat_2679 ciona_repeat Contig587 WI_ciona_repeat Contig588 WI_ciona_repeat Contig589 WI_ciona_repeat DGYSAT1 Satellite D.gymnobasis satellite repeat. (CAATA)n Simple_repeat 139416 DNA MER47A DNA/MER2_type (Tigger5) 17% MER47B DNA/MER2_type (Tigger5) E_Q95T57 ensembl41098/low_complexity GH20809P. autorepeat_2680 ciona_repeat autorepeat_2681 ciona_repeat ATHILA4_I LTR/Gypsy autorepeat_2682 ciona_repeat Contig590 WI_ciona_repeat autorepeat_2683 ciona_repeat RIRE8B_OS_I LTR/Gypsy Contig591 WI_ciona_repeat autorepeat_2684 ciona_repeat Contig592 WI_ciona_repeat autorepeat_2685 ciona_repeat Contig593 WI_ciona_repeat autorepeat_2686 ciona_repeat Contig594 WI_ciona_repeat autorepeat_2687 ciona_repeat Contig595 WI_ciona_repeat autorepeat_2688 ciona_repeat Contig596 WI_ciona_repeat autorepeat_2689 ciona_repeat Contig597 WI_ciona_repeat Contig598 WI_ciona_repeat Contig599 WI_ciona_repeat ATCOPIA27_LTR LTR/Copia E_P34472 ensembl9098/trans HYPOTHETICAL 136.3 KDA PROTEIN F58A4.5 IN CHROMOSOME III. autorepeat_2690 ciona_repeat autorepeat_2691 ciona_repeat autorepeat_2692 ciona_repeat autorepeat_2693 ciona_repeat L1MDa_5end LINE/L1 autorepeat_2694 ciona_repeat autorepeat_2695 ciona_repeat (CGAAT)n Simple_repeat autorepeat_2696 ciona_repeat autorepeat_2697 ciona_repeat autorepeat_2698 ciona_repeat autorepeat_2699 ciona_repeat MLT1F-int LTR/MaLR gi|3095144|gb|AF054225.1|AF054225 DNA Dr000001 Recon Dr000002 Recon Dr000003 Recon Dr000004 Recon SRP_RNA miscRNA X04248.1 HS7SLRNA 1-99=ALU-like, 226-299=ALU-like use -lcmask option to mask lowercase Dr000005 Recon Dr000006 Recon Dr000007 Recon Dr000008 Recon Dr000009 Recon ATCOPIA1I LTR/Copia ATCLUST1 Satellite Dr000010 Recon Dr000011 Recon Dr000012 Recon (CAAGG)n Simple_repeat Dr000013 Recon Dr000014 Recon Dr000015 Recon Dr000016 Recon Dr000017 Recon Dr000018 Recon (CAGTC)n Simple_repeat Dr000019 Recon ATCOPIA2I LTR/Copia ATCOPIA14LTR LTR/Copia TIR9TA1B_CE DNA/HAT MER83A-int LTR/ERV1 mer4 group (CCCA)n Simple_repeat 197907,71411,9154 DNA gi|11612467|gb|AF294480.1|AF294480 DNA Dr000020 Recon Dr000021 Recon Dr000022 Recon Dr000023 Recon ATCOPIA90_I LTR/Copia Dr000024 Recon 36965..2809 DNA Dr000025 Recon Dr000026 Recon E_Q63288 ensembl10113/trans L1 RETROPOSON, ORF2 MRNA (FRAGMENT). Dr000027 Recon Dr000028 Recon Dr000029 Recon E_Q9P969 ensembl16822/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). ATCOPIA3I LTR/Copia Dr000030 Recon Dr000031 Recon MER84-int LTR/ERV1 mer4 group Dr000032 Recon Dr000033 Recon Dr000034 Recon Hu-U39_U55 snoRNA Human U39 gmeth c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein S8 gi|1770522|emb|Z69626.1|HSSNO39HU Dr000035 Recon Dr000036 Recon ATGP2LTR1 LTR/Gypsy Dr000037 Recon Dr000038 Recon Dr000039 Recon ATCOPIA4I LTR/Copia BATUMI_I LTR/PAO Dr000040 Recon Dr000041 Recon Dr000042 Recon Dr000043 Recon Dr000044 Recon Dr000045 Recon Dr000046 Recon Dr000047 Recon Dr000048 Recon Dr000049 Recon ATCOPIA5I LTR/Copia ONSAT Satellite/Cichlid (Oreochromis niloticus) gi|11612464|gb|AF294477.1|AF294477 DNA Dr000050 Recon Dr000051 Recon Dr000052 Recon BARE1IS_HV LTR GI:4512250 Dr000053 Recon Dr000054 Recon Dr000055 Recon Dr000056 Recon Dr000057 Recon Dr000058 Recon Dr000059 Recon gi|6671105:146-665, DNA 113397..197761 DNA ATCOPIA6I LTR/Copia Dr000060 Recon Dr000061 Recon Dr000062 Recon Dr000063 Recon Dr000064 Recon Dr000065 Recon Dr000066 Recon Dr000067 Recon Dr000068 Recon Dr000069 Recon ATCOPIA67LTR LTR/Copia ATCOPIA7I LTR/Copia Chaplin1_FR DNA/MER1 GTCTAGAN duplication sites like MER1 group, match to Charlie5 & 8 over translated bp 300-720 region Dr000070 Recon Dr000071 Recon Dr000072 Recon Dr000073 Recon Dr000074 Recon Dr000075 Recon Dr000076 Recon Dr000077 Recon Dr000078 Recon Dr000079 Recon TIGGU2 DNA/Tigger TA duplication; high protein similarity (~70%) to Tigger3 and other Tiggers in human genome. 5% kimura autorepeat_7200 ciona_repeat autorepeat_7201 ciona_repeat autorepeat_7202 ciona_repeat E_Q90246 ensembl17088/trans BATTRACHOCOTTUS BAIKALENSIS ORF1 AND ORF2 GENES. autorepeat_7203 ciona_repeat autorepeat_7204 ciona_repeat MER76-int LTR/ERVL autorepeat_7205 ciona_repeat autorepeat_7206 ciona_repeat MER4A1 LTR/ERV1 11% MER4A2 LTR/MER4-group autorepeat_7207 ciona_repeat RCA1 Satellite autorepeat_7208 ciona_repeat ATCOPIA84_I LTR/Copia Dr000080 Recon autorepeat_7209 ciona_repeat Dr000081 Recon Dr000082 Recon Dr000083 Recon Dr000084 Recon MUDRN1_OS DNA/MuDR Dr000085 Recon Dr000086 Recon Dr000087 Recon FERV-R1_LTR LTR/ERV1 Dr000088 Recon Dr000089 Recon E_Q9SKI8 ensembl8966/trans PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN. SINEC_Cf2 SINE/Lys 9% ( E_Q9AKZ8 ensembl4154/trans PUTATIVE TRANSPOSASE. NPAL0A_CE DNA ATCOPIA9I LTR/Copia (CACGC)n Simple_repeat Gln.CTG tRNA autorepeat_7210 ciona_repeat 20022 DNA autorepeat_7211 ciona_repeat autorepeat_7212 ciona_repeat RETROSOR1_SB_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7213 ciona_repeat autorepeat_7214 ciona_repeat autorepeat_7215 ciona_repeat autorepeat_7216 ciona_repeat autorepeat_7217 ciona_repeat Kopi2_LTR LTR/Copia autorepeat_7218 ciona_repeat Dr000090 Recon autorepeat_7219 ciona_repeat Dr000091 Recon Dr000092 Recon Dr000093 Recon Dr000094 Recon Dr000095 Recon Dr000096 Recon Dr000097 Recon (CAAAA)n Simple_repeat Dr000098 Recon Dr000099 Recon (CCGGA)n Simple_repeat DM06920 DNA drr700 Waterman drr701 Waterman drr702 Waterman drr703 Waterman drr704 Waterman drr705 Waterman drr706 Waterman drr707 Waterman drr708 Waterman drr709 Waterman autorepeat_7220 ciona_repeat autorepeat_7221 ciona_repeat autorepeat_7222 ciona_repeat autorepeat_7223 ciona_repeat autorepeat_7224 ciona_repeat autorepeat_7225 ciona_repeat autorepeat_7226 ciona_repeat autorepeat_7227 ciona_repeat autorepeat_7228 ciona_repeat autorepeat_7229 ciona_repeat RCC9 Satellite E_Q9HQ43 ensembl54099/trans VNG1339C. drr710 Waterman drr711 Waterman E_Q963Y2 ensembl7719/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr712 Waterman drr713 Waterman drr714 Waterman drr715 Waterman drr716 Waterman drr717 Waterman drr718 Waterman drr719 Waterman autorepeat_7230 ciona_repeat autorepeat_7231 ciona_repeat autorepeat_7232 ciona_repeat autorepeat_7233 ciona_repeat autorepeat_7234 ciona_repeat autorepeat_7235 ciona_repeat autorepeat_7236 ciona_repeat MER4D1 LTR/ERV1 autorepeat_7237 ciona_repeat RCD1 Satellite autorepeat_7238 ciona_repeat autorepeat_7239 ciona_repeat Lys.CTT tRNA DrDIRS1 LTR/DIRS1 7% subst, several realted subs (no LTRs but TIRs instead) drr720 Waterman drr721 Waterman drr722 Waterman drr723 Waterman drr724 Waterman drr725 Waterman drr726 Waterman drr727 Waterman drr728 Waterman drr729 Waterman autorepeat_7240 ciona_repeat autorepeat_7241 ciona_repeat autorepeat_7242 ciona_repeat autorepeat_7243 ciona_repeat autorepeat_7244 ciona_repeat autorepeat_7245 ciona_repeat STONOR_I LTR/Maize copia autorepeat_7246 ciona_repeat MER4E1 LTR/ERV1 8% autorepeat_7247 ciona_repeat autorepeat_7248 ciona_repeat autorepeat_7249 ciona_repeat ATCOPIA51_I LTR/Copia MARINER_DMA DNA/Tc1 D.mauritiana transposable element mariner, complete cds. (CAGAC)n Simple_repeat E_P03934 ensembl11591/trans TRANSPOSABLE ELEMENT TC1 TRANSPOSASE. MER61-internal LTR/MER4-group drr730 Waterman drr731 Waterman drr732 Waterman drr733 Waterman TEKAY_I LTR/Gypsy Arabidopsis Internal part of gypsy/Ty3-type retrotransposon Tekay. drr734 Waterman drr735 Waterman drr736 Waterman drr737 Waterman MER68-int LTR/ERVL first 230 bp and MER68 LTRs are ERV1ish drr738 Waterman drr739 Waterman autorepeat_7250 ciona_repeat TC1_SS DNA/Tc1 autorepeat_7251 ciona_repeat E_O44313 ensembl13488/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_7252 ciona_repeat autorepeat_7253 ciona_repeat autorepeat_7254 ciona_repeat autorepeat_7255 ciona_repeat autorepeat_7256 ciona_repeat autorepeat_7257 ciona_repeat autorepeat_7258 ciona_repeat autorepeat_7259 ciona_repeat E_Q9BLI4 ensembl21864/trans TRAS4 PROTEIN (FRAGMENT). TC1_TF DNA/Salmon (Salmo salar) LTRCER1 LTR/Gypsy drr740 Waterman drr741 Waterman drr742 Waterman L1M1_5end LINE/L1 ACROBAT1 DNA drr743 Waterman drr744 Waterman drr745 Waterman autorepeat_6600 ciona_repeat drr746 Waterman autorepeat_6601 ciona_repeat drr747 Waterman autorepeat_6602 ciona_repeat drr748 Waterman autorepeat_6603 ciona_repeat drr749 Waterman autorepeat_6604 ciona_repeat autorepeat_7260 ciona_repeat autorepeat_6605 ciona_repeat autorepeat_7261 ciona_repeat ORR1A-INT LTR/MaLR autorepeat_6606 ciona_repeat autorepeat_7262 ciona_repeat autorepeat_6607 ciona_repeat autorepeat_7263 ciona_repeat autorepeat_6608 ciona_repeat autorepeat_7264 ciona_repeat ATCOPIA78_I LTR/Copia DMU89994 DNA autorepeat_6609 ciona_repeat autorepeat_7265 ciona_repeat autorepeat_7266 ciona_repeat autorepeat_7267 ciona_repeat autorepeat_7268 ciona_repeat autorepeat_7269 ciona_repeat E_O97916 ensembl75213/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE. drr750 Waterman drr751 Waterman drr752 Waterman drr753 Waterman E_Q963W8 ensembl45109/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr754 Waterman drr755 Waterman autorepeat_6610 ciona_repeat drr756 Waterman autorepeat_6611 ciona_repeat drr757 Waterman autorepeat_6612 ciona_repeat drr758 Waterman autorepeat_6613 ciona_repeat drr759 Waterman autorepeat_6614 ciona_repeat autorepeat_7270 ciona_repeat autorepeat_6615 ciona_repeat autorepeat_7271 ciona_repeat autorepeat_6616 ciona_repeat autorepeat_7272 ciona_repeat autorepeat_6617 ciona_repeat autorepeat_7273 ciona_repeat autorepeat_6618 ciona_repeat autorepeat_7274 ciona_repeat autorepeat_6619 ciona_repeat autorepeat_7275 ciona_repeat autorepeat_7276 ciona_repeat autorepeat_7277 ciona_repeat autorepeat_7278 ciona_repeat E_O46180 ensembl105263/low_complexity NON-LTR RETROTRANSPOSON REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_7279 ciona_repeat FUGUREP4a Unknown 18% kimura, > 500 copies in genome (REP4a & b) FUGUREP4b Unknown drr760 Waterman drr761 Waterman drr762 Waterman drr763 Waterman drr764 Waterman drr765 Waterman autorepeat_6620 ciona_repeat drr766 Waterman autorepeat_6621 ciona_repeat drr767 Waterman autorepeat_6622 ciona_repeat drr768 Waterman autorepeat_6623 ciona_repeat drr769 Waterman autorepeat_6624 ciona_repeat autorepeat_7280 ciona_repeat autorepeat_6625 ciona_repeat autorepeat_7281 ciona_repeat autorepeat_6626 ciona_repeat autorepeat_7282 ciona_repeat autorepeat_6627 ciona_repeat autorepeat_7283 ciona_repeat autorepeat_6628 ciona_repeat autorepeat_7284 ciona_repeat autorepeat_6629 ciona_repeat autorepeat_7285 ciona_repeat autorepeat_7286 ciona_repeat autorepeat_7287 ciona_repeat autorepeat_7288 ciona_repeat autorepeat_7289 ciona_repeat BRODYAGA1 DNA/MuDR MST-int LTR/MaLR drr770 Waterman drr771 Waterman drr772 Waterman gi|600843|gb|U11657.1|AGU11657 DNA drr773 Waterman drr774 Waterman RIRE7_OS_I LTR/Gypsy drr775 Waterman autorepeat_6630 ciona_repeat drr776 Waterman autorepeat_6631 ciona_repeat drr777 Waterman autorepeat_6632 ciona_repeat drr778 Waterman autorepeat_6633 ciona_repeat drr779 Waterman autorepeat_6634 ciona_repeat autorepeat_7290 ciona_repeat autorepeat_6635 ciona_repeat autorepeat_7291 ciona_repeat autorepeat_6636 ciona_repeat autorepeat_7292 ciona_repeat autorepeat_6637 ciona_repeat autorepeat_7293 ciona_repeat autorepeat_6638 ciona_repeat autorepeat_7294 ciona_repeat autorepeat_6639 ciona_repeat autorepeat_7295 ciona_repeat autorepeat_7296 ciona_repeat autorepeat_7297 ciona_repeat autorepeat_7298 ciona_repeat autorepeat_7299 ciona_repeat TKSAT1 Satellite/Newt (Triturus karelini) TKSAT3 Satellite/Newt (Triturus karelini) 7696 DNA MER4-int LTR/ERV1 mer4 group drr780 Waterman drr781 Waterman drr782 Waterman drr783 Waterman TC1_XL DNA/Tc1 drr784 Waterman drr785 Waterman autorepeat_6640 ciona_repeat drr786 Waterman autorepeat_6641 ciona_repeat drr787 Waterman autorepeat_3300 ciona_repeat autorepeat_6642 ciona_repeat drr788 Waterman autorepeat_6643 ciona_repeat drr789 Waterman autorepeat_3301 ciona_repeat autorepeat_6644 ciona_repeat SSU_ribosomal(18S) rDNA U13369.1 Human ribosomal DNA complete repeating unit [3657..5527] autorepeat_3302 ciona_repeat autorepeat_6645 ciona_repeat autorepeat_3303 ciona_repeat autorepeat_6646 ciona_repeat autorepeat_3304 ciona_repeat autorepeat_6647 ciona_repeat autorepeat_3305 ciona_repeat autorepeat_6648 ciona_repeat autorepeat_3306 ciona_repeat autorepeat_6649 ciona_repeat autorepeat_3307 ciona_repeat autorepeat_3308 ciona_repeat ATCOPIA45_I LTR/Copia autorepeat_3309 ciona_repeat Hu-HBII-52 snoRNA Human HBII-52 gmeth?(unknown) c/d snoRNA gi|8896064|gb|AF250841.1|AF250841 E_Q01375 ensembl12268/low_complexity CONTAINS REVERSE TRANSCRIPTASE AND CYS FINGER DOMAINS. E_P21328 ensembl12266/low_complexity RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE FROM MOBILE ELEMENT JOCKEY (EC 2.7.7.49) (REVERSE TRANSCRIPTASE). tRNA-Ala-GCY_ tRNA HERVH48 LTR/ERV1 MER48 LTRs Harlequin LTR/ERV1 LTR2 < 9% div drr790 Waterman drr791 Waterman HATN9_DR DNA drr792 Waterman HELICOP1 DNA/Helicop drr793 Waterman C_Oc SINE/rabbit HELICOP2 DNA/Helicop drr794 Waterman drr795 Waterman autorepeat_6650 ciona_repeat drr796 Waterman autorepeat_6651 ciona_repeat drr797 Waterman autorepeat_6652 ciona_repeat drr798 Waterman autorepeat_3310 ciona_repeat autorepeat_6653 ciona_repeat drr799 Waterman autorepeat_3311 ciona_repeat autorepeat_6654 ciona_repeat autorepeat_3312 ciona_repeat autorepeat_6655 ciona_repeat autorepeat_3313 ciona_repeat autorepeat_6656 ciona_repeat autorepeat_3314 ciona_repeat autorepeat_6657 ciona_repeat gi|3095142|gb|AF054224.1|AF054224 DNA THE1-int LTR/MaLR autorepeat_3315 ciona_repeat autorepeat_6658 ciona_repeat autorepeat_3316 ciona_repeat autorepeat_6659 ciona_repeat autorepeat_3317 ciona_repeat autorepeat_3318 ciona_repeat autorepeat_3319 ciona_repeat autorepeat_200 ciona_repeat autorepeat_201 ciona_repeat autorepeat_202 ciona_repeat autorepeat_203 ciona_repeat autorepeat_204 ciona_repeat autorepeat_205 ciona_repeat autorepeat_206 ciona_repeat autorepeat_207 ciona_repeat autorepeat_208 ciona_repeat autorepeat_209 ciona_repeat autorepeat_6660 ciona_repeat autorepeat_6661 ciona_repeat autorepeat_6662 ciona_repeat autorepeat_3320 ciona_repeat autorepeat_6663 ciona_repeat ATCOPIA86LTR LTR/Copia INVADER2_I LTR/Gypsy autorepeat_3321 ciona_repeat autorepeat_6664 ciona_repeat autorepeat_3322 ciona_repeat autorepeat_6665 ciona_repeat autorepeat_3323 ciona_repeat autorepeat_6666 ciona_repeat autorepeat_3324 ciona_repeat autorepeat_6667 ciona_repeat autorepeat_3325 ciona_repeat autorepeat_6668 ciona_repeat autorepeat_3326 ciona_repeat autorepeat_6669 ciona_repeat autorepeat_3327 ciona_repeat autorepeat_3328 ciona_repeat autorepeat_3329 ciona_repeat 114003..28747,102056..159596 DNA WIS21A_TA_LTR LTR/Copia (CGGG)n Simple_repeat autorepeat_210 ciona_repeat autorepeat_211 ciona_repeat autorepeat_212 ciona_repeat autorepeat_213 ciona_repeat autorepeat_214 ciona_repeat autorepeat_215 ciona_repeat 38856..109651 DNA autorepeat_216 ciona_repeat autorepeat_217 ciona_repeat OPIE2_I LTR/Maize autorepeat_218 ciona_repeat DNA21TA1_DR DNA autorepeat_219 ciona_repeat DMINCP31 DNA autorepeat_6670 ciona_repeat autorepeat_6671 ciona_repeat autorepeat_6672 ciona_repeat autorepeat_3330 ciona_repeat autorepeat_6673 ciona_repeat autorepeat_3331 ciona_repeat autorepeat_6674 ciona_repeat autorepeat_3332 ciona_repeat autorepeat_6675 ciona_repeat autorepeat_3333 ciona_repeat autorepeat_6676 ciona_repeat autorepeat_3334 ciona_repeat autorepeat_6677 ciona_repeat autorepeat_3335 ciona_repeat autorepeat_6678 ciona_repeat ATLINE1_1 LINE/L1 autorepeat_3336 ciona_repeat autorepeat_6679 ciona_repeat ATLINE1_2 LINE/L1 autorepeat_3337 ciona_repeat autorepeat_3338 ciona_repeat autorepeat_3339 ciona_repeat ATLINE1_4 LINE/L1 ATLINE1_5 LINE/L1 MAGELLAN LTR/Maize sequence, consensus sequence. ATLINE1_6 LINE/L1 MER83-internal LTR/Retroviral Hu-HBII-85 snoRNA Human HBII-85 gmeth?(unknown) c/d snoRNA gi|8896064|gb|AF250841.1|AF250841 autorepeat_220 ciona_repeat ATCOPIA40_LTR LTR/Copia autorepeat_221 ciona_repeat autorepeat_222 ciona_repeat autorepeat_223 ciona_repeat autorepeat_224 ciona_repeat autorepeat_225 ciona_repeat autorepeat_226 ciona_repeat autorepeat_227 ciona_repeat autorepeat_228 ciona_repeat autorepeat_229 ciona_repeat autorepeat_6680 ciona_repeat E_O36977 ensembl27437/trans POL POLYPROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_6681 ciona_repeat autorepeat_6682 ciona_repeat 107277..7178 DNA autorepeat_3340 ciona_repeat autorepeat_6683 ciona_repeat autorepeat_3341 ciona_repeat autorepeat_6684 ciona_repeat autorepeat_3342 ciona_repeat autorepeat_6685 ciona_repeat autorepeat_3343 ciona_repeat autorepeat_6686 ciona_repeat autorepeat_3344 ciona_repeat autorepeat_6687 ciona_repeat autorepeat_3345 ciona_repeat autorepeat_6688 ciona_repeat autorepeat_3346 ciona_repeat autorepeat_6689 ciona_repeat autorepeat_3347 ciona_repeat autorepeat_3348 ciona_repeat autorepeat_3349 ciona_repeat ATGAGPOL1 LTR/Gypsy Val.CAC tRNA autorepeat_230 ciona_repeat autorepeat_231 ciona_repeat autorepeat_232 ciona_repeat autorepeat_233 ciona_repeat autorepeat_234 ciona_repeat autorepeat_235 ciona_repeat autorepeat_236 ciona_repeat autorepeat_237 ciona_repeat autorepeat_238 ciona_repeat autorepeat_239 ciona_repeat autorepeat_6690 ciona_repeat Contig600 WI_ciona_repeat autorepeat_6691 ciona_repeat Contig601 WI_ciona_repeat autorepeat_6692 ciona_repeat Contig602 WI_ciona_repeat autorepeat_3350 ciona_repeat autorepeat_6693 ciona_repeat Contig603 WI_ciona_repeat autorepeat_3351 ciona_repeat autorepeat_6694 ciona_repeat Contig604 WI_ciona_repeat autorepeat_3352 ciona_repeat autorepeat_6695 ciona_repeat Contig605 WI_ciona_repeat autorepeat_3353 ciona_repeat autorepeat_6696 ciona_repeat autorepeat_3354 ciona_repeat autorepeat_6697 ciona_repeat Contig606 WI_ciona_repeat autorepeat_3355 ciona_repeat autorepeat_6698 ciona_repeat Lx2B LINE/L1 11% div (subfams in it) Contig607 WI_ciona_repeat autorepeat_3356 ciona_repeat autorepeat_6699 ciona_repeat Contig608 WI_ciona_repeat autorepeat_3357 ciona_repeat Contig609 WI_ciona_repeat autorepeat_3358 ciona_repeat autorepeat_3359 ciona_repeat MSPI_TV Satellite/Newt (Triturus vulgaris) ATGAGPOL1_LTR LTR/Gypsy autorepeat_240 ciona_repeat autorepeat_241 ciona_repeat SeC(e).TCA tRNA autorepeat_242 ciona_repeat autorepeat_243 ciona_repeat autorepeat_244 ciona_repeat autorepeat_245 ciona_repeat autorepeat_246 ciona_repeat autorepeat_247 ciona_repeat autorepeat_248 ciona_repeat autorepeat_249 ciona_repeat autorepeat_2700 ciona_repeat SINEC_old SINE/Lys 20%, but only 14% kimura outside CGs autorepeat_2701 ciona_repeat Contig610 WI_ciona_repeat autorepeat_2702 ciona_repeat Contig611 WI_ciona_repeat autorepeat_2703 ciona_repeat Contig612 WI_ciona_repeat autorepeat_2704 ciona_repeat autorepeat_3360 ciona_repeat Contig613 WI_ciona_repeat autorepeat_2705 ciona_repeat autorepeat_3361 ciona_repeat Contig614 WI_ciona_repeat autorepeat_2706 ciona_repeat autorepeat_3362 ciona_repeat autorepeat_2707 ciona_repeat autorepeat_3363 ciona_repeat ATCOPIA39_I LTR/Copia Contig615 WI_ciona_repeat autorepeat_2708 ciona_repeat autorepeat_3364 ciona_repeat Contig616 WI_ciona_repeat autorepeat_2709 ciona_repeat autorepeat_3365 ciona_repeat Contig617 WI_ciona_repeat autorepeat_3366 ciona_repeat Contig618 WI_ciona_repeat autorepeat_3367 ciona_repeat Contig619 WI_ciona_repeat autorepeat_3368 ciona_repeat Hu-U58a snoRNA Human U58a gemth c/d snoRNA intron ?? ?? 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(8674114) gi|1321843|emb|X96658.1|HSA18BSN L1MCb_5end LINE/L1 autorepeat_250 ciona_repeat autorepeat_251 ciona_repeat autorepeat_252 ciona_repeat autorepeat_253 ciona_repeat autorepeat_254 ciona_repeat autorepeat_255 ciona_repeat MER50B LTR/ERV1 15% autorepeat_256 ciona_repeat autorepeat_257 ciona_repeat ATCOPIA18LTR LTR/Copia autorepeat_258 ciona_repeat autorepeat_259 ciona_repeat autorepeat_2710 ciona_repeat autorepeat_2711 ciona_repeat Contig620 WI_ciona_repeat autorepeat_2712 ciona_repeat Contig621 WI_ciona_repeat autorepeat_2713 ciona_repeat Contig622 WI_ciona_repeat autorepeat_2714 ciona_repeat autorepeat_3370 ciona_repeat Contig623 WI_ciona_repeat autorepeat_2715 ciona_repeat autorepeat_3371 ciona_repeat autorepeat_2716 ciona_repeat autorepeat_3372 ciona_repeat GYPSY3LTR_DR LTR/Gypsy Contig624 WI_ciona_repeat autorepeat_2717 ciona_repeat autorepeat_3373 ciona_repeat Contig625 WI_ciona_repeat autorepeat_2718 ciona_repeat autorepeat_3374 ciona_repeat Contig626 WI_ciona_repeat autorepeat_2719 ciona_repeat autorepeat_3375 ciona_repeat Contig627 WI_ciona_repeat autorepeat_3376 ciona_repeat Contig628 WI_ciona_repeat autorepeat_3377 ciona_repeat Contig629 WI_ciona_repeat autorepeat_3378 ciona_repeat autorepeat_3379 ciona_repeat gi|159615|gb|M93690.1|MSQRT1RET DNA L1P3b_5end LINE/L1 autorepeat_260 ciona_repeat autorepeat_261 ciona_repeat autorepeat_262 ciona_repeat autorepeat_263 ciona_repeat MER51A LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication (13% div) autorepeat_264 ciona_repeat MER51B LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication (10% div) autorepeat_265 ciona_repeat autorepeat_266 ciona_repeat MER51C LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_267 ciona_repeat MER51D LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication (10% div) autorepeat_268 ciona_repeat MER51E LTR/ERV1 DM297_I LTR/Gypsy autorepeat_269 ciona_repeat autorepeat_2720 ciona_repeat autorepeat_2721 ciona_repeat Contig630 WI_ciona_repeat autorepeat_2722 ciona_repeat Contig631 WI_ciona_repeat autorepeat_2723 ciona_repeat Contig632 WI_ciona_repeat autorepeat_2724 ciona_repeat autorepeat_3380 ciona_repeat autorepeat_2725 ciona_repeat autorepeat_3381 ciona_repeat Contig633 WI_ciona_repeat autorepeat_2726 ciona_repeat autorepeat_3382 ciona_repeat Contig634 WI_ciona_repeat autorepeat_2727 ciona_repeat autorepeat_3383 ciona_repeat Contig635 WI_ciona_repeat autorepeat_2728 ciona_repeat autorepeat_3384 ciona_repeat Contig636 WI_ciona_repeat autorepeat_2729 ciona_repeat autorepeat_3385 ciona_repeat (GGGGA)n Simple_repeat Contig637 WI_ciona_repeat autorepeat_3386 ciona_repeat Contig638 WI_ciona_repeat autorepeat_3387 ciona_repeat Contig639 WI_ciona_repeat autorepeat_3388 ciona_repeat autorepeat_3389 ciona_repeat RCS5 Satellite ATCOPIA32_LTR LTR/Copia autorepeat_270 ciona_repeat autorepeat_271 ciona_repeat E_O62616 ensembl18661/low_complexity TRANSPOSASE. autorepeat_272 ciona_repeat autorepeat_273 ciona_repeat MER52A LTR/ERV1 mer4 group 19% autorepeat_274 ciona_repeat autorepeat_275 ciona_repeat autorepeat_276 ciona_repeat MER52C LTR/ERV1 mer4 group 11% div autorepeat_277 ciona_repeat SSNHEI Unknown/Salmon (Salmo salar) MER52D LTR/ERV1 autorepeat_278 ciona_repeat autorepeat_279 ciona_repeat autorepeat_2730 ciona_repeat autorepeat_2731 ciona_repeat E_Q963T9 ensembl52572/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig640 WI_ciona_repeat autorepeat_2732 ciona_repeat Contig641 WI_ciona_repeat autorepeat_2733 ciona_repeat autorepeat_2734 ciona_repeat autorepeat_3390 ciona_repeat Contig642 WI_ciona_repeat autorepeat_2735 ciona_repeat autorepeat_3391 ciona_repeat Contig643 WI_ciona_repeat autorepeat_2736 ciona_repeat autorepeat_3392 ciona_repeat Contig644 WI_ciona_repeat autorepeat_2737 ciona_repeat autorepeat_3393 ciona_repeat Contig645 WI_ciona_repeat autorepeat_2738 ciona_repeat autorepeat_3394 ciona_repeat Contig646 WI_ciona_repeat autorepeat_2739 ciona_repeat autorepeat_3395 ciona_repeat Contig647 WI_ciona_repeat autorepeat_3396 ciona_repeat Contig648 WI_ciona_repeat autorepeat_3397 ciona_repeat Contig649 WI_ciona_repeat autorepeat_3398 ciona_repeat autorepeat_3399 ciona_repeat autorepeat_280 ciona_repeat autorepeat_281 ciona_repeat autorepeat_282 ciona_repeat autorepeat_283 ciona_repeat autorepeat_284 ciona_repeat autorepeat_285 ciona_repeat autorepeat_286 ciona_repeat autorepeat_287 ciona_repeat autorepeat_288 ciona_repeat autorepeat_289 ciona_repeat autorepeat_2740 ciona_repeat autorepeat_2741 ciona_repeat Contig650 WI_ciona_repeat autorepeat_2742 ciona_repeat autorepeat_2743 ciona_repeat Contig651 WI_ciona_repeat autorepeat_2744 ciona_repeat Contig652 WI_ciona_repeat autorepeat_2745 ciona_repeat Contig653 WI_ciona_repeat autorepeat_2746 ciona_repeat Contig654 WI_ciona_repeat autorepeat_2747 ciona_repeat Contig655 WI_ciona_repeat autorepeat_2748 ciona_repeat Contig656 WI_ciona_repeat autorepeat_2749 ciona_repeat E_O49920 ensembl15887/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig657 WI_ciona_repeat Contig658 WI_ciona_repeat Contig659 WI_ciona_repeat TOM_LTR LTR/Gypsy 55712,83652..89771 DNA E_Q95NG9 ensembl26552/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). ATCOPIA52LTR LTR/Copia autorepeat_290 ciona_repeat ECE1LTR LTR/ERV autorepeat_291 ciona_repeat ACRO1 Satellite/acromeric in all short arms of acromeric chromosomes autorepeat_292 ciona_repeat autorepeat_293 ciona_repeat (CGAA)n Simple_repeat autorepeat_294 ciona_repeat MER54A LTR/ERVL mer73-type 19% div autorepeat_295 ciona_repeat MER54B LTR/ERVL mer73-type 17% div autorepeat_296 ciona_repeat autorepeat_297 ciona_repeat autorepeat_298 ciona_repeat autorepeat_299 ciona_repeat autorepeat_2750 ciona_repeat autorepeat_2751 ciona_repeat autorepeat_2752 ciona_repeat Contig660 WI_ciona_repeat autorepeat_2753 ciona_repeat Contig661 WI_ciona_repeat autorepeat_2754 ciona_repeat Contig662 WI_ciona_repeat autorepeat_2755 ciona_repeat Contig663 WI_ciona_repeat autorepeat_2756 ciona_repeat Contig664 WI_ciona_repeat autorepeat_2757 ciona_repeat Contig665 WI_ciona_repeat autorepeat_2758 ciona_repeat Contig666 WI_ciona_repeat LINE2B_CE LINE/CR1 autorepeat_2759 ciona_repeat Contig667 WI_ciona_repeat Contig668 WI_ciona_repeat Contig669 WI_ciona_repeat E_O44988 ensembl9735/trans K09H9.4 PROTEIN. autorepeat_2760 ciona_repeat autorepeat_2761 ciona_repeat autorepeat_2762 ciona_repeat Contig670 WI_ciona_repeat autorepeat_2763 ciona_repeat Contig671 WI_ciona_repeat autorepeat_2764 ciona_repeat Contig672 WI_ciona_repeat autorepeat_2765 ciona_repeat Contig673 WI_ciona_repeat autorepeat_2766 ciona_repeat Contig674 WI_ciona_repeat autorepeat_2767 ciona_repeat Contig675 WI_ciona_repeat autorepeat_2768 ciona_repeat Contig676 WI_ciona_repeat autorepeat_2769 ciona_repeat Contig677 WI_ciona_repeat Contig678 WI_ciona_repeat gi|18087058|gb|AF387850.1|AF387850 DNA Contig679 WI_ciona_repeat G_DM LINE/Jockey Chaplin5_FR DNA/MER1 quite similar to Charlie1; most copies Chaplin5a; bp 592-2154 not a consensus gi|5804803|emb|AJ006557.1|AFU6557 DNA REM1_XL DNA autorepeat_2770 ciona_repeat autorepeat_2771 ciona_repeat autorepeat_2772 ciona_repeat Contig680 WI_ciona_repeat autorepeat_2773 ciona_repeat Contig681 WI_ciona_repeat autorepeat_2774 ciona_repeat Contig682 WI_ciona_repeat autorepeat_2775 ciona_repeat Contig683 WI_ciona_repeat autorepeat_2776 ciona_repeat Contig684 WI_ciona_repeat autorepeat_2777 ciona_repeat Contig685 WI_ciona_repeat (CAGT)n Simple_repeat autorepeat_2778 ciona_repeat Contig686 WI_ciona_repeat autorepeat_2779 ciona_repeat Contig687 WI_ciona_repeat Contig688 WI_ciona_repeat Contig689 WI_ciona_repeat ATCOPIA38ALTR LTR/Copia LTR1_CE LTR ATTIRTA1 DNA/Tc1 transposon. 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Dr000130 Recon Dr000131 Recon Dr000132 Recon Dr000133 Recon Dr000134 Recon Dr000135 Recon Dr000136 Recon Dr000137 Recon Dr000138 Recon Dr000139 Recon Gly.CCC tRNA HERVK11D LTR/ERVK MER11D LTRs MLT-int LTR/MaLR MLT1A1 pTR5 LTR/ERV1 (includes part of LTR12/HERV9) Dr000140 Recon Dr000141 Recon Dr000142 Recon Dr000143 Recon Dr000144 Recon Dr000145 Recon Dr000146 Recon Dr000147 Recon Dr000148 Recon Dr000149 Recon E_Q962E2 ensembl12263/low_complexity POL PROTEIN. TNR8_OS DNA/ E_O76197 ensembl105211/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). gi|3095140|gb|AF054223.1|AF054223 DNA gi|18029447|gb|AF387862.1|AF387862 DNA Dr000150 Recon Dr000151 Recon Dr000152 Recon Dr000153 Recon Dr000154 Recon Dr000155 Recon Dr000156 Recon Dr000157 Recon Dr000158 Recon Dr000159 Recon SUBTEL_sat Satellite TEKAY_LTR LTR/Gypsy Arabidopsis LTR from gypsy/Ty3-type retrotransposon TEKAY. 58318,143296..169330,149205 DNA Dr000160 Recon Dr000161 Recon 70717..3453,88444 DNA Dr000162 Recon Dr000163 Recon Dr000164 Recon Dr000165 Recon Dr000166 Recon Dr000167 Recon Dr000168 Recon Dr000169 Recon HERVK14C LTR/ERVK LTR14C S2_DM DNA/Tc1 TEKAYI LTR/Gypsy COPIA_LTR LTR/Copia Drosophila melanogaster transposable element copia. Dr000170 Recon Dr000171 Recon gi|18001004|gb|AF295693.1|AF295693 DNA Dr000172 Recon Hu-Z17a snoRNA Human Z17a gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|3176037|HSA224024 targets Um121 Dr000173 Recon Hu-Z17b snoRNA Human Z17b gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|317603|HSA224025 targets Um121 Dr000174 Recon Dr000175 Recon Dr000176 Recon Dr000177 Recon Dr000178 Recon 60752 DNA Dr000179 Recon CR1L LINE/CR1 VI_XL DNA autorepeat_7300 ciona_repeat autorepeat_7301 ciona_repeat autorepeat_7302 ciona_repeat autorepeat_7303 ciona_repeat autorepeat_7304 ciona_repeat autorepeat_7305 ciona_repeat autorepeat_7306 ciona_repeat MER5A1 DNA/MER1_type autorepeat_7307 ciona_repeat autorepeat_7308 ciona_repeat ATCOPIA85_I LTR/Copia Dr000180 Recon LINEJ1_DM LINE/Jockey D.melanogaster LINE element J-1. autorepeat_7309 ciona_repeat Dr000181 Recon Tigger2a DNA/MER2_type (MER28) 14% div Dr000182 Recon Dr000183 Recon Dr000184 Recon Dr000185 Recon Dr000186 Recon Dr000187 Recon gi|159633|gb|M35464.1|MSQRTR1M DNA Dr000188 Recon Dr000189 Recon E_O89815 ensembl14779/trans POL POLYPROTEIN (FRAGMENT). ATCOPIA71LTR LTR/Copia DM_YOYO DNA autorepeat_7310 ciona_repeat autorepeat_7311 ciona_repeat autorepeat_7312 ciona_repeat autorepeat_7313 ciona_repeat autorepeat_7314 ciona_repeat autorepeat_7315 ciona_repeat autorepeat_7316 ciona_repeat autorepeat_7317 ciona_repeat autorepeat_7318 ciona_repeat autorepeat_7319 ciona_repeat Dr000190 Recon Dr000191 Recon Tigger3a DNA/MER2_type (MER7A) 15% div Dr000192 Recon Dr000193 Recon Tigger3c DNA/MER2_type (MER7C) 15% div Dr000194 Recon Tigger3d DNA/MER2_type (GOLEM_C) Dr000195 Recon Dr000196 Recon Dr000197 Recon Dr000198 Recon Dr000199 Recon LLME LINE/L1 Hu-U82a_Z25 snoRNA Human U82a_Z25 gmeth c/d snoRNA intron 5 nucleolin gi|4995297|emb|AJ011568.1|HSA011568 TC2_FR1a DNA/TC2 3.5% Kimura TC2_FR1b DNA/TC2 3.5% Kimura drr800 Waterman drr801 Waterman drr802 Waterman drr803 Waterman drr804 Waterman DNAREP1_DM DNA drr805 Waterman drr806 Waterman E_Q19923 ensembl4958/low_complexity HYPOTHETICAL 42.0 KDA PROTEIN. drr807 Waterman drr808 Waterman drr809 Waterman autorepeat_7320 ciona_repeat autorepeat_7321 ciona_repeat autorepeat_7322 ciona_repeat autorepeat_7323 ciona_repeat autorepeat_7324 ciona_repeat autorepeat_7325 ciona_repeat autorepeat_7326 ciona_repeat autorepeat_7327 ciona_repeat autorepeat_7328 ciona_repeat autorepeat_7329 ciona_repeat Tigger4a DNA/MER2_type (MER46A) 14% div Tigger4b DNA/MER2_type (MER46B) 14% div CR1DR1 LINE/L2 CR1DR2 LINE/L2 TC2_FR2a DNA/TC2 TC2_FR3A DNA/TC2 Closest sim at prot level to to TC2_FR2; 7.5% subst. Not complete coding seq. drr810 Waterman drr811 Waterman drr812 Waterman drr813 Waterman drr814 Waterman drr815 Waterman gi|5804800|emb|AJ006555.1|AST6555 DNA drr816 Waterman drr817 Waterman drr818 Waterman drr819 Waterman autorepeat_7330 ciona_repeat FERV-R_LTR LTR/ERV1 autorepeat_7331 ciona_repeat autorepeat_7332 ciona_repeat autorepeat_7333 ciona_repeat autorepeat_7334 ciona_repeat autorepeat_7335 ciona_repeat DMHPRT3 DNA autorepeat_7336 ciona_repeat autorepeat_7337 ciona_repeat autorepeat_7338 ciona_repeat autorepeat_7339 ciona_repeat MER65-int LTR/ERV1 mer4 group E_Q9ZTP1 ensembl8370/trans PRPOL (FRAGMENT). drr820 Waterman drr821 Waterman drr822 Waterman drr823 Waterman drr824 Waterman drr825 Waterman E_Q9AVM8 ensembl8249/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr826 Waterman drr827 Waterman Beagle DNA drr828 Waterman drr829 Waterman autorepeat_7340 ciona_repeat autorepeat_7341 ciona_repeat autorepeat_4000 ciona_repeat autorepeat_7342 ciona_repeat ATENSAT1 Satellite autorepeat_4001 ciona_repeat autorepeat_7343 ciona_repeat ATENSAT2 Satellite autorepeat_4002 ciona_repeat autorepeat_7344 ciona_repeat autorepeat_7345 ciona_repeat autorepeat_4003 ciona_repeat autorepeat_7346 ciona_repeat autorepeat_4004 ciona_repeat autorepeat_7347 ciona_repeat autorepeat_4005 ciona_repeat autorepeat_7348 ciona_repeat autorepeat_4006 ciona_repeat autorepeat_7349 ciona_repeat autorepeat_4007 ciona_repeat Tigger6a DNA/MER2_type 14% occurs in mouse: horizontal or vertical, appears same sequence autorepeat_4008 ciona_repeat Tigger6b DNA/MER2_type 14% autorepeat_4009 ciona_repeat L1MM_5000 LINE/L1 ATLANTYS1_I LTR/Gypsy CR1-B1a LINE/CR1 7.5% and lower (B', CR1_GG) CR1-B1b LINE/CR1 12% (B') BUR1 Composite (Big Ugly Repeat 1) TC2_FR4a DNA/TC2 closest similarity to TC2_FR2; 2% div, TA duplication; lot younger than TC2_FR4, independent invasion or evolution in genome? drr830 Waterman drr831 Waterman drr832 Waterman drr833 Waterman drr834 Waterman drr835 Waterman L1F_5end LINE/L1 drr836 Waterman drr837 Waterman drr838 Waterman drr839 Waterman autorepeat_7350 ciona_repeat autorepeat_7351 ciona_repeat autorepeat_4010 ciona_repeat autorepeat_7352 ciona_repeat autorepeat_4011 ciona_repeat autorepeat_7353 ciona_repeat autorepeat_7354 ciona_repeat autorepeat_4012 ciona_repeat autorepeat_7355 ciona_repeat autorepeat_4013 ciona_repeat autorepeat_7356 ciona_repeat HARBINGERN4_DR DNA autorepeat_4014 ciona_repeat autorepeat_7357 ciona_repeat autorepeat_4015 ciona_repeat autorepeat_7358 ciona_repeat autorepeat_4016 ciona_repeat autorepeat_7359 ciona_repeat autorepeat_4017 ciona_repeat autorepeat_4018 ciona_repeat autorepeat_4019 ciona_repeat CR1-B2a LINE/CR1 16% (A') CR1-B2b LINE/CR1 17% (A') CR1-B2c LINE/CR1 18% (A') drr840 Waterman drr841 Waterman drr842 Waterman MINOS DNA/Tc1 D.hydei minos transposon-like element encoding transposase. drr843 Waterman drr844 Waterman drr845 Waterman autorepeat_6700 ciona_repeat drr846 Waterman autorepeat_6701 ciona_repeat Ala.AGC tRNA drr847 Waterman gi|4099806|gb|U89801.1|AGU89801 DNA autorepeat_6702 ciona_repeat drr848 Waterman autorepeat_6703 ciona_repeat drr849 Waterman autorepeat_6704 ciona_repeat autorepeat_7360 ciona_repeat autorepeat_6705 ciona_repeat autorepeat_7361 ciona_repeat autorepeat_4020 ciona_repeat autorepeat_6706 ciona_repeat autorepeat_7362 ciona_repeat autorepeat_6707 ciona_repeat autorepeat_7363 ciona_repeat autorepeat_4021 ciona_repeat autorepeat_6708 ciona_repeat autorepeat_7364 ciona_repeat ATCOPIA79_I LTR/Copia (CATCT)n Simple_repeat autorepeat_4022 ciona_repeat autorepeat_6709 ciona_repeat autorepeat_7365 ciona_repeat autorepeat_4023 ciona_repeat autorepeat_7366 ciona_repeat autorepeat_4024 ciona_repeat autorepeat_7367 ciona_repeat autorepeat_4025 ciona_repeat autorepeat_7368 ciona_repeat autorepeat_4026 ciona_repeat autorepeat_7369 ciona_repeat autorepeat_4027 ciona_repeat autorepeat_4028 ciona_repeat autorepeat_4029 ciona_repeat CR1-B3a LINE/CR1 4% (C') MSTB1 LTR/MaLR TC2_FR6a DNA/TC2 2.2% subst level. MSTB2 LTR/MaLR drr850 Waterman drr851 Waterman drr852 Waterman drr853 Waterman drr854 Waterman drr855 Waterman autorepeat_6710 ciona_repeat drr856 Waterman autorepeat_6711 ciona_repeat drr857 Waterman autorepeat_6712 ciona_repeat drr858 Waterman autorepeat_6713 ciona_repeat drr859 Waterman autorepeat_6714 ciona_repeat autorepeat_7370 ciona_repeat autorepeat_6715 ciona_repeat autorepeat_7371 ciona_repeat autorepeat_6716 ciona_repeat autorepeat_7372 ciona_repeat autorepeat_4030 ciona_repeat autorepeat_6717 ciona_repeat autorepeat_7373 ciona_repeat autorepeat_4031 ciona_repeat autorepeat_6718 ciona_repeat autorepeat_7374 ciona_repeat autorepeat_4032 ciona_repeat autorepeat_6719 ciona_repeat autorepeat_7375 ciona_repeat autorepeat_4033 ciona_repeat autorepeat_7376 ciona_repeat autorepeat_4034 ciona_repeat autorepeat_7377 ciona_repeat autorepeat_4035 ciona_repeat autorepeat_7378 ciona_repeat autorepeat_4036 ciona_repeat autorepeat_7379 ciona_repeat autorepeat_4037 ciona_repeat autorepeat_4038 ciona_repeat autorepeat_4039 ciona_repeat CR1-B4a LINE/CR1 12% CR1-B4b LINE/CR1 19% DS_ZM DNA/HAT drr860 Waterman drr861 Waterman drr862 Waterman drr863 Waterman drr864 Waterman drr865 Waterman META1_LTR LTR/Copia autorepeat_6720 ciona_repeat drr866 Waterman autorepeat_6721 ciona_repeat drr867 Waterman autorepeat_6722 ciona_repeat drr868 Waterman ATGP6LTR LTR/Gypsy autorepeat_6723 ciona_repeat drr869 Waterman autorepeat_6724 ciona_repeat autorepeat_7380 ciona_repeat autorepeat_6725 ciona_repeat autorepeat_7381 ciona_repeat 174936..177278 DNA autorepeat_6726 ciona_repeat autorepeat_7382 ciona_repeat autorepeat_4040 ciona_repeat autorepeat_6727 ciona_repeat autorepeat_7383 ciona_repeat autorepeat_4041 ciona_repeat autorepeat_6728 ciona_repeat autorepeat_7384 ciona_repeat autorepeat_4042 ciona_repeat autorepeat_6729 ciona_repeat autorepeat_7385 ciona_repeat autorepeat_4043 ciona_repeat autorepeat_7386 ciona_repeat autorepeat_4044 ciona_repeat autorepeat_7387 ciona_repeat autorepeat_4045 ciona_repeat autorepeat_7388 ciona_repeat autorepeat_4046 ciona_repeat autorepeat_7389 ciona_repeat MER57-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_4047 ciona_repeat autorepeat_4048 ciona_repeat gi|159626|gb|M35453.1|MSQRTR1F DNA autorepeat_4049 ciona_repeat CR1-B5a LINE/CR1 14% (D') CR1-B5b LINE/CR1 15% (D') drr870 Waterman drr871 Waterman drr872 Waterman drr873 Waterman drr874 Waterman drr875 Waterman autorepeat_6730 ciona_repeat drr876 Waterman autorepeat_6731 ciona_repeat drr877 Waterman autorepeat_6732 ciona_repeat drr878 Waterman autorepeat_6733 ciona_repeat drr879 Waterman NINJA_LTR LTR/PAO LTR from retrotransposon NINJA. autorepeat_6734 ciona_repeat autorepeat_7390 ciona_repeat autorepeat_6735 ciona_repeat autorepeat_7391 ciona_repeat autorepeat_6736 ciona_repeat autorepeat_7392 ciona_repeat autorepeat_4050 ciona_repeat autorepeat_6737 ciona_repeat autorepeat_7393 ciona_repeat autorepeat_4051 ciona_repeat autorepeat_6738 ciona_repeat autorepeat_7394 ciona_repeat autorepeat_4052 ciona_repeat autorepeat_6739 ciona_repeat autorepeat_7395 ciona_repeat autorepeat_4053 ciona_repeat autorepeat_7396 ciona_repeat autorepeat_4054 ciona_repeat autorepeat_7397 ciona_repeat (CCCCAG)n Simple_repeat autorepeat_4055 ciona_repeat autorepeat_7398 ciona_repeat autorepeat_4056 ciona_repeat autorepeat_7399 ciona_repeat autorepeat_4057 ciona_repeat autorepeat_4058 ciona_repeat autorepeat_4059 ciona_repeat CR1-B6a LINE/CR1 20% (E') CR1-B6b LINE/CR1 24% (E') E_P03554 ensembl17408/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. drr880 Waterman drr881 Waterman drr882 Waterman TEKAY_ZM_I LTR/Gypsy drr883 Waterman drr884 Waterman drr885 Waterman autorepeat_6740 ciona_repeat drr886 Waterman autorepeat_6741 ciona_repeat drr887 Waterman autorepeat_6742 ciona_repeat drr888 Waterman autorepeat_3400 ciona_repeat autorepeat_6743 ciona_repeat drr889 Waterman autorepeat_3401 ciona_repeat autorepeat_6744 ciona_repeat autorepeat_3402 ciona_repeat autorepeat_6745 ciona_repeat autorepeat_3403 ciona_repeat autorepeat_6746 ciona_repeat autorepeat_3404 ciona_repeat autorepeat_4060 ciona_repeat autorepeat_6747 ciona_repeat autorepeat_3405 ciona_repeat autorepeat_4061 ciona_repeat autorepeat_6748 ciona_repeat ATCOPIA32B_I LTR/Copia autorepeat_3406 ciona_repeat autorepeat_4062 ciona_repeat autorepeat_6749 ciona_repeat autorepeat_3407 ciona_repeat autorepeat_4063 ciona_repeat autorepeat_3408 ciona_repeat autorepeat_4064 ciona_repeat ATCOPIA46_I LTR/Copia E_Q9BM81 ensembl6935/low_complexity GAG-POL POLYPROTEIN. autorepeat_3409 ciona_repeat autorepeat_4065 ciona_repeat autorepeat_4066 ciona_repeat autorepeat_4067 ciona_repeat autorepeat_4068 ciona_repeat CERP16 Unknown autorepeat_4069 ciona_repeat MURVYLTR LTR/Retroviral ATCOPIA56LTR LTR/Copia ATENSPM1 DNA/En-Spm Hu-U16 snoRNA Human U16 gmeth c/d snoRNA intron ?? L1h ribosomal protein gi|394721|emb|X72205.1|HSL1H ATENSPM2 DNA/En-Spm ATENSPM3 DNA/En-Spm Hu-U18 snoRNA Human U18 gmeth c/d snoRNA intron 2? ribosomal protein L4? 28S No GENBANK entry. Literature PMID|7507233 drr890 Waterman ATENSPM4 DNA/En-Spm Hu-U19 snoRNA Human U19 pu haca snoRNA intron of non-coding protein gene(see PMID|98292204 gi|1296741|emb|X94290|HSSNRNAHL drr891 Waterman Tc1-4_DR DNA/TC1 ATENSPM5 DNA/En-Spm drr892 Waterman ATENSPM6 DNA/En-Spm drr893 Waterman ATENSPM7 DNA/En-Spm drr894 Waterman ATENSPM8 DNA/En-Spm drr895 Waterman autorepeat_6750 ciona_repeat ATENSPM9 DNA/En-Spm drr896 Waterman autorepeat_6751 ciona_repeat drr897 Waterman tRNA-Cys-TGC tRNA L1M3a_5end LINE/L1 autorepeat_6752 ciona_repeat drr898 Waterman autorepeat_3410 ciona_repeat autorepeat_6753 ciona_repeat drr899 Waterman autorepeat_3411 ciona_repeat autorepeat_6754 ciona_repeat autorepeat_3412 ciona_repeat autorepeat_6755 ciona_repeat tRNA-Trp-TGG tRNA autorepeat_3413 ciona_repeat autorepeat_6756 ciona_repeat autorepeat_3414 ciona_repeat autorepeat_4070 ciona_repeat autorepeat_6757 ciona_repeat autorepeat_3415 ciona_repeat autorepeat_4071 ciona_repeat autorepeat_6758 ciona_repeat LINE2F_CE LINE/CR1 autorepeat_3416 ciona_repeat autorepeat_4072 ciona_repeat autorepeat_6759 ciona_repeat autorepeat_3417 ciona_repeat autorepeat_4073 ciona_repeat autorepeat_3418 ciona_repeat autorepeat_4074 ciona_repeat autorepeat_3419 ciona_repeat autorepeat_4075 ciona_repeat autorepeat_4076 ciona_repeat autorepeat_4077 ciona_repeat E_Q95NZ6 ensembl41950/trans HYPOTHETICAL PROTEIN B0302.6 (B0302.6 PROTEIN). autorepeat_4078 ciona_repeat autorepeat_4079 ciona_repeat (CGAAG)n Simple_repeat Hu-U20 snoRNA Human U20 gmeth c/d snoRNA intron 11 nucleolin gi|536776|emb|Z34290.1|HSSNRU20 Hu-U21 snoRNA Human U21 gmeth c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein L5 gi|562758:944-1038 Hu-U22 snoRNA Human U22 gmeth c/d snoRNA intron 9 UHG gi|598240:797-921, autorepeat_300 ciona_repeat LTR57-int LTR/ERVL Hu-U23 snoRNA Human U23 pu haca snoRNA gi|3334736|emb|AJ007015.1|HSA7015 autorepeat_301 ciona_repeat Hu-U24 snoRNA Human U24 gmeth c/d snoRNA intron 2? ribosomal protein L7a gi|929665|emb|Z48764.1|HSU24SNRN autorepeat_302 ciona_repeat tRNA-Cys-TGY tRNA Hu-U25 snoRNA Human U25 gmeth c/d snoRNA intron 1 UHG gi|3420903|AF081279,346-412 autorepeat_303 ciona_repeat (CG)n Simple_repeat Hu-U26 snoRNA Human U26 gmeth c/d snoRNA intron 2 UHG gi|1200185 E_Q9LJA7 ensembl3533/trans SIMILARITY TO EN/SPM-LIKE TRANSPOSON PROTEIN. autorepeat_304 ciona_repeat Hu-U27 snoRNA Human U27 gmeth c/d snoRNA intron 3 UHG gi|1200185:1298-1369 autorepeat_305 ciona_repeat Hu-U28 snoRNA Human U28 gmeth c/d snoRNA intron 4 UHG gi|1200185:1686-1760 autorepeat_306 ciona_repeat Hu-U29 snoRNA Human U29 gmeth c/d snoRNA intron 6 UHG gi|1200185:2415-2479 autorepeat_307 ciona_repeat gi|4099812|gb|U89804.1|AGU89804 DNA autorepeat_308 ciona_repeat autorepeat_309 ciona_repeat gi|3095130|gb|AF054218.1|AF054218 DNA autorepeat_6760 ciona_repeat autorepeat_6761 ciona_repeat autorepeat_6762 ciona_repeat autorepeat_3420 ciona_repeat autorepeat_6763 ciona_repeat INVADER3_I LTR/Gypsy autorepeat_3421 ciona_repeat autorepeat_6764 ciona_repeat autorepeat_3422 ciona_repeat autorepeat_6765 ciona_repeat autorepeat_3423 ciona_repeat autorepeat_6766 ciona_repeat autorepeat_3424 ciona_repeat autorepeat_4080 ciona_repeat autorepeat_6767 ciona_repeat autorepeat_3425 ciona_repeat autorepeat_4081 ciona_repeat autorepeat_6768 ciona_repeat DME278684 DNA autorepeat_3426 ciona_repeat autorepeat_4082 ciona_repeat autorepeat_6769 ciona_repeat autorepeat_3427 ciona_repeat autorepeat_4083 ciona_repeat autorepeat_3428 ciona_repeat autorepeat_4084 ciona_repeat autorepeat_3429 ciona_repeat autorepeat_4085 ciona_repeat E_Q963Z1 ensembl6864/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4086 ciona_repeat autorepeat_4087 ciona_repeat gi|5804797|emb|AJ006553.1|AAR6553 DNA autorepeat_4088 ciona_repeat autorepeat_4089 ciona_repeat Hu-U30 snoRNA Human U30 gmeth c/d snoRNA intron 7 UHG gi|1200185:2651-2720 Hu-U31 snoRNA Human U31 gmeth c/d snoRNA intron 8 UHG gi|1200185:2989-3056 Hu-U32 snoRNA Human U32 gmeth c/d snoRNA intron 2 ribosomal protein L13a gi|1770523:88-163 autorepeat_310 ciona_repeat Hu-U33 snoRNA Human U33 gmeth C/D box snoRNA intron 4 ribosomal protein L13a gi|1770728:98-175 autorepeat_311 ciona_repeat Hu-U34 snoRNA Human U34 gmeth C/D snoRNA intron 5 ribosomal protein L13a gi|1770729 autorepeat_312 ciona_repeat Hu-U35 snoRNA Human U35 gmeth C/D snoRNA intron 6 ribosomal protein L13a gi|1770730:136-212 autorepeat_313 ciona_repeat autorepeat_314 ciona_repeat Hu-U37 snoRNA Human U37 gmeth C/D snoRNA intron 4 elongation factor 2 gi|1770733:153-218, autorepeat_315 ciona_repeat autorepeat_316 ciona_repeat DMYRETTR3 DNA autorepeat_317 ciona_repeat DMYRETTR4 DNA autorepeat_318 ciona_repeat DMYRETTR5 DNA MAIAPLTR LTR/Retroviral autorepeat_319 ciona_repeat DMYRETTR6 DNA HERV3 LTR/ERV1 15% div, with LTR4s autorepeat_6770 ciona_repeat autorepeat_6771 ciona_repeat autorepeat_6772 ciona_repeat autorepeat_3430 ciona_repeat autorepeat_6773 ciona_repeat autorepeat_3431 ciona_repeat autorepeat_6774 ciona_repeat HERV9 LTR/ERV1 LTR12 autorepeat_3432 ciona_repeat autorepeat_6775 ciona_repeat autorepeat_3433 ciona_repeat autorepeat_6776 ciona_repeat autorepeat_3434 ciona_repeat autorepeat_4090 ciona_repeat autorepeat_6777 ciona_repeat autorepeat_3435 ciona_repeat autorepeat_4091 ciona_repeat autorepeat_6778 ciona_repeat autorepeat_3436 ciona_repeat autorepeat_4092 ciona_repeat autorepeat_6779 ciona_repeat autorepeat_3437 ciona_repeat autorepeat_4093 ciona_repeat E_Q9TXT0 ensembl21422/low_complexity HYPOTHETICAL 55.5 KDA PROTEIN. autorepeat_3438 ciona_repeat autorepeat_4094 ciona_repeat autorepeat_3439 ciona_repeat autorepeat_4095 ciona_repeat autorepeat_4096 ciona_repeat SINEC_CF SINE/dog autorepeat_4097 ciona_repeat autorepeat_4098 ciona_repeat autorepeat_4099 ciona_repeat HERVE LTR/ERV1 LTR2 BURDOCK_LTR LTR/Gypsy LTR from D.melanogaster BURDOCK retrotransposon. IR3_CE DNA HERVH LTR/ERV1 LTR7 E_Q963W0 ensembl3266/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). HERVI LTR/ERV1 LTR10 Hu-U41 snoRNA Human U41 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321845|emb|X96640.1|HSA1SN Hu-U42 snoRNA Human U42 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321848|emb|X96641.1|HSA2SN autorepeat_320 ciona_repeat Hu-U43 snoRNA Human U43 gmeth c/d snoRNA intron 1 rpl3 gene gi|7159731|emb|AJ238853.1|HSA238853 autorepeat_321 ciona_repeat HERVK LTR/ERVK LTR5 Hu-U44 snoRNA Human U44 gmeth c/d snoRNA intron 5 gas5 (99038196) gi|1321850|emb|X96643.1|HSA4SN autorepeat_322 ciona_repeat HERVL LTR/ERVL 8% div MLT2A1/A2 LTRs autorepeat_323 ciona_repeat autorepeat_324 ciona_repeat Hu-U47 snoRNA Human U47 gmeth c/d box snoRNA intron 10 gas5 (99038196) gi|5031292:3549-3613, autorepeat_325 ciona_repeat Hu-U48 snoRNA Human U48 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321855|emb|X96648.1|HSA8SN autorepeat_326 ciona_repeat Hu-U49 snoRNA Human U49 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321856|emb|X96649.1|HSA9SN autorepeat_327 ciona_repeat autorepeat_328 ciona_repeat HERVR LTR/ERV1 autorepeat_329 ciona_repeat autorepeat_6780 ciona_repeat E_Q9NBI3 ensembl9016/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_6781 ciona_repeat autorepeat_6782 ciona_repeat autorepeat_3440 ciona_repeat autorepeat_6783 ciona_repeat autorepeat_3441 ciona_repeat autorepeat_6784 ciona_repeat autorepeat_3442 ciona_repeat autorepeat_6785 ciona_repeat autorepeat_3443 ciona_repeat autorepeat_6786 ciona_repeat autorepeat_3444 ciona_repeat autorepeat_6787 ciona_repeat autorepeat_3445 ciona_repeat autorepeat_6788 ciona_repeat ATCOPIA90LTR LTR/Copia autorepeat_3446 ciona_repeat autorepeat_6789 ciona_repeat autorepeat_3447 ciona_repeat E_Q17569 ensembl63512/trans C01G5.6 PROTEIN. autorepeat_3448 ciona_repeat Hu-E2 snoRNA Human E2 pu haca snoRNA intron 4 37kD laminin receptor precursor/p40 ribosome associated protein gi|174905|HUME2SNRNA autorepeat_3449 ciona_repeat Hu-E3 snoRNA Human E3 pu haca snoRNA intron8 translation initiation factor 4AII gi|409222|HUMSNE32X SINEC_Cf SINE/Lys 5% (3.7% kimura outside CG) Hu-U50 snoRNA Human U50 gmeth c/d snoRNa intron 6 U50HG gi|5821114:1992-2066, Hu-U51 snoRNA Human U51 gmeth c/d box snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321835|emb|X96650.1|HSA11SN Hu-U52 snoRNA Human U52 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321836|emb|X96651.1|HSA12SN autorepeat_330 ciona_repeat Hu-U53 snoRNA Human U53 gmeth c/d box snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321837|emb|X96652.1|HSA13SN autorepeat_331 ciona_repeat Hu-U54 snoRNA Human U54 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321838|emb|X96653.1|HSA14SN autorepeat_332 ciona_repeat autorepeat_333 ciona_repeat Hu-U56 snoRNA Human U56 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321840|emb|X96655.1|HSA16SN autorepeat_334 ciona_repeat Hu-U57 snoRNA Human U57 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321841|emb|X96656.1|HSA17SN autorepeat_335 ciona_repeat autorepeat_336 ciona_repeat Hu-U59 snoRNA Human U59 gmeth c/d snoRNA intron 2 ATP synthase beta (8674114) gi|1321844|emb|X96659.1|HSA19SN E_Q9VID6 ensembl5345/trans CG8672 PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_337 ciona_repeat autorepeat_338 ciona_repeat autorepeat_339 ciona_repeat ATCOPIA6LTR LTR/Copia autorepeat_6790 ciona_repeat Contig700 WI_ciona_repeat TRANSPAC_I LTR/Gypsy autorepeat_6791 ciona_repeat Contig701 WI_ciona_repeat autorepeat_6792 ciona_repeat Contig702 WI_ciona_repeat autorepeat_3450 ciona_repeat autorepeat_6793 ciona_repeat Contig703 WI_ciona_repeat autorepeat_3451 ciona_repeat autorepeat_6794 ciona_repeat Contig704 WI_ciona_repeat autorepeat_3452 ciona_repeat autorepeat_6795 ciona_repeat autorepeat_3453 ciona_repeat autorepeat_6796 ciona_repeat Contig705 WI_ciona_repeat autorepeat_3454 ciona_repeat autorepeat_6797 ciona_repeat Contig706 WI_ciona_repeat autorepeat_3455 ciona_repeat autorepeat_6798 ciona_repeat Contig707 WI_ciona_repeat autorepeat_3456 ciona_repeat autorepeat_6799 ciona_repeat Contig708 WI_ciona_repeat autorepeat_3457 ciona_repeat Contig709 WI_ciona_repeat autorepeat_3458 ciona_repeat autorepeat_3459 ciona_repeat Hu-U60 snoRNA Human U60 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321846|emb|X96660.1|HSA20SN Hu-U61 snoRNA Human U61 gmeth c/d snoRNa intron ?? ?? (8674114) gi|1321847|emb|X96661.1|HSA21SN Hu-U62 snoRNA Human U62 gmeth c/d snoRNA gi|1794262|gb|U72851.1|HSU72851 autorepeat_340 ciona_repeat MAPVLTR LTR/Retroviral Hu-U63 snoRNA Human U63 gmeth c/d snoRNA gi|1794263|gb|U72852.1|HSU72852 autorepeat_341 ciona_repeat Hu-U64 snoRNA Human U64 pu haca snoRNA intron ? ribosomal protein S4 gi|2145434|emb|Y11158.1|HSSNOU64 autorepeat_342 ciona_repeat Hu-U65 snoRNA Human U65 pu haca snoRNA gi|2145435|emb|Y11159.1|HSSNOU65 autorepeat_343 ciona_repeat Hu-U66 snoRNA Human U66 pu haca snoRNA gi|2145436|emb|Y11160.1|HSSNOU66 autorepeat_344 ciona_repeat Hu-U67 snoRNA Human U67 pu haca snoRNA intron ?? translation initiation factor eIF4aI gi|2145437|emb|Y11161.1|HSSNOU67 autorepeat_345 ciona_repeat Hu-U68 snoRNA Human U68 pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145438|emb|Y11162.1|HSSNOU68 autorepeat_346 ciona_repeat Hu-U69 snoRNA Human U69 pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145439|emb|Y11163.1|HSSNOU69 autorepeat_347 ciona_repeat autorepeat_348 ciona_repeat autorepeat_349 ciona_repeat autorepeat_2800 ciona_repeat autorepeat_2801 ciona_repeat Contig710 WI_ciona_repeat autorepeat_2802 ciona_repeat Contig711 WI_ciona_repeat autorepeat_2803 ciona_repeat Contig712 WI_ciona_repeat autorepeat_2804 ciona_repeat autorepeat_3460 ciona_repeat Contig713 WI_ciona_repeat autorepeat_2805 ciona_repeat autorepeat_3461 ciona_repeat autorepeat_2806 ciona_repeat autorepeat_3462 ciona_repeat Contig714 WI_ciona_repeat autorepeat_2807 ciona_repeat autorepeat_3463 ciona_repeat Contig715 WI_ciona_repeat autorepeat_2808 ciona_repeat autorepeat_3464 ciona_repeat Contig716 WI_ciona_repeat autorepeat_2809 ciona_repeat autorepeat_3465 ciona_repeat Contig717 WI_ciona_repeat autorepeat_3466 ciona_repeat Contig718 WI_ciona_repeat autorepeat_3467 ciona_repeat Contig719 WI_ciona_repeat autorepeat_3468 ciona_repeat DNA25TWA1_DR DNA autorepeat_3469 ciona_repeat LTR49-int LTR/ERV1 mer4 group 12814..111425 DNA E_Q9SY99 ensembl3534/trans T25B24.14 PROTEIN. Hu-U70 snoRNA Human U70 pu haca snoRNA intron 3 Q1Z 7F5 gi|2145440|HSSNOU70 Hu-U72 snoRNA Human U72 pu haca snoRNA ?intron 4 ribosomal protein L30? gi|2145443|emb|Y11167.1|HSSNOU72 autorepeat_350 ciona_repeat autorepeat_351 ciona_repeat Hu-U74 snoRNA Human U74 gmeth c/d snoRNA intron 1 gas5 (99038196) gi|5031292:245-316, autorepeat_352 ciona_repeat Hu-U75 snoRNA Human U75 gmeth c/d snoRNA intron 2 gas5 (99038196) gi|5031292:1052-1111, autorepeat_353 ciona_repeat Hu-U76 snoRNA Human U76 gmeth c/d snoRNA intron 3 gas5 (99038196) gi|5031292:1275-1355, autorepeat_354 ciona_repeat Hu-U77 snoRNA Human U77 gmeth c/d snoRNA intron 4 gas5 (99038196) gi|5031292:1617-1677, autorepeat_355 ciona_repeat Hu-U78 snoRNA Human U78 gmeth c/d snoRNA intron 6 gas5 (99038196) gi|5031292:2301-2354, autorepeat_356 ciona_repeat Hu-U79 snoRNA Human U79 gmeth c/d snoRNA intron 7 gas5 (99038196) gi|5031292:2555-2635, autorepeat_357 ciona_repeat autorepeat_358 ciona_repeat NDNAX2_CE DNA? autorepeat_359 ciona_repeat autorepeat_2810 ciona_repeat autorepeat_2811 ciona_repeat Contig720 WI_ciona_repeat autorepeat_2812 ciona_repeat Contig721 WI_ciona_repeat autorepeat_2813 ciona_repeat Contig722 WI_ciona_repeat autorepeat_2814 ciona_repeat autorepeat_3470 ciona_repeat autorepeat_2815 ciona_repeat autorepeat_3471 ciona_repeat Contig723 WI_ciona_repeat autorepeat_2816 ciona_repeat autorepeat_3472 ciona_repeat Contig724 WI_ciona_repeat autorepeat_2817 ciona_repeat autorepeat_3473 ciona_repeat Contig725 WI_ciona_repeat autorepeat_2818 ciona_repeat autorepeat_3474 ciona_repeat Contig726 WI_ciona_repeat PALTA2_CE DNA/Tc1? autorepeat_2819 ciona_repeat autorepeat_3475 ciona_repeat Contig727 WI_ciona_repeat autorepeat_3476 ciona_repeat Contig728 WI_ciona_repeat autorepeat_3477 ciona_repeat SINEC_Fc SINE/Lys 2-3% div Contig729 WI_ciona_repeat autorepeat_3478 ciona_repeat autorepeat_3479 ciona_repeat 35274 DNA GYPSY3I_DR LTR/Gypsy Hu-U80 snoRNA Human U80 gmeth c/d box snoRNA intron 8 gas5 (99038196) gi|5031292:3081-3151, Hu-U81 snoRNA Human U81 gmeth c/d box snoRNA intron 11 gas5 (99038196) gi|5031292:3766-3808, autorepeat_360 ciona_repeat MYS_LTR LTR/ERVK Hu-U83 snoRNA Human U83 gmeth(nonrRNA??) c/d snoRNA intron 5 BAT1 gi|6073536|emb|AJ243200.1|HSA243200 autorepeat_361 ciona_repeat Hu-U84 snoRNA Human U84 gmeth (nonrRNA??) c/d snoRNA intron 4 BAT1?? gi|6073527|emb|AJ243199.1|HSA243199 autorepeat_362 ciona_repeat autorepeat_363 ciona_repeat autorepeat_364 ciona_repeat MER61A LTR/ERV1 mer4 group 15% div autorepeat_365 ciona_repeat MER61B LTR/ERV1 mer4 group 13% autorepeat_366 ciona_repeat MER61C LTR/ERV1 mer4 group 13% autorepeat_367 ciona_repeat MER61D LTR/ERV1 mer4 group (was LTR20) 15-16% div autorepeat_368 ciona_repeat MER61E LTR/ERV1 mer4 group (was LTR20B) 10% div autorepeat_369 ciona_repeat MER61F LTR/ERV1 55938..185192 DNA autorepeat_2820 ciona_repeat autorepeat_2821 ciona_repeat Contig730 WI_ciona_repeat autorepeat_2822 ciona_repeat Contig731 WI_ciona_repeat autorepeat_2823 ciona_repeat autorepeat_2824 ciona_repeat autorepeat_3480 ciona_repeat Contig732 WI_ciona_repeat autorepeat_2825 ciona_repeat autorepeat_3481 ciona_repeat Contig733 WI_ciona_repeat autorepeat_2826 ciona_repeat autorepeat_3482 ciona_repeat Contig734 WI_ciona_repeat autorepeat_2827 ciona_repeat autorepeat_3483 ciona_repeat Contig735 WI_ciona_repeat autorepeat_2828 ciona_repeat autorepeat_3484 ciona_repeat Contig736 WI_ciona_repeat autorepeat_2829 ciona_repeat autorepeat_3485 ciona_repeat Contig737 WI_ciona_repeat autorepeat_3486 ciona_repeat Contig738 WI_ciona_repeat autorepeat_3487 ciona_repeat Contig739 WI_ciona_repeat autorepeat_3488 ciona_repeat autorepeat_3489 ciona_repeat HSRIRT LTR/Retroviral Mariner1b_GG DNA/Mariner 33 bp TIR, TA dups, 14-15% subst level, surprisingly common (expect ~ 20,000 in genome) autorepeat_370 ciona_repeat autorepeat_371 ciona_repeat autorepeat_372 ciona_repeat autorepeat_373 ciona_repeat autorepeat_374 ciona_repeat E_Q9BLH9 ensembl134522/low_complexity TRASSC4 PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_375 ciona_repeat autorepeat_376 ciona_repeat autorepeat_377 ciona_repeat autorepeat_378 ciona_repeat autorepeat_379 ciona_repeat autorepeat_2830 ciona_repeat SINE1OS SINE/Rice Rice p-SINE1 retroposon. autorepeat_2831 ciona_repeat Contig740 WI_ciona_repeat PRIMA41-int LTR/ERV1 MER41B/C LTRs autorepeat_2832 ciona_repeat autorepeat_2833 ciona_repeat Contig741 WI_ciona_repeat ATCOPIA22LTR LTR/Copia autorepeat_2834 ciona_repeat autorepeat_3490 ciona_repeat Contig742 WI_ciona_repeat autorepeat_2835 ciona_repeat autorepeat_3491 ciona_repeat Contig743 WI_ciona_repeat autorepeat_2836 ciona_repeat autorepeat_3492 ciona_repeat Contig744 WI_ciona_repeat L2a LINE/L2 autorepeat_2837 ciona_repeat autorepeat_3493 ciona_repeat Contig745 WI_ciona_repeat autorepeat_2838 ciona_repeat autorepeat_3494 ciona_repeat Contig746 WI_ciona_repeat L2b LINE/L2 autorepeat_2839 ciona_repeat autorepeat_3495 ciona_repeat Contig747 WI_ciona_repeat GSATII Satellite/centromeric autorepeat_3496 ciona_repeat Contig748 WI_ciona_repeat autorepeat_3497 ciona_repeat Contig749 WI_ciona_repeat autorepeat_3498 ciona_repeat autorepeat_3499 ciona_repeat E_Q93137 ensembl16630/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE. E_Q9ZQU2 ensembl20738/low_complexity POLYPROTEIN (FRAGMENT). HAT1_CE DNA/HAT (CACG)n Simple_repeat autorepeat_380 ciona_repeat E_Q963T8 ensembl42564/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_381 ciona_repeat autorepeat_382 ciona_repeat autorepeat_383 ciona_repeat autorepeat_384 ciona_repeat MER63A DNA/MER1_type 23% div autorepeat_385 ciona_repeat MER63B DNA/MER1_type 23% div autorepeat_386 ciona_repeat MER63C DNA/MER1_type 23% div autorepeat_387 ciona_repeat MER63D DNA/MER1_type 23% div autorepeat_388 ciona_repeat RSG1 LINE/Salmon (Salmo gairdneri) autorepeat_389 ciona_repeat autorepeat_2840 ciona_repeat autorepeat_2841 ciona_repeat autorepeat_2842 ciona_repeat LTR5_Hs LTR/ERVK HERVK LTR (youngest sub < 1% div) Contig750 WI_ciona_repeat autorepeat_2843 ciona_repeat Contig751 WI_ciona_repeat 169353,186651..86937 DNA autorepeat_2844 ciona_repeat Contig752 WI_ciona_repeat autorepeat_2845 ciona_repeat Contig753 WI_ciona_repeat autorepeat_2846 ciona_repeat Contig754 WI_ciona_repeat autorepeat_2847 ciona_repeat Contig755 WI_ciona_repeat autorepeat_2848 ciona_repeat Contig756 WI_ciona_repeat autorepeat_2849 ciona_repeat L3b LINE/CR1 l1MM_5end LINE/L1 Contig757 WI_ciona_repeat Contig758 WI_ciona_repeat Contig759 WI_ciona_repeat autorepeat_390 ciona_repeat autorepeat_391 ciona_repeat autorepeat_392 ciona_repeat autorepeat_393 ciona_repeat E_O61447 ensembl18660/low_complexity TRANSPOSASE. autorepeat_394 ciona_repeat autorepeat_395 ciona_repeat autorepeat_396 ciona_repeat autorepeat_397 ciona_repeat autorepeat_398 ciona_repeat autorepeat_399 ciona_repeat GTWIN_LTR LTR/Gypsy autorepeat_2850 ciona_repeat autorepeat_2851 ciona_repeat HAT1_DR DNA autorepeat_2852 ciona_repeat Contig760 WI_ciona_repeat autorepeat_2853 ciona_repeat Contig761 WI_ciona_repeat autorepeat_2854 ciona_repeat Contig762 WI_ciona_repeat autorepeat_2855 ciona_repeat Contig763 WI_ciona_repeat autorepeat_2856 ciona_repeat E_Q9J4C7 ensembl24225/trans POL. Contig764 WI_ciona_repeat autorepeat_2857 ciona_repeat Contig765 WI_ciona_repeat autorepeat_2858 ciona_repeat Contig766 WI_ciona_repeat autorepeat_2859 ciona_repeat WHOOPER Unknown/Crane (Grus americana) Contig767 WI_ciona_repeat Contig768 WI_ciona_repeat Contig769 WI_ciona_repeat MER65A LTR/ERV1 mer4 group 14% MER65B LTR/ERV1 mer4 group (may not exist) MER65C LTR/ERV1 mer4 group 15-16% MER65D LTR/ERV1 17% 52614..167386 DNA autorepeat_2860 ciona_repeat autorepeat_2861 ciona_repeat autorepeat_2862 ciona_repeat Contig770 WI_ciona_repeat autorepeat_2863 ciona_repeat Contig771 WI_ciona_repeat autorepeat_2864 ciona_repeat Contig772 WI_ciona_repeat autorepeat_2865 ciona_repeat Contig773 WI_ciona_repeat autorepeat_2866 ciona_repeat L1PBa1_5end LINE/L1 13% HATN11_DR DNA Contig774 WI_ciona_repeat autorepeat_2867 ciona_repeat Contig775 WI_ciona_repeat autorepeat_2868 ciona_repeat Contig776 WI_ciona_repeat autorepeat_2869 ciona_repeat Contig777 WI_ciona_repeat Contig778 WI_ciona_repeat Contig779 WI_ciona_repeat MULVLTR LTR/Retroviral ATHPOGO DNA/Pogo DMTPOD DNA PABL_B-int LTR/ERV1 MER66A LTR/ERV1 mer4 group 16% MER66B LTR/ERV1 mer4 group 17% MER66C LTR/ERV1 autorepeat_2870 ciona_repeat autorepeat_2871 ciona_repeat autorepeat_2872 ciona_repeat Contig780 WI_ciona_repeat autorepeat_2873 ciona_repeat Contig781 WI_ciona_repeat autorepeat_2874 ciona_repeat Contig782 WI_ciona_repeat autorepeat_2875 ciona_repeat Contig783 WI_ciona_repeat autorepeat_2876 ciona_repeat Contig784 WI_ciona_repeat autorepeat_2877 ciona_repeat Contig785 WI_ciona_repeat autorepeat_2878 ciona_repeat Contig786 WI_ciona_repeat autorepeat_2879 ciona_repeat Contig787 WI_ciona_repeat Contig788 WI_ciona_repeat Contig789 WI_ciona_repeat (CCTAT)n Simple_repeat gi|159641|gb|M35472.1|MSQRTR1U DNA E_Q22244 ensembl6444/trans T06C10.5 PROTEIN. tRNA-Asp-GAC tRNA (CAATC)n Simple_repeat MER67A LTR/ERV1 mer4 group 18% div MER67B LTR/ERV1 mer4 group 22% div MER67C LTR/ERV1 mer4 group 21% div 64768 DNA MER67D LTR/ERV1 mer4 group 20% div DMZAM DNA ATCOPIA75LTR LTR/Copia autorepeat_2880 ciona_repeat autorepeat_2881 ciona_repeat autorepeat_2882 ciona_repeat Contig790 WI_ciona_repeat autorepeat_2883 ciona_repeat Contig791 WI_ciona_repeat autorepeat_2884 ciona_repeat Contig792 WI_ciona_repeat autorepeat_2885 ciona_repeat TIR9TA1_CE DNA Contig793 WI_ciona_repeat autorepeat_2886 ciona_repeat Contig794 WI_ciona_repeat RLTR3_MM LTR/ERV MMTV autorepeat_2887 ciona_repeat Contig795 WI_ciona_repeat autorepeat_2888 ciona_repeat Contig796 WI_ciona_repeat autorepeat_2889 ciona_repeat Contig797 WI_ciona_repeat Contig798 WI_ciona_repeat tRNA-Asp-GAY tRNA Contig799 WI_ciona_repeat (CACCT)n Simple_repeat 88191..26055 DNA MER68A Unknown/MER21_group MER68B Unknown/MER21_group SINEC_Mv SINE/Lys mink MER57-internal LTR/MER4-group STONOR_ZM_I LTR/Copia autorepeat_2890 ciona_repeat autorepeat_2891 ciona_repeat gi|1480678|gb|U60880.1|AAU60880 DNA autorepeat_2892 ciona_repeat autorepeat_2893 ciona_repeat autorepeat_2894 ciona_repeat autorepeat_2895 ciona_repeat autorepeat_2896 ciona_repeat autorepeat_2897 ciona_repeat SSSINESAT SINE/Salmon (Salmo salar) autorepeat_2898 ciona_repeat E_Q963V3 ensembl7715/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_2899 ciona_repeat LIMPET1 DNA/MuDR Dr000200 Recon Dr000201 Recon Dr000202 Recon Dr000203 Recon Dr000204 Recon Dr000205 Recon E_Q89703 ensembl7697/trans ORF 3. Dr000206 Recon Dr000207 Recon Dr000208 Recon Dr000209 Recon MER69A DNA/AcHobo 26% div (CGGGA)n Simple_repeat MER69B DNA/AcHobo 26% div THE1-INTERNAL LTR/MaLR MURVY-int LTR/ERV1 (with RLTR5) Dr000210 Recon Dr000211 Recon Dr000212 Recon Dr000213 Recon Dr000214 Recon Dr000215 Recon Dr000216 Recon Dr000217 Recon Dr000218 Recon 19371,191973 DNA Dr000219 Recon E_Q9AYK7 ensembl20615/trans PUTATIVE GYPSY-TYPE RETROTRANSPOSON POLYPROTEIN. TZ86L_ZM Unknown autorepeat_8000 ciona_repeat autorepeat_8001 ciona_repeat autorepeat_8002 ciona_repeat autorepeat_8003 ciona_repeat autorepeat_8004 ciona_repeat Dr000220 Recon autorepeat_8005 ciona_repeat Dr000221 Recon autorepeat_8006 ciona_repeat Dr000222 Recon autorepeat_8007 ciona_repeat Dr000223 Recon autorepeat_8008 ciona_repeat ATCOPIA92_I LTR/Copia Dr000224 Recon B2_Mv SINE/carnivores autorepeat_8009 ciona_repeat Dr000225 Recon Dr000226 Recon Dr000227 Recon E_Q05410 ensembl89/trans TRANSPOSASE (FRAGMENT). Dr000228 Recon Dr000229 Recon BLACKJACK DNA/AcHobo 19% 163209..174983 DNA SINEC_Pv SINE/carnivores E_Q963Y8 ensembl39855/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). DIVER_I LTR/PAO autorepeat_8010 ciona_repeat autorepeat_8011 ciona_repeat autorepeat_8012 ciona_repeat autorepeat_8013 ciona_repeat autorepeat_8014 ciona_repeat Dr000230 Recon autorepeat_8015 ciona_repeat CINFUL2_ZM_LTR LTR/Gypsy Dr000231 Recon autorepeat_8016 ciona_repeat Dr000232 Recon autorepeat_8017 ciona_repeat Dr000233 Recon autorepeat_8018 ciona_repeat Dr000234 Recon autorepeat_8019 ciona_repeat Dr000235 Recon Dr000236 Recon Dr000237 Recon Dr000238 Recon Dr000239 Recon Kopi1 LTR/Copia The product of ORF 121-1923 is 62% similar to the C-terminal part of the pol gene of TNT and RIR1 in Rice, and to other representatives of the Copia class of LTR elements. The consensus is 5' truncated. Very short LTRs. Average subst level only 1.2%. perhpas a dozen copies, mostly solo-LTRs. First Copia-like element in vertebrates. (Kopi is Japanese for copy, of course) (TAG)n Simple_repeat ATHILA4A_I LTR/Gypsy FERVLTR4a LTR/ERV1 7% div 4 bp dups FERVLTR4b LTR/ERV1 6% div DMBLPP DNA FERVLTR4c LTR/ERV1 8% div FERVLTR4d LTR/ERV1 5% div L1PA13_5end LINE/L1 autorepeat_8020 ciona_repeat E_Q9BM80 ensembl6933/low_complexity GAG-POL POLYPROTEIN. autorepeat_8021 ciona_repeat (CATGT)n Simple_repeat autorepeat_8022 ciona_repeat autorepeat_8023 ciona_repeat autorepeat_8024 ciona_repeat Dr000240 Recon autorepeat_8025 ciona_repeat Dr000241 Recon autorepeat_8026 ciona_repeat Dr000242 Recon autorepeat_8027 ciona_repeat Dr000243 Recon autorepeat_8028 ciona_repeat autorepeat_8029 ciona_repeat Dr000244 Recon Dr000245 Recon Dr000246 Recon Dr000247 Recon Dr000248 Recon Dr000249 Recon gi|159628|gb|M35456.1|MSQRTR1H DNA TOM_I LTR/Gypsy autorepeat_8030 ciona_repeat autorepeat_8031 ciona_repeat TX1_Fur1 LINE/L1 Both open reading frames of Tx1_Fur encode products closely related to those of Tx1 in Xenopus laevis. The first (bp 230_1141) shows 55% similarity over the N-terminal 190 AA; the same region is 34% similar to the gag region of the lymphoproliferative disease virus. There are more distnat matches to GAG-[proteins of all other LTR retrotransposons. The pol ORF (pos 1723-5625) is 53% similar to the pol product of Xenopus Tx1. The 'composite' nature of Tx1 is thus conserved, and does not represent a collaboration between two transposable elements, as was one hypothesis by Garrett et al (Mol Cell Biol 1989 Jul;9(7):3018-27). Like the closely related LINE1, multiple subfamilies are defined by the 3' UTR and Tx_Fur appears to be an old constitutent in the Fugu genome. E_Q963W9 ensembl45110/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_8032 ciona_repeat MER70-int LTR/ERVL MER70 LTRs autonomous element -> should become ERVL70 TX1_Fur2 LINE/L1 3' end of LINE-like element ~66% identical at DNA level to Tx1_Fur1 autorepeat_8033 ciona_repeat Hu-U3 snoRNA Human U3 rRNA cleavage c/d snoRNA |HSU3 autorepeat_8034 ciona_repeat Dr000250 Recon autorepeat_8035 ciona_repeat Dr000251 Recon autorepeat_8036 ciona_repeat Dr000252 Recon autorepeat_8037 ciona_repeat autorepeat_8038 ciona_repeat Hu-U8 snoRNA Human U8 rRNA cleavage c/d snoRNA No GENBANK entry. Literature PMID|2531075 Dr000253 Recon autorepeat_8039 ciona_repeat Dr000254 Recon Dr000255 Recon Dr000256 Recon Dr000257 Recon Dr000258 Recon Dr000259 Recon CANDYSTRIPE1_SB DNA PAL8A_CE DNA/HAT autorepeat_8040 ciona_repeat autorepeat_8041 ciona_repeat autorepeat_8042 ciona_repeat autorepeat_8043 ciona_repeat autorepeat_8044 ciona_repeat Dr000260 Recon autorepeat_8045 ciona_repeat Dr000261 Recon RT1B DNA autorepeat_8046 ciona_repeat RT1C DNA autorepeat_8047 ciona_repeat Dr000262 Recon autorepeat_8048 ciona_repeat Dr000263 Recon autorepeat_8049 ciona_repeat Dr000264 Recon HELITRON3_OS DNA/Helitron Dr000265 Recon Dr000266 Recon Dr000267 Recon Dr000268 Recon Dr000269 Recon (TA)n Simple_repeat DM_ROO DNA autorepeat_8050 ciona_repeat autorepeat_8051 ciona_repeat autorepeat_8052 ciona_repeat autorepeat_8053 ciona_repeat autorepeat_8054 ciona_repeat Dr000270 Recon autorepeat_8055 ciona_repeat ATCOPIA41LTR LTR/Copia autorepeat_8056 ciona_repeat Dr000271 Recon autorepeat_8057 ciona_repeat Dr000272 Recon autorepeat_8058 ciona_repeat Dr000273 Recon autorepeat_8059 ciona_repeat Dr000274 Recon Dr000275 Recon Dr000276 Recon Dr000277 Recon Dr000278 Recon Dr000279 Recon E_Q9C0U0 ensembl21259/trans HYPOTHETICAL 137.3 KDA PROTEIN. autorepeat_7400 ciona_repeat autorepeat_7401 ciona_repeat autorepeat_7402 ciona_repeat Charlie1 DNA/MER1_type 22% autorepeat_7403 ciona_repeat MIR3 SINE/MIR Charlie2 DNA/MER1_type 24-25% div autorepeat_7404 ciona_repeat autorepeat_8060 ciona_repeat Charlie3 DNA/MER1_type (mer1) 9% div autorepeat_7405 ciona_repeat autorepeat_8061 ciona_repeat Charlie4 DNA/MER1_type 23% div autorepeat_7406 ciona_repeat autorepeat_8062 ciona_repeat Charlie5 DNA/MER1_type 19% div autorepeat_7407 ciona_repeat autorepeat_8063 ciona_repeat Charlie6 DNA/MER1_type 20% div autorepeat_7408 ciona_repeat autorepeat_8064 ciona_repeat ATCOPIA86_I LTR/Copia Charlie7 DNA/MER1_type ~23% autorepeat_7409 ciona_repeat autorepeat_8065 ciona_repeat E_Q963U1 ensembl1730/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Dr000280 Recon Charlie8 DNA/MER1_type ~25% MER102 autorepeat_8066 ciona_repeat Dr000281 Recon autorepeat_8067 ciona_repeat Charlie9 DNA/MER1_type 19% (MER112) Dr000282 Recon autorepeat_8068 ciona_repeat Dr000283 Recon autorepeat_8069 ciona_repeat Dr000284 Recon Dr000285 Recon Dr000286 Recon Dr000287 Recon Dr000288 Recon Dr000289 Recon ATLANTYS3_LTR LTR/Gypsy XBR_XL DNA/T2 autorepeat_7410 ciona_repeat autorepeat_7411 ciona_repeat autorepeat_7412 ciona_repeat autorepeat_7413 ciona_repeat autorepeat_7414 ciona_repeat autorepeat_8070 ciona_repeat autorepeat_7415 ciona_repeat autorepeat_8071 ciona_repeat autorepeat_7416 ciona_repeat autorepeat_8072 ciona_repeat autorepeat_7417 ciona_repeat autorepeat_8073 ciona_repeat autorepeat_7418 ciona_repeat autorepeat_8074 ciona_repeat autorepeat_7419 ciona_repeat autorepeat_8075 ciona_repeat Dr000290 Recon autorepeat_8076 ciona_repeat Dr000291 Recon autorepeat_8077 ciona_repeat Dr000292 Recon autorepeat_8078 ciona_repeat Dr000293 Recon autorepeat_8079 ciona_repeat Dr000294 Recon Dr000295 Recon Dr000296 Recon Dr000297 Recon (CAAAC)n Simple_repeat Dr000298 Recon Dr000299 Recon gi|1480675|gb|U60877.1|AAU60877 DNA drr900 Waterman drr901 Waterman drr902 Waterman GSATX_ Satellite/centromeric drr903 Waterman drr904 Waterman drr905 Waterman E_Q9UAI3 ensembl920/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr906 Waterman drr907 Waterman drr908 Waterman drr909 Waterman autorepeat_7420 ciona_repeat SSSINE1 SINE/Pig autorepeat_7421 ciona_repeat autorepeat_7422 ciona_repeat autorepeat_7423 ciona_repeat autorepeat_7424 ciona_repeat autorepeat_8080 ciona_repeat autorepeat_7425 ciona_repeat autorepeat_8081 ciona_repeat autorepeat_7426 ciona_repeat autorepeat_8082 ciona_repeat autorepeat_7427 ciona_repeat autorepeat_8083 ciona_repeat autorepeat_7428 ciona_repeat autorepeat_8084 ciona_repeat autorepeat_7429 ciona_repeat autorepeat_8085 ciona_repeat GypsyDR2_LTR LTR/Gypsy autorepeat_8086 ciona_repeat Hu-Z6 snoRNA Human Z6 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|4128150|HSAJ10679 targets Cm3670 MTV9LTR1_SM LTR/ERV autorepeat_8087 ciona_repeat KIDDOC_OS DNA autorepeat_8088 ciona_repeat L1M2b_5end LINE/L1 autorepeat_8089 ciona_repeat drr910 Waterman drr911 Waterman drr912 Waterman drr913 Waterman drr914 Waterman (CTACT)n Simple_repeat drr915 Waterman drr916 Waterman drr917 Waterman drr918 Waterman drr919 Waterman autorepeat_7430 ciona_repeat autorepeat_7431 ciona_repeat autorepeat_7432 ciona_repeat autorepeat_7433 ciona_repeat autorepeat_7434 ciona_repeat autorepeat_8090 ciona_repeat autorepeat_7435 ciona_repeat autorepeat_8091 ciona_repeat autorepeat_7436 ciona_repeat autorepeat_8092 ciona_repeat autorepeat_7437 ciona_repeat autorepeat_8093 ciona_repeat autorepeat_7438 ciona_repeat autorepeat_8094 ciona_repeat autorepeat_7439 ciona_repeat autorepeat_8095 ciona_repeat autorepeat_8096 ciona_repeat autorepeat_8097 ciona_repeat autorepeat_8098 ciona_repeat autorepeat_8099 ciona_repeat E_O23757 ensembl11145/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). E_Q9WI36 ensembl17406/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. drr920 Waterman drr921 Waterman drr922 Waterman drr923 Waterman drr924 Waterman drr925 Waterman drr926 Waterman drr927 Waterman drr928 Waterman drr929 Waterman autorepeat_7440 ciona_repeat autorepeat_7441 ciona_repeat autorepeat_4100 ciona_repeat autorepeat_7442 ciona_repeat autorepeat_4101 ciona_repeat autorepeat_7443 ciona_repeat autorepeat_7444 ciona_repeat autorepeat_4102 ciona_repeat autorepeat_7445 ciona_repeat autorepeat_4103 ciona_repeat autorepeat_7446 ciona_repeat ATCOPIA94LTR LTR/Copia autorepeat_4104 ciona_repeat autorepeat_7447 ciona_repeat autorepeat_4105 ciona_repeat autorepeat_7448 ciona_repeat autorepeat_4106 ciona_repeat autorepeat_7449 ciona_repeat autorepeat_4107 ciona_repeat autorepeat_4108 ciona_repeat ATCOPIA53_I LTR/Copia autorepeat_4109 ciona_repeat ATLANTYS2_I LTR/Gypsy drr930 Waterman gi|18001003|gb|AF295692.1|AF295692 DNA drr931 Waterman drr932 Waterman drr933 Waterman (TATAA)n Simple_repeat drr934 Waterman drr935 Waterman E_Q24690 ensembl103864/low_complexity HYPOTHETICAL 141.0 KDA PROTEIN. drr936 Waterman drr937 Waterman drr938 Waterman drr939 Waterman autorepeat_7450 ciona_repeat TLD1 Unknown autorepeat_7451 ciona_repeat BRIDGE2_FR LINE/Pufferfish TLD2 Unknown autorepeat_4110 ciona_repeat autorepeat_7452 ciona_repeat TLD3 Unknown EASEL LTR/Salmon (Oncorhynchus keta) autorepeat_7453 ciona_repeat autorepeat_4111 ciona_repeat autorepeat_7454 ciona_repeat autorepeat_4112 ciona_repeat autorepeat_7455 ciona_repeat autorepeat_4113 ciona_repeat autorepeat_7456 ciona_repeat autorepeat_4114 ciona_repeat autorepeat_7457 ciona_repeat E_P10272 ensembl24230/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. autorepeat_4115 ciona_repeat autorepeat_7458 ciona_repeat autorepeat_4116 ciona_repeat autorepeat_7459 ciona_repeat SAMURAI_LTR LTR/Pufferfish autorepeat_4117 ciona_repeat E_P23074 ensembl14606/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. autorepeat_4118 ciona_repeat autorepeat_4119 ciona_repeat TA1-2_LTR LTR/Copia drr940 Waterman drr941 Waterman drr942 Waterman drr943 Waterman drr944 Waterman drr945 Waterman autorepeat_6800 ciona_repeat Asp.GTC tRNA drr946 Waterman autorepeat_6801 ciona_repeat drr947 Waterman ATGP2NI1 LTR/Gypsy autorepeat_6802 ciona_repeat drr948 Waterman autorepeat_6803 ciona_repeat drr949 Waterman autorepeat_6804 ciona_repeat autorepeat_7460 ciona_repeat autorepeat_6805 ciona_repeat autorepeat_7461 ciona_repeat autorepeat_6806 ciona_repeat autorepeat_7462 ciona_repeat autorepeat_4120 ciona_repeat autorepeat_6807 ciona_repeat autorepeat_7463 ciona_repeat autorepeat_4121 ciona_repeat autorepeat_6808 ciona_repeat autorepeat_7464 ciona_repeat gi|159642|gb|M93689.1|MSQT1RET DNA autorepeat_4122 ciona_repeat autorepeat_6809 ciona_repeat autorepeat_7465 ciona_repeat autorepeat_4123 ciona_repeat autorepeat_7466 ciona_repeat autorepeat_4124 ciona_repeat autorepeat_7467 ciona_repeat autorepeat_4125 ciona_repeat autorepeat_7468 ciona_repeat autorepeat_4126 ciona_repeat autorepeat_7469 ciona_repeat autorepeat_4127 ciona_repeat autorepeat_4128 ciona_repeat autorepeat_4129 ciona_repeat drr950 Waterman drr951 Waterman (CATA)n Simple_repeat drr952 Waterman BARI1 DNA/Tc1 drr953 Waterman drr954 Waterman 5721,124739,81702 DNA drr955 Waterman ANGEL DNA/HAT autorepeat_6810 ciona_repeat drr956 Waterman autorepeat_6811 ciona_repeat drr957 Waterman autorepeat_6812 ciona_repeat drr958 Waterman autorepeat_6813 ciona_repeat drr959 Waterman autorepeat_6814 ciona_repeat autorepeat_7470 ciona_repeat autorepeat_6815 ciona_repeat autorepeat_7471 ciona_repeat autorepeat_6816 ciona_repeat autorepeat_7472 ciona_repeat (CAGTT)n Simple_repeat autorepeat_4130 ciona_repeat autorepeat_6817 ciona_repeat autorepeat_7473 ciona_repeat autorepeat_4131 ciona_repeat autorepeat_6818 ciona_repeat autorepeat_7474 ciona_repeat autorepeat_4132 ciona_repeat autorepeat_6819 ciona_repeat autorepeat_7475 ciona_repeat autorepeat_4133 ciona_repeat autorepeat_7476 ciona_repeat autorepeat_4134 ciona_repeat autorepeat_7477 ciona_repeat autorepeat_4135 ciona_repeat autorepeat_7478 ciona_repeat autorepeat_4136 ciona_repeat autorepeat_7479 ciona_repeat E_Q18125 ensembl9619/trans HYPOTHETICAL 51.7 KDA PROTEIN. autorepeat_4137 ciona_repeat E_Q93139 ensembl16622/low_complexity ORF2. autorepeat_4138 ciona_repeat autorepeat_4139 ciona_repeat MAPMS33 Other TOS1_OS LTR drr960 Waterman drr961 Waterman drr962 Waterman drr963 Waterman LTR10A LTR/ERV1 HERVI-LTR 14% drr964 Waterman LTR10B LTR/ERV1 HERVI-LTR 13-14% (plus matches to distinct subs) drr965 Waterman LTR10C LTR/ERV1 HERVI-LTR 6% autorepeat_6820 ciona_repeat drr966 Waterman LTR10D LTR/ERV1 HERVI-LTR 10% div autorepeat_6821 ciona_repeat drr967 Waterman gi|11612462|gb|AF294475.1|AF294475 DNA LTR10E LTR/ERV1 HERVI-LTR 10% div autorepeat_6822 ciona_repeat drr968 Waterman autorepeat_6823 ciona_repeat LTR10F LTR/ERV1 drr969 Waterman autorepeat_6824 ciona_repeat autorepeat_7480 ciona_repeat LTR10G LTR/ERV1 14% autorepeat_6825 ciona_repeat autorepeat_7481 ciona_repeat autorepeat_6826 ciona_repeat autorepeat_7482 ciona_repeat autorepeat_4140 ciona_repeat autorepeat_6827 ciona_repeat autorepeat_7483 ciona_repeat autorepeat_4141 ciona_repeat autorepeat_6828 ciona_repeat autorepeat_7484 ciona_repeat autorepeat_4142 ciona_repeat autorepeat_6829 ciona_repeat autorepeat_7485 ciona_repeat autorepeat_4143 ciona_repeat autorepeat_7486 ciona_repeat autorepeat_4144 ciona_repeat autorepeat_7487 ciona_repeat autorepeat_4145 ciona_repeat autorepeat_7488 ciona_repeat autorepeat_4146 ciona_repeat autorepeat_7489 ciona_repeat autorepeat_4147 ciona_repeat autorepeat_4148 ciona_repeat autorepeat_4149 ciona_repeat FUGUSAT1 Satellite mini-satellite_repeat_118-bp_Brenner_et_al_1993 VANDAL18NA DNA/MuDR VANDAL18NB DNA/MuDR drr970 Waterman drr971 Waterman drr972 Waterman 130594..103316 DNA drr973 Waterman drr974 Waterman drr975 Waterman autorepeat_6830 ciona_repeat drr976 Waterman TC1DR1 DNA/TC1 autorepeat_6831 ciona_repeat drr977 Waterman TC1DR2 DNA/TC1 autorepeat_6832 ciona_repeat drr978 Waterman TC1DR3 DNA/TC1 autorepeat_6833 ciona_repeat drr979 Waterman ATCOPIA26LTR LTR/Copia autorepeat_6834 ciona_repeat autorepeat_7490 ciona_repeat DMHCHRMA DNA autorepeat_6835 ciona_repeat autorepeat_7491 ciona_repeat autorepeat_6836 ciona_repeat autorepeat_7492 ciona_repeat autorepeat_4150 ciona_repeat autorepeat_6837 ciona_repeat autorepeat_7493 ciona_repeat 77905..46088 DNA autorepeat_4151 ciona_repeat autorepeat_6838 ciona_repeat autorepeat_7494 ciona_repeat autorepeat_4152 ciona_repeat autorepeat_6839 ciona_repeat autorepeat_7495 ciona_repeat autorepeat_4153 ciona_repeat autorepeat_7496 ciona_repeat autorepeat_4154 ciona_repeat autorepeat_7497 ciona_repeat Hu-U71a snoRNA Human U71a pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145441|emb|Y11165.1|HSSNOU71A autorepeat_4155 ciona_repeat autorepeat_7498 ciona_repeat CEREBA_I LTR/Barley gypsy Hu-U71b snoRNA Human U71b pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145442|emb|Y11166.1|HSSNOU71B autorepeat_4156 ciona_repeat autorepeat_7499 ciona_repeat RLTRSRC_MA LTR/ERV autorepeat_4157 ciona_repeat autorepeat_4158 ciona_repeat autorepeat_4159 ciona_repeat (CAGG)n Simple_repeat drr980 Waterman drr981 Waterman drr982 Waterman drr983 Waterman drr984 Waterman LTR12B LTR/ERV1 drr985 Waterman autorepeat_6840 ciona_repeat LTR12C LTR/ERV1 drr986 Waterman IAPEy-int LTR/ERVK autorepeat_6841 ciona_repeat LTR12D LTR/ERV1 drr987 Waterman autorepeat_6842 ciona_repeat LTR12E LTR/ERV1 drr988 Waterman L1PA10 LINE/L1 autorepeat_3500 ciona_repeat autorepeat_6843 ciona_repeat drr989 Waterman L1PA11 LINE/L1 autorepeat_3501 ciona_repeat autorepeat_6844 ciona_repeat L1PA12 LINE/L1 autorepeat_3502 ciona_repeat autorepeat_6845 ciona_repeat L1PA13 LINE/L1 autorepeat_3503 ciona_repeat autorepeat_6846 ciona_repeat L1PA14 LINE/L1 autorepeat_3504 ciona_repeat autorepeat_4160 ciona_repeat autorepeat_6847 ciona_repeat L1PA15 LINE/L1 autorepeat_3505 ciona_repeat autorepeat_4161 ciona_repeat autorepeat_6848 ciona_repeat E_Q93645 ensembl9699/low_complexity F30A10.7 PROTEIN. L1PA16 LINE/L1 autorepeat_3506 ciona_repeat autorepeat_4162 ciona_repeat autorepeat_6849 ciona_repeat autorepeat_3507 ciona_repeat autorepeat_4163 ciona_repeat L1PA17 LINE/L1 autorepeat_3508 ciona_repeat autorepeat_4164 ciona_repeat ATCOPIA47_I LTR/Copia autorepeat_3509 ciona_repeat autorepeat_4165 ciona_repeat autorepeat_4166 ciona_repeat autorepeat_4167 ciona_repeat autorepeat_4168 ciona_repeat autorepeat_4169 ciona_repeat FUGUREP1 Unknown FUGUREP2 Unknown has satellitic qualities FUGUREP3 DNA/MuDR? 18% kimura, faint homology at protein level to Arnold4 in Arabidopsis (E val 0.009), possibly not significant drr990 Waterman drr991 Waterman drr992 Waterman drr993 Waterman E_Q9NBX4 ensembl12276/low_complexity HYPOTHETICAL 102.8 KDA PROTEIN. LTR13A LTR/ERVK drr994 Waterman R1_DM LINE/R1 R1Dm. drr995 Waterman autorepeat_6850 ciona_repeat drr996 Waterman DOC2 DNA autorepeat_6851 ciona_repeat drr997 Waterman DOC3 DNA autorepeat_6852 ciona_repeat drr998 Waterman autorepeat_3510 ciona_repeat autorepeat_6853 ciona_repeat drr999 Waterman autorepeat_3511 ciona_repeat autorepeat_6854 ciona_repeat autorepeat_3512 ciona_repeat autorepeat_6855 ciona_repeat autorepeat_3513 ciona_repeat autorepeat_6856 ciona_repeat 148129 DNA autorepeat_3514 ciona_repeat autorepeat_4170 ciona_repeat autorepeat_6857 ciona_repeat autorepeat_3515 ciona_repeat autorepeat_4171 ciona_repeat autorepeat_6858 ciona_repeat autorepeat_3516 ciona_repeat autorepeat_4172 ciona_repeat autorepeat_6859 ciona_repeat autorepeat_3517 ciona_repeat autorepeat_4173 ciona_repeat autorepeat_3518 ciona_repeat autorepeat_4174 ciona_repeat Hu-U73a snoRNA Human U73a gmeth c/d snoRNA intron 4 ribosomal protein S3a (RPS3a) gi|1841927|HSZ83334 autorepeat_3519 ciona_repeat autorepeat_4175 ciona_repeat Hu-U73b snoRNA Human U73b gmeth c/d snoRNa intron 3 ribosomal protein S3a gi|1841927 autorepeat_4176 ciona_repeat autorepeat_4177 ciona_repeat ATHILA LTR/Gypsy autorepeat_4178 ciona_repeat autorepeat_4179 ciona_repeat autorepeat_400 ciona_repeat autorepeat_401 ciona_repeat autorepeat_402 ciona_repeat autorepeat_403 ciona_repeat E_Q9U1P8 ensembl11666/trans Y94A7B.2 PROTEIN. autorepeat_404 ciona_repeat autorepeat_405 ciona_repeat autorepeat_406 ciona_repeat autorepeat_407 ciona_repeat CATCH_I LTR/Pufferfish (GGAA)n Simple_repeat autorepeat_408 ciona_repeat autorepeat_409 ciona_repeat LTR14A LTR/ERVK 6% div HERVK14-LTR LTR14B LTR/ERVK 6% div HERVK14-LTR LTR14C LTR/ERVK HERVK14C-LTR autorepeat_6860 ciona_repeat autorepeat_6861 ciona_repeat autorepeat_6862 ciona_repeat autorepeat_3520 ciona_repeat autorepeat_6863 ciona_repeat INVADER4_I LTR/Gypsy autorepeat_3521 ciona_repeat autorepeat_6864 ciona_repeat autorepeat_3522 ciona_repeat autorepeat_6865 ciona_repeat autorepeat_3523 ciona_repeat autorepeat_6866 ciona_repeat HATN15_DR DNA TOL3_OL DNA/Medaka (Oryzias latipes) autorepeat_3524 ciona_repeat autorepeat_4180 ciona_repeat autorepeat_6867 ciona_repeat autorepeat_3525 ciona_repeat autorepeat_4181 ciona_repeat autorepeat_6868 ciona_repeat autorepeat_3526 ciona_repeat autorepeat_4182 ciona_repeat autorepeat_6869 ciona_repeat autorepeat_3527 ciona_repeat autorepeat_4183 ciona_repeat autorepeat_3528 ciona_repeat autorepeat_4184 ciona_repeat autorepeat_3529 ciona_repeat autorepeat_4185 ciona_repeat autorepeat_4186 ciona_repeat autorepeat_4187 ciona_repeat autorepeat_4188 ciona_repeat autorepeat_4189 ciona_repeat (AGGGGG)n Simple_repeat autorepeat_410 ciona_repeat autorepeat_411 ciona_repeat Ala_tRNA tRNA ARNOLDY1 DNA/MuDR autorepeat_412 ciona_repeat ARNOLDY2 DNA/MuDR autorepeat_413 ciona_repeat ATCOPIA60LTR LTR/Copia autorepeat_414 ciona_repeat autorepeat_415 ciona_repeat autorepeat_416 ciona_repeat autorepeat_417 ciona_repeat autorepeat_418 ciona_repeat autorepeat_419 ciona_repeat 27374,102467..46115 DNA 152069,22298..49677,24221..55237,68737..64729,147450..126626 DNA autorepeat_6870 ciona_repeat autorepeat_6871 ciona_repeat autorepeat_6872 ciona_repeat autorepeat_3530 ciona_repeat autorepeat_6873 ciona_repeat autorepeat_3531 ciona_repeat autorepeat_6874 ciona_repeat autorepeat_3532 ciona_repeat autorepeat_6875 ciona_repeat autorepeat_3533 ciona_repeat autorepeat_6876 ciona_repeat autorepeat_3534 ciona_repeat autorepeat_4190 ciona_repeat autorepeat_6877 ciona_repeat autorepeat_3535 ciona_repeat autorepeat_4191 ciona_repeat autorepeat_6878 ciona_repeat autorepeat_3536 ciona_repeat autorepeat_4192 ciona_repeat autorepeat_6879 ciona_repeat autorepeat_3537 ciona_repeat autorepeat_4193 ciona_repeat autorepeat_3538 ciona_repeat autorepeat_4194 ciona_repeat 105796,128056..122367,140834..123527,98585..45562 DNA DM23420 DNA autorepeat_3539 ciona_repeat autorepeat_4195 ciona_repeat autorepeat_4196 ciona_repeat autorepeat_4197 ciona_repeat autorepeat_4198 ciona_repeat autorepeat_4199 ciona_repeat E_Q963Z3 ensembl7725/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). E_O61451 ensembl18662/low_complexity TRANSPOSASE. autorepeat_420 ciona_repeat autorepeat_421 ciona_repeat autorepeat_422 ciona_repeat autorepeat_423 ciona_repeat autorepeat_424 ciona_repeat autorepeat_425 ciona_repeat autorepeat_426 ciona_repeat gi|1420918|gb|U55049.1|AGU55049 DNA autorepeat_427 ciona_repeat AluSg1 SINE/Alu autorepeat_428 ciona_repeat autorepeat_429 ciona_repeat LTR16A LTR/ERVL >20% div HERV(L)16 LTR LTR16B LTR/ERVL >20% div HERV(L)16 LTR LTR16C LTR/ERVL 23-25% div HERV(L)16 LTR ATMU1 DNA/MuDR autorepeat_6880 ciona_repeat ATCOPIA79LTR LTR/Copia ATMU2 DNA/MuDR autorepeat_6881 ciona_repeat LTR16D LTR/ERVL 28% div, 37% kimura 20jul2001 ATMU3 DNA/MuDR (CAG)n Simple_repeat autorepeat_6882 ciona_repeat ATMU4 DNA/MuDR autorepeat_3540 ciona_repeat autorepeat_6883 ciona_repeat autorepeat_3541 ciona_repeat autorepeat_6884 ciona_repeat ATMU5 DNA/MuDR autorepeat_3542 ciona_repeat autorepeat_6885 ciona_repeat ATMU6 DNA/MuDR autorepeat_3543 ciona_repeat autorepeat_6886 ciona_repeat ATMU7 DNA/MuDR autorepeat_3544 ciona_repeat autorepeat_6887 ciona_repeat ATMU8 DNA/MuDR autorepeat_3545 ciona_repeat autorepeat_6888 ciona_repeat ATMU9 DNA/MuDR autorepeat_3546 ciona_repeat autorepeat_6889 ciona_repeat autorepeat_3547 ciona_repeat autorepeat_3548 ciona_repeat autorepeat_3549 ciona_repeat (CACGT)n Simple_repeat Gln.TTG tRNA E_Q9U998 ensembl7152/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_430 ciona_repeat autorepeat_431 ciona_repeat autorepeat_432 ciona_repeat autorepeat_433 ciona_repeat autorepeat_434 ciona_repeat autorepeat_435 ciona_repeat autorepeat_436 ciona_repeat autorepeat_437 ciona_repeat autorepeat_438 ciona_repeat autorepeat_439 ciona_repeat autorepeat_6890 ciona_repeat Contig800 WI_ciona_repeat LTR46-int LTR/ERV1 autorepeat_6891 ciona_repeat Contig801 WI_ciona_repeat autorepeat_6892 ciona_repeat Contig802 WI_ciona_repeat autorepeat_3550 ciona_repeat autorepeat_6893 ciona_repeat BHIKHARI_I LTR Contig803 WI_ciona_repeat autorepeat_3551 ciona_repeat autorepeat_6894 ciona_repeat autorepeat_3552 ciona_repeat autorepeat_6895 ciona_repeat Contig804 WI_ciona_repeat autorepeat_3553 ciona_repeat autorepeat_6896 ciona_repeat Contig805 WI_ciona_repeat MER41-internal LTR/MER4-group ATCOPIA8BLTR LTR/Copia autorepeat_3554 ciona_repeat autorepeat_6897 ciona_repeat Contig806 WI_ciona_repeat autorepeat_3555 ciona_repeat autorepeat_6898 ciona_repeat Contig807 WI_ciona_repeat autorepeat_3556 ciona_repeat autorepeat_6899 ciona_repeat Contig808 WI_ciona_repeat autorepeat_3557 ciona_repeat Contig809 WI_ciona_repeat (GGAGA)n Simple_repeat autorepeat_3558 ciona_repeat autorepeat_3559 ciona_repeat REP3 LTR/ERVL 20% div, 5 bp target duplication site PB1D7 SINE/Alu PB1D9 SINE/Alu E_O76252 ensembl15363/low_complexity TRANSPOSASE. autorepeat_440 ciona_repeat gi|3095138|gb|AF054222.1|AF054222 DNA autorepeat_441 ciona_repeat L1MC4_5end LINE/L1 autorepeat_442 ciona_repeat autorepeat_443 ciona_repeat autorepeat_444 ciona_repeat autorepeat_445 ciona_repeat autorepeat_446 ciona_repeat autorepeat_447 ciona_repeat autorepeat_448 ciona_repeat autorepeat_449 ciona_repeat LTR18A LTR/ERVL HERVL18 LTR 14-15% div, not obs in other mammals LTR18B LTR/ERVL HERVL18 LTR 14-15% div, not obs in other mammals NTS_DM Other D. melanogaster rRNA nontranscribed spacer. autorepeat_2900 ciona_repeat autorepeat_2901 ciona_repeat E_Q9NBI9 ensembl9019/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig810 WI_ciona_repeat autorepeat_2902 ciona_repeat Contig811 WI_ciona_repeat autorepeat_2903 ciona_repeat Contig812 WI_ciona_repeat autorepeat_2904 ciona_repeat autorepeat_3560 ciona_repeat autorepeat_2905 ciona_repeat autorepeat_3561 ciona_repeat autorepeat_2906 ciona_repeat Contig813 WI_ciona_repeat autorepeat_3562 ciona_repeat Contig814 WI_ciona_repeat autorepeat_2907 ciona_repeat autorepeat_3563 ciona_repeat Contig815 WI_ciona_repeat autorepeat_2908 ciona_repeat autorepeat_3564 ciona_repeat Contig816 WI_ciona_repeat autorepeat_2909 ciona_repeat autorepeat_3565 ciona_repeat Contig817 WI_ciona_repeat autorepeat_3566 ciona_repeat E_Q963X9 ensembl12574/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig818 WI_ciona_repeat autorepeat_3567 ciona_repeat Contig819 WI_ciona_repeat autorepeat_3568 ciona_repeat autorepeat_3569 ciona_repeat gi|6671102:1412-1645, DNA E_Q9C697 ensembl31140/trans REVERSE TRANSCRIPTASE, PUTATIVE. autorepeat_450 ciona_repeat autorepeat_451 ciona_repeat autorepeat_452 ciona_repeat autorepeat_453 ciona_repeat autorepeat_454 ciona_repeat autorepeat_455 ciona_repeat MER70B LTR/ERVL 21% 5 bp duplications autorepeat_456 ciona_repeat autorepeat_457 ciona_repeat autorepeat_458 ciona_repeat autorepeat_459 ciona_repeat LTR19A LTR/ERV1 10% mer4 group LTR19B LTR/ERV1 8% mer4 group autorepeat_2910 ciona_repeat SINE3-1 SINE LTR19C LTR/ERV1 ~13% div autorepeat_2911 ciona_repeat Contig820 WI_ciona_repeat autorepeat_2912 ciona_repeat Contig821 WI_ciona_repeat autorepeat_2913 ciona_repeat autorepeat_2914 ciona_repeat autorepeat_3570 ciona_repeat Contig822 WI_ciona_repeat autorepeat_2915 ciona_repeat autorepeat_3571 ciona_repeat Lys.TTT tRNA Contig823 WI_ciona_repeat autorepeat_2916 ciona_repeat autorepeat_3572 ciona_repeat Contig824 WI_ciona_repeat autorepeat_2917 ciona_repeat autorepeat_3573 ciona_repeat GYPSYDR1_LTR repeat Contig825 WI_ciona_repeat autorepeat_2918 ciona_repeat autorepeat_3574 ciona_repeat Contig826 WI_ciona_repeat autorepeat_2919 ciona_repeat autorepeat_3575 ciona_repeat Contig827 WI_ciona_repeat autorepeat_3576 ciona_repeat Contig828 WI_ciona_repeat autorepeat_3577 ciona_repeat Contig829 WI_ciona_repeat autorepeat_3578 ciona_repeat autorepeat_3579 ciona_repeat L1PA8A LINE/L1 E_Q967Q8 ensembl15359/low_complexity MARINER-LIKE TRANSPOSASE. autorepeat_460 ciona_repeat F_Prefect DNA/Tip100 12jul2001 autorepeat_461 ciona_repeat autorepeat_462 ciona_repeat autorepeat_463 ciona_repeat autorepeat_464 ciona_repeat DM1731 LTR/Copia Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence. autorepeat_465 ciona_repeat (CAAA)n Simple_repeat autorepeat_466 ciona_repeat autorepeat_467 ciona_repeat autorepeat_468 ciona_repeat RTE1 LINE/RTE autorepeat_469 ciona_repeat autorepeat_2920 ciona_repeat gi|6671106:<1-2793, DNA autorepeat_2921 ciona_repeat Contig830 WI_ciona_repeat autorepeat_2922 ciona_repeat autorepeat_2923 ciona_repeat Contig831 WI_ciona_repeat autorepeat_2924 ciona_repeat autorepeat_3580 ciona_repeat Contig832 WI_ciona_repeat (CAGAT)n Simple_repeat autorepeat_2925 ciona_repeat autorepeat_3581 ciona_repeat Contig833 WI_ciona_repeat autorepeat_2926 ciona_repeat autorepeat_3582 ciona_repeat HIND3_MS Unknown/Bass (Morone sp) autorepeat_2927 ciona_repeat Contig834 WI_ciona_repeat autorepeat_3583 ciona_repeat Contig835 WI_ciona_repeat autorepeat_2928 ciona_repeat autorepeat_3584 ciona_repeat Contig836 WI_ciona_repeat autorepeat_2929 ciona_repeat autorepeat_3585 ciona_repeat Contig837 WI_ciona_repeat LTR25-internal LTR/Retroviral? 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TABOR_LTR LTR/Gypsy Cys.GCA tRNA autorepeat_2970 ciona_repeat autorepeat_2971 ciona_repeat autorepeat_2972 ciona_repeat Contig880 WI_ciona_repeat autorepeat_2973 ciona_repeat E_Q95NQ7 ensembl12575/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). E_O61453 ensembl6402/trans TRANSPOSASE. Contig881 WI_ciona_repeat autorepeat_2974 ciona_repeat Contig882 WI_ciona_repeat autorepeat_2975 ciona_repeat Contig883 WI_ciona_repeat autorepeat_2976 ciona_repeat E_Q95NS6 ensembl3271/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Contig884 WI_ciona_repeat autorepeat_2977 ciona_repeat Contig885 WI_ciona_repeat autorepeat_2978 ciona_repeat Contig886 WI_ciona_repeat autorepeat_2979 ciona_repeat Contig887 WI_ciona_repeat Contig888 WI_ciona_repeat Contig889 WI_ciona_repeat REX3 LINE/Fish RMER6A LTR 12-13% RMER6B LTR 13-14% 6bp dup autorepeat_2980 ciona_repeat autorepeat_2981 ciona_repeat autorepeat_2982 ciona_repeat ATHILA7_I LTR/Gypsy Contig890 WI_ciona_repeat autorepeat_2983 ciona_repeat Contig891 WI_ciona_repeat autorepeat_2984 ciona_repeat Contig892 WI_ciona_repeat autorepeat_2985 ciona_repeat Contig893 WI_ciona_repeat autorepeat_2986 ciona_repeat Contig894 WI_ciona_repeat autorepeat_2987 ciona_repeat Contig895 WI_ciona_repeat autorepeat_2988 ciona_repeat Contig896 WI_ciona_repeat autorepeat_2989 ciona_repeat Contig897 WI_ciona_repeat Contig898 WI_ciona_repeat Contig899 WI_ciona_repeat ATHILA4C_LTR LTR/Gypsy gi|5804805|emb|AJ006558.1|AME6558 DNA HATN2_DR DNA autorepeat_2990 ciona_repeat autorepeat_2991 ciona_repeat autorepeat_2992 ciona_repeat CELE46A DNA autorepeat_2993 ciona_repeat CELE46B DNA autorepeat_2994 ciona_repeat autorepeat_2995 ciona_repeat autorepeat_2996 ciona_repeat autorepeat_2997 ciona_repeat autorepeat_2998 ciona_repeat ATCOPIA10_LTR LTR/Copia autorepeat_2999 ciona_repeat Dr000300 Recon Dr000301 Recon Dr000302 Recon S_DM DNA/Tc1 Dr000303 Recon Dr000304 Recon Dr000305 Recon Dr000306 Recon E_Q9ZQU1 ensembl10413/trans POLYPROTEIN (FRAGMENT). Dr000307 Recon Dr000308 Recon Dr000309 Recon L1-4_DR LINE/L1 (CATCG)n Simple_repeat ATMSAT1 Satellite (CTAGT)n Simple_repeat L1PBa_5end LINE/L1 Hu-E1_U17a snoRNA Human E1 rRNa cleavage haca snoRNA intron 1 RCC1 (see notation for gi|292871) gi|409220|HUMSNE17X 5' ETS & 18S (x-linked) Dr000310 Recon E_Q95JI3 ensembl63140/trans HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN. Dr000311 Recon Dr000312 Recon IAPLTR_MA LTR/ERVK Dr000313 Recon Dr000314 Recon Dr000315 Recon Dr000316 Recon Dr000317 Recon Dr000318 Recon Dr000319 Recon E_Q9XXW0 ensembl16637/low_complexity ENDONUCLEASE AND REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN. autorepeat_8100 ciona_repeat autorepeat_8101 ciona_repeat autorepeat_8102 ciona_repeat autorepeat_8103 ciona_repeat autorepeat_8104 ciona_repeat Dr000320 Recon L1_5end LINE/L1 autorepeat_8105 ciona_repeat Dr000321 Recon AluSc SINE/Alu autorepeat_8106 ciona_repeat Dr000322 Recon autorepeat_8107 ciona_repeat Dr000323 Recon autorepeat_8108 ciona_repeat ATCOPIA93_I LTR/Copia Dr000324 Recon autorepeat_8109 ciona_repeat AluSg SINE/Alu Dr000325 Recon Dr000326 Recon Dr000327 Recon Dr000328 Recon Dr000329 Recon AluSp SINE/Alu AluSq SINE/Alu 136419 DNA AluSx SINE/Alu Val.TAC tRNA autorepeat_8110 ciona_repeat E_O17298 ensembl4817/trans HYPOTHETICAL 39.6 KDA PROTEIN. autorepeat_8111 ciona_repeat autorepeat_8112 ciona_repeat autorepeat_8113 ciona_repeat autorepeat_8114 ciona_repeat Dr000330 Recon autorepeat_8115 ciona_repeat Dr000331 Recon autorepeat_8116 ciona_repeat Dr000332 Recon autorepeat_8117 ciona_repeat Dr000333 Recon autorepeat_8118 ciona_repeat autorepeat_8119 ciona_repeat Dr000334 Recon Dr000335 Recon Dr000336 Recon Dr000337 Recon Dr000338 Recon DME9736 DNA Dr000339 Recon 109683 DNA autorepeat_8120 ciona_repeat PMR6 Other autorepeat_8121 ciona_repeat autorepeat_8122 ciona_repeat autorepeat_8123 ciona_repeat autorepeat_8124 ciona_repeat Dr000340 Recon autorepeat_8125 ciona_repeat Dr000341 Recon autorepeat_8126 ciona_repeat Dr000342 Recon autorepeat_8127 ciona_repeat autorepeat_8128 ciona_repeat Dr000343 Recon autorepeat_8129 ciona_repeat Dr000344 Recon Dr000345 Recon Dr000346 Recon PAL5A_CE DNA Dr000347 Recon Dr000348 Recon Dr000349 Recon DMSUPF DNA ALR6/alpha Satellite/centromeric autorepeat_8130 ciona_repeat autorepeat_8131 ciona_repeat autorepeat_8132 ciona_repeat autorepeat_8133 ciona_repeat autorepeat_8134 ciona_repeat Dr000350 Recon autorepeat_8135 ciona_repeat Dr000351 Recon autorepeat_8136 ciona_repeat autorepeat_8137 ciona_repeat E_O64612 ensembl42634/trans PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE. Dr000352 Recon autorepeat_8138 ciona_repeat Dr000353 Recon autorepeat_8139 ciona_repeat Dr000354 Recon Dr000355 Recon Dr000356 Recon Dr000357 Recon Dr000358 Recon Dr000359 Recon SINEC_Fc2 SINE/Lys 10% div, undoubtedly heterologous ATCOPIA11LTR LTR/Copia autorepeat_8140 ciona_repeat autorepeat_8141 ciona_repeat autorepeat_8142 ciona_repeat autorepeat_8143 ciona_repeat autorepeat_8144 ciona_repeat Dr000360 Recon autorepeat_8145 ciona_repeat autorepeat_8146 ciona_repeat Dr000361 Recon autorepeat_8147 ciona_repeat ALR_ Satellite/centromeric Dr000362 Recon autorepeat_8148 ciona_repeat Dr000363 Recon autorepeat_8149 ciona_repeat Dr000364 Recon ALRa Satellite/centromeric Dr000365 Recon ALRb Satellite/centromeric ATCOPIA60_I LTR/Copia Dr000366 Recon Dr000367 Recon Dr000368 Recon Dr000369 Recon autorepeat_8150 ciona_repeat E_O42691 ensembl26192/trans POL-LIKE PEPTIDE. autorepeat_8151 ciona_repeat autorepeat_8152 ciona_repeat autorepeat_8153 ciona_repeat autorepeat_8154 ciona_repeat autorepeat_8155 ciona_repeat Dr000370 Recon autorepeat_8156 ciona_repeat Dr000371 Recon COPIA_DM LTR/Copia Drosophila melanogaster transposable element copia. autorepeat_8157 ciona_repeat Dr000372 Recon autorepeat_8158 ciona_repeat Dr000373 Recon autorepeat_8159 ciona_repeat Dr000374 Recon Dr000375 Recon OOREP1 Other/Satellite Dr000376 Recon Dr000377 Recon Dr000378 Recon FB4_DM DNA/Tc1 Transposable element FB4 (foldback element) from Drosophila. Dr000379 Recon CATCH3LTR_DR LTR NICER_RN LTR autorepeat_7500 ciona_repeat autorepeat_7501 ciona_repeat autorepeat_7502 ciona_repeat autorepeat_7503 ciona_repeat autorepeat_7504 ciona_repeat autorepeat_8160 ciona_repeat autorepeat_7505 ciona_repeat autorepeat_8161 ciona_repeat autorepeat_7506 ciona_repeat autorepeat_8162 ciona_repeat autorepeat_7507 ciona_repeat autorepeat_8163 ciona_repeat autorepeat_7508 ciona_repeat autorepeat_8164 ciona_repeat ATCOPIA87_I LTR/Copia autorepeat_7509 ciona_repeat autorepeat_8165 ciona_repeat Dr000380 Recon AluYc SINE/Alu 3% outside CpGs autorepeat_8166 ciona_repeat Dr000381 Recon autorepeat_8167 ciona_repeat Ser.AGA tRNA Dr000382 Recon autorepeat_8168 ciona_repeat Dr000383 Recon autorepeat_8169 ciona_repeat Dr000384 Recon Dr000385 Recon Dr000386 Recon Dr000387 Recon Dr000388 Recon E_Q9FZG5 ensembl16096/trans T2E6.4. 19973..177280 DNA Dr000389 Recon HOBO DNA/HAT Rex1_FurC LINE/Rex-Babar Described by Volff et al (Mol. Biol. Evol. 17 (11), 1673-1684 (2000)), but no sequences were deposited to GenBank for Fugu. One ORF only from bp 174-3158. Possibly incomplete 5' end though. Average substitution level 5% (partially by subfamilies, esp. in 3' UTR) (there are 3 more Rex1_Furs; not yet tried to reconstruct) autorepeat_7510 ciona_repeat autorepeat_7511 ciona_repeat autorepeat_7512 ciona_repeat autorepeat_7513 ciona_repeat autorepeat_7514 ciona_repeat autorepeat_8170 ciona_repeat autorepeat_7515 ciona_repeat autorepeat_8171 ciona_repeat autorepeat_7516 ciona_repeat autorepeat_8172 ciona_repeat autorepeat_7517 ciona_repeat autorepeat_8173 ciona_repeat autorepeat_7518 ciona_repeat autorepeat_8174 ciona_repeat CATCH2I_DR LTR autorepeat_7519 ciona_repeat autorepeat_8175 ciona_repeat Dr000390 Recon autorepeat_8176 ciona_repeat Dr000391 Recon autorepeat_8177 ciona_repeat Dr000392 Recon (TGAG)n Simple_repeat autorepeat_8178 ciona_repeat Dr000393 Recon autorepeat_8179 ciona_repeat Dr000394 Recon gi|3095136|gb|AF054221.1|AF054221 DNA E_Q963U7 ensembl25356/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). Dr000395 Recon Dr000396 Recon Dr000397 Recon Dr000398 Recon (TTAAA)n Simple_repeat Dr000399 Recon autorepeat_7520 ciona_repeat gi|5804812|emb|AJ006563.1|AAR6563 DNA autorepeat_7521 ciona_repeat L1M3e_5end LINE/L1 autorepeat_7522 ciona_repeat autorepeat_7523 ciona_repeat autorepeat_7524 ciona_repeat autorepeat_8180 ciona_repeat autorepeat_7525 ciona_repeat autorepeat_8181 ciona_repeat autorepeat_7526 ciona_repeat autorepeat_8182 ciona_repeat autorepeat_7527 ciona_repeat autorepeat_8183 ciona_repeat autorepeat_7528 ciona_repeat autorepeat_8184 ciona_repeat INVADER5_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7529 ciona_repeat autorepeat_8185 ciona_repeat autorepeat_8186 ciona_repeat PTSAT Satellite/Warbler (Phylloscopus trochilus) autorepeat_8187 ciona_repeat autorepeat_8188 ciona_repeat autorepeat_8189 ciona_repeat ATCOPIA64LTR LTR/Copia E_O23410 ensembl20322/trans STRONG HOMOLOGY TO REVERSE TRANSCRIPTASE (REVERSE TRANSCRIPTASE LIKE PROTEIN). L1HS LINE/L1 HERVK_14 LTR/Retroviral associated with LTR14 < 10% div autorepeat_7530 ciona_repeat autorepeat_7531 ciona_repeat autorepeat_7532 ciona_repeat autorepeat_7533 ciona_repeat autorepeat_7534 ciona_repeat autorepeat_8190 ciona_repeat autorepeat_7535 ciona_repeat autorepeat_8191 ciona_repeat L1MEa_5end LINE/L1 autorepeat_7536 ciona_repeat autorepeat_8192 ciona_repeat autorepeat_7537 ciona_repeat autorepeat_8193 ciona_repeat autorepeat_7538 ciona_repeat autorepeat_8194 ciona_repeat autorepeat_7539 ciona_repeat autorepeat_8195 ciona_repeat autorepeat_8196 ciona_repeat autorepeat_8197 ciona_repeat autorepeat_8198 ciona_repeat autorepeat_8199 ciona_repeat TC1_FR1 DNA/TC1 TC1-like DNA transposon, closest (40-50% at protein level) to TDR1 in Danio. Coding region 150-1190. 15% Kimura. TA1-2_I LTR/Copia TC1_FR2 DNA/TC1 protein encoded from 319-1344 closest to TC1_FR1 (51% sim over 333 AA) and C elegans TC1 (51% sim over 293 AA); TA dups with, strong bias for (TA)n sites TC1_FR3 DNA/TC1 protein encoded from 347-1158, equally similar to TC1 and TC1_FR1 (56% sim over 272 AA); 6.4% subst level TC1_FR4 DNA/TC1 product of bp 361-1407 is 72% similar to TC1 in Xenopus (TC1_XL); 2.5% div. TC1_FR5 DNA/TC1 2.8% subst level; prduct of ORF 219-1031 48% similar to C elegans TC1 over 200 AA. Zaphod DNA/AcHobo 25% 133167 DNA (GGGAGA)n Simple_repeat tRNA-Ser-AGC tRNA autorepeat_7540 ciona_repeat autorepeat_7541 ciona_repeat autorepeat_4200 ciona_repeat autorepeat_7542 ciona_repeat autorepeat_7543 ciona_repeat autorepeat_4201 ciona_repeat autorepeat_7544 ciona_repeat autorepeat_4202 ciona_repeat autorepeat_7545 ciona_repeat MLT1A LTR/MaLR autorepeat_4203 ciona_repeat autorepeat_7546 ciona_repeat MLT1B LTR/MaLR 20% div autorepeat_4204 ciona_repeat autorepeat_7547 ciona_repeat MLT1C LTR/MaLR 20% div MER89-int LTR/ERV1 20% autorepeat_4205 ciona_repeat autorepeat_7548 ciona_repeat MLT1D LTR/MaLR autorepeat_4206 ciona_repeat autorepeat_7549 ciona_repeat MLT1E LTR/MaLR autorepeat_4207 ciona_repeat MLT1F LTR/MaLR autorepeat_4208 ciona_repeat ATCOPIA54_I LTR/Copia MLT1G LTR/MaLR (was MLT1G and G2) autorepeat_4209 ciona_repeat MLT1H LTR/MaLR MLT1I LTR/MaLR 24% div MLT1J LTR/MaLR ATLANTYS3_I LTR/Gypsy MLT1K LTR/MaLR MLT1L LTR/MaLR tRNA-Ser-AGY tRNA Leu tRNA.CAA RIRE2_LTR LTR/Rice gi|1197545|gb|U47020.1|AGU47020 DNA autorepeat_7550 ciona_repeat autorepeat_7551 ciona_repeat autorepeat_7552 ciona_repeat autorepeat_4210 ciona_repeat autorepeat_7553 ciona_repeat autorepeat_4211 ciona_repeat autorepeat_7554 ciona_repeat autorepeat_4212 ciona_repeat autorepeat_7555 ciona_repeat MLT2A LTR/Retroviral 8% div autorepeat_4213 ciona_repeat autorepeat_7556 ciona_repeat MLT2B LTR/Retroviral 8% div autorepeat_4214 ciona_repeat autorepeat_7557 ciona_repeat autorepeat_4215 ciona_repeat autorepeat_7558 ciona_repeat MLT2D LTR/ERVL 17% div autorepeat_4216 ciona_repeat autorepeat_7559 ciona_repeat MLT2E LTR/ERVL 27% div autorepeat_4217 ciona_repeat MLT2F LTR/ERVL autorepeat_4218 ciona_repeat MLT2G LTR/Retroviral ATCOPIA11I LTR/Copia MER51-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_4219 ciona_repeat GSAT Satellite/centromeric autorepeat_6900 ciona_repeat autorepeat_6901 ciona_repeat Ala.CGC tRNA autorepeat_6902 ciona_repeat autorepeat_6903 ciona_repeat autorepeat_6904 ciona_repeat autorepeat_7560 ciona_repeat autorepeat_6905 ciona_repeat autorepeat_7561 ciona_repeat autorepeat_6906 ciona_repeat autorepeat_7562 ciona_repeat autorepeat_4220 ciona_repeat autorepeat_6907 ciona_repeat autorepeat_7563 ciona_repeat autorepeat_4221 ciona_repeat autorepeat_6908 ciona_repeat autorepeat_7564 ciona_repeat autorepeat_4222 ciona_repeat autorepeat_6909 ciona_repeat autorepeat_7565 ciona_repeat autorepeat_4223 ciona_repeat autorepeat_7566 ciona_repeat autorepeat_4224 ciona_repeat autorepeat_7567 ciona_repeat autorepeat_4225 ciona_repeat autorepeat_7568 ciona_repeat autorepeat_4226 ciona_repeat autorepeat_7569 ciona_repeat autorepeat_4227 ciona_repeat autorepeat_4228 ciona_repeat ATCOPIA12I LTR/Copia autorepeat_4229 ciona_repeat E_Q9ZPT5 ensembl10515/trans PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN. autorepeat_6910 ciona_repeat autorepeat_6911 ciona_repeat 73333 DNA autorepeat_6912 ciona_repeat autorepeat_6913 ciona_repeat autorepeat_6914 ciona_repeat autorepeat_7570 ciona_repeat LOR1a LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication autorepeat_6915 ciona_repeat autorepeat_7571 ciona_repeat autorepeat_6916 ciona_repeat autorepeat_7572 ciona_repeat LOR1b LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication autorepeat_4230 ciona_repeat autorepeat_6917 ciona_repeat autorepeat_7573 ciona_repeat autorepeat_4231 ciona_repeat autorepeat_6918 ciona_repeat autorepeat_7574 ciona_repeat E_Q23636 ensembl11661/trans C31A11.8 PROTEIN (Y46G5A.32 PROTEIN). autorepeat_4232 ciona_repeat autorepeat_6919 ciona_repeat autorepeat_7575 ciona_repeat autorepeat_4233 ciona_repeat autorepeat_7576 ciona_repeat autorepeat_4234 ciona_repeat autorepeat_7577 ciona_repeat autorepeat_4235 ciona_repeat autorepeat_7578 ciona_repeat autorepeat_4236 ciona_repeat autorepeat_7579 ciona_repeat autorepeat_4237 ciona_repeat autorepeat_4238 ciona_repeat ATCOPIA13I LTR/Copia autorepeat_4239 ciona_repeat Pro.AGG tRNA HERVK11 LTR/ERVK MER11 LTRs HERVK13 LTR/ERVK LTR13 HERVK14 LTR/ERVK LTR14 < 10% div MAGELLAN_ZM LTR/Gypsy ATHILA5_LTR LTR/Gypsy autorepeat_6920 ciona_repeat autorepeat_6921 ciona_repeat autorepeat_6922 ciona_repeat autorepeat_6923 ciona_repeat autorepeat_6924 ciona_repeat autorepeat_7580 ciona_repeat autorepeat_6925 ciona_repeat autorepeat_7581 ciona_repeat 183339,18116 DNA autorepeat_6926 ciona_repeat autorepeat_7582 ciona_repeat autorepeat_4240 ciona_repeat autorepeat_6927 ciona_repeat autorepeat_7583 ciona_repeat autorepeat_4241 ciona_repeat autorepeat_6928 ciona_repeat autorepeat_7584 ciona_repeat autorepeat_4242 ciona_repeat autorepeat_6929 ciona_repeat autorepeat_7585 ciona_repeat autorepeat_4243 ciona_repeat autorepeat_7586 ciona_repeat DIVER2_LTR LTR/PAO autorepeat_4244 ciona_repeat autorepeat_7587 ciona_repeat MUDR_ZM DNA/MuDR autorepeat_4245 ciona_repeat autorepeat_7588 ciona_repeat autorepeat_4246 ciona_repeat autorepeat_7589 ciona_repeat autorepeat_4247 ciona_repeat autorepeat_4248 ciona_repeat ATCOPIA14I LTR/Copia autorepeat_4249 ciona_repeat E_Q963U8 ensembl12832/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). HERVK22 LTR/ERVK LTR22 9% div MIR SINE/MIR HELENA LINE E_Q19551 ensembl11664/trans HYPOTHETICAL 39.6 KDA PROTEIN. DANA SINE LTR21A LTR/ERV1 <9% div LTR21B LTR/ERV1 <9% div autorepeat_6930 ciona_repeat autorepeat_6931 ciona_repeat autorepeat_6932 ciona_repeat autorepeat_6933 ciona_repeat autorepeat_6934 ciona_repeat autorepeat_7590 ciona_repeat autorepeat_6935 ciona_repeat autorepeat_7591 ciona_repeat autorepeat_6936 ciona_repeat autorepeat_7592 ciona_repeat E_Q961V7 ensembl12245/low_complexity GH03753P. autorepeat_4250 ciona_repeat autorepeat_6937 ciona_repeat autorepeat_7593 ciona_repeat autorepeat_4251 ciona_repeat autorepeat_6938 ciona_repeat autorepeat_7594 ciona_repeat autorepeat_4252 ciona_repeat autorepeat_6939 ciona_repeat autorepeat_7595 ciona_repeat Gly.TCC tRNA autorepeat_4253 ciona_repeat autorepeat_7596 ciona_repeat autorepeat_4254 ciona_repeat autorepeat_7597 ciona_repeat autorepeat_4255 ciona_repeat autorepeat_7598 ciona_repeat autorepeat_4256 ciona_repeat autorepeat_7599 ciona_repeat YREP_MM Unknown/Y-chromosomal autorepeat_4257 ciona_repeat autorepeat_4258 ciona_repeat ATCOPIA15I LTR/Copia autorepeat_4259 ciona_repeat gi|3347855|gb|AF060859.1|AF060859 DNA (CCTAG)n Simple_repeat NPAL5A_CE DNA LTR22A LTR/ERVK 6bp duplications 7% div LTR22B LTR/ERVK 6bp duplications (G)n Simple_repeat autorepeat_6940 ciona_repeat autorepeat_6941 ciona_repeat autorepeat_6942 ciona_repeat autorepeat_3600 ciona_repeat autorepeat_6943 ciona_repeat autorepeat_3601 ciona_repeat autorepeat_6944 ciona_repeat autorepeat_3602 ciona_repeat autorepeat_6945 ciona_repeat autorepeat_3603 ciona_repeat autorepeat_6946 ciona_repeat L1_Art LINE/L1 autorepeat_3604 ciona_repeat autorepeat_4260 ciona_repeat autorepeat_6947 ciona_repeat autorepeat_3605 ciona_repeat autorepeat_4261 ciona_repeat autorepeat_6948 ciona_repeat gi|18001002|gb|AF295691.1|AF295691 DNA autorepeat_3606 ciona_repeat autorepeat_4262 ciona_repeat autorepeat_6949 ciona_repeat autorepeat_3607 ciona_repeat autorepeat_4263 ciona_repeat autorepeat_3608 ciona_repeat autorepeat_4264 ciona_repeat ATCOPIA48_I LTR/Copia DIRSDR1 LTR/DIRS1 autorepeat_3609 ciona_repeat autorepeat_4265 ciona_repeat Hu-U82b snoRNA Human U82b gmeth c/d snoRNA intron 3(paper) rpl3 gi|7159729:1537-1591, autorepeat_4266 ciona_repeat UB7_XL DNA/T2 autorepeat_4267 ciona_repeat autorepeat_4268 ciona_repeat ATCOPIA16I LTR/Copia autorepeat_4269 ciona_repeat (CACCG)n Simple_repeat TNR1_OS DNA/En-Spm autorepeat_6950 ciona_repeat autorepeat_6951 ciona_repeat autorepeat_6952 ciona_repeat autorepeat_3610 ciona_repeat autorepeat_6953 ciona_repeat autorepeat_3611 ciona_repeat autorepeat_6954 ciona_repeat autorepeat_3612 ciona_repeat autorepeat_6955 ciona_repeat Trillian DNA/AcHobo 12jul2001 autorepeat_3613 ciona_repeat autorepeat_6956 ciona_repeat E_Q94LS2 ensembl25459/trans PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_3614 ciona_repeat autorepeat_4270 ciona_repeat autorepeat_6957 ciona_repeat autorepeat_3615 ciona_repeat autorepeat_4271 ciona_repeat autorepeat_6958 ciona_repeat VIRDR1 LTR/ERV autorepeat_3616 ciona_repeat autorepeat_4272 ciona_repeat autorepeat_6959 ciona_repeat autorepeat_3617 ciona_repeat autorepeat_4273 ciona_repeat autorepeat_3618 ciona_repeat autorepeat_4274 ciona_repeat Hu-U83a snoRNA Human U83a gmeth c/s snoRNA intron 5(paper) rpl3 gi|7159729:3125-3219, autorepeat_3619 ciona_repeat autorepeat_4275 ciona_repeat Hu-U83b snoRNA Human U83b gmeth c/d snoRNA intron 7(paper) rpl3 gi|7159729:4521-4613, autorepeat_4276 ciona_repeat autorepeat_4277 ciona_repeat autorepeat_4278 ciona_repeat ATCOPIA17I LTR/Copia autorepeat_4279 ciona_repeat E_Q24700 ensembl6555/trans PLANARIAN MARINER-8 GENE. autorepeat_500 ciona_repeat autorepeat_501 ciona_repeat autorepeat_502 ciona_repeat autorepeat_503 ciona_repeat autorepeat_504 ciona_repeat autorepeat_505 ciona_repeat autorepeat_506 ciona_repeat autorepeat_507 ciona_repeat autorepeat_508 ciona_repeat autorepeat_509 ciona_repeat LTR24B LTR/ERV1 mer4 group 12% LTR24C LTR/ERV1 mer4 group 15% autorepeat_6960 ciona_repeat autorepeat_6961 ciona_repeat autorepeat_6962 ciona_repeat 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L1PB3 LINE/L1 L1PB4 LINE/L1 Lys tRNA.TTT MER81 DNA/AcHobo 18% MER82 DNA/MER2_type 18-19% MER83 LTR/ERV1 mer4 group 15% div DNA9NNN1_DR DNA MER84 LTR/ERV1 mer4 group 11-12% MER85 DNA/T2_type <7% div MER86 Unknown MER87 LTR/ERV1 mer4 group 20-21% MER88 LTR/ERVL mer73-type 21% div MER89 LTR/ERV1 19-20% 4 bp duplications (CCGCT)n Simple_repeat 24978..111603 DNA Dr000400 Recon Dr000401 Recon L1P3_5end LINE/L1 Dr000402 Recon Dr000403 Recon Dr000404 Recon Dr000405 Recon Dr000406 Recon Dr000407 Recon Dr000408 Recon HERVKC4 LTR/ERVK LTR14 Dr000409 Recon ATHPOGON1 DNA/Pogo 10% ATHPOGON2 DNA/Pogo 7% MER90 LTR/ERV1 20% 4 bp duplications ATHPOGON3 DNA/Pogo ATCOPIA68LTR LTR/Copia MER93 LTR/MER4-group? CENSAT_MC Satellite/Centromeric MER94 DNA/AcHobo 18% div MER95 LTR/ERV 20% div MER96 DNA/MER1_type? 8bp duplication 20% div MER99 DNA 15% div HMSBEAGLE_I LTR/Gypsy MER9B LTR/ERVK 8% DM1731_I LTR/Copia Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence. 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JH12_XL DNA autorepeat_8200 ciona_repeat autorepeat_8201 ciona_repeat autorepeat_8202 ciona_repeat autorepeat_8203 ciona_repeat E_O88915 ensembl25473/trans L1 RETROTRANSPOSON, TF SUBFAMILY L1MD-TF30, PARTIAL SEQUENCE. autorepeat_8204 ciona_repeat autorepeat_8205 ciona_repeat autorepeat_8206 ciona_repeat ATCOPIA37_LTR LTR/Copia autorepeat_8207 ciona_repeat autorepeat_8208 ciona_repeat ATCOPIA94_I LTR/Copia autorepeat_8209 ciona_repeat L1MDb_5end LINE/L1 LTR19-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_8210 ciona_repeat autorepeat_8211 ciona_repeat autorepeat_8212 ciona_repeat autorepeat_8213 ciona_repeat autorepeat_8214 ciona_repeat autorepeat_8215 ciona_repeat autorepeat_8216 ciona_repeat autorepeat_8217 ciona_repeat autorepeat_8218 ciona_repeat autorepeat_8219 ciona_repeat 4.5SRNA scRNA 181_base_approx_tandem_repeat ciona_repeat E_Q963X3 ensembl20181/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). ATHILA4C_I LTR/Gypsy autorepeat_8220 ciona_repeat autorepeat_8221 ciona_repeat autorepeat_8222 ciona_repeat autorepeat_8223 ciona_repeat autorepeat_8224 ciona_repeat autorepeat_8225 ciona_repeat autorepeat_8226 ciona_repeat autorepeat_8227 ciona_repeat HAL1 LINE/L1 autorepeat_8228 ciona_repeat autorepeat_8229 ciona_repeat PRIMA4-int LTR/ERV1 E_Q9FYJ4 ensembl19109/trans F17F8.5. autorepeat_8230 ciona_repeat autorepeat_8231 ciona_repeat autorepeat_8232 ciona_repeat autorepeat_8233 ciona_repeat autorepeat_8234 ciona_repeat autorepeat_8235 ciona_repeat autorepeat_8236 ciona_repeat autorepeat_8237 ciona_repeat SINE_SM SINE/Salmon (Prosopium spilonotus) autorepeat_8238 ciona_repeat autorepeat_8239 ciona_repeat L1M2a1_5end LINE/L1 GGLTR1 LTR/ERV GGLTR2 LTR/ERV SATR1 Satellite SATR2 Satellite E_Q83169 ensembl9177/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. Samurai_I LTR/Gypsy (unchanged) (CACTA)n Simple_repeat autorepeat_8240 ciona_repeat autorepeat_8241 ciona_repeat autorepeat_8242 ciona_repeat autorepeat_8243 ciona_repeat autorepeat_8244 ciona_repeat autorepeat_8245 ciona_repeat autorepeat_8246 ciona_repeat autorepeat_8247 ciona_repeat autorepeat_8248 ciona_repeat autorepeat_8249 ciona_repeat ATCOPIA61_I LTR/Copia autorepeat_8250 ciona_repeat ATCOPIA29_LTR LTR/Copia autorepeat_8251 ciona_repeat autorepeat_8252 ciona_repeat autorepeat_8253 ciona_repeat autorepeat_8254 ciona_repeat autorepeat_8255 ciona_repeat autorepeat_8256 ciona_repeat autorepeat_8257 ciona_repeat autorepeat_8258 ciona_repeat autorepeat_8259 ciona_repeat (CGGGGG)n Simple_repeat tRNA-Thr-ACA tRNA HPAI SINE/Salmon (Oncorhynchus nerka) tRNA-Thr-ACG tRNA DIVER_LTR LTR/PAO autorepeat_7600 ciona_repeat autorepeat_7601 ciona_repeat autorepeat_7602 ciona_repeat autorepeat_7603 ciona_repeat E_Q9AXI7 ensembl9513/trans PUTATIVE POL3-LIKE REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_7604 ciona_repeat autorepeat_8260 ciona_repeat ORR1A-int LTR/MaLR autorepeat_7605 ciona_repeat autorepeat_8261 ciona_repeat autorepeat_7606 ciona_repeat autorepeat_8262 ciona_repeat tRNA-Thr-ACT tRNA autorepeat_7607 ciona_repeat autorepeat_8263 ciona_repeat autorepeat_7608 ciona_repeat autorepeat_8264 ciona_repeat ATCOPIA88_I LTR/Copia autorepeat_7609 ciona_repeat autorepeat_8265 ciona_repeat autorepeat_8266 ciona_repeat autorepeat_8267 ciona_repeat autorepeat_8268 ciona_repeat tRNA-Thr-ACY tRNA autorepeat_8269 ciona_repeat ZMGYPSYX1_ZM LTR/Gypsy BMSAT1 Other/Satellite Thr.AGT tRNA SINE_VV SINE/Vicugna TABOR_I LTR/Gypsy INVADER2_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7610 ciona_repeat autorepeat_7611 ciona_repeat autorepeat_7612 ciona_repeat autorepeat_7613 ciona_repeat MADE1 DNA/Mariner 10-11% autorepeat_7614 ciona_repeat autorepeat_8270 ciona_repeat autorepeat_7615 ciona_repeat autorepeat_8271 ciona_repeat autorepeat_7616 ciona_repeat autorepeat_8272 ciona_repeat autorepeat_7617 ciona_repeat autorepeat_8273 ciona_repeat E_Q9XEM4 ensembl25298/trans POLYPROTEIN. autorepeat_7618 ciona_repeat autorepeat_8274 ciona_repeat autorepeat_7619 ciona_repeat autorepeat_8275 ciona_repeat autorepeat_8276 ciona_repeat autorepeat_8277 ciona_repeat autorepeat_8278 ciona_repeat MYSPL-internal LTR/Retroviral autorepeat_8279 ciona_repeat DMGYPF1A DNA autorepeat_7620 ciona_repeat autorepeat_7621 ciona_repeat autorepeat_7622 ciona_repeat autorepeat_7623 ciona_repeat autorepeat_7624 ciona_repeat autorepeat_8280 ciona_repeat autorepeat_7625 ciona_repeat autorepeat_8281 ciona_repeat autorepeat_7626 ciona_repeat autorepeat_8282 ciona_repeat autorepeat_7627 ciona_repeat autorepeat_8283 ciona_repeat autorepeat_7628 ciona_repeat autorepeat_8284 ciona_repeat autorepeat_7629 ciona_repeat autorepeat_8285 ciona_repeat autorepeat_8286 ciona_repeat autorepeat_8287 ciona_repeat DMHFL1 DNA autorepeat_8288 ciona_repeat autorepeat_8289 ciona_repeat autorepeat_7630 ciona_repeat autorepeat_7631 ciona_repeat autorepeat_7632 ciona_repeat autorepeat_7633 ciona_repeat autorepeat_7634 ciona_repeat autorepeat_8290 ciona_repeat autorepeat_7635 ciona_repeat autorepeat_8291 ciona_repeat autorepeat_7636 ciona_repeat autorepeat_8292 ciona_repeat autorepeat_7637 ciona_repeat autorepeat_8293 ciona_repeat autorepeat_7638 ciona_repeat autorepeat_8294 ciona_repeat autorepeat_7639 ciona_repeat autorepeat_8295 ciona_repeat autorepeat_8296 ciona_repeat autorepeat_8297 ciona_repeat autorepeat_8298 ciona_repeat gi|1381117|gb|L78802.1|MSQTNCDSB DNA autorepeat_8299 ciona_repeat E_Q9DAF3 ensembl63138/trans 1700011N24RIK PROTEIN. ORSL DNA/AcHobo 21% div, 8 bp dups gi|11612475|gb|AF294488.1|AF294488 DNA TXZ19 DNA/Tc1 autorepeat_7640 ciona_repeat autorepeat_7641 ciona_repeat autorepeat_7642 ciona_repeat autorepeat_4300 ciona_repeat autorepeat_7643 ciona_repeat autorepeat_4301 ciona_repeat autorepeat_7644 ciona_repeat (CAATT)n Simple_repeat autorepeat_4302 ciona_repeat autorepeat_7645 ciona_repeat autorepeat_4303 ciona_repeat autorepeat_7646 ciona_repeat autorepeat_4304 ciona_repeat autorepeat_7647 ciona_repeat autorepeat_4305 ciona_repeat autorepeat_7648 ciona_repeat ERV2-LTR_DR LTR/ERV autorepeat_7649 ciona_repeat autorepeat_4306 ciona_repeat autorepeat_4307 ciona_repeat autorepeat_4308 ciona_repeat ATCOPIA55_I LTR/Copia ATCOPIA20I LTR/Copia NOMAD_I LTR/Gypsy autorepeat_4309 ciona_repeat PMR66 Other (CAGAG)n Simple_repeat KORV_I LTR/Koala 157113..117225 DNA autorepeat_7650 ciona_repeat autorepeat_7651 ciona_repeat autorepeat_7652 ciona_repeat autorepeat_4310 ciona_repeat autorepeat_7653 ciona_repeat autorepeat_4311 ciona_repeat autorepeat_7654 ciona_repeat autorepeat_4312 ciona_repeat autorepeat_7655 ciona_repeat autorepeat_4313 ciona_repeat autorepeat_7656 ciona_repeat autorepeat_4314 ciona_repeat autorepeat_7657 ciona_repeat autorepeat_4315 ciona_repeat autorepeat_7658 ciona_repeat autorepeat_4316 ciona_repeat autorepeat_7659 ciona_repeat autorepeat_4317 ciona_repeat autorepeat_4318 ciona_repeat ATCOPIA21I LTR/Copia autorepeat_4319 ciona_repeat DM176 LTR/Gypsy Drosophila melanogaster element 17.6. autorepeat_7660 ciona_repeat autorepeat_7661 ciona_repeat autorepeat_7662 ciona_repeat autorepeat_4320 ciona_repeat autorepeat_7663 ciona_repeat ATCOPIA87LTR LTR/Copia L1_BT LINE/L1 autorepeat_4321 ciona_repeat autorepeat_7664 ciona_repeat 159496 DNA autorepeat_4322 ciona_repeat autorepeat_7665 ciona_repeat autorepeat_4323 ciona_repeat autorepeat_7666 ciona_repeat autorepeat_4324 ciona_repeat autorepeat_7667 ciona_repeat autorepeat_4325 ciona_repeat autorepeat_7668 ciona_repeat autorepeat_4326 ciona_repeat autorepeat_7669 ciona_repeat autorepeat_4327 ciona_repeat autorepeat_4328 ciona_repeat ATCOPIA22I LTR/Copia autorepeat_4329 ciona_repeat ATHILA2_LTR LTR/Gypsy PMR89 Other gi|5804809|emb|AJ006561.1|AME6561 DNA L1_CC LINE/L1 L1_CP LINE/L1 autorepeat_7670 ciona_repeat autorepeat_7671 ciona_repeat autorepeat_7672 ciona_repeat autorepeat_7673 ciona_repeat autorepeat_4330 ciona_repeat autorepeat_7674 ciona_repeat autorepeat_4331 ciona_repeat BHIKHARI_LTR LTR autorepeat_7675 ciona_repeat autorepeat_4332 ciona_repeat autorepeat_7676 ciona_repeat autorepeat_4333 ciona_repeat autorepeat_7677 ciona_repeat autorepeat_4334 ciona_repeat autorepeat_7678 ciona_repeat autorepeat_4335 ciona_repeat autorepeat_7679 ciona_repeat autorepeat_4336 ciona_repeat autorepeat_4337 ciona_repeat autorepeat_4338 ciona_repeat autorepeat_4339 ciona_repeat HERVL18 LTR/ERVL LTR18 E_Q9TYN7 ensembl4813/trans Y39F10A.4 PROTEIN. E_Q9C4A2 ensembl20800/low_complexity POL-LIKE PROTEIN POL-2. ATTIRX1A DNA ATTIRX1B DNA autorepeat_7680 ciona_repeat ATTIRX1C DNA autorepeat_7681 ciona_repeat ATTIRX1D DNA autorepeat_7682 ciona_repeat autorepeat_7683 ciona_repeat autorepeat_4340 ciona_repeat autorepeat_7684 ciona_repeat autorepeat_4341 ciona_repeat E_Q46666 ensembl7536/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_7685 ciona_repeat autorepeat_1000 ciona_repeat autorepeat_4342 ciona_repeat autorepeat_7686 ciona_repeat autorepeat_1001 ciona_repeat autorepeat_4343 ciona_repeat Charlie10 DNA/MER1_type (MER5) 22.5% kimura autorepeat_7687 ciona_repeat autorepeat_1002 ciona_repeat autorepeat_4344 ciona_repeat Charlie11 DNA/MER1_type incomplete termini (just too diverged to handle); gave rise to Buster 3; copies 25% diverged from consensus: average Kimura substitution level is >30% (excluding Buster3 which shows 16% substitution level in the coding region); autorepeat_7688 ciona_repeat autorepeat_1003 ciona_repeat autorepeat_4345 ciona_repeat Charlie12 DNA/MER1 Autonomous elements that gave rise to MER30 elements. Only two copies in genome (on 2q37.3 and 7q22.1). Reconstructed from these; only MER30-like sequences are consensus. Product >55% similar to Charlie8. See Charlie12_GG in chicken.lib (March 2002) autorepeat_7689 ciona_repeat autorepeat_1004 ciona_repeat autorepeat_4346 ciona_repeat autorepeat_1005 ciona_repeat autorepeat_4347 ciona_repeat autorepeat_4348 ciona_repeat ATCOPIA24I LTR/Copia autorepeat_1006 ciona_repeat autorepeat_4349 ciona_repeat autorepeat_1007 ciona_repeat autorepeat_1008 ciona_repeat E_Q963Z4 ensembl7726/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). L1M2_5end LINE/L1 autorepeat_1009 ciona_repeat (GAAA)n Simple_repeat (CACAA)n Simple_repeat autorepeat_7690 ciona_repeat autorepeat_7691 ciona_repeat ATDNA1T9A DNA/MuDR autorepeat_7692 ciona_repeat autorepeat_4350 ciona_repeat autorepeat_7693 ciona_repeat autorepeat_4351 ciona_repeat autorepeat_7694 ciona_repeat autorepeat_4352 ciona_repeat autorepeat_1010 ciona_repeat autorepeat_7695 ciona_repeat E_Q06035 ensembl83761/trans GAG,PROTEASE,ENDONUCLEASE, REVERSE TRANSCRIPTASE,RNASEH. autorepeat_4353 ciona_repeat autorepeat_1011 ciona_repeat autorepeat_7696 ciona_repeat autorepeat_4354 ciona_repeat autorepeat_1012 ciona_repeat autorepeat_7697 ciona_repeat autorepeat_4355 ciona_repeat autorepeat_1013 ciona_repeat autorepeat_7698 ciona_repeat autorepeat_4356 ciona_repeat autorepeat_1014 ciona_repeat autorepeat_7699 ciona_repeat HARBINGERN1_DR DNA autorepeat_4357 ciona_repeat autorepeat_4358 ciona_repeat autorepeat_1015 ciona_repeat autorepeat_4359 ciona_repeat autorepeat_1016 ciona_repeat ATCOPIA25I LTR/Copia autorepeat_1017 ciona_repeat autorepeat_1018 ciona_repeat autorepeat_1019 ciona_repeat HERVL32 LTR/ERVL LTR32 17% div (CTATA)n Simple_repeat Charlie1a DNA/MER1_type 22% Charlie1b DNA/MER1_type 22% autorepeat_3700 ciona_repeat autorepeat_3701 ciona_repeat autorepeat_3702 ciona_repeat autorepeat_3703 ciona_repeat autorepeat_4360 ciona_repeat autorepeat_3704 ciona_repeat autorepeat_4361 ciona_repeat autorepeat_3705 ciona_repeat autorepeat_4362 ciona_repeat autorepeat_3706 ciona_repeat autorepeat_1020 ciona_repeat E_Q946T5 ensembl21191/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4363 ciona_repeat autorepeat_3707 ciona_repeat autorepeat_1021 ciona_repeat autorepeat_4364 ciona_repeat autorepeat_3708 ciona_repeat autorepeat_1022 ciona_repeat ATCOPIA49_I LTR/Copia autorepeat_4365 ciona_repeat autorepeat_3709 ciona_repeat autorepeat_1023 ciona_repeat autorepeat_4366 ciona_repeat autorepeat_4367 ciona_repeat autorepeat_1024 ciona_repeat autorepeat_4368 ciona_repeat autorepeat_1025 ciona_repeat autorepeat_4369 ciona_repeat autorepeat_1026 ciona_repeat ATCOPIA26I LTR/Copia E_Q963Y4 ensembl7720/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_1027 ciona_repeat autorepeat_1028 ciona_repeat autorepeat_1029 ciona_repeat HERVL40 LTR/ERVL LTR40 24% div ATMUN1 DNA/MuDR ATMUN2 DNA/MuDR L1_Fc LINE/L1 4% div Charlie2a DNA/MER1_type 24-25% div Charlie2b DNA/MER1_type 1425 DNA LTR33A LTR/ERVL ATCOPIA19LTR LTR/Copia E_Q9Y739 ensembl7153/trans POLYPROTEIN. autorepeat_3710 ciona_repeat autorepeat_3711 ciona_repeat autorepeat_3712 ciona_repeat autorepeat_3713 ciona_repeat E_O44147 ensembl134516/trans HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN. autorepeat_4370 ciona_repeat autorepeat_3714 ciona_repeat autorepeat_4371 ciona_repeat autorepeat_3715 ciona_repeat autorepeat_4372 ciona_repeat autorepeat_3716 ciona_repeat autorepeat_1030 ciona_repeat 197966..142255 DNA autorepeat_4373 ciona_repeat autorepeat_3717 ciona_repeat autorepeat_1031 ciona_repeat autorepeat_4374 ciona_repeat autorepeat_3718 ciona_repeat autorepeat_1032 ciona_repeat autorepeat_4375 ciona_repeat autorepeat_3719 ciona_repeat autorepeat_4376 ciona_repeat autorepeat_1033 ciona_repeat ATHILA8ALTR LTR/Gypsy autorepeat_4377 ciona_repeat autorepeat_1034 ciona_repeat autorepeat_4378 ciona_repeat autorepeat_1035 ciona_repeat autorepeat_4379 ciona_repeat autorepeat_1036 ciona_repeat STALKER3_LTR LTR/Gypsy autorepeat_1037 ciona_repeat autorepeat_1038 ciona_repeat DME010298 DNA autorepeat_1039 ciona_repeat tRNA-Met-e tRNA autorepeat_600 ciona_repeat autorepeat_601 ciona_repeat autorepeat_602 ciona_repeat autorepeat_603 ciona_repeat tRNA-Met-i tRNA autorepeat_604 ciona_repeat autorepeat_605 ciona_repeat autorepeat_606 ciona_repeat autorepeat_607 ciona_repeat autorepeat_608 ciona_repeat S75830 DNA autorepeat_609 ciona_repeat autorepeat_3720 ciona_repeat autorepeat_3721 ciona_repeat autorepeat_3722 ciona_repeat DMLTR3 LTR/Gypsy D.melanogaster gypsy transposon sc1, 5' LTR. autorepeat_3723 ciona_repeat ATGP3LTR LTR/Gypsy autorepeat_4380 ciona_repeat autorepeat_3724 ciona_repeat DMLTR5 LTR/Gypsy autorepeat_4381 ciona_repeat autorepeat_3725 ciona_repeat autorepeat_4382 ciona_repeat autorepeat_3726 ciona_repeat autorepeat_1040 ciona_repeat autorepeat_4383 ciona_repeat autorepeat_3727 ciona_repeat autorepeat_1041 ciona_repeat autorepeat_4384 ciona_repeat autorepeat_3728 ciona_repeat 176727..2700 DNA autorepeat_4385 ciona_repeat autorepeat_3729 ciona_repeat autorepeat_1042 ciona_repeat autorepeat_4386 ciona_repeat autorepeat_1043 ciona_repeat autorepeat_4387 ciona_repeat autorepeat_1044 ciona_repeat autorepeat_4388 ciona_repeat autorepeat_1045 ciona_repeat autorepeat_4389 ciona_repeat autorepeat_1046 ciona_repeat (CTAGG)n Simple_repeat autorepeat_1047 ciona_repeat autorepeat_1048 ciona_repeat ATSINE1 SINE autorepeat_1049 ciona_repeat ATSINE3 SINE tRNA-Arg-CGY_ tRNA ATSINE4 SINE autorepeat_610 ciona_repeat autorepeat_611 ciona_repeat autorepeat_612 ciona_repeat HERVL66 LTR/ERVL LTR66 autorepeat_613 ciona_repeat autorepeat_614 ciona_repeat HERVL68 LTR/ERVL MER68 LTRs autorepeat_615 ciona_repeat Charlie4a DNA/MER1_type (MER80) 23% div autorepeat_616 ciona_repeat autorepeat_617 ciona_repeat autorepeat_618 ciona_repeat autorepeat_619 ciona_repeat DMSAT01 DNA IAPLTR1_MM LTR/ERVK autorepeat_3730 ciona_repeat DMSAT02 DNA autorepeat_3731 ciona_repeat DMSAT03 DNA autorepeat_3732 ciona_repeat DMSAT04 DNA autorepeat_3733 ciona_repeat DMSAT05 DNA autorepeat_4390 ciona_repeat autorepeat_3734 ciona_repeat DMSAT06 DNA autorepeat_4391 ciona_repeat autorepeat_3735 ciona_repeat autorepeat_4392 ciona_repeat autorepeat_3736 ciona_repeat autorepeat_1050 ciona_repeat DMSAT07 DNA autorepeat_4393 ciona_repeat autorepeat_3737 ciona_repeat DMSAT08 DNA RCSAT1 Satellite/Frog (Rana catesbeiana) autorepeat_4394 ciona_repeat autorepeat_3738 ciona_repeat autorepeat_1051 ciona_repeat DMSAT09 DNA 70159 DNA autorepeat_4395 ciona_repeat autorepeat_3739 ciona_repeat autorepeat_1052 ciona_repeat autorepeat_4396 ciona_repeat autorepeat_1053 ciona_repeat autorepeat_4397 ciona_repeat autorepeat_1054 ciona_repeat 182179..183818 DNA autorepeat_4398 ciona_repeat autorepeat_1055 ciona_repeat autorepeat_4399 ciona_repeat autorepeat_1056 ciona_repeat autorepeat_1057 ciona_repeat autorepeat_1058 ciona_repeat autorepeat_1059 ciona_repeat autorepeat_620 ciona_repeat HERVL74 LTR/ERVL MER74C LTRs 22% autorepeat_621 ciona_repeat autorepeat_622 ciona_repeat autorepeat_623 ciona_repeat autorepeat_624 ciona_repeat autorepeat_625 ciona_repeat autorepeat_626 ciona_repeat autorepeat_627 ciona_repeat autorepeat_628 ciona_repeat 190194 DNA autorepeat_629 ciona_repeat autorepeat_3740 ciona_repeat ATCOPIA18A_I LTR/Copia autorepeat_3741 ciona_repeat autorepeat_3742 ciona_repeat autorepeat_3743 ciona_repeat autorepeat_3744 ciona_repeat autorepeat_3745 ciona_repeat autorepeat_3746 ciona_repeat autorepeat_3747 ciona_repeat autorepeat_1060 ciona_repeat autorepeat_3748 ciona_repeat autorepeat_1061 ciona_repeat TRAM_LTR LTR/PAO D.miranda TRAM retrotransposon; long terminal repeat. autorepeat_3749 ciona_repeat autorepeat_1062 ciona_repeat autorepeat_1063 ciona_repeat autorepeat_1064 ciona_repeat Trillian1 DNA/Tip100 (NIMBUS is another good name) partial coding region (ORF from 499-1212) is only 60% similar to transposases of members of the Tip100/Zaphod group of hAT eleemnts; 5% div., 8 bp duplications. (flyng profesor from Harry Potter; I know pretty weak, but hooch sounds just good) autorepeat_1065 ciona_repeat Trillian2 DNA/Tip100 17-18% kimura; internal deletion product. TIRs very similar to Trillian1. autorepeat_1066 ciona_repeat autorepeat_1067 ciona_repeat autorepeat_1068 ciona_repeat autorepeat_1069 ciona_repeat autorepeat_630 ciona_repeat ATCOPIA53LTR LTR/Copia autorepeat_631 ciona_repeat autorepeat_632 ciona_repeat autorepeat_633 ciona_repeat autorepeat_634 ciona_repeat autorepeat_635 ciona_repeat autorepeat_636 ciona_repeat autorepeat_637 ciona_repeat autorepeat_638 ciona_repeat gi|1480677|gb|U60879.1|AAU60879 DNA autorepeat_639 ciona_repeat LTR37A LTR/ERV1 mer4 group 24% div LTR37B LTR/ERV1 mer4 group 24% div autorepeat_3750 ciona_repeat autorepeat_3751 ciona_repeat autorepeat_3752 ciona_repeat autorepeat_3753 ciona_repeat (CAAAT)n Simple_repeat autorepeat_3754 ciona_repeat autorepeat_3755 ciona_repeat autorepeat_3756 ciona_repeat autorepeat_3757 ciona_repeat autorepeat_1070 ciona_repeat 181115..114141,67277..143782,190035..169142 DNA autorepeat_3758 ciona_repeat autorepeat_1071 ciona_repeat autorepeat_3759 ciona_repeat autorepeat_1072 ciona_repeat LINE2C_CE LINE/CR1 drr1000 Waterman autorepeat_1073 ciona_repeat drr1001 Waterman autorepeat_1074 ciona_repeat drr1002 Waterman autorepeat_1075 ciona_repeat drr1003 Waterman autorepeat_1076 ciona_repeat drr1004 Waterman autorepeat_1077 ciona_repeat drr1005 Waterman autorepeat_1078 ciona_repeat drr1006 Waterman autorepeat_1079 ciona_repeat drr1007 Waterman drr1008 Waterman drr1009 Waterman autorepeat_640 ciona_repeat autorepeat_641 ciona_repeat autorepeat_642 ciona_repeat autorepeat_643 ciona_repeat autorepeat_644 ciona_repeat autorepeat_645 ciona_repeat autorepeat_646 ciona_repeat autorepeat_647 ciona_repeat autorepeat_648 ciona_repeat autorepeat_649 ciona_repeat LTR38B LTR/ERV1 mer4 group 15% DMSC13JUN DNA LTR38C LTR/ERV1 12% autorepeat_3760 ciona_repeat autorepeat_3761 ciona_repeat autorepeat_3762 ciona_repeat autorepeat_3763 ciona_repeat autorepeat_3764 ciona_repeat autorepeat_3765 ciona_repeat autorepeat_3766 ciona_repeat autorepeat_3767 ciona_repeat autorepeat_1080 ciona_repeat autorepeat_3768 ciona_repeat autorepeat_1081 ciona_repeat autorepeat_3769 ciona_repeat autorepeat_1082 ciona_repeat drr1010 Waterman autorepeat_1083 ciona_repeat drr1011 Waterman autorepeat_1084 ciona_repeat drr1012 Waterman autorepeat_1085 ciona_repeat TIRANT_LTR LTR/Gypsy Long terminal repeat from D.melanogaster retrotransposon Tirant. drr1013 Waterman autorepeat_1086 ciona_repeat Chaplin6_FR DNA/MER1 Product of ORF 272-2164 is over 70% similar (over 583 AA) to the 'human' Charlie6 transposase; there are some 'subfamilies', some young (down to 2% div), some older; multiple invasions or evolution in germline? drr1014 Waterman autorepeat_1087 ciona_repeat drr1015 Waterman autorepeat_1088 ciona_repeat drr1016 Waterman autorepeat_1089 ciona_repeat drr1017 Waterman drr1018 Waterman drr1019 Waterman GTWIN_I LTR/Gypsy autorepeat_650 ciona_repeat autorepeat_651 ciona_repeat autorepeat_652 ciona_repeat autorepeat_653 ciona_repeat autorepeat_654 ciona_repeat autorepeat_655 ciona_repeat autorepeat_656 ciona_repeat autorepeat_657 ciona_repeat autorepeat_658 ciona_repeat autorepeat_659 ciona_repeat REM2_XL DNA L1_MM LINE/L1 autorepeat_3770 ciona_repeat autorepeat_3771 ciona_repeat autorepeat_3772 ciona_repeat autorepeat_3773 ciona_repeat autorepeat_3774 ciona_repeat HsTc2 DNA/Tc2 (MER104) 25% autorepeat_3775 ciona_repeat autorepeat_3776 ciona_repeat autorepeat_3777 ciona_repeat autorepeat_1090 ciona_repeat autorepeat_3778 ciona_repeat autorepeat_1091 ciona_repeat autorepeat_3779 ciona_repeat autorepeat_1092 ciona_repeat drr1020 Waterman autorepeat_1093 ciona_repeat drr1021 Waterman autorepeat_1094 ciona_repeat drr1022 Waterman autorepeat_1095 ciona_repeat drr1023 Waterman autorepeat_1096 ciona_repeat drr1024 Waterman autorepeat_1097 ciona_repeat drr1025 Waterman autorepeat_1098 ciona_repeat drr1026 Waterman autorepeat_1099 ciona_repeat drr1027 Waterman drr1028 Waterman drr1029 Waterman autorepeat_660 ciona_repeat autorepeat_661 ciona_repeat LTR2_CE LTR autorepeat_662 ciona_repeat autorepeat_663 ciona_repeat autorepeat_664 ciona_repeat MER91A DNA/Tip100 autorepeat_665 ciona_repeat MER91B DNA/Tip100 autorepeat_666 ciona_repeat MER91C DNA/Tip100 autorepeat_667 ciona_repeat E_Q00067 ensembl12297/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_668 ciona_repeat autorepeat_669 ciona_repeat DIVER2 DNA autorepeat_3780 ciona_repeat autorepeat_3781 ciona_repeat autorepeat_3782 ciona_repeat autorepeat_3783 ciona_repeat autorepeat_3784 ciona_repeat autorepeat_3785 ciona_repeat autorepeat_3786 ciona_repeat Sushi_I LTR/Gypsy (unchanged) autorepeat_3787 ciona_repeat autorepeat_3788 ciona_repeat autorepeat_3789 ciona_repeat drr1030 Waterman drr1031 Waterman drr1032 Waterman drr1033 Waterman drr1034 Waterman drr1035 Waterman drr1036 Waterman ACCORD DNA drr1037 Waterman tRNA-Phe-TTC tRNA drr1038 Waterman drr1039 Waterman autorepeat_670 ciona_repeat autorepeat_671 ciona_repeat autorepeat_672 ciona_repeat autorepeat_673 ciona_repeat MARINER3_CE DNA/Mariner autorepeat_674 ciona_repeat MER92A LTR/ERV1 mer4 group 20-21% autorepeat_675 ciona_repeat MER92B LTR/ERV1 mer4 group 21% autorepeat_676 ciona_repeat MER92C LTR/ERV1 mer4 group 20-21% autorepeat_677 ciona_repeat DM16883C DNA gi|11612460|gb|AF294473.1|AF294473 DNA autorepeat_678 ciona_repeat BS1_ZM_LTR LTR autorepeat_679 ciona_repeat BGLII LTR/ERVK 6bp duplications POGO DNA/Pogo D.melanogaster DNA for transposable element pogoR11. ATCOPIA3LTR LTR/Copia autorepeat_3790 ciona_repeat LTR2_DR LTR/ERV autorepeat_3791 ciona_repeat autorepeat_3792 ciona_repeat L1MCc_5end LINE/L1 autorepeat_3793 ciona_repeat TNR1 DNA/Rice Transposable DNA element Tnr1. autorepeat_3794 ciona_repeat TNR2 SINE/Rice Tnr2 short interspersed element. autorepeat_3795 ciona_repeat TNR3 DNA/Rice transposon Tnr3. E_Q9NL35 ensembl16760/trans PROTEASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_3796 ciona_repeat tRNA-Phe-TTY tRNA autorepeat_3797 ciona_repeat autorepeat_3798 ciona_repeat autorepeat_3799 ciona_repeat drr1040 Waterman drr1041 Waterman drr1042 Waterman drr1043 Waterman drr1044 Waterman GC_rich Low_complexity drr1045 Waterman drr1046 Waterman drr1047 Waterman drr1048 Waterman drr1049 Waterman autorepeat_680 ciona_repeat autorepeat_681 ciona_repeat autorepeat_682 ciona_repeat autorepeat_683 ciona_repeat autorepeat_684 ciona_repeat autorepeat_685 ciona_repeat MER93B LTR/ERV1 autorepeat_686 ciona_repeat autorepeat_687 ciona_repeat autorepeat_688 ciona_repeat autorepeat_689 ciona_repeat POLY_A Simple_repeat LOOPERN4_DR DNA E_Q963W7 ensembl15800/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). POLY_G Simple_repeat drr1050 Waterman drr1051 Waterman drr1052 Waterman drr1053 Waterman drr1054 Waterman drr1055 Waterman drr1056 Waterman drr1057 Waterman DMCS182 DNA drr1058 Waterman (CTAAA)n Simple_repeat drr1059 Waterman autorepeat_690 ciona_repeat autorepeat_691 ciona_repeat autorepeat_692 ciona_repeat autorepeat_693 ciona_repeat MER93a LTR/ERV1 mer4 group 20-21% autorepeat_694 ciona_repeat MER93b LTR/ERV1 mer4 group 18% autorepeat_695 ciona_repeat HERVK_9 LTR/Retroviral 7% div autorepeat_696 ciona_repeat autorepeat_697 ciona_repeat autorepeat_698 ciona_repeat autorepeat_699 ciona_repeat LTR2_FR LTR Only 7 copies, no association with a nic full retrotransposon. Darn. 1-3% divergence, max drr1060 Waterman drr1061 Waterman drr1062 Waterman drr1063 Waterman drr1064 Waterman drr1065 Waterman drr1066 Waterman E_Q9NBJ0 ensembl9040/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr1067 Waterman drr1068 Waterman E_Q9WMZ5 ensembl31341/trans (CLONE L85-15) ORF (FRAGMENT). drr1069 Waterman 110657..83432 DNA L1_RN LINE/L1 Xist_RNA miscRNA M97168.1 HUMXIST Homo sapiens X (inactive)-specific transcript complete exon E_Q963Y6 ensembl7721/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr1070 Waterman drr1071 Waterman 39073..177766,130807 DNA ISAT_RN Satellite drr1072 Waterman gi|3095128|gb|AF054216.1|AF054216 DNA drr1073 Waterman CANDYSTRIPE1 DNA/Sorghum drr1074 Waterman drr1075 Waterman drr1076 Waterman drr1077 Waterman drr1078 Waterman drr1079 Waterman MERVL LTR/ERVL MER96B DNA/MER1_type? 8bp duplication 20% div Catch_I LTR/PAO (unchanged) PRIMA4_LTR LTR/ERV1 drr1080 Waterman drr1081 Waterman drr1082 Waterman drr1083 Waterman drr1084 Waterman drr1085 Waterman drr1086 Waterman drr1087 Waterman drr1088 Waterman gi|159630|gb|M35461.1|MSQRTR1J DNA drr1089 Waterman acrocentrix Satellite PB1D10 SINE/Alu drr1090 Waterman drr1091 Waterman drr1092 Waterman drr1093 Waterman drr1094 Waterman drr1095 Waterman drr1096 Waterman drr1097 Waterman ATGP2I LTR/Gypsy drr1098 Waterman drr1099 Waterman MER97a DNA/MER1_type? 24% div MER97b DNA/MER1_type? 24% div MER97c DNA/MER1_type? 24% div (MER108 in Repbase) HERVFH19 LTR/ERV1 LTR19 9158..5372 DNA L1MD_5end LINE/L1 D-repeat SINE/Artiodactyls E_Q963Y0 ensembl14183/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). tRNA-Tyr-TAC tRNA (CGA)n Simple_repeat LTR3B1 LTR/ERVK HERVK3 LTR 9-10% div ATGP3I LTR/Gypsy HERVFH21 LTR/ERV1 LTR21 < 9% div tRNA-Tyr-TAT tRNA ID_B1 SINE/B4 (ancestral? looks like perfect ID-D1F chimaera) ATCOPIA34_LTR LTR/Copia CEREBA_LTR LTR/Barley gypsy TNR11_OS DNA G2_DM LINE/Jockey Expander LINE/RTE (unchanged) TURMOIL1 DNA/Harbinger TURMOIL2 DNA/Harbinger DM35403 DNA DM35404 DNA LTR3B_ LTR/ERVK HERVK3 LTR 9-10% div autorepeat_8300 ciona_repeat autorepeat_8301 ciona_repeat autorepeat_8302 ciona_repeat autorepeat_8303 ciona_repeat autorepeat_8304 ciona_repeat autorepeat_8305 ciona_repeat autorepeat_8306 ciona_repeat autorepeat_8307 ciona_repeat autorepeat_8308 ciona_repeat ATCOPIA95_I LTR/Copia E_Q20400 ensembl6580/trans F44E8.1 PROTEIN. autorepeat_8309 ciona_repeat ATGP5I LTR/Gypsy ZAM_I LTR/Gypsy MDG1_I LTR/Gypsy ATCOPIA72LTR LTR/Copia autorepeat_8310 ciona_repeat autorepeat_8311 ciona_repeat autorepeat_8312 ciona_repeat autorepeat_8313 ciona_repeat autorepeat_8314 ciona_repeat autorepeat_8315 ciona_repeat autorepeat_8316 ciona_repeat autorepeat_8317 ciona_repeat autorepeat_8318 ciona_repeat autorepeat_8319 ciona_repeat ATGP6I LTR/Gypsy Gly.GCC tRNA SAALUI Satellite/Salmon (Salvelinus alpinus) (GAA)n Simple_repeat autorepeat_8320 ciona_repeat autorepeat_8321 ciona_repeat autorepeat_8322 ciona_repeat autorepeat_8323 ciona_repeat autorepeat_8324 ciona_repeat autorepeat_8325 ciona_repeat autorepeat_8326 ciona_repeat autorepeat_8327 ciona_repeat autorepeat_8328 ciona_repeat autorepeat_8329 ciona_repeat Telomerase_RNA miscRNA AF221907.1 Homo sapiens telomerase RNA gene, sequence [98..548] RNA product from FEATURES ATGP7I LTR/Gypsy autorepeat_8330 ciona_repeat autorepeat_8331 ciona_repeat autorepeat_8332 ciona_repeat autorepeat_8333 ciona_repeat GSATII_ Satellite/centromeric autorepeat_8334 ciona_repeat autorepeat_8335 ciona_repeat autorepeat_8336 ciona_repeat autorepeat_8337 ciona_repeat autorepeat_8338 ciona_repeat autorepeat_8339 ciona_repeat ATGP8I LTR/Gypsy ARET1LTR LTR/Gypsy Arabidopsis LTR from Ty3/Gypsy-type retrotransposon ARET1. HELITRONY1A DNA/Helitron HELITRONY1B DNA/Helitron HELITRONY1C DNA/Helitron IDEFIX_LTR LTR/Gypsy autorepeat_8340 ciona_repeat autorepeat_8341 ciona_repeat autorepeat_5000 ciona_repeat autorepeat_8342 ciona_repeat autorepeat_5001 ciona_repeat autorepeat_8343 ciona_repeat autorepeat_8344 ciona_repeat hY5_RNA scRNA K01564.1 g174901 84bp Steitz 1984 autorepeat_5002 ciona_repeat autorepeat_8345 ciona_repeat autorepeat_5003 ciona_repeat autorepeat_8346 ciona_repeat gi|159623|gb|M35450.1|MSQRTR1C DNA autorepeat_5004 ciona_repeat autorepeat_8347 ciona_repeat autorepeat_5005 ciona_repeat autorepeat_8348 ciona_repeat (TAAG)n Simple_repeat autorepeat_5006 ciona_repeat autorepeat_8349 ciona_repeat autorepeat_5007 ciona_repeat autorepeat_5008 ciona_repeat ATCOPIA62_I LTR/Copia autorepeat_5009 ciona_repeat E_Q9FDH6 ensembl7540/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. RIRE1_OS_I LTR/Copia 105913 DNA autorepeat_8350 ciona_repeat autorepeat_8351 ciona_repeat autorepeat_5010 ciona_repeat autorepeat_8352 ciona_repeat autorepeat_8353 ciona_repeat autorepeat_5011 ciona_repeat autorepeat_8354 ciona_repeat autorepeat_5012 ciona_repeat autorepeat_8355 ciona_repeat autorepeat_5013 ciona_repeat autorepeat_8356 ciona_repeat HARBINGERN5_DR DNA autorepeat_5014 ciona_repeat autorepeat_8357 ciona_repeat autorepeat_5015 ciona_repeat autorepeat_8358 ciona_repeat E_Q95NL1 ensembl7717/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_5016 ciona_repeat autorepeat_8359 ciona_repeat autorepeat_5017 ciona_repeat XLTAN Unknown interspersed tandem autorepeat_5018 ciona_repeat autorepeat_5019 ciona_repeat DME302712 DNA ATGP9BLTR LTR/Gypsy autorepeat_7700 ciona_repeat autorepeat_7701 ciona_repeat autorepeat_7702 ciona_repeat autorepeat_7703 ciona_repeat autorepeat_7704 ciona_repeat autorepeat_8360 ciona_repeat autorepeat_7705 ciona_repeat autorepeat_8361 ciona_repeat autorepeat_7706 ciona_repeat autorepeat_8362 ciona_repeat autorepeat_5020 ciona_repeat autorepeat_7707 ciona_repeat autorepeat_8363 ciona_repeat DM20D5M10 DNA autorepeat_5021 ciona_repeat autorepeat_7708 ciona_repeat autorepeat_8364 ciona_repeat ATCOPIA89_I LTR/Copia autorepeat_5022 ciona_repeat autorepeat_7709 ciona_repeat autorepeat_8365 ciona_repeat autorepeat_5023 ciona_repeat autorepeat_8366 ciona_repeat autorepeat_5024 ciona_repeat autorepeat_8367 ciona_repeat Ser.CGA tRNA autorepeat_5025 ciona_repeat autorepeat_8368 ciona_repeat autorepeat_5026 ciona_repeat autorepeat_8369 ciona_repeat autorepeat_5027 ciona_repeat autorepeat_5028 ciona_repeat autorepeat_5029 ciona_repeat (CGTAG)n Simple_repeat E_Q9N9Z1 ensembl6809/low_complexity ENDONUCLEASE/REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_7710 ciona_repeat ATDNATA1 DNA/Mariner autorepeat_7711 ciona_repeat autorepeat_7712 ciona_repeat autorepeat_7713 ciona_repeat autorepeat_7714 ciona_repeat autorepeat_8370 ciona_repeat autorepeat_7715 ciona_repeat autorepeat_8371 ciona_repeat ATDNA12T3A DNA (CGAT)n Simple_repeat autorepeat_7716 ciona_repeat autorepeat_8372 ciona_repeat autorepeat_5030 ciona_repeat autorepeat_7717 ciona_repeat autorepeat_8373 ciona_repeat autorepeat_5031 ciona_repeat autorepeat_7718 ciona_repeat autorepeat_8374 ciona_repeat autorepeat_5032 ciona_repeat autorepeat_7719 ciona_repeat autorepeat_8375 ciona_repeat autorepeat_5033 ciona_repeat autorepeat_8376 ciona_repeat autorepeat_5034 ciona_repeat autorepeat_8377 ciona_repeat autorepeat_5035 ciona_repeat autorepeat_8378 ciona_repeat autorepeat_5036 ciona_repeat autorepeat_8379 ciona_repeat DMSATEA DNA autorepeat_5037 ciona_repeat autorepeat_5038 ciona_repeat DMSATEB DNA autorepeat_5039 ciona_repeat CEREBA_HV_LTR LTR/Gypsy DMSATEC DNA DMSATED DNA E_Q95NN0 ensembl52570/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). ATIS112A DNA/Harbinger gi|6671103:<1-210, DNA autorepeat_7720 ciona_repeat autorepeat_7721 ciona_repeat autorepeat_7722 ciona_repeat ATGP7LTR LTR/Gypsy autorepeat_7723 ciona_repeat autorepeat_7724 ciona_repeat autorepeat_8380 ciona_repeat autorepeat_7725 ciona_repeat autorepeat_8381 ciona_repeat autorepeat_7726 ciona_repeat autorepeat_8382 ciona_repeat autorepeat_5040 ciona_repeat autorepeat_7727 ciona_repeat autorepeat_8383 ciona_repeat autorepeat_5041 ciona_repeat autorepeat_7728 ciona_repeat autorepeat_8384 ciona_repeat autorepeat_5042 ciona_repeat autorepeat_7729 ciona_repeat autorepeat_8385 ciona_repeat autorepeat_5043 ciona_repeat autorepeat_8386 ciona_repeat autorepeat_5044 ciona_repeat autorepeat_8387 ciona_repeat autorepeat_5045 ciona_repeat autorepeat_8388 ciona_repeat autorepeat_5046 ciona_repeat autorepeat_8389 ciona_repeat autorepeat_5047 ciona_repeat autorepeat_5048 ciona_repeat HSAT5_ Satellite autorepeat_5049 ciona_repeat OCR Unknown DMCATRDNA DNA DTSAT1 Satellite D.tristis tandemly repeated satellite DNA. gi|5804796|emb|AJ006552.1|AGA6552 DNA autorepeat_7730 ciona_repeat autorepeat_7731 ciona_repeat autorepeat_7732 ciona_repeat autorepeat_7733 ciona_repeat autorepeat_7734 ciona_repeat autorepeat_8390 ciona_repeat tRNA-Gly-GGA tRNA autorepeat_7735 ciona_repeat autorepeat_8391 ciona_repeat autorepeat_7736 ciona_repeat autorepeat_8392 ciona_repeat tRNA-Gly-GGC tRNA autorepeat_5050 ciona_repeat autorepeat_7737 ciona_repeat autorepeat_8393 ciona_repeat autorepeat_5051 ciona_repeat autorepeat_7738 ciona_repeat autorepeat_8394 ciona_repeat autorepeat_5052 ciona_repeat autorepeat_7739 ciona_repeat autorepeat_8395 ciona_repeat autorepeat_5053 ciona_repeat autorepeat_8396 ciona_repeat tRNA-Gly-GGG tRNA autorepeat_5054 ciona_repeat autorepeat_8397 ciona_repeat autorepeat_5055 ciona_repeat autorepeat_8398 ciona_repeat autorepeat_5056 ciona_repeat autorepeat_8399 ciona_repeat autorepeat_5057 ciona_repeat autorepeat_5058 ciona_repeat autorepeat_5059 ciona_repeat L1A_Oc LINE/L1 DM1688ED DNA tRNA-Gly-GGY tRNA autorepeat_7740 ciona_repeat autorepeat_7741 ciona_repeat autorepeat_7742 ciona_repeat autorepeat_4400 ciona_repeat autorepeat_7743 ciona_repeat tRNA-Val-GTA tRNA autorepeat_4401 ciona_repeat autorepeat_7744 ciona_repeat autorepeat_4402 ciona_repeat DM1688EP DNA autorepeat_7745 ciona_repeat autorepeat_4403 ciona_repeat autorepeat_7746 ciona_repeat autorepeat_4404 ciona_repeat autorepeat_5060 ciona_repeat autorepeat_7747 ciona_repeat autorepeat_4405 ciona_repeat autorepeat_5061 ciona_repeat autorepeat_7748 ciona_repeat autorepeat_4406 ciona_repeat tRNA-Val-GTG tRNA autorepeat_5062 ciona_repeat autorepeat_7749 ciona_repeat autorepeat_4407 ciona_repeat autorepeat_5063 ciona_repeat autorepeat_4408 ciona_repeat autorepeat_5064 ciona_repeat ATCOPIA56_I LTR/Copia autorepeat_4409 ciona_repeat autorepeat_5065 ciona_repeat autorepeat_5066 ciona_repeat autorepeat_5067 ciona_repeat autorepeat_5068 ciona_repeat autorepeat_5069 ciona_repeat CR1-F1a LINE/CR1 5% (F') CR1-F1b LINE/CR1 8.5% (F') ATCOPIA57LTR LTR/Copia CR1-F1c LINE/CR1 16% (F') E_Q9W5R4 ensembl21484/trans CG17495 PROTEIN. tRNA-Val-GTT tRNA tRNA-Val-GTY tRNA autorepeat_7750 ciona_repeat autorepeat_7751 ciona_repeat autorepeat_7752 ciona_repeat autorepeat_4410 ciona_repeat autorepeat_7753 ciona_repeat autorepeat_4411 ciona_repeat autorepeat_7754 ciona_repeat autorepeat_4412 ciona_repeat autorepeat_7755 ciona_repeat autorepeat_4413 ciona_repeat autorepeat_7756 ciona_repeat autorepeat_4414 ciona_repeat autorepeat_5070 ciona_repeat autorepeat_7757 ciona_repeat autorepeat_4415 ciona_repeat autorepeat_5071 ciona_repeat autorepeat_7758 ciona_repeat autorepeat_4416 ciona_repeat autorepeat_5072 ciona_repeat autorepeat_7759 ciona_repeat autorepeat_4417 ciona_repeat autorepeat_5073 ciona_repeat autorepeat_4418 ciona_repeat autorepeat_5074 ciona_repeat autorepeat_4419 ciona_repeat autorepeat_5075 ciona_repeat autorepeat_5076 ciona_repeat autorepeat_5077 ciona_repeat autorepeat_5078 ciona_repeat TA11 LINE/L1 autorepeat_5079 ciona_repeat TA12 LINE/L1 CR1-F2a LINE/CR1 13% (F') CR1-F2b LINE/CR1 16% (F') CR1-F2c LINE/CR1 15.5% (F') CR1-F2d LINE/CR1 15% (F') E_Q9W5K1 ensembl6885/trans CG18257 PROTEIN. gi|18087071|gb|AF387859.1|AF387859 DNA autorepeat_7760 ciona_repeat autorepeat_7761 ciona_repeat autorepeat_7762 ciona_repeat autorepeat_4420 ciona_repeat autorepeat_7763 ciona_repeat autorepeat_4421 ciona_repeat autorepeat_7764 ciona_repeat autorepeat_4422 ciona_repeat autorepeat_7765 ciona_repeat autorepeat_4423 ciona_repeat autorepeat_7766 ciona_repeat autorepeat_4424 ciona_repeat autorepeat_5080 ciona_repeat autorepeat_7767 ciona_repeat autorepeat_4425 ciona_repeat autorepeat_5081 ciona_repeat autorepeat_7768 ciona_repeat autorepeat_4426 ciona_repeat autorepeat_5082 ciona_repeat autorepeat_7769 ciona_repeat autorepeat_4427 ciona_repeat autorepeat_5083 ciona_repeat autorepeat_4428 ciona_repeat autorepeat_5084 ciona_repeat autorepeat_4429 ciona_repeat autorepeat_5085 ciona_repeat autorepeat_5086 ciona_repeat Tinker DNA autorepeat_5087 ciona_repeat autorepeat_5088 ciona_repeat autorepeat_5089 ciona_repeat tRNA-Pro-CCA tRNA L1M2_orf2 LINE/L1 tRNA-Pro-CCG tRNA autorepeat_7770 ciona_repeat autorepeat_7771 ciona_repeat E_Q963U6 ensembl25355/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_7772 ciona_repeat autorepeat_4430 ciona_repeat autorepeat_7773 ciona_repeat autorepeat_4431 ciona_repeat autorepeat_7774 ciona_repeat autorepeat_4432 ciona_repeat autorepeat_7775 ciona_repeat autorepeat_4433 ciona_repeat autorepeat_7776 ciona_repeat autorepeat_4434 ciona_repeat autorepeat_5090 ciona_repeat autorepeat_7777 ciona_repeat Kopi1_LTR LTR/Copia autorepeat_4435 ciona_repeat DMRT412G DNA autorepeat_5091 ciona_repeat autorepeat_7778 ciona_repeat autorepeat_4436 ciona_repeat autorepeat_5092 ciona_repeat autorepeat_7779 ciona_repeat autorepeat_4437 ciona_repeat autorepeat_5093 ciona_repeat autorepeat_4438 ciona_repeat autorepeat_5094 ciona_repeat autorepeat_4439 ciona_repeat autorepeat_5095 ciona_repeat tRNA-Pro-CCT tRNA autorepeat_5096 ciona_repeat Pro.CGG tRNA autorepeat_5097 ciona_repeat autorepeat_5098 ciona_repeat autorepeat_5099 ciona_repeat tRNA-Pro-CCY tRNA E_Q9NL32 ensembl20721/low_complexity POL POLYPROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_7780 ciona_repeat autorepeat_7781 ciona_repeat autorepeat_7782 ciona_repeat autorepeat_4440 ciona_repeat autorepeat_7783 ciona_repeat autorepeat_4441 ciona_repeat autorepeat_7784 ciona_repeat autorepeat_4442 ciona_repeat autorepeat_1100 ciona_repeat autorepeat_7785 ciona_repeat autorepeat_4443 ciona_repeat autorepeat_1101 ciona_repeat autorepeat_7786 ciona_repeat autorepeat_4444 ciona_repeat autorepeat_1102 ciona_repeat gi|3095126|gb|AF054215.1|AF054215 DNA autorepeat_7787 ciona_repeat autorepeat_4445 ciona_repeat autorepeat_1103 ciona_repeat autorepeat_7788 ciona_repeat ATCOPIA91LTR LTR/Copia Kopi2_I LTR/Copia A few young elements with surprisingly many deletions. Clear similarity to Copia-like proteins, but no full ORF. Very short LTRs. A third copia-like element is present currently with only one copy. Kopi1,2 and 3 are about 80% similar (DNA level). Copies of Kopi1 and 2 are < 4% diverged from consensus. These are the first Copia-liek LTR elements in chordates, as far as I know. autorepeat_4446 ciona_repeat autorepeat_1104 ciona_repeat autorepeat_7789 ciona_repeat autorepeat_4447 ciona_repeat autorepeat_4448 ciona_repeat autorepeat_1105 ciona_repeat autorepeat_4449 ciona_repeat autorepeat_1106 ciona_repeat OPIE2LTR LTR/Maize autorepeat_1107 ciona_repeat autorepeat_1108 ciona_repeat ATCOPIA23_I LTR/Copia autorepeat_1109 ciona_repeat E_Q9NAG6 ensembl11663/trans Y48C3A.2 PROTEIN. LTR40a LTR/ERVL 5 bp duplications 24% div HERVL40 LTR LTR40b LTR/ERVL 5 bp duplications 25% div HERVL40 LTR LTR40c LTR/ERVL 5 bp duplications 25% div HERVL40 LTR ATCOPIA7LTR LTR/Copia autorepeat_7790 ciona_repeat autorepeat_7791 ciona_repeat CMR32SAT Satellite/Carp (Cirrhina mrigala) TZSAT Satellite/Cichlid (Tilapia zillii) autorepeat_7792 ciona_repeat autorepeat_4450 ciona_repeat autorepeat_7793 ciona_repeat autorepeat_4451 ciona_repeat autorepeat_7794 ciona_repeat autorepeat_4452 ciona_repeat autorepeat_1110 ciona_repeat gi|11612474|gb|AF294487.1|AF294487 DNA autorepeat_7795 ciona_repeat autorepeat_4453 ciona_repeat autorepeat_1111 ciona_repeat autorepeat_7796 ciona_repeat autorepeat_4454 ciona_repeat autorepeat_1112 ciona_repeat autorepeat_7797 ciona_repeat autorepeat_4455 ciona_repeat autorepeat_1113 ciona_repeat autorepeat_7798 ciona_repeat autorepeat_4456 ciona_repeat autorepeat_7799 ciona_repeat autorepeat_4457 ciona_repeat autorepeat_1114 ciona_repeat MYSERV LTR/ERVK autorepeat_4458 ciona_repeat autorepeat_1115 ciona_repeat autorepeat_4459 ciona_repeat autorepeat_1116 ciona_repeat autorepeat_1117 ciona_repeat autorepeat_1118 ciona_repeat autorepeat_1119 ciona_repeat ID_RN SINE/ID 101239,150047 DNA autorepeat_3800 ciona_repeat autorepeat_3801 ciona_repeat autorepeat_3802 ciona_repeat autorepeat_3803 ciona_repeat MER65-internal LTR/MER4-group autorepeat_4460 ciona_repeat autorepeat_3804 ciona_repeat autorepeat_4461 ciona_repeat autorepeat_3805 ciona_repeat autorepeat_4462 ciona_repeat autorepeat_3806 ciona_repeat autorepeat_1120 ciona_repeat autorepeat_4463 ciona_repeat autorepeat_3807 ciona_repeat autorepeat_1121 ciona_repeat autorepeat_4464 ciona_repeat autorepeat_3808 ciona_repeat autorepeat_1122 ciona_repeat autorepeat_4465 ciona_repeat autorepeat_3809 ciona_repeat autorepeat_4466 ciona_repeat autorepeat_1123 ciona_repeat autorepeat_4467 ciona_repeat autorepeat_1124 ciona_repeat autorepeat_4468 ciona_repeat autorepeat_1125 ciona_repeat DNA25TWA2_DR DNA autorepeat_4469 ciona_repeat autorepeat_1126 ciona_repeat autorepeat_1127 ciona_repeat autorepeat_1128 ciona_repeat autorepeat_1129 ciona_repeat SIMPLEHAT1 DNA/HAT SIMPLEHAT2 DNA/HAT LTR43B LTR/ERV1 15% NDNAX3_CE DNA? autorepeat_3810 ciona_repeat autorepeat_3811 ciona_repeat autorepeat_3812 ciona_repeat gi|4099808|gb|U89802.1|AGU89802 DNA autorepeat_3813 ciona_repeat autorepeat_4470 ciona_repeat autorepeat_3814 ciona_repeat autorepeat_4471 ciona_repeat autorepeat_3815 ciona_repeat autorepeat_4472 ciona_repeat autorepeat_3816 ciona_repeat autorepeat_1130 ciona_repeat autorepeat_4473 ciona_repeat autorepeat_3817 ciona_repeat autorepeat_1131 ciona_repeat DMTRDNA DNA autorepeat_4474 ciona_repeat autorepeat_3818 ciona_repeat autorepeat_4475 ciona_repeat autorepeat_3819 ciona_repeat autorepeat_1132 ciona_repeat PALTA3_CE DNA/Tc1? autorepeat_4476 ciona_repeat autorepeat_1133 ciona_repeat 5S_DM RNA Drosophila melagonaster 5S DNA sequence. autorepeat_4477 ciona_repeat autorepeat_1134 ciona_repeat autorepeat_4478 ciona_repeat autorepeat_1135 ciona_repeat autorepeat_4479 ciona_repeat autorepeat_1136 ciona_repeat autorepeat_1137 ciona_repeat Catch1_LTR LTR/PAO (unchanged) autorepeat_1138 ciona_repeat autorepeat_1139 ciona_repeat (CCGCG)n Simple_repeat autorepeat_700 ciona_repeat autorepeat_701 ciona_repeat autorepeat_702 ciona_repeat autorepeat_703 ciona_repeat OM2 SINE/Salmon (Oncorhynchus masou) autorepeat_704 ciona_repeat autorepeat_705 ciona_repeat autorepeat_706 ciona_repeat autorepeat_707 ciona_repeat autorepeat_708 ciona_repeat autorepeat_709 ciona_repeat BC200 SINE/Alu (becomes scRNA in annotation) autorepeat_3820 ciona_repeat autorepeat_3821 ciona_repeat autorepeat_3822 ciona_repeat autorepeat_3823 ciona_repeat autorepeat_4480 ciona_repeat autorepeat_3824 ciona_repeat E_Q9P968 ensembl16044/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4481 ciona_repeat autorepeat_3825 ciona_repeat autorepeat_4482 ciona_repeat autorepeat_3826 ciona_repeat autorepeat_1140 ciona_repeat autorepeat_4483 ciona_repeat autorepeat_3827 ciona_repeat autorepeat_4484 ciona_repeat autorepeat_3828 ciona_repeat autorepeat_1141 ciona_repeat autorepeat_4485 ciona_repeat autorepeat_3829 ciona_repeat autorepeat_1142 ciona_repeat autorepeat_4486 ciona_repeat autorepeat_1143 ciona_repeat autorepeat_4487 ciona_repeat autorepeat_1144 ciona_repeat autorepeat_4488 ciona_repeat autorepeat_1145 ciona_repeat autorepeat_4489 ciona_repeat autorepeat_1146 ciona_repeat autorepeat_1147 ciona_repeat autorepeat_1148 ciona_repeat autorepeat_1149 ciona_repeat autorepeat_710 ciona_repeat autorepeat_711 ciona_repeat autorepeat_712 ciona_repeat autorepeat_713 ciona_repeat (TGGA)n Simple_repeat autorepeat_714 ciona_repeat autorepeat_715 ciona_repeat autorepeat_716 ciona_repeat autorepeat_717 ciona_repeat autorepeat_718 ciona_repeat autorepeat_719 ciona_repeat LTR45B LTR/ERV1 mer4 group 13-15% (CATTC)n Simple_repeat LTR45C LTR/ERV1 17% (CAAAAA)n Simple_repeat autorepeat_3830 ciona_repeat autorepeat_3831 ciona_repeat autorepeat_3832 ciona_repeat autorepeat_3833 ciona_repeat autorepeat_4490 ciona_repeat autorepeat_3834 ciona_repeat autorepeat_4491 ciona_repeat autorepeat_3835 ciona_repeat HP_FR1 DNA/Tc4? hairpin.rev has match to region containing Tc4-like coding capacity autorepeat_4492 ciona_repeat autorepeat_3836 ciona_repeat HP_FR2 DNA 'HP' for hairpin (~300 bp TIRs)) Just a place-holder name; 18% kimura subst level; terminal TAs probably duplication sites autorepeat_4493 ciona_repeat autorepeat_3837 ciona_repeat autorepeat_1150 ciona_repeat autorepeat_4494 ciona_repeat autorepeat_3838 ciona_repeat autorepeat_1151 ciona_repeat autorepeat_4495 ciona_repeat autorepeat_3839 ciona_repeat autorepeat_1152 ciona_repeat autorepeat_4496 ciona_repeat autorepeat_1153 ciona_repeat autorepeat_4497 ciona_repeat autorepeat_1154 ciona_repeat autorepeat_4498 ciona_repeat autorepeat_1155 ciona_repeat autorepeat_4499 ciona_repeat autorepeat_1156 ciona_repeat autorepeat_1157 ciona_repeat 18870..83616 DNA autorepeat_1158 ciona_repeat autorepeat_1159 ciona_repeat autorepeat_720 ciona_repeat autorepeat_721 ciona_repeat HAT2_CE DNA/HAT L1M3b_5end LINE/L1 autorepeat_722 ciona_repeat autorepeat_723 ciona_repeat autorepeat_724 ciona_repeat autorepeat_725 ciona_repeat autorepeat_726 ciona_repeat autorepeat_727 ciona_repeat autorepeat_728 ciona_repeat autorepeat_729 ciona_repeat autorepeat_3840 ciona_repeat autorepeat_3841 ciona_repeat autorepeat_3842 ciona_repeat autorepeat_3843 ciona_repeat L1MA10 LINE/L1 autorepeat_3844 ciona_repeat autorepeat_3845 ciona_repeat autorepeat_3846 ciona_repeat autorepeat_3847 ciona_repeat autorepeat_1160 ciona_repeat autorepeat_3848 ciona_repeat autorepeat_1161 ciona_repeat autorepeat_3849 ciona_repeat autorepeat_1162 ciona_repeat autorepeat_1163 ciona_repeat autorepeat_1164 ciona_repeat autorepeat_1165 ciona_repeat autorepeat_1166 ciona_repeat autorepeat_1167 ciona_repeat autorepeat_1168 ciona_repeat autorepeat_1169 ciona_repeat MMPERSP2 Other autorepeat_730 ciona_repeat autorepeat_731 ciona_repeat autorepeat_732 ciona_repeat autorepeat_733 ciona_repeat autorepeat_734 ciona_repeat autorepeat_735 ciona_repeat autorepeat_736 ciona_repeat autorepeat_737 ciona_repeat autorepeat_738 ciona_repeat autorepeat_739 ciona_repeat LTR47A LTR/ERVL 15% HERVL47 LTR LTR47B LTR/ERVL 11% HERVL47 LTR autorepeat_3850 ciona_repeat autorepeat_3851 ciona_repeat MAR_CE DNA/Mariner autorepeat_3852 ciona_repeat autorepeat_3853 ciona_repeat autorepeat_3854 ciona_repeat autorepeat_3855 ciona_repeat autorepeat_3856 ciona_repeat autorepeat_3857 ciona_repeat autorepeat_1170 ciona_repeat autorepeat_3858 ciona_repeat autorepeat_1171 ciona_repeat autorepeat_3859 ciona_repeat autorepeat_1172 ciona_repeat Phe.GAA tRNA drr1100 Waterman autorepeat_1173 ciona_repeat drr1101 Waterman autorepeat_1174 ciona_repeat drr1102 Waterman autorepeat_1175 ciona_repeat drr1103 Waterman autorepeat_1176 ciona_repeat drr1104 Waterman autorepeat_1177 ciona_repeat drr1105 Waterman autorepeat_1178 ciona_repeat drr1106 Waterman autorepeat_1179 ciona_repeat drr1107 Waterman drr1108 Waterman drr1109 Waterman autorepeat_740 ciona_repeat autorepeat_741 ciona_repeat autorepeat_742 ciona_repeat autorepeat_743 ciona_repeat autorepeat_744 ciona_repeat autorepeat_745 ciona_repeat autorepeat_746 ciona_repeat autorepeat_747 ciona_repeat autorepeat_748 ciona_repeat autorepeat_749 ciona_repeat SINEC_a SINE/Lys 11% LTR48B LTR/ERV1 mer4 group 15% (was LTR29B) SINEC_b SINE/Lys 13% div SINEC_c SINE/Lys 16% autorepeat_3860 ciona_repeat autorepeat_3861 ciona_repeat autorepeat_3862 ciona_repeat autorepeat_3863 ciona_repeat MSAT1_CE Satellite autorepeat_3864 ciona_repeat autorepeat_3865 ciona_repeat autorepeat_3866 ciona_repeat FW_DM LINE/Jockey HATN12_DR DNA autorepeat_3867 ciona_repeat autorepeat_1180 ciona_repeat autorepeat_3868 ciona_repeat autorepeat_1181 ciona_repeat autorepeat_3869 ciona_repeat autorepeat_1182 ciona_repeat drr1110 Waterman autorepeat_1183 ciona_repeat drr1111 Waterman autorepeat_1184 ciona_repeat drr1112 Waterman autorepeat_1185 ciona_repeat TIRANT_I LTR/Gypsy drr1113 Waterman autorepeat_1186 ciona_repeat drr1114 Waterman autorepeat_1187 ciona_repeat drr1115 Waterman autorepeat_1188 ciona_repeat drr1116 Waterman autorepeat_1189 ciona_repeat drr1117 Waterman drr1118 Waterman drr1119 Waterman E_Q9WHJ2 ensembl27436/trans POL POLYPROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_750 ciona_repeat autorepeat_751 ciona_repeat autorepeat_752 ciona_repeat autorepeat_753 ciona_repeat autorepeat_754 ciona_repeat autorepeat_755 ciona_repeat autorepeat_756 ciona_repeat autorepeat_757 ciona_repeat autorepeat_758 ciona_repeat autorepeat_759 ciona_repeat MER21-int LTR/ERV1 E_Q963X5 ensembl19415/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_3870 ciona_repeat autorepeat_3871 ciona_repeat autorepeat_3872 ciona_repeat autorepeat_3873 ciona_repeat autorepeat_3874 ciona_repeat MMB1 SINE/B1 autorepeat_3875 ciona_repeat MMB2 SINE autorepeat_3876 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gi|1197547|gb|U47022.1|AGU47022 DNA autorepeat_3883 ciona_repeat autorepeat_3884 ciona_repeat autorepeat_3885 ciona_repeat autorepeat_3886 ciona_repeat autorepeat_3887 ciona_repeat RLTR4_MM LTR/ERV1 MuLV autorepeat_3888 ciona_repeat autorepeat_3889 ciona_repeat drr1130 Waterman drr1131 Waterman drr1132 Waterman SINE1_CE SINE drr1133 Waterman drr1134 Waterman SINE_AFC SINE/Cichlid (Lepidiolamprologus elongatus) drr1135 Waterman drr1136 Waterman drr1137 Waterman drr1138 Waterman drr1139 Waterman autorepeat_770 ciona_repeat autorepeat_771 ciona_repeat L1MA5A LINE/L1 autorepeat_772 ciona_repeat autorepeat_773 ciona_repeat autorepeat_774 ciona_repeat autorepeat_775 ciona_repeat autorepeat_776 ciona_repeat autorepeat_777 ciona_repeat autorepeat_778 ciona_repeat autorepeat_779 ciona_repeat E_Q963U0 ensembl2247/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_3890 ciona_repeat autorepeat_3891 ciona_repeat autorepeat_3892 ciona_repeat autorepeat_3893 ciona_repeat autorepeat_3894 ciona_repeat autorepeat_3895 ciona_repeat autorepeat_3896 ciona_repeat autorepeat_3897 ciona_repeat autorepeat_3898 ciona_repeat autorepeat_3899 ciona_repeat drr1140 Waterman drr1141 Waterman drr1142 Waterman drr1143 Waterman drr1144 Waterman drr1145 Waterman drr1146 Waterman drr1147 Waterman Ala.TGC tRNA drr1148 Waterman drr1149 Waterman autorepeat_780 ciona_repeat autorepeat_781 ciona_repeat autorepeat_782 ciona_repeat autorepeat_783 ciona_repeat autorepeat_784 ciona_repeat autorepeat_785 ciona_repeat VANDAL1 DNA/MuDR autorepeat_786 ciona_repeat VANDAL2 DNA/MuDR autorepeat_787 ciona_repeat VANDAL3 DNA/MuDR VANDAL4 DNA/MuDR autorepeat_788 ciona_repeat VANDAL5 DNA/MuDR autorepeat_789 ciona_repeat VANDAL6 DNA/MuDR DRL1 DNA/HAT VANDAL7 DNA/MuDR VANDAL8 DNA/MuDR VANDAL9 DNA/MuDR TOS1 LTR/Rice O.sativa retrotransposon Tos1-2 drr1150 Waterman drr1151 Waterman drr1152 Waterman drr1153 Waterman drr1154 Waterman drr1155 Waterman drr1156 Waterman drr1157 Waterman drr1158 Waterman drr1159 Waterman autorepeat_790 ciona_repeat autorepeat_791 ciona_repeat autorepeat_792 ciona_repeat autorepeat_793 ciona_repeat autorepeat_794 ciona_repeat autorepeat_795 ciona_repeat autorepeat_796 ciona_repeat autorepeat_797 ciona_repeat autorepeat_798 ciona_repeat autorepeat_799 ciona_repeat MT-INTERNAL LTR/MaLR drr1160 Waterman autorepeat_9000 ciona_repeat drr1161 Waterman autorepeat_9001 ciona_repeat drr1162 Waterman autorepeat_9002 ciona_repeat drr1163 Waterman autorepeat_9003 ciona_repeat drr1164 Waterman autorepeat_9004 ciona_repeat drr1165 Waterman autorepeat_9005 ciona_repeat drr1166 Waterman DNA15TA1_DR DNA autorepeat_9006 ciona_repeat drr1167 Waterman autorepeat_9007 ciona_repeat drr1168 Waterman autorepeat_9008 ciona_repeat drr1169 Waterman autorepeat_9009 ciona_repeat L1VL1_5end LINE/L1 HSATII Satellite 7SLRNA SINE/Alu E_Q95P03 ensembl52567/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). drr1170 Waterman autorepeat_9010 ciona_repeat drr1171 Waterman autorepeat_9011 ciona_repeat drr1172 Waterman autorepeat_9012 ciona_repeat drr1173 Waterman autorepeat_9013 ciona_repeat drr1174 Waterman E_P26810 ensembl19186/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. autorepeat_9014 ciona_repeat drr1175 Waterman autorepeat_9015 ciona_repeat drr1176 Waterman autorepeat_9016 ciona_repeat drr1177 Waterman autorepeat_9017 ciona_repeat drr1178 Waterman MU_OS DNA/MuDR autorepeat_9018 ciona_repeat drr1179 Waterman autorepeat_9019 ciona_repeat drr1180 Waterman autorepeat_9020 ciona_repeat drr1181 Waterman autorepeat_9021 ciona_repeat drr1182 Waterman autorepeat_9022 ciona_repeat drr1183 Waterman autorepeat_9023 ciona_repeat drr1184 Waterman autorepeat_9024 ciona_repeat drr1185 Waterman autorepeat_9025 ciona_repeat drr1186 Waterman autorepeat_9026 ciona_repeat drr1187 Waterman autorepeat_9027 ciona_repeat drr1188 Waterman autorepeat_9028 ciona_repeat drr1189 Waterman autorepeat_9029 ciona_repeat MMVL30-int LTR/ERV1 (CAATG)n Simple_repeat (CATAC)n Simple_repeat HUERS-P1 LTR/ERV1 LTR8/8A (mer4-group) 10-11 % div, some subs < 5% diverged HUERS-P2 LTR/ERV1 mer4 group LTR1 11% div HUERS-P3 LTR/ERV1 mer4 group LTR8 11% div drr1190 Waterman autorepeat_9030 ciona_repeat drr1191 Waterman autorepeat_9031 ciona_repeat drr1192 Waterman autorepeat_9032 ciona_repeat drr1193 Waterman autorepeat_9033 ciona_repeat drr1194 Waterman autorepeat_9034 ciona_repeat drr1195 Waterman ATCOPIA31_LTR LTR/Copia autorepeat_9035 ciona_repeat drr1196 Waterman autorepeat_9036 ciona_repeat drr1197 Waterman autorepeat_9037 ciona_repeat drr1198 Waterman autorepeat_9038 ciona_repeat drr1199 Waterman autorepeat_9039 ciona_repeat Kanga1 DNA/Tc2 (MER104) 25% GYPSY5I_DR LTR/Gypsy DMHMRRPTA DNA DMHMRRPTB DNA PAL8B_CE DNA/HAT autorepeat_9040 ciona_repeat autorepeat_9041 ciona_repeat autorepeat_9042 ciona_repeat autorepeat_9043 ciona_repeat E_O77041 ensembl25993/low_complexity DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), STRAIN C108 (FRAGMENT). autorepeat_9044 ciona_repeat autorepeat_9045 ciona_repeat autorepeat_9046 ciona_repeat autorepeat_9047 ciona_repeat autorepeat_9048 ciona_repeat autorepeat_9049 ciona_repeat STALKER DNA RNSATI Other 9443 DNA DrLINE LINE/Zebrafish autorepeat_9050 ciona_repeat autorepeat_9051 ciona_repeat autorepeat_9052 ciona_repeat autorepeat_9053 ciona_repeat autorepeat_9054 ciona_repeat autorepeat_9055 ciona_repeat ATCOPIA42LTR LTR/Copia autorepeat_9056 ciona_repeat E_O12817 ensembl14604/trans PRO-POL PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_9057 ciona_repeat autorepeat_9058 ciona_repeat autorepeat_9059 ciona_repeat gi|159637|gb|M35468.1|MSQRTR1Q DNA SST1 Satellite/centromeric gi|3095124|gb|AF054214.1|AF054214 DNA autorepeat_8400 ciona_repeat autorepeat_8401 ciona_repeat autorepeat_8402 ciona_repeat autorepeat_8403 ciona_repeat autorepeat_8404 ciona_repeat autorepeat_9060 ciona_repeat autorepeat_8405 ciona_repeat autorepeat_9061 ciona_repeat autorepeat_8406 ciona_repeat autorepeat_9062 ciona_repeat autorepeat_8407 ciona_repeat autorepeat_9063 ciona_repeat autorepeat_8408 ciona_repeat autorepeat_9064 ciona_repeat ATCOPIA96_I LTR/Copia 142489..78987,112848..190483 DNA autorepeat_8409 ciona_repeat autorepeat_9065 ciona_repeat autorepeat_9066 ciona_repeat autorepeat_9067 ciona_repeat TAG1 DNA/HAT autorepeat_9068 ciona_repeat TAG2 DNA/HAT autorepeat_9069 ciona_repeat gi|1197544|gb|U47019.1|AGU47019 DNA CEREP3 Unknown CEREP4 Unknown CEREP5 Unknown autorepeat_8410 ciona_repeat autorepeat_8411 ciona_repeat autorepeat_8412 ciona_repeat autorepeat_8413 ciona_repeat autorepeat_8414 ciona_repeat autorepeat_9070 ciona_repeat autorepeat_8415 ciona_repeat autorepeat_9071 ciona_repeat autorepeat_8416 ciona_repeat autorepeat_9072 ciona_repeat autorepeat_8417 ciona_repeat autorepeat_9073 ciona_repeat autorepeat_8418 ciona_repeat autorepeat_9074 ciona_repeat autorepeat_8419 ciona_repeat autorepeat_9075 ciona_repeat BARE1_HV_LTR LTR/Copia autorepeat_9076 ciona_repeat autorepeat_9077 ciona_repeat autorepeat_9078 ciona_repeat autorepeat_9079 ciona_repeat NINJA_I LTR/PAO LTR retrotransposon NINJA, internal sequence. PIF12 DNA/Maize DNA transposon PIF-12. P_DB DNA/P E_Q9NBH9 ensembl9014/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_8420 ciona_repeat autorepeat_8421 ciona_repeat autorepeat_8422 ciona_repeat P_DG DNA/P ATCOPIA23_LTR LTR/Copia autorepeat_8423 ciona_repeat E_P27401 ensembl18827/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. autorepeat_8424 ciona_repeat autorepeat_9080 ciona_repeat autorepeat_8425 ciona_repeat autorepeat_9081 ciona_repeat autorepeat_8426 ciona_repeat autorepeat_9082 ciona_repeat autorepeat_8427 ciona_repeat autorepeat_9083 ciona_repeat autorepeat_8428 ciona_repeat autorepeat_9084 ciona_repeat autorepeat_8429 ciona_repeat autorepeat_9085 ciona_repeat autorepeat_9086 ciona_repeat autorepeat_9087 ciona_repeat KIDDOD_OS DNA autorepeat_9088 ciona_repeat autorepeat_9089 ciona_repeat L1-1_DR LINE/L1 MMGSAT Satellite INE1 DNA autorepeat_8430 ciona_repeat autorepeat_8431 ciona_repeat ZP3AR_MM Satellite autorepeat_8432 ciona_repeat autorepeat_8433 ciona_repeat autorepeat_8434 ciona_repeat autorepeat_9090 ciona_repeat autorepeat_8435 ciona_repeat autorepeat_9091 ciona_repeat H19_RNA miscRNA AF087017.1 Homo sapiens H19 gene, complete sequence // all 5 exons extracted from FEATURES autorepeat_8436 ciona_repeat autorepeat_9092 ciona_repeat autorepeat_8437 ciona_repeat autorepeat_9093 ciona_repeat autorepeat_8438 ciona_repeat autorepeat_9094 ciona_repeat autorepeat_8439 ciona_repeat autorepeat_9095 ciona_repeat autorepeat_9096 ciona_repeat autorepeat_9097 ciona_repeat autorepeat_9098 ciona_repeat autorepeat_9099 ciona_repeat SINE1_OS SINE Ronin1_LTR LTR/Gypsy ALR Satellite/centromeric (CACTC)n Simple_repeat autorepeat_8440 ciona_repeat MTVLTR LTR/Retroviral autorepeat_8441 ciona_repeat autorepeat_5100 ciona_repeat autorepeat_8442 ciona_repeat autorepeat_8443 ciona_repeat autorepeat_5101 ciona_repeat autorepeat_8444 ciona_repeat autorepeat_5102 ciona_repeat autorepeat_8445 ciona_repeat autorepeat_5103 ciona_repeat autorepeat_8446 ciona_repeat ATCOPIA95LTR LTR/Copia autorepeat_5104 ciona_repeat autorepeat_8447 ciona_repeat autorepeat_5105 ciona_repeat autorepeat_8448 ciona_repeat autorepeat_5106 ciona_repeat autorepeat_8449 ciona_repeat autorepeat_5107 ciona_repeat autorepeat_5108 ciona_repeat ATCOPIA63_I LTR/Copia autorepeat_5109 ciona_repeat CELETC2 DNA/Pogo L1PA14_5end LINE/L1 (CCGTA)n Simple_repeat autorepeat_8450 ciona_repeat autorepeat_8451 ciona_repeat autorepeat_8452 ciona_repeat autorepeat_5110 ciona_repeat autorepeat_8453 ciona_repeat autorepeat_5111 ciona_repeat autorepeat_8454 ciona_repeat autorepeat_5112 ciona_repeat autorepeat_8455 ciona_repeat autorepeat_5113 ciona_repeat autorepeat_8456 ciona_repeat autorepeat_5114 ciona_repeat autorepeat_8457 ciona_repeat autorepeat_5115 ciona_repeat autorepeat_8458 ciona_repeat autorepeat_5116 ciona_repeat autorepeat_8459 ciona_repeat autorepeat_5117 ciona_repeat autorepeat_5118 ciona_repeat autorepeat_5119 ciona_repeat DOC2_DM LINE/Jockey autorepeat_7800 ciona_repeat autorepeat_7801 ciona_repeat autorepeat_7802 ciona_repeat autorepeat_7803 ciona_repeat autorepeat_7804 ciona_repeat autorepeat_8460 ciona_repeat autorepeat_7805 ciona_repeat autorepeat_8461 ciona_repeat autorepeat_7806 ciona_repeat autorepeat_8462 ciona_repeat autorepeat_5120 ciona_repeat autorepeat_7807 ciona_repeat autorepeat_8463 ciona_repeat autorepeat_5121 ciona_repeat autorepeat_7808 ciona_repeat autorepeat_8464 ciona_repeat autorepeat_5122 ciona_repeat autorepeat_7809 ciona_repeat autorepeat_8465 ciona_repeat autorepeat_5123 ciona_repeat autorepeat_8466 ciona_repeat autorepeat_5124 ciona_repeat autorepeat_8467 ciona_repeat autorepeat_5125 ciona_repeat autorepeat_8468 ciona_repeat autorepeat_5126 ciona_repeat autorepeat_8469 ciona_repeat autorepeat_5127 ciona_repeat autorepeat_5128 ciona_repeat autorepeat_5129 ciona_repeat Thr.CGT tRNA PB1 SINE/Alu PPI251 DNA RLTRETN_MM LTR/ERVK autorepeat_7810 ciona_repeat autorepeat_7811 ciona_repeat autorepeat_7812 ciona_repeat autorepeat_7813 ciona_repeat E_P91742 ensembl6503/trans TRANSPOSASE (FRAGMENT). autorepeat_7814 ciona_repeat autorepeat_8470 ciona_repeat autorepeat_7815 ciona_repeat autorepeat_8471 ciona_repeat autorepeat_7816 ciona_repeat autorepeat_8472 ciona_repeat autorepeat_5130 ciona_repeat autorepeat_7817 ciona_repeat autorepeat_8473 ciona_repeat autorepeat_5131 ciona_repeat autorepeat_7818 ciona_repeat autorepeat_8474 ciona_repeat autorepeat_5132 ciona_repeat autorepeat_7819 ciona_repeat autorepeat_8475 ciona_repeat autorepeat_5133 ciona_repeat autorepeat_8476 ciona_repeat autorepeat_5134 ciona_repeat autorepeat_8477 ciona_repeat autorepeat_5135 ciona_repeat autorepeat_8478 ciona_repeat autorepeat_5136 ciona_repeat autorepeat_8479 ciona_repeat autorepeat_5137 ciona_repeat autorepeat_5138 ciona_repeat autorepeat_5139 ciona_repeat (CAAAG)n Simple_repeat (CCGGG)n Simple_repeat GRANDE1_ZD_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7820 ciona_repeat autorepeat_7821 ciona_repeat autorepeat_7822 ciona_repeat PIR_XL DNA/T2 autorepeat_7823 ciona_repeat autorepeat_7824 ciona_repeat autorepeat_8480 ciona_repeat autorepeat_7825 ciona_repeat autorepeat_8481 ciona_repeat autorepeat_7826 ciona_repeat autorepeat_8482 ciona_repeat autorepeat_5140 ciona_repeat autorepeat_7827 ciona_repeat autorepeat_8483 ciona_repeat autorepeat_5141 ciona_repeat autorepeat_7828 ciona_repeat autorepeat_8484 ciona_repeat BLASTOPIA_LTR LTR/Gypsy LTR retrotransposon. autorepeat_5142 ciona_repeat autorepeat_7829 ciona_repeat autorepeat_8485 ciona_repeat autorepeat_5143 ciona_repeat autorepeat_8486 ciona_repeat autorepeat_5144 ciona_repeat autorepeat_8487 ciona_repeat autorepeat_5145 ciona_repeat autorepeat_8488 ciona_repeat autorepeat_5146 ciona_repeat autorepeat_8489 ciona_repeat autorepeat_5147 ciona_repeat autorepeat_5148 ciona_repeat tRNA-Asn-AAC tRNA autorepeat_5149 ciona_repeat TANS Satellite/Newt (Hydromantes genei) ATCOPIA30_I LTR/Copia D20S16 Satellite E_O18558 ensembl103876/low_complexity LIAN-AA1 RETROTRANSPOSON PROTEIN. tRNA-Ser-TCA(m) tRNA (mitochondrial) autorepeat_7830 ciona_repeat tRNA-Asn-AAT tRNA autorepeat_7831 ciona_repeat autorepeat_7832 ciona_repeat autorepeat_7833 ciona_repeat autorepeat_7834 ciona_repeat autorepeat_8490 ciona_repeat autorepeat_7835 ciona_repeat autorepeat_8491 ciona_repeat autorepeat_7836 ciona_repeat autorepeat_8492 ciona_repeat autorepeat_5150 ciona_repeat autorepeat_7837 ciona_repeat autorepeat_8493 ciona_repeat autorepeat_5151 ciona_repeat autorepeat_7838 ciona_repeat autorepeat_8494 ciona_repeat autorepeat_5152 ciona_repeat autorepeat_7839 ciona_repeat autorepeat_8495 ciona_repeat autorepeat_5153 ciona_repeat autorepeat_8496 ciona_repeat autorepeat_5154 ciona_repeat autorepeat_8497 ciona_repeat autorepeat_5155 ciona_repeat autorepeat_8498 ciona_repeat autorepeat_5156 ciona_repeat autorepeat_8499 ciona_repeat TIR43YW1_CE DNA autorepeat_5157 ciona_repeat autorepeat_5158 ciona_repeat autorepeat_5159 ciona_repeat B1F SINE/Alu RIRE2_OS_LTR LTR/Gypsy MER57A-int LTR/ERV1 DM412B_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7840 ciona_repeat autorepeat_7841 ciona_repeat autorepeat_7842 ciona_repeat autorepeat_4500 ciona_repeat autorepeat_7843 ciona_repeat autorepeat_4501 ciona_repeat autorepeat_7844 ciona_repeat autorepeat_4502 ciona_repeat autorepeat_7845 ciona_repeat autorepeat_4503 ciona_repeat autorepeat_7846 ciona_repeat autorepeat_4504 ciona_repeat autorepeat_5160 ciona_repeat autorepeat_7847 ciona_repeat autorepeat_4505 ciona_repeat autorepeat_5161 ciona_repeat autorepeat_7848 ciona_repeat autorepeat_4506 ciona_repeat autorepeat_5162 ciona_repeat autorepeat_7849 ciona_repeat autorepeat_4507 ciona_repeat autorepeat_5163 ciona_repeat autorepeat_4508 ciona_repeat VANDAL10 DNA/MuDR autorepeat_5164 ciona_repeat ATCOPIA57_I LTR/Copia autorepeat_4509 ciona_repeat VANDAL11 DNA/MuDR autorepeat_5165 ciona_repeat VANDAL12 DNA/MuDR autorepeat_5166 ciona_repeat VANDAL13 DNA/MuDR autorepeat_5167 ciona_repeat VANDAL14 DNA/MuDR autorepeat_5168 ciona_repeat VANDAL15 DNA/MuDR autorepeat_5169 ciona_repeat VANDAL16 DNA/MuDR VANDAL17 DNA/MuDR VANDAL18 DNA/MuDR GYPSY2_I LTR/Gypsy R2_DM LINE/R2 R2Dm autorepeat_7850 ciona_repeat L1M2c_5end LINE/L1 autorepeat_7851 ciona_repeat autorepeat_7852 ciona_repeat E_Q95NJ9 ensembl15358/low_complexity MARINER-LIKE TRANSPOSASE (TRANSPOSABLE ELEMENT MARINER, COMPLETE CDS). autorepeat_4510 ciona_repeat autorepeat_7853 ciona_repeat autorepeat_4511 ciona_repeat autorepeat_7854 ciona_repeat autorepeat_4512 ciona_repeat autorepeat_7855 ciona_repeat autorepeat_4513 ciona_repeat autorepeat_7856 ciona_repeat autorepeat_4514 ciona_repeat autorepeat_5170 ciona_repeat autorepeat_7857 ciona_repeat autorepeat_4515 ciona_repeat autorepeat_5171 ciona_repeat autorepeat_7858 ciona_repeat autorepeat_4516 ciona_repeat autorepeat_5172 ciona_repeat autorepeat_7859 ciona_repeat autorepeat_4517 ciona_repeat autorepeat_5173 ciona_repeat autorepeat_4518 ciona_repeat autorepeat_5174 ciona_repeat VANDAL20 DNA/MuDR autorepeat_4519 ciona_repeat ATCOPIA41I LTR/Copia VANDAL21 DNA/MuDR autorepeat_5175 ciona_repeat autorepeat_5176 ciona_repeat VANDAL22 DNA/MuDR autorepeat_5177 ciona_repeat autorepeat_5178 ciona_repeat TAR1 Satellite/telomeric autorepeat_5179 ciona_repeat B3A SINE/B2 Vault_RNA-AF045143 miscRNA AF045143.1 Homo sapiens vault-associated RNA 1, complete sequence Vault_RNA-AF045144 miscRNA AF045144.1 Homo sapiens vault-associated RNA 2, complete sequence Vault_RNA-AF045145 miscRNA AF045145.1 Homo sapiens vault-associated RNA 3, complete sequence autorepeat_7860 ciona_repeat autorepeat_7861 ciona_repeat autorepeat_7862 ciona_repeat autorepeat_4520 ciona_repeat (CCCGA)n Simple_repeat autorepeat_7863 ciona_repeat autorepeat_4521 ciona_repeat autorepeat_7864 ciona_repeat autorepeat_4522 ciona_repeat autorepeat_7865 ciona_repeat autorepeat_4523 ciona_repeat autorepeat_7866 ciona_repeat autorepeat_4524 ciona_repeat autorepeat_5180 ciona_repeat autorepeat_7867 ciona_repeat autorepeat_4525 ciona_repeat autorepeat_5181 ciona_repeat autorepeat_7868 ciona_repeat E_Q03270 ensembl10608/trans RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT). autorepeat_4526 ciona_repeat autorepeat_5182 ciona_repeat autorepeat_7869 ciona_repeat autorepeat_4527 ciona_repeat CELE1 DNA/Tc1? autorepeat_5183 ciona_repeat autorepeat_4528 ciona_repeat CELE2 DNA autorepeat_5184 ciona_repeat autorepeat_4529 ciona_repeat ATCOPIA42I LTR/Copia autorepeat_5185 ciona_repeat CELE4 DNA autorepeat_5186 ciona_repeat autorepeat_5187 ciona_repeat CELE6 DNA/Tc1? autorepeat_5188 ciona_repeat CELE7 DNA autorepeat_5189 ciona_repeat B4A SINE/B4 TART LINE/Telomere E_Q02881 ensembl7907/trans UHU TRANSPOSON (LAMBDA-HET3). ATCOPIA61LTR LTR/Copia (CTAA)n Simple_repeat autorepeat_7870 ciona_repeat autorepeat_7871 ciona_repeat autorepeat_7872 ciona_repeat autorepeat_4530 ciona_repeat autorepeat_7873 ciona_repeat autorepeat_4531 ciona_repeat autorepeat_7874 ciona_repeat autorepeat_4532 ciona_repeat autorepeat_7875 ciona_repeat autorepeat_4533 ciona_repeat autorepeat_7876 ciona_repeat autorepeat_4534 ciona_repeat autorepeat_5190 ciona_repeat autorepeat_7877 ciona_repeat autorepeat_4535 ciona_repeat autorepeat_5191 ciona_repeat autorepeat_7878 ciona_repeat autorepeat_4536 ciona_repeat autorepeat_5192 ciona_repeat autorepeat_7879 ciona_repeat autorepeat_4537 ciona_repeat autorepeat_5193 ciona_repeat autorepeat_4538 ciona_repeat autorepeat_5194 ciona_repeat autorepeat_4539 ciona_repeat ATCOPIA43I LTR/Copia autorepeat_5195 ciona_repeat autorepeat_5196 ciona_repeat autorepeat_5197 ciona_repeat E_Q96H41 ensembl13745/trans SET DOMAIN AND MARINER TRANSPOSASE FUSION GENE. autorepeat_5198 ciona_repeat autorepeat_5199 ciona_repeat ENDOVIR1_I LTR/Copia autorepeat_7880 ciona_repeat autorepeat_7881 ciona_repeat autorepeat_7882 ciona_repeat autorepeat_4540 ciona_repeat autorepeat_7883 ciona_repeat autorepeat_4541 ciona_repeat autorepeat_7884 ciona_repeat autorepeat_1200 ciona_repeat autorepeat_4542 ciona_repeat autorepeat_7885 ciona_repeat autorepeat_4543 ciona_repeat autorepeat_1201 ciona_repeat autorepeat_7886 ciona_repeat autorepeat_4544 ciona_repeat autorepeat_1202 ciona_repeat autorepeat_7887 ciona_repeat autorepeat_4545 ciona_repeat autorepeat_1203 ciona_repeat autorepeat_7888 ciona_repeat autorepeat_4546 ciona_repeat autorepeat_7889 ciona_repeat autorepeat_4547 ciona_repeat autorepeat_1204 ciona_repeat autorepeat_4548 ciona_repeat autorepeat_1205 ciona_repeat autorepeat_4549 ciona_repeat autorepeat_1206 ciona_repeat autorepeat_1207 ciona_repeat autorepeat_1208 ciona_repeat 122116..161284 DNA SINE_FR1a SINE/Mermaid 12% kimura (at least two subs) bp 1-75 are tRNA derived, resembling SINE_AF of cychlids, bp 181-306 (end) are similar to MER6. Danio has similar tRNA-MER6 combination, but the tRNA part has a different origin. A SINE_Fugu like SINE is found in Perch as well. The SINE-MER6 element in Danio has been named 'mermaid' by a Japanese group (Biochem. Biophys. Res. Commun. 220 (1), 226-232 1996). I had described them in my dissertation and 1996 COGD review as well. autorepeat_1209 ciona_repeat SINE_FR1b SINE/Mermaid 13% kim SINE_FR1c SINE/Mermaid 14% kim 76776..18789 DNA SINE_FR1d SINE/Mermaid 17% kim (at least two subs) PALTTTAAA1 DNA PALTTTAAA2 DNA PALTTTAAA3 DNA gi|3095114|gb|AF054209.1|AF054209 DNA (CACAC)n Simple_repeat DMCOPIA DNA autorepeat_7890 ciona_repeat autorepeat_7891 ciona_repeat autorepeat_7892 ciona_repeat autorepeat_4550 ciona_repeat autorepeat_7893 ciona_repeat autorepeat_4551 ciona_repeat autorepeat_7894 ciona_repeat autorepeat_4552 ciona_repeat autorepeat_1210 ciona_repeat autorepeat_7895 ciona_repeat autorepeat_4553 ciona_repeat autorepeat_1211 ciona_repeat autorepeat_7896 ciona_repeat autorepeat_4554 ciona_repeat autorepeat_1212 ciona_repeat autorepeat_7897 ciona_repeat autorepeat_4555 ciona_repeat autorepeat_7898 ciona_repeat autorepeat_4556 ciona_repeat autorepeat_1213 ciona_repeat autorepeat_7899 ciona_repeat autorepeat_4557 ciona_repeat autorepeat_1214 ciona_repeat autorepeat_4558 ciona_repeat autorepeat_1215 ciona_repeat autorepeat_4559 ciona_repeat autorepeat_1216 ciona_repeat autorepeat_1217 ciona_repeat autorepeat_1218 ciona_repeat autorepeat_1219 ciona_repeat gi|6671102:4666-7307,repeat_region DNA (CCGAA)n Simple_repeat E_Q24693 ensembl6545/trans MARINER-1 PROTEIN. DSAT Satellite autorepeat_3900 ciona_repeat autorepeat_3901 ciona_repeat autorepeat_3902 ciona_repeat autorepeat_3903 ciona_repeat HERVH_48 LTR/Retroviral autorepeat_4560 ciona_repeat autorepeat_3904 ciona_repeat autorepeat_4561 ciona_repeat autorepeat_3905 ciona_repeat autorepeat_4562 ciona_repeat autorepeat_3906 ciona_repeat autorepeat_1220 ciona_repeat E_Q9P967 ensembl16047/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4563 ciona_repeat autorepeat_3907 ciona_repeat autorepeat_1221 ciona_repeat autorepeat_4564 ciona_repeat autorepeat_3908 ciona_repeat E_Q963U5 ensembl52574/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4565 ciona_repeat autorepeat_3909 ciona_repeat autorepeat_1222 ciona_repeat autorepeat_4566 ciona_repeat autorepeat_1223 ciona_repeat autorepeat_4567 ciona_repeat autorepeat_1224 ciona_repeat autorepeat_4568 ciona_repeat autorepeat_1225 ciona_repeat autorepeat_4569 ciona_repeat autorepeat_1226 ciona_repeat autorepeat_1227 ciona_repeat autorepeat_1228 ciona_repeat BOVB_VA LINE/Viper (Vipera ammodytes) autorepeat_1229 ciona_repeat Hu-Z12 snoRNA Human Z12 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|4128149|HSAJ10676 391,77827,77655 DNA autorepeat_3910 ciona_repeat autorepeat_3911 ciona_repeat autorepeat_3912 ciona_repeat autorepeat_3913 ciona_repeat tRNA-Ser(Sec) tRNA autorepeat_4570 ciona_repeat autorepeat_3914 ciona_repeat autorepeat_4571 ciona_repeat autorepeat_3915 ciona_repeat autorepeat_4572 ciona_repeat autorepeat_3916 ciona_repeat autorepeat_1230 ciona_repeat autorepeat_4573 ciona_repeat autorepeat_3917 ciona_repeat autorepeat_4574 ciona_repeat autorepeat_3918 ciona_repeat autorepeat_1231 ciona_repeat autorepeat_4575 ciona_repeat autorepeat_3919 ciona_repeat autorepeat_1232 ciona_repeat autorepeat_4576 ciona_repeat autorepeat_1233 ciona_repeat 2699..28182,170074..44469,168219..25961,101666..22945,46002,107940 DNA autorepeat_4577 ciona_repeat autorepeat_1234 ciona_repeat autorepeat_4578 ciona_repeat autorepeat_1235 ciona_repeat NVSAT1 Satellite/Newt (Notophthalmus viridescens) E_O82276 ensembl25455/trans PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_4579 ciona_repeat autorepeat_1236 ciona_repeat autorepeat_1237 ciona_repeat autorepeat_1238 ciona_repeat autorepeat_1239 ciona_repeat autorepeat_800 ciona_repeat autorepeat_801 ciona_repeat autorepeat_802 ciona_repeat autorepeat_803 ciona_repeat autorepeat_804 ciona_repeat autorepeat_805 ciona_repeat QUASIMODO_I LTR/Gypsy autorepeat_806 ciona_repeat autorepeat_807 ciona_repeat autorepeat_808 ciona_repeat autorepeat_809 ciona_repeat LTR54B LTR/ERV1 15% ATCOPIA38B_LTR LTR/Copia gi|600842|gb|U11656.1|AGU11656 DNA autorepeat_3920 ciona_repeat autorepeat_3921 ciona_repeat autorepeat_3922 ciona_repeat autorepeat_3923 ciona_repeat autorepeat_4580 ciona_repeat autorepeat_3924 ciona_repeat autorepeat_4581 ciona_repeat autorepeat_3925 ciona_repeat autorepeat_4582 ciona_repeat autorepeat_3926 ciona_repeat autorepeat_4583 ciona_repeat autorepeat_3927 ciona_repeat autorepeat_1240 ciona_repeat autorepeat_4584 ciona_repeat autorepeat_3928 ciona_repeat autorepeat_1241 ciona_repeat autorepeat_4585 ciona_repeat autorepeat_3929 ciona_repeat autorepeat_1242 ciona_repeat autorepeat_4586 ciona_repeat autorepeat_1243 ciona_repeat autorepeat_4587 ciona_repeat autorepeat_1244 ciona_repeat autorepeat_4588 ciona_repeat autorepeat_1245 ciona_repeat autorepeat_4589 ciona_repeat autorepeat_1246 ciona_repeat autorepeat_1247 ciona_repeat autorepeat_1248 ciona_repeat autorepeat_1249 ciona_repeat Hu-Z30 snoRNA Human Z30 gmeth?(U6) c/d snoRNA intron ?? ??gi|4128140|emb|AJ007733.1|HSAJ7733 Hu-Z32 snoRNA Human Z32 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|5777823|emb|AJ009638.1|HSAJ9638 autorepeat_810 ciona_repeat autorepeat_811 ciona_repeat autorepeat_812 ciona_repeat autorepeat_813 ciona_repeat TZF28 DNA/TC1 autorepeat_814 ciona_repeat autorepeat_815 ciona_repeat autorepeat_816 ciona_repeat autorepeat_817 ciona_repeat autorepeat_818 ciona_repeat autorepeat_819 ciona_repeat autorepeat_3930 ciona_repeat gi|3095122|gb|AF054213.1|AF054213 DNA autorepeat_3931 ciona_repeat autorepeat_3932 ciona_repeat autorepeat_3933 ciona_repeat autorepeat_4590 ciona_repeat autorepeat_3934 ciona_repeat autorepeat_4591 ciona_repeat autorepeat_3935 ciona_repeat autorepeat_4592 ciona_repeat autorepeat_3936 ciona_repeat autorepeat_4593 ciona_repeat autorepeat_3937 ciona_repeat autorepeat_1250 ciona_repeat autorepeat_4594 ciona_repeat autorepeat_3938 ciona_repeat autorepeat_1251 ciona_repeat autorepeat_4595 ciona_repeat autorepeat_3939 ciona_repeat autorepeat_1252 ciona_repeat autorepeat_4596 ciona_repeat autorepeat_1253 ciona_repeat autorepeat_4597 ciona_repeat autorepeat_1254 ciona_repeat autorepeat_4598 ciona_repeat autorepeat_1255 ciona_repeat autorepeat_4599 ciona_repeat autorepeat_1256 ciona_repeat autorepeat_1257 ciona_repeat E_P14350 ensembl11366/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. autorepeat_1258 ciona_repeat autorepeat_1259 ciona_repeat autorepeat_820 ciona_repeat autorepeat_821 ciona_repeat autorepeat_822 ciona_repeat autorepeat_823 ciona_repeat autorepeat_824 ciona_repeat LTRMDG3_DM LTR/Gypsy LTR of MDG3 retrotransposon. autorepeat_825 ciona_repeat autorepeat_826 ciona_repeat autorepeat_827 ciona_repeat autorepeat_828 ciona_repeat autorepeat_829 ciona_repeat autorepeat_3940 ciona_repeat autorepeat_3941 ciona_repeat autorepeat_3942 ciona_repeat autorepeat_3943 ciona_repeat autorepeat_3944 ciona_repeat autorepeat_3945 ciona_repeat autorepeat_3946 ciona_repeat FERV-R1_I LTR/ERV1 Internal sequence of an endogenous retrovirus, most closely related (thus far) to the walleye epidermal hyperplasia virus type 2 (53% AA similiarity of pol gene product). Reverse transcription appears primed from a tRNA-Arg-CGY (hence FERV-R). Some copies are < 3% diverged from this consensus. autorepeat_3947 ciona_repeat autorepeat_1260 ciona_repeat ALRa_ Satellite/centromeric autorepeat_3948 ciona_repeat autorepeat_1261 ciona_repeat autorepeat_3949 ciona_repeat autorepeat_1262 ciona_repeat autorepeat_1263 ciona_repeat autorepeat_1264 ciona_repeat autorepeat_1265 ciona_repeat E_Q13539 ensembl6505/trans MARINER TRANSPOSASE. autorepeat_1266 ciona_repeat autorepeat_1267 ciona_repeat autorepeat_1268 ciona_repeat autorepeat_1269 ciona_repeat LR9A Unknown autorepeat_830 ciona_repeat gi|11612473|gb|AF294486.1|AF294486 DNA autorepeat_831 ciona_repeat DMMDG3 DNA RETROSOR1_SB_I LTR/Gypsy autorepeat_832 ciona_repeat POR DNA Hu-U14-3 snoRNA Human U14-3 gmeth c/d snoRNA intron 3 ribosomal protein S13 gi|1754632|D88010 autorepeat_833 ciona_repeat autorepeat_834 ciona_repeat Hu-U14-5 snoRNA Human U14-5 gmeth c/d snoRNA intron 5 ribosomal protein S13 gi|1754632 autorepeat_835 ciona_repeat autorepeat_836 ciona_repeat autorepeat_837 ciona_repeat E_Q9BLI0 ensembl11601/trans TRASSC3 PROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_838 ciona_repeat autorepeat_839 ciona_repeat (TGGAA)n Simple_repeat autorepeat_3950 ciona_repeat autorepeat_3951 ciona_repeat autorepeat_3952 ciona_repeat autorepeat_3953 ciona_repeat autorepeat_3954 ciona_repeat autorepeat_3955 ciona_repeat autorepeat_3956 ciona_repeat autorepeat_3957 ciona_repeat autorepeat_1270 ciona_repeat autorepeat_3958 ciona_repeat autorepeat_1271 ciona_repeat ALRb_ Satellite/centromeric autorepeat_3959 ciona_repeat autorepeat_1272 ciona_repeat drr1200 Waterman autorepeat_1273 ciona_repeat drr1201 Waterman autorepeat_1274 ciona_repeat drr1202 Waterman autorepeat_1275 ciona_repeat drr1203 Waterman autorepeat_1276 ciona_repeat drr1204 Waterman autorepeat_1277 ciona_repeat drr1205 Waterman autorepeat_1278 ciona_repeat drr1206 Waterman autorepeat_1279 ciona_repeat drr1207 Waterman drr1208 Waterman drr1209 Waterman autorepeat_840 ciona_repeat autorepeat_841 ciona_repeat NDNA1TNA_OS DNA autorepeat_842 ciona_repeat autorepeat_843 ciona_repeat autorepeat_844 ciona_repeat autorepeat_845 ciona_repeat autorepeat_846 ciona_repeat (CAGGA)n Simple_repeat autorepeat_847 ciona_repeat gi|432429|gb|U03849.1|AGU03849 DNA autorepeat_848 ciona_repeat autorepeat_849 ciona_repeat MMSQR1 Other MMSQR2 Other MMSQR4 Other autorepeat_3960 ciona_repeat autorepeat_3961 ciona_repeat autorepeat_3962 ciona_repeat autorepeat_3963 ciona_repeat autorepeat_3964 ciona_repeat autorepeat_3965 ciona_repeat autorepeat_3966 ciona_repeat autorepeat_3967 ciona_repeat autorepeat_1280 ciona_repeat DM1731_LTR LTR/Copia Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence. GYPSY6A_LTR LTR/Gypsy autorepeat_3968 ciona_repeat autorepeat_1281 ciona_repeat autorepeat_3969 ciona_repeat autorepeat_1282 ciona_repeat drr1210 Waterman autorepeat_1283 ciona_repeat drr1211 Waterman autorepeat_1284 ciona_repeat drr1212 Waterman autorepeat_1285 ciona_repeat drr1213 Waterman autorepeat_1286 ciona_repeat drr1214 Waterman autorepeat_1287 ciona_repeat drr1215 Waterman PROTOP1_DR DNA autorepeat_1288 ciona_repeat drr1216 Waterman autorepeat_1289 ciona_repeat drr1217 Waterman ATCOPIA46LTR LTR/Copia drr1218 Waterman drr1219 Waterman autorepeat_850 ciona_repeat autorepeat_851 ciona_repeat autorepeat_852 ciona_repeat autorepeat_853 ciona_repeat autorepeat_854 ciona_repeat autorepeat_855 ciona_repeat autorepeat_856 ciona_repeat autorepeat_857 ciona_repeat autorepeat_858 ciona_repeat autorepeat_859 ciona_repeat autorepeat_3970 ciona_repeat autorepeat_3971 ciona_repeat (CCGG)n Simple_repeat autorepeat_3972 ciona_repeat autorepeat_3973 ciona_repeat autorepeat_3974 ciona_repeat autorepeat_3975 ciona_repeat autorepeat_3976 ciona_repeat autorepeat_3977 ciona_repeat autorepeat_1290 ciona_repeat autorepeat_3978 ciona_repeat autorepeat_1291 ciona_repeat autorepeat_3979 ciona_repeat autorepeat_1292 ciona_repeat drr1220 Waterman autorepeat_1293 ciona_repeat drr1221 Waterman autorepeat_1294 ciona_repeat drr1222 Waterman autorepeat_1295 ciona_repeat drr1223 Waterman autorepeat_1296 ciona_repeat drr1224 Waterman autorepeat_1297 ciona_repeat drr1225 Waterman autorepeat_1298 ciona_repeat autorepeat_1299 ciona_repeat autorepeat_860 ciona_repeat autorepeat_861 ciona_repeat autorepeat_862 ciona_repeat autorepeat_863 ciona_repeat autorepeat_864 ciona_repeat autorepeat_865 ciona_repeat autorepeat_866 ciona_repeat E_Q9LTU5 ensembl63161/trans DNA-DAMAGE INDUCIBLE PROTEIN DDI1-LIKE. autorepeat_867 ciona_repeat autorepeat_868 ciona_repeat autorepeat_869 ciona_repeat autorepeat_3980 ciona_repeat autorepeat_3981 ciona_repeat autorepeat_3982 ciona_repeat autorepeat_3983 ciona_repeat autorepeat_3984 ciona_repeat autorepeat_3985 ciona_repeat autorepeat_3986 ciona_repeat autorepeat_3987 ciona_repeat autorepeat_3988 ciona_repeat autorepeat_3989 ciona_repeat Asn.ATT tRNA autorepeat_870 ciona_repeat autorepeat_871 ciona_repeat autorepeat_872 ciona_repeat autorepeat_873 ciona_repeat GYPSY_DM LTR/Gypsy transcriptase-like enzyme. autorepeat_874 ciona_repeat autorepeat_875 ciona_repeat autorepeat_876 ciona_repeat PMER1 DNA/MER1_type autorepeat_877 ciona_repeat autorepeat_878 ciona_repeat GYPSY_DS LTR/Gypsy D.subobscura gypsy retrotransposon, complete sequence. autorepeat_879 ciona_repeat HATN3_DR DNA autorepeat_3990 ciona_repeat autorepeat_3991 ciona_repeat autorepeat_3992 ciona_repeat autorepeat_3993 ciona_repeat autorepeat_3994 ciona_repeat DMRTMGD1 DNA autorepeat_3995 ciona_repeat autorepeat_3996 ciona_repeat autorepeat_3997 ciona_repeat autorepeat_3998 ciona_repeat autorepeat_3999 ciona_repeat MMETNLTR LTR/Retroviral autorepeat_880 ciona_repeat autorepeat_881 ciona_repeat autorepeat_882 ciona_repeat autorepeat_883 ciona_repeat E_Q63776 ensembl12666/low_complexity HYPOTHETICAL 15.4 KDA PROTEIN. autorepeat_884 ciona_repeat autorepeat_885 ciona_repeat L1-5_DR LINE/L1 autorepeat_886 ciona_repeat autorepeat_887 ciona_repeat autorepeat_888 ciona_repeat autorepeat_889 ciona_repeat ATCOPIA80LTR LTR/Copia C573_MM Other/Y-chromosomal autorepeat_890 ciona_repeat autorepeat_891 ciona_repeat autorepeat_892 ciona_repeat autorepeat_893 ciona_repeat (CGAG)n Simple_repeat autorepeat_894 ciona_repeat autorepeat_895 ciona_repeat autorepeat_896 ciona_repeat autorepeat_897 ciona_repeat autorepeat_898 ciona_repeat autorepeat_899 ciona_repeat E_Q9AYG6 ensembl40355/trans GAG-POL. autorepeat_9100 ciona_repeat autorepeat_9101 ciona_repeat autorepeat_9102 ciona_repeat TAG3N1 DNA/HAT autorepeat_9103 ciona_repeat autorepeat_9104 ciona_repeat autorepeat_9105 ciona_repeat autorepeat_9106 ciona_repeat autorepeat_9107 ciona_repeat autorepeat_9108 ciona_repeat autorepeat_9109 ciona_repeat Ronin2_LTR1 LTR/Gypsy Ronin2_LTR2 LTR/Gypsy autorepeat_9110 ciona_repeat Ronin2_LTR3 LTR/Gypsy autorepeat_9111 ciona_repeat Ronin2_LTR4 LTR/Gypsy autorepeat_9112 ciona_repeat TIRANT DNA autorepeat_9113 ciona_repeat ATHILA6A_LTR LTR/Gypsy autorepeat_9114 ciona_repeat 79391,144728 DNA autorepeat_9115 ciona_repeat autorepeat_9116 ciona_repeat autorepeat_9117 ciona_repeat autorepeat_9118 ciona_repeat autorepeat_9119 ciona_repeat E_O18521 ensembl134444/low_complexity POL (FRAGMENT). RLTR9C LTR/ERVK not a consensus yet, ETn related 19080..126187,150778,86666,142908 DNA RLTR10 LTR/ERVK 3% div autorepeat_9120 ciona_repeat autorepeat_9121 ciona_repeat RLTR12 LTR/ERVK MYSERV autorepeat_9122 ciona_repeat autorepeat_9123 ciona_repeat RLTR14 LTR/ERV1 autorepeat_9124 ciona_repeat autorepeat_9125 ciona_repeat autorepeat_9126 ciona_repeat autorepeat_9127 ciona_repeat autorepeat_9128 ciona_repeat autorepeat_9129 ciona_repeat gi|11612459|gb|AF294472.1|AF294472 DNA autorepeat_9130 ciona_repeat gi|18087069|gb|AF387858.1|AF387858 DNA autorepeat_9131 ciona_repeat autorepeat_9132 ciona_repeat autorepeat_9133 ciona_repeat DMHRPT1 DNA autorepeat_9134 ciona_repeat autorepeat_9135 ciona_repeat autorepeat_9136 ciona_repeat autorepeat_9137 ciona_repeat autorepeat_9138 ciona_repeat autorepeat_9139 ciona_repeat L1_Felidae LINE/L1 11% div E_Q9ZQU3 ensembl2934/trans POLYPROTEIN (FRAGMENT). ATCOPIA12LTR LTR/Copia (CCAA)n Simple_repeat autorepeat_9140 ciona_repeat autorepeat_9141 ciona_repeat autorepeat_9142 ciona_repeat autorepeat_9143 ciona_repeat autorepeat_9144 ciona_repeat autorepeat_9145 ciona_repeat E_Q963U9 ensembl12566/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_9146 ciona_repeat autorepeat_9147 ciona_repeat autorepeat_9148 ciona_repeat 168197 DNA autorepeat_9149 ciona_repeat ATCOPIA70_I LTR/Copia BATUMI_LTR LTR/PAO Hu-U40_U46 snoRNA Human U40 gmeth c/d snoRNA intron 2 ribosomal protein S8 gi|1770524|emb|Z69628.1|HSSNORU40 PREM1_ZM LTR? autorepeat_9150 ciona_repeat autorepeat_9151 ciona_repeat (GGGAA)n Simple_repeat autorepeat_9152 ciona_repeat autorepeat_9153 ciona_repeat DGRSAT1 Satellite D.grimshawi satellite DNA. autorepeat_9154 ciona_repeat autorepeat_9155 ciona_repeat autorepeat_9156 ciona_repeat autorepeat_9157 ciona_repeat autorepeat_9158 ciona_repeat autorepeat_9159 ciona_repeat Tyr.GTA tRNA autorepeat_8500 ciona_repeat autorepeat_8501 ciona_repeat autorepeat_8502 ciona_repeat autorepeat_8503 ciona_repeat autorepeat_8504 ciona_repeat autorepeat_9160 ciona_repeat AluY SINE/Alu autorepeat_8505 ciona_repeat autorepeat_9161 ciona_repeat autorepeat_8506 ciona_repeat autorepeat_9162 ciona_repeat autorepeat_8507 ciona_repeat autorepeat_9163 ciona_repeat autorepeat_8508 ciona_repeat autorepeat_9164 ciona_repeat ATCOPIA97_I LTR/Copia autorepeat_8509 ciona_repeat autorepeat_9165 ciona_repeat autorepeat_9166 ciona_repeat autorepeat_9167 ciona_repeat autorepeat_9168 ciona_repeat autorepeat_9169 ciona_repeat ATGP10LTR LTR/Gypsy gi|18087074|gb|AF387861.1|AF387861 DNA E_Q9AVM9 ensembl8250/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). WIS21A LTR/Wheat T.aestivum Wis-2-1A retrotransposon-like element. META1_I LTR/Copia autorepeat_8510 ciona_repeat autorepeat_8511 ciona_repeat autorepeat_8512 ciona_repeat autorepeat_8513 ciona_repeat autorepeat_8514 ciona_repeat autorepeat_9170 ciona_repeat autorepeat_8515 ciona_repeat autorepeat_9171 ciona_repeat 91861,176582,5025 DNA autorepeat_8516 ciona_repeat autorepeat_9172 ciona_repeat autorepeat_8517 ciona_repeat autorepeat_9173 ciona_repeat autorepeat_8518 ciona_repeat autorepeat_9174 ciona_repeat autorepeat_8519 ciona_repeat autorepeat_9175 ciona_repeat autorepeat_9176 ciona_repeat autorepeat_9177 ciona_repeat autorepeat_9178 ciona_repeat autorepeat_9179 ciona_repeat L1PBb_5end LINE/L1 ARS406_DM Unknown D. melanogaster autonomous replication sequence (ars) 406. PABL_A-int LTR/ERV1 SHOOTER DNA/Maize E_Q9TYX8 ensembl16641/low_complexity R11E3.3 PROTEIN. DNA11TA1_DR DNA autorepeat_8520 ciona_repeat autorepeat_8521 ciona_repeat autorepeat_8522 ciona_repeat autorepeat_8523 ciona_repeat autorepeat_8524 ciona_repeat autorepeat_9180 ciona_repeat autorepeat_8525 ciona_repeat autorepeat_9181 ciona_repeat autorepeat_8526 ciona_repeat autorepeat_9182 ciona_repeat autorepeat_8527 ciona_repeat autorepeat_9183 ciona_repeat autorepeat_8528 ciona_repeat autorepeat_9184 ciona_repeat autorepeat_8529 ciona_repeat autorepeat_9185 ciona_repeat autorepeat_9186 ciona_repeat autorepeat_9187 ciona_repeat autorepeat_9188 ciona_repeat CR1-F3 LINE/CR1 12.5% autorepeat_9189 ciona_repeat IAP-d LTR/ERVK (internal deletion product) ATCOPIA65LTR LTR/Copia autorepeat_8530 ciona_repeat autorepeat_8531 ciona_repeat autorepeat_8532 ciona_repeat autorepeat_8533 ciona_repeat autorepeat_8534 ciona_repeat autorepeat_9190 ciona_repeat autorepeat_8535 ciona_repeat autorepeat_9191 ciona_repeat autorepeat_8536 ciona_repeat autorepeat_9192 ciona_repeat autorepeat_8537 ciona_repeat autorepeat_9193 ciona_repeat E_Q9XUX1 ensembl21240/low_complexity F57G4.9 PROTEIN. autorepeat_8538 ciona_repeat autorepeat_9194 ciona_repeat autorepeat_8539 ciona_repeat autorepeat_9195 ciona_repeat autorepeat_9196 ciona_repeat autorepeat_9197 ciona_repeat autorepeat_9198 ciona_repeat E_P26808 ensembl41091/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. autorepeat_9199 ciona_repeat Ala tRNA.AGC autorepeat_8540 ciona_repeat autorepeat_8541 ciona_repeat autorepeat_8542 ciona_repeat autorepeat_5200 ciona_repeat autorepeat_8543 ciona_repeat (CAAT)n Simple_repeat autorepeat_5201 ciona_repeat autorepeat_8544 ciona_repeat E_P91062 ensembl127964/low_complexity HYPOTHETICAL 60.2 KDA PROTEIN. autorepeat_5202 ciona_repeat autorepeat_8545 ciona_repeat autorepeat_5203 ciona_repeat autorepeat_8546 ciona_repeat E_P21414 ensembl24221/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. autorepeat_5204 ciona_repeat autorepeat_8547 ciona_repeat autorepeat_5205 ciona_repeat autorepeat_8548 ciona_repeat autorepeat_5206 ciona_repeat autorepeat_8549 ciona_repeat autorepeat_5207 ciona_repeat autorepeat_5208 ciona_repeat ATCOPIA64_I LTR/Copia autorepeat_5209 ciona_repeat MREP_MC Other RLTR9A LTR/ERVK 5602 DNA RLTR9B LTR/ERVK gi|3095120|gb|AF054212.1|AF054212 DNA autorepeat_8550 ciona_repeat autorepeat_8551 ciona_repeat autorepeat_8552 ciona_repeat autorepeat_5210 ciona_repeat autorepeat_8553 ciona_repeat WANDERER DNA/Rice Wanderer mobile element linked to Xa21. autorepeat_5211 ciona_repeat autorepeat_8554 ciona_repeat autorepeat_5212 ciona_repeat autorepeat_8555 ciona_repeat DM412 LTR/Gypsy Drosophila retrotransposon 412 genome. autorepeat_5213 ciona_repeat autorepeat_8556 ciona_repeat autorepeat_5214 ciona_repeat autorepeat_8557 ciona_repeat autorepeat_5215 ciona_repeat autorepeat_8558 ciona_repeat autorepeat_5216 ciona_repeat autorepeat_8559 ciona_repeat autorepeat_5217 ciona_repeat autorepeat_5218 ciona_repeat autorepeat_5219 ciona_repeat BEL_LTR LTR/PAO autorepeat_7900 ciona_repeat autorepeat_7901 ciona_repeat autorepeat_7902 ciona_repeat autorepeat_7903 ciona_repeat autorepeat_7904 ciona_repeat autorepeat_8560 ciona_repeat autorepeat_7905 ciona_repeat autorepeat_8561 ciona_repeat autorepeat_7906 ciona_repeat autorepeat_8562 ciona_repeat autorepeat_5220 ciona_repeat autorepeat_7907 ciona_repeat autorepeat_8563 ciona_repeat autorepeat_5221 ciona_repeat autorepeat_7908 ciona_repeat autorepeat_8564 ciona_repeat Ile.AAT tRNA autorepeat_5222 ciona_repeat autorepeat_7909 ciona_repeat autorepeat_8565 ciona_repeat autorepeat_5223 ciona_repeat autorepeat_8566 ciona_repeat autorepeat_5224 ciona_repeat autorepeat_8567 ciona_repeat autorepeat_5225 ciona_repeat autorepeat_8568 ciona_repeat autorepeat_5226 ciona_repeat autorepeat_8569 ciona_repeat autorepeat_5227 ciona_repeat autorepeat_5228 ciona_repeat autorepeat_5229 ciona_repeat 145041..147740 DNA tRNA-Trp tRNA E_Q9XE45 ensembl53057/trans PUTATIVE NON-LTR RETROLELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE. SUSHILTR LTR/Pufferfish E_P03555 ensembl17407/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. autorepeat_7910 ciona_repeat autorepeat_7911 ciona_repeat PRIMAX-int LTR/ERV1 autorepeat_7912 ciona_repeat autorepeat_7913 ciona_repeat autorepeat_7914 ciona_repeat autorepeat_8570 ciona_repeat autorepeat_7915 ciona_repeat autorepeat_8571 ciona_repeat autorepeat_7916 ciona_repeat autorepeat_8572 ciona_repeat autorepeat_5230 ciona_repeat autorepeat_7917 ciona_repeat autorepeat_8573 ciona_repeat autorepeat_5231 ciona_repeat autorepeat_7918 ciona_repeat autorepeat_8574 ciona_repeat autorepeat_8575 ciona_repeat autorepeat_5232 ciona_repeat autorepeat_7919 ciona_repeat autorepeat_5233 ciona_repeat autorepeat_8576 ciona_repeat autorepeat_5234 ciona_repeat autorepeat_8577 ciona_repeat autorepeat_5235 ciona_repeat autorepeat_8578 ciona_repeat ZEON1_ZM LTR/Maize Zea mays A188 retrotransposon gag gene, complete cds. autorepeat_5236 ciona_repeat autorepeat_8579 ciona_repeat autorepeat_5237 ciona_repeat autorepeat_5238 ciona_repeat autorepeat_5239 ciona_repeat E_Q93Y79 ensembl99256/trans PUTATIVE GAG-POL. SIMPLEGUY1 DNA/Harbinger 5% div autorepeat_7920 ciona_repeat autorepeat_7921 ciona_repeat autorepeat_7922 ciona_repeat autorepeat_7923 ciona_repeat autorepeat_7924 ciona_repeat autorepeat_8580 ciona_repeat autorepeat_7925 ciona_repeat autorepeat_8581 ciona_repeat autorepeat_7926 ciona_repeat autorepeat_8582 ciona_repeat autorepeat_5240 ciona_repeat autorepeat_7927 ciona_repeat autorepeat_8583 ciona_repeat autorepeat_5241 ciona_repeat autorepeat_7928 ciona_repeat autorepeat_8584 ciona_repeat autorepeat_5242 ciona_repeat autorepeat_7929 ciona_repeat autorepeat_8585 ciona_repeat E_Q9P971 ensembl16320/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_5243 ciona_repeat autorepeat_8586 ciona_repeat autorepeat_5244 ciona_repeat autorepeat_8587 ciona_repeat Senkusha1A DNA/Harbinger More common internal deletion product. autorepeat_5245 ciona_repeat autorepeat_8588 ciona_repeat Senkusha1B DNA/Harbinger More common internal deletion product. autorepeat_5246 ciona_repeat autorepeat_8589 ciona_repeat autorepeat_5247 ciona_repeat autorepeat_5248 ciona_repeat autorepeat_5249 ciona_repeat ATCOPIA31_I LTR/Copia SushiiDR1_I LTR/Gypsy E_Q88442 ensembl13335/trans ORF V PROTEIN. DMSUFFIX DNA autorepeat_7930 ciona_repeat autorepeat_7931 ciona_repeat DM297_LTR LTR/Gypsy autorepeat_7932 ciona_repeat autorepeat_7933 ciona_repeat autorepeat_7934 ciona_repeat autorepeat_8590 ciona_repeat autorepeat_7935 ciona_repeat autorepeat_8591 ciona_repeat autorepeat_7936 ciona_repeat autorepeat_8592 ciona_repeat XLLINE LINE/CR1 autorepeat_5250 ciona_repeat autorepeat_7937 ciona_repeat autorepeat_8593 ciona_repeat autorepeat_5251 ciona_repeat autorepeat_7938 ciona_repeat autorepeat_8594 ciona_repeat autorepeat_5252 ciona_repeat autorepeat_7939 ciona_repeat autorepeat_8595 ciona_repeat autorepeat_5253 ciona_repeat autorepeat_8596 ciona_repeat autorepeat_5254 ciona_repeat autorepeat_8597 ciona_repeat Senkusha2A DNA/Harbinger only 1.7% div, no long ORF, but homology to Harbinger protein. Unclear duplication pattern (termini not allways complete) autorepeat_5255 ciona_repeat autorepeat_8598 ciona_repeat autorepeat_5256 ciona_repeat autorepeat_8599 ciona_repeat autorepeat_5257 ciona_repeat DMAURA DNA autorepeat_5258 ciona_repeat autorepeat_5259 ciona_repeat MER70A LTR/ERVL 21% 5 bp duplications TZ86L Unknown/Maize transposon Tz86, 3' end of Tz86. TZ86R Unknown/Maize transposon Tz86, 5' end of Tz86. autorepeat_7940 ciona_repeat XMTX1_LTR LTR autorepeat_7941 ciona_repeat BS1 LTR/Maize Maize transposon Bs1. autorepeat_7942 ciona_repeat autorepeat_4600 ciona_repeat BS2 LINE/Jockey autorepeat_7943 ciona_repeat autorepeat_4601 ciona_repeat autorepeat_7944 ciona_repeat autorepeat_4602 ciona_repeat autorepeat_7945 ciona_repeat autorepeat_4603 ciona_repeat autorepeat_7946 ciona_repeat autorepeat_4604 ciona_repeat autorepeat_5260 ciona_repeat autorepeat_7947 ciona_repeat autorepeat_4605 ciona_repeat autorepeat_5261 ciona_repeat autorepeat_7948 ciona_repeat autorepeat_4606 ciona_repeat autorepeat_5262 ciona_repeat autorepeat_7949 ciona_repeat autorepeat_4607 ciona_repeat autorepeat_5263 ciona_repeat autorepeat_4608 ciona_repeat autorepeat_5264 ciona_repeat ATCOPIA58_I LTR/Copia autorepeat_4609 ciona_repeat autorepeat_5265 ciona_repeat autorepeat_5266 ciona_repeat autorepeat_5267 ciona_repeat ATCOPIA18ALTR LTR/Copia autorepeat_5268 ciona_repeat autorepeat_5269 ciona_repeat L1M3f_5end LINE/L1 (L1M3e in RepBase) GYPSY3_I LTR/Gypsy TNR2_OS SINE autorepeat_7950 ciona_repeat autorepeat_7951 ciona_repeat BSR Satellite autorepeat_7952 ciona_repeat autorepeat_4610 ciona_repeat autorepeat_7953 ciona_repeat autorepeat_4611 ciona_repeat autorepeat_7954 ciona_repeat autorepeat_4612 ciona_repeat autorepeat_7955 ciona_repeat autorepeat_4613 ciona_repeat autorepeat_7956 ciona_repeat autorepeat_4614 ciona_repeat autorepeat_5270 ciona_repeat autorepeat_7957 ciona_repeat autorepeat_4615 ciona_repeat autorepeat_5271 ciona_repeat autorepeat_7958 ciona_repeat autorepeat_4616 ciona_repeat autorepeat_5272 ciona_repeat autorepeat_7959 ciona_repeat RIRE1_I LTR/Rice gypsy autorepeat_4617 ciona_repeat autorepeat_5273 ciona_repeat E_Q9LWU3 ensembl40366/trans ESTS C97394(C60113). autorepeat_4618 ciona_repeat autorepeat_5274 ciona_repeat autorepeat_4619 ciona_repeat autorepeat_5275 ciona_repeat autorepeat_5276 ciona_repeat autorepeat_5277 ciona_repeat autorepeat_5278 ciona_repeat tRNA-Ala-GCA tRNA autorepeat_5279 ciona_repeat tRNA-Ala-GCG tRNA MMSYN Other L1MEb_5end LINE/L1 E_P20825 ensembl29039/low_complexity RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TRANSPOSON 297 [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE]. TC1A DNA/Tc1 autorepeat_7960 ciona_repeat autorepeat_7961 ciona_repeat autorepeat_7962 ciona_repeat autorepeat_4620 ciona_repeat autorepeat_7963 ciona_repeat autorepeat_4621 ciona_repeat autorepeat_7964 ciona_repeat autorepeat_4622 ciona_repeat autorepeat_7965 ciona_repeat 5S_ribosomal rDNA X12811.1 Human 5S DNA // [276..396] autorepeat_4623 ciona_repeat autorepeat_7966 ciona_repeat autorepeat_4624 ciona_repeat autorepeat_5280 ciona_repeat autorepeat_7967 ciona_repeat tRNA-Ala-GCY tRNA autorepeat_4625 ciona_repeat autorepeat_5281 ciona_repeat autorepeat_7968 ciona_repeat autorepeat_4626 ciona_repeat autorepeat_5282 ciona_repeat autorepeat_7969 ciona_repeat autorepeat_4627 ciona_repeat autorepeat_5283 ciona_repeat autorepeat_4628 ciona_repeat autorepeat_5284 ciona_repeat autorepeat_4629 ciona_repeat autorepeat_5285 ciona_repeat autorepeat_5286 ciona_repeat autorepeat_5287 ciona_repeat autorepeat_5288 ciona_repeat autorepeat_5289 ciona_repeat GYPSY5LTR_DR LTR/Gypsy ATLANTYS2_LTR LTR/Gypsy TDR10 DNA autorepeat_7970 ciona_repeat TDR11 DNA autorepeat_7971 ciona_repeat ATCOPIA52_ LTR/Copia TDR12 DNA autorepeat_7972 ciona_repeat TDR13 DNA autorepeat_4630 ciona_repeat autorepeat_7973 ciona_repeat TDR14 DNA autorepeat_4631 ciona_repeat autorepeat_7974 ciona_repeat TDR15 DNA autorepeat_4632 ciona_repeat autorepeat_7975 ciona_repeat TDR16 DNA autorepeat_4633 ciona_repeat autorepeat_7976 ciona_repeat Phe tRNA.GAA TDR17 DNA autorepeat_4634 ciona_repeat autorepeat_5290 ciona_repeat autorepeat_7977 ciona_repeat TDR18 DNA autorepeat_4635 ciona_repeat autorepeat_5291 ciona_repeat autorepeat_7978 ciona_repeat TDR19 DNA autorepeat_4636 ciona_repeat autorepeat_5292 ciona_repeat autorepeat_7979 ciona_repeat autorepeat_4637 ciona_repeat BBSINE1 SINE/Toad (Bufo bufo) autorepeat_5293 ciona_repeat autorepeat_4638 ciona_repeat autorepeat_5294 ciona_repeat autorepeat_4639 ciona_repeat autorepeat_5295 ciona_repeat autorepeat_5296 ciona_repeat autorepeat_5297 ciona_repeat autorepeat_5298 ciona_repeat autorepeat_5299 ciona_repeat gi|6671102:8474-9743, DNA TDR20 DNA MER61-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_7980 ciona_repeat TDR21 DNA autorepeat_7981 ciona_repeat TDR22 DNA autorepeat_7982 ciona_repeat TDR23 DNA autorepeat_4640 ciona_repeat autorepeat_7983 ciona_repeat TDR24 DNA autorepeat_4641 ciona_repeat autorepeat_7984 ciona_repeat TDR25 DNA autorepeat_4642 ciona_repeat autorepeat_1300 ciona_repeat autorepeat_7985 ciona_repeat E_Q9NBI1 ensembl9032/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4643 ciona_repeat autorepeat_1301 ciona_repeat ALR/alpha Satellite/centromeric autorepeat_7986 ciona_repeat autorepeat_4644 ciona_repeat autorepeat_1302 ciona_repeat autorepeat_7987 ciona_repeat autorepeat_4645 ciona_repeat autorepeat_7988 ciona_repeat autorepeat_4646 ciona_repeat autorepeat_1303 ciona_repeat autorepeat_7989 ciona_repeat GypsyDR1_LTR LTR/Gypsy autorepeat_4647 ciona_repeat autorepeat_1304 ciona_repeat autorepeat_4648 ciona_repeat autorepeat_1305 ciona_repeat autorepeat_4649 ciona_repeat autorepeat_1306 ciona_repeat autorepeat_1307 ciona_repeat autorepeat_1308 ciona_repeat autorepeat_1309 ciona_repeat E_Q9I7N4 ensembl12274/low_complexity CG18665 PROTEIN. HATN7_DR DNA autorepeat_7990 ciona_repeat autorepeat_7991 ciona_repeat autorepeat_7992 ciona_repeat autorepeat_4650 ciona_repeat autorepeat_7993 ciona_repeat autorepeat_4651 ciona_repeat autorepeat_7994 ciona_repeat autorepeat_4652 ciona_repeat autorepeat_1310 ciona_repeat autorepeat_7995 ciona_repeat CR1-3_DR LINE/L2 autorepeat_4653 ciona_repeat autorepeat_1311 ciona_repeat autorepeat_7996 ciona_repeat autorepeat_4654 ciona_repeat autorepeat_7997 ciona_repeat autorepeat_4655 ciona_repeat autorepeat_1312 ciona_repeat autorepeat_7998 ciona_repeat Chaplin5a_FR DNA/MER1 2.2% div. autorepeat_4656 ciona_repeat autorepeat_1313 ciona_repeat autorepeat_7999 ciona_repeat autorepeat_4657 ciona_repeat autorepeat_1314 ciona_repeat autorepeat_4658 ciona_repeat autorepeat_1315 ciona_repeat autorepeat_4659 ciona_repeat autorepeat_1316 ciona_repeat autorepeat_1317 ciona_repeat autorepeat_1318 ciona_repeat autorepeat_1319 ciona_repeat (TAGA)n Simple_repeat SUSHIIDR1_LTR repeat L1-9_DR LINE/L1 183236 DNA ZAM_LTR LTR/Gypsy TC5A DNA/Pogo E_O17182 ensembl17147/low_complexity HYPOTHETICAL 63.8 KDA PROTEIN. TC5B DNA/Pogo autorepeat_4660 ciona_repeat autorepeat_4661 ciona_repeat autorepeat_4662 ciona_repeat autorepeat_1320 ciona_repeat TRANSPAC_LTR LTR/Gypsy ATCOPIA84LTR LTR/Copia autorepeat_4663 ciona_repeat gi|18087067|gb|AF387857.1|AF387857 DNA autorepeat_4664 ciona_repeat autorepeat_1321 ciona_repeat BRSATI Satellite autorepeat_4665 ciona_repeat autorepeat_1322 ciona_repeat autorepeat_4666 ciona_repeat autorepeat_1323 ciona_repeat autorepeat_4667 ciona_repeat autorepeat_1324 ciona_repeat autorepeat_4668 ciona_repeat autorepeat_1325 ciona_repeat autorepeat_4669 ciona_repeat autorepeat_1326 ciona_repeat autorepeat_1327 ciona_repeat autorepeat_1328 ciona_repeat autorepeat_1329 ciona_repeat 36468 DNA E_O10377 ensembl9603/trans POLYPROTEIN, REVERSE TRANSCRIPTASE, RNASE H (FRAGMENT). gi|6671102:10-250, DNA RNONCLTR LTR/Retroviral autorepeat_4670 ciona_repeat autorepeat_4671 ciona_repeat autorepeat_4672 ciona_repeat autorepeat_4673 ciona_repeat autorepeat_1330 ciona_repeat autorepeat_4674 ciona_repeat autorepeat_1331 ciona_repeat 178997..31758,177854 DNA autorepeat_4675 ciona_repeat autorepeat_1332 ciona_repeat autorepeat_4676 ciona_repeat autorepeat_1333 ciona_repeat autorepeat_4677 ciona_repeat autorepeat_1334 ciona_repeat autorepeat_4678 ciona_repeat autorepeat_1335 ciona_repeat autorepeat_4679 ciona_repeat autorepeat_1336 ciona_repeat autorepeat_1337 ciona_repeat autorepeat_1338 ciona_repeat autorepeat_1339 ciona_repeat gi|159625|gb|M35452.1|MSQRTR1E DNA autorepeat_900 ciona_repeat autorepeat_901 ciona_repeat autorepeat_902 ciona_repeat autorepeat_903 ciona_repeat autorepeat_904 ciona_repeat autorepeat_905 ciona_repeat autorepeat_906 ciona_repeat autorepeat_907 ciona_repeat autorepeat_908 ciona_repeat autorepeat_909 ciona_repeat 183258 DNA E_Q9V9E2 ensembl20260/trans CG3013 PROTEIN. HERVFH19I LTR/ERV1 LTR19 autorepeat_4680 ciona_repeat autorepeat_4681 ciona_repeat autorepeat_4682 ciona_repeat autorepeat_4683 ciona_repeat autorepeat_1340 ciona_repeat autorepeat_4684 ciona_repeat autorepeat_1341 ciona_repeat autorepeat_4685 ciona_repeat autorepeat_1342 ciona_repeat autorepeat_4686 ciona_repeat autorepeat_1343 ciona_repeat autorepeat_4687 ciona_repeat autorepeat_1344 ciona_repeat autorepeat_4688 ciona_repeat autorepeat_1345 ciona_repeat autorepeat_4689 ciona_repeat autorepeat_1346 ciona_repeat autorepeat_1347 ciona_repeat autorepeat_1348 ciona_repeat autorepeat_1349 ciona_repeat DMGATA12 DNA autorepeat_910 ciona_repeat autorepeat_911 ciona_repeat autorepeat_912 ciona_repeat RLTR1 LTR/ERV1 autorepeat_913 ciona_repeat autorepeat_914 ciona_repeat autorepeat_915 ciona_repeat autorepeat_916 ciona_repeat autorepeat_917 ciona_repeat autorepeat_918 ciona_repeat RLTR7 LTR/Retroviral LTR64a LTR/ERVK autorepeat_919 ciona_repeat RLTR8 LTR/ERVK Senkusha1 DNA/Harbinger May contain large internal deletions; ORF pos 796-1716 encodes protein (fragment) 48% similar to Harbinger, and somewhat less to Candystripe and Turmoil. About 5% divergence; closely related elements abound (Senkusha is harbinger/forerunner in Japanese) First Harbinger in vertebrates. autorepeat_4690 ciona_repeat autorepeat_4691 ciona_repeat autorepeat_4692 ciona_repeat autorepeat_4693 ciona_repeat autorepeat_1350 ciona_repeat autorepeat_4694 ciona_repeat autorepeat_1351 ciona_repeat autorepeat_4695 ciona_repeat autorepeat_1352 ciona_repeat autorepeat_4696 ciona_repeat autorepeat_1353 ciona_repeat autorepeat_4697 ciona_repeat autorepeat_1354 ciona_repeat autorepeat_4698 ciona_repeat autorepeat_1355 ciona_repeat autorepeat_4699 ciona_repeat autorepeat_1356 ciona_repeat autorepeat_1357 ciona_repeat autorepeat_1358 ciona_repeat autorepeat_1359 ciona_repeat E_Q9NA48 ensembl4808/trans Y73F8A.28 PROTEIN. tRNA-Ser-TCA tRNA autorepeat_920 ciona_repeat tRNA-Ser-TCC tRNA autorepeat_921 ciona_repeat autorepeat_922 ciona_repeat autorepeat_923 ciona_repeat autorepeat_924 ciona_repeat tRNA-Ser-TCG tRNA autorepeat_925 ciona_repeat autorepeat_926 ciona_repeat autorepeat_927 ciona_repeat autorepeat_928 ciona_repeat autorepeat_929 ciona_repeat Ser.TGA tRNA E_Q9SPN6 ensembl21053/trans RETROTRANSPOSON DEL1-46 HOMOLOG (FRAGMENT). FERV-R2_I LTR/ERV1 Internal sequence of an endogenous retrovirus closely related tp FERV-R1 (83% similarity over full-length internal sequence. Several other closely realted branches of this family are present in the Fugu genome. Some copies are < 4% diverged from this consensus as well, so FERV-R1 and 2 are sister groups, rather than one being ancestral to the other. autorepeat_1360 ciona_repeat autorepeat_1361 ciona_repeat autorepeat_1362 ciona_repeat tRNA-Ser-TCY tRNA autorepeat_1363 ciona_repeat autorepeat_1364 ciona_repeat autorepeat_1365 ciona_repeat ATSAT2 Satellite/Salamander (Amphiuma tridactylum) autorepeat_1366 ciona_repeat autorepeat_1367 ciona_repeat autorepeat_1368 ciona_repeat E_Q23828 ensembl62545/trans TRANSPOSASE (FRAGMENT). autorepeat_1369 ciona_repeat autorepeat_930 ciona_repeat autorepeat_931 ciona_repeat autorepeat_932 ciona_repeat autorepeat_933 ciona_repeat MLT1E1A LTR/MaLR autorepeat_934 ciona_repeat autorepeat_935 ciona_repeat autorepeat_936 ciona_repeat autorepeat_937 ciona_repeat BLOODI LTR/Gypsy sequence. autorepeat_938 ciona_repeat autorepeat_939 ciona_repeat MYSPL-int LTR/ERVK ATCOPIA16LTR LTR/Copia autorepeat_1370 ciona_repeat autorepeat_1371 ciona_repeat autorepeat_1372 ciona_repeat autorepeat_1373 ciona_repeat ATDNAI27T9A DNA/MuDR autorepeat_1374 ciona_repeat ATDNAI27T9B DNA/MuDR autorepeat_1375 ciona_repeat ATDNAI27T9C DNA/MuDR autorepeat_1376 ciona_repeat autorepeat_1377 ciona_repeat autorepeat_1378 ciona_repeat autorepeat_1379 ciona_repeat autorepeat_940 ciona_repeat autorepeat_941 ciona_repeat autorepeat_942 ciona_repeat autorepeat_943 ciona_repeat autorepeat_944 ciona_repeat autorepeat_945 ciona_repeat D20S16_ Satellite autorepeat_946 ciona_repeat autorepeat_947 ciona_repeat autorepeat_948 ciona_repeat autorepeat_949 ciona_repeat E_Q19700 ensembl5502/low_complexity F22B3.3 PROTEIN. autorepeat_1380 ciona_repeat ATREP1 DNA/Helitron autorepeat_1381 ciona_repeat ATREP2 DNA/Helitron autorepeat_1382 ciona_repeat ATREP3 DNA/Helitron autorepeat_1383 ciona_repeat ATREP4 DNA/Helitron autorepeat_1384 ciona_repeat ATREP5 DNA/Helitron autorepeat_1385 ciona_repeat ATREP6 DNA/Helitron 8% autorepeat_1386 ciona_repeat ATREP7 DNA/Helitron autorepeat_1387 ciona_repeat ATREP8 DNA/Helitron autorepeat_1388 ciona_repeat ATREP9 DNA/Helitron autorepeat_1389 ciona_repeat autorepeat_950 ciona_repeat autorepeat_951 ciona_repeat E_O44807 ensembl26768/trans F14D2.9 PROTEIN. autorepeat_952 ciona_repeat autorepeat_953 ciona_repeat autorepeat_954 ciona_repeat autorepeat_955 ciona_repeat autorepeat_956 ciona_repeat autorepeat_957 ciona_repeat autorepeat_958 ciona_repeat autorepeat_959 ciona_repeat Glu.CTC tRNA autorepeat_1390 ciona_repeat BSR/beta Satellite linked with LSAU QUASIMODO_LTR LTR/Gypsy autorepeat_1391 ciona_repeat autorepeat_1392 ciona_repeat autorepeat_1393 ciona_repeat autorepeat_1394 ciona_repeat autorepeat_1395 ciona_repeat autorepeat_1396 ciona_repeat autorepeat_1397 ciona_repeat autorepeat_1398 ciona_repeat E_Q24397 ensembl11576/trans PUTATIVE TRANSPOSASE. autorepeat_1399 ciona_repeat HERVIP10F LTR/ERV1 autorepeat_960 ciona_repeat autorepeat_961 ciona_repeat autorepeat_962 ciona_repeat autorepeat_963 ciona_repeat autorepeat_964 ciona_repeat autorepeat_965 ciona_repeat autorepeat_966 ciona_repeat autorepeat_967 ciona_repeat autorepeat_968 ciona_repeat autorepeat_969 ciona_repeat E_O61450 ensembl15349/low_complexity TRANSPOSASE. Tigger1a_Art DNA/MER2_type 15-16% div, 17-18% subst Eutheria; Cetartiodactyla autorepeat_970 ciona_repeat L1MC4a LINE/L1 autorepeat_971 ciona_repeat autorepeat_972 ciona_repeat autorepeat_973 ciona_repeat ATCOPIA50LTR LTR/Copia autorepeat_974 ciona_repeat autorepeat_975 ciona_repeat autorepeat_976 ciona_repeat autorepeat_977 ciona_repeat autorepeat_978 ciona_repeat autorepeat_979 ciona_repeat LTRBLD_DM LTR/Gypsy LTR from BLOOD LTR-retrotransposon - a consensus sequence. autorepeat_980 ciona_repeat another_repeat ciona_repeat autorepeat_981 ciona_repeat autorepeat_982 ciona_repeat autorepeat_983 ciona_repeat autorepeat_984 ciona_repeat autorepeat_985 ciona_repeat autorepeat_986 ciona_repeat autorepeat_987 ciona_repeat (CACCAT)n Simple_repeat autorepeat_988 ciona_repeat autorepeat_989 ciona_repeat ATCOPIA69LTR LTR/Copia gi|11612472|gb|AF294485.1|AF294485 DNA MMETN LTR/Retroviral Chaplin3_FR DNA/MER1 deletion product; closest similarity to Charlie3 (there is another *very* close match to Charlie3 in Fugu, with 2 copies so far.); 8% div autorepeat_990 ciona_repeat autorepeat_991 ciona_repeat OSVALDO_I LTR/Gypsy autorepeat_992 ciona_repeat autorepeat_993 ciona_repeat autorepeat_994 ciona_repeat 7345bp DNA autorepeat_995 ciona_repeat autorepeat_996 ciona_repeat autorepeat_997 ciona_repeat autorepeat_998 ciona_repeat AT9MU1 DNA/MuDR autorepeat_999 ciona_repeat Pro.TGG tRNA linear_repeat_3 ciona_repeat linear_repeat_4 ciona_repeat autorepeat_9200 ciona_repeat autorepeat_9201 ciona_repeat autorepeat_9202 ciona_repeat autorepeat_9203 ciona_repeat autorepeat_9204 ciona_repeat autorepeat_9205 ciona_repeat autorepeat_9206 ciona_repeat autorepeat_9207 ciona_repeat autorepeat_9208 ciona_repeat autorepeat_9209 ciona_repeat PALTTAA1_CE DNA/PiggyBac? gi|159622|gb|M35449.1|MSQRTR1B DNA autorepeat_9210 ciona_repeat autorepeat_9211 ciona_repeat tRNA-Ile-ATA tRNA Leu.AAG tRNA autorepeat_9212 ciona_repeat autorepeat_9213 ciona_repeat autorepeat_9214 ciona_repeat tRNA-Ile-ATC tRNA autorepeat_9215 ciona_repeat autorepeat_9216 ciona_repeat autorepeat_9217 ciona_repeat autorepeat_9218 ciona_repeat autorepeat_9219 ciona_repeat XFB_XL DNA/T2 E_Q9NBI6 ensembl9030/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). LTR12 LTR/ERV1 HERV9 8% LTR13 LTR/ERVK HERVK13 LTR 7& div LTR14 LTR/ERVK HERVKC4-LTR 11% div LTR15 LTR/ERV1 HERV15 LTR 8% tRNA-Ile-ATT tRNA LTR17 LTR/ERV1 < 6% div LSAU Satellite linked with BSR (chromosome 4 specific) autorepeat_9220 ciona_repeat LTR1B LTR/ERV1 mer4 group HUERS-P2 LTRs autorepeat_9221 ciona_repeat autorepeat_9222 ciona_repeat LTR1C LTR/ERV1 autorepeat_9223 ciona_repeat LTR1D LTR/ERV1 autorepeat_9224 ciona_repeat autorepeat_9225 ciona_repeat ULYSS_I LTR/Gypsy D.virilis Ulysses retrotransposon. autorepeat_9226 ciona_repeat autorepeat_9227 ciona_repeat autorepeat_9228 ciona_repeat autorepeat_9229 ciona_repeat E_Q9ZQ67 ensembl10323/trans PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN. LTR22 LTR/ERVK 6bp duplications 9% div LTR23 LTR/ERV1 mer4 group 'HERV'23 LTR 15% div MINISAT1_CE Satellite LTR24 LTR/ERV1 mer4 group 14% LTR25 LTR/ERV1 mer4 group 13-14%, bias for NTAN LTR26 LTR/ERV1 15% div LTR27 LTR/ERV1 mer4 group 15% div LTR28 LTR/ERV1 mer4 group 19% div LTR29 LTR/ERV1 mer4 group 20% div CER Satellite LOOPERN1_DR DNA autorepeat_9230 ciona_repeat LTR2B LTR/ERV1 7% div HERVE/Harlequin LTR autorepeat_9231 ciona_repeat autorepeat_9232 ciona_repeat LTR2C LTR/ERV1 8% div autorepeat_9233 ciona_repeat autorepeat_9234 ciona_repeat autorepeat_9235 ciona_repeat autorepeat_9236 ciona_repeat autorepeat_9237 ciona_repeat autorepeat_9238 ciona_repeat autorepeat_9239 ciona_repeat LTR30 LTR/ERV1 6% div LTR31 LTR/ERV1 mer4 group 16% div LTR32 LTR/ERVL 17% div HERVL32-LTR LTR33 LTR/ERVL 29% div LTR34 LTR/ERV1 mer4 group 17% div LTR35 LTR/ERV1 mer4 group 14-15% LTR36 LTR/ERV1 mer4 group 14-17% LTR38 LTR/ERV1 mer4 group 11% LTR39 LTR/ERV1 mer4 group 16% div autorepeat_9240 ciona_repeat LTR3A LTR/ERVK HERVK3 LTR E_O17677 ensembl5501/low_complexity C49A1.8 PROTEIN. autorepeat_9241 ciona_repeat LTR3B LTR/ERVK HERVK3 LTR 9-10% div autorepeat_9242 ciona_repeat autorepeat_9243 ciona_repeat autorepeat_9244 ciona_repeat autorepeat_9245 ciona_repeat LDR1 LINE/L1 autorepeat_9246 ciona_repeat autorepeat_9247 ciona_repeat autorepeat_9248 ciona_repeat autorepeat_9249 ciona_repeat ATCOPIA71_I LTR/Copia (CAGCC)n Simple_repeat GYPSY6_LTR LTR/Gypsy LTR41 LTR/ERVL 26% div LTR42 LTR/ERVL 15% FUSHI_DM Unknown LTR43 LTR/ERV1 mer4 group 14% LTR44 LTR/ERV1 mer4 group 18% div LTR45 LTR/ERV1 mer4 group 16% div LTR46 LTR/ERV1 9% & 13% subs LTR48 LTR/ERV1 mer4 group 16% LTR49 LTR/ERV1 mer4 group 13% RMER10A LTR RMER10B LTR LTR3b LTR/ERVK HERVK3 LTR 9-10% div autorepeat_9250 ciona_repeat E_Q9TYB6 ensembl25996/low_complexity DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), STRAIN P50 (FRAGMENT). autorepeat_9251 ciona_repeat autorepeat_9252 ciona_repeat autorepeat_9253 ciona_repeat autorepeat_9254 ciona_repeat autorepeat_9255 ciona_repeat (CATTT)n Simple_repeat autorepeat_9256 ciona_repeat autorepeat_9257 ciona_repeat autorepeat_9258 ciona_repeat autorepeat_9259 ciona_repeat B1-F SINE/Alu LTR50 LTR/ERVL 24% LTR51 LTR/ERV1 mer4 group 11% LTR52 LTR/ERVL 18% LTR53 LTR/ERVL mer73-type 17% (in dog) LTR54 LTR/ERV1 15% LTR55 LTR/ERV 20% LTR56 LTR/ERV1 mer4 group 12% LTR57 LTR/ERVL 13% gi|5804801|emb|AJ006556.1|AST6556 DNA LTR58 LTR/ERV1 mer4 group 17% LTR59 LTR/ERV1 mer4 group 17% autorepeat_8600 ciona_repeat autorepeat_8601 ciona_repeat autorepeat_8602 ciona_repeat autorepeat_8603 ciona_repeat autorepeat_8604 ciona_repeat autorepeat_9260 ciona_repeat autorepeat_8605 ciona_repeat autorepeat_9261 ciona_repeat LTR5B LTR/ERVK HERVK LTR 5-10% autorepeat_8606 ciona_repeat autorepeat_9262 ciona_repeat E_P03356 ensembl19191/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. autorepeat_8607 ciona_repeat autorepeat_9263 ciona_repeat autorepeat_8608 ciona_repeat autorepeat_9264 ciona_repeat autorepeat_8609 ciona_repeat autorepeat_9265 ciona_repeat autorepeat_9266 ciona_repeat autorepeat_9267 ciona_repeat autorepeat_9268 ciona_repeat autorepeat_9269 ciona_repeat LTR60 LTR/ERV1 mer4 group 14% LTR61 LTR/ERV1 ltr4-like HERV3 LTR62 LTR/ERVK 14% div LTR64 LTR/ERVK 15-16% LTR65 LTR/ERV1 18% E_Q9GP60 ensembl123224/low_complexity POL PROTEIN. LTR66 LTR/ERVL 8% HERVL66 LTR LTR67 LTR/ERVL <~27% matches MLT1J and up as well LTR68 LTR/ERV1 mer4 group 22% div LTR69 LTR/ERVL 18-19% div autorepeat_8610 ciona_repeat autorepeat_8611 ciona_repeat autorepeat_8612 ciona_repeat autorepeat_8613 ciona_repeat LTR6A LTR/ERV1 HERVHC2/HERVS71 LTR 8% div autorepeat_8614 ciona_repeat autorepeat_9270 ciona_repeat LTR6B LTR/ERV1 HERVHC2/HERVS71 LTR 3.5% div autorepeat_8615 ciona_repeat autorepeat_9271 ciona_repeat autorepeat_8616 ciona_repeat autorepeat_9272 ciona_repeat autorepeat_8617 ciona_repeat autorepeat_9273 ciona_repeat autorepeat_8618 ciona_repeat autorepeat_9274 ciona_repeat autorepeat_8619 ciona_repeat autorepeat_9275 ciona_repeat autorepeat_9276 ciona_repeat autorepeat_9277 ciona_repeat autorepeat_9278 ciona_repeat DMTHB1 DNA autorepeat_9279 ciona_repeat LTR70 LTR/ERV1 LTR72 LTR/ERV1 14% LTR73 LTR/ERV1 19% LTR75 LTR/ERVL 20% div, 5 bp target duplication site LTR76 LTR/ERV1 12% LTR77 LTR/ERV1 19% RMER13A LTR RMER13B LTR MON1 SINE/Monotremes gi|18087065|gb|AF387856.1|AF387856 DNA autorepeat_8620 ciona_repeat autorepeat_8621 ciona_repeat autorepeat_8622 ciona_repeat autorepeat_8623 ciona_repeat autorepeat_8624 ciona_repeat autorepeat_9280 ciona_repeat LTR7A LTR/ERV1 to replace LTR7 autorepeat_8625 ciona_repeat autorepeat_9281 ciona_repeat LTR7B LTR/ERV1 8% div autorepeat_8626 ciona_repeat autorepeat_9282 ciona_repeat autorepeat_8627 ciona_repeat autorepeat_9283 ciona_repeat autorepeat_8628 ciona_repeat autorepeat_9284 ciona_repeat autorepeat_8629 ciona_repeat autorepeat_9285 ciona_repeat autorepeat_9286 ciona_repeat ATHATN1 DNA/HAT 10% autorepeat_9287 ciona_repeat ATHATN2 DNA/HAT 5% autorepeat_9288 ciona_repeat ATHATN3 DNA/HAT 10% autorepeat_9289 ciona_repeat ATHATN4 DNA/HAT 10% ATHATN5 DNA/HAT 10% ATHATN6 DNA/HAT ATHATN7 DNA/HAT ATHATN8 DNA/HAT ATHATN9 DNA/HAT AR12 Satellite HETRP_DM Satellite repeat sequence. autorepeat_8630 ciona_repeat autorepeat_8631 ciona_repeat autorepeat_8632 ciona_repeat autorepeat_8633 ciona_repeat LTR8A LTR/ERV1 mer4 group 13% HUERS-P1 LTR autorepeat_8634 ciona_repeat autorepeat_9290 ciona_repeat autorepeat_8635 ciona_repeat autorepeat_9291 ciona_repeat autorepeat_8636 ciona_repeat autorepeat_9292 ciona_repeat autorepeat_8637 ciona_repeat autorepeat_9293 ciona_repeat autorepeat_8638 ciona_repeat autorepeat_9294 ciona_repeat autorepeat_8639 ciona_repeat autorepeat_9295 ciona_repeat autorepeat_9296 ciona_repeat autorepeat_9297 ciona_repeat autorepeat_9298 ciona_repeat autorepeat_9299 ciona_repeat ATHILA4B_LTR LTR/Gypsy E_Q9NBI7 ensembl9011/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). NOF_FB DNA/Tc1 gb|X15469|FB|FBgn0002949|NOF FB 4347bp Derived from X51937 (g8297) (Rel. 44, Last updated, Version 6). autorepeat_8640 ciona_repeat E_Q27293 ensembl3070/trans HYPOTHETICAL 17.3 KDA PROTEIN ON TRANSPOSON HB1. autorepeat_8641 ciona_repeat autorepeat_8642 ciona_repeat 154843,28995 DNA autorepeat_5300 ciona_repeat autorepeat_8643 ciona_repeat autorepeat_5301 ciona_repeat autorepeat_8644 ciona_repeat LTR9B LTR/ERV1 mer4 group 14% div HUERS-P3 LTR autorepeat_5302 ciona_repeat autorepeat_8645 ciona_repeat autorepeat_5303 ciona_repeat autorepeat_8646 ciona_repeat autorepeat_5304 ciona_repeat autorepeat_8647 ciona_repeat autorepeat_5305 ciona_repeat autorepeat_8648 ciona_repeat autorepeat_5306 ciona_repeat autorepeat_8649 ciona_repeat 104184 DNA autorepeat_5307 ciona_repeat 168884..79501 DNA autorepeat_5308 ciona_repeat ATCOPIA65_I LTR/Copia autorepeat_5309 ciona_repeat ORR1A-internal LTR/MaLR (CTTTA)n Simple_repeat autorepeat_8650 ciona_repeat autorepeat_8651 ciona_repeat autorepeat_8652 ciona_repeat autorepeat_5310 ciona_repeat autorepeat_8653 ciona_repeat autorepeat_5311 ciona_repeat autorepeat_8654 ciona_repeat autorepeat_5312 ciona_repeat autorepeat_8655 ciona_repeat autorepeat_5313 ciona_repeat autorepeat_8656 ciona_repeat autorepeat_5314 ciona_repeat autorepeat_8657 ciona_repeat PALNN1_CE DNA/Mirage autorepeat_5315 ciona_repeat autorepeat_8658 ciona_repeat autorepeat_5316 ciona_repeat autorepeat_8659 ciona_repeat autorepeat_5317 ciona_repeat autorepeat_5318 ciona_repeat autorepeat_5319 ciona_repeat ZEON1_ZM_LTR LTR/Gypsy RMER17A LTR/ERVK RMER17B LTR/ERVK 11% gi|18087073|gb|AF387860.1|AF387860 DNA RMER17C LTR 5/6 bp duplication autorepeat_8660 ciona_repeat autorepeat_8661 ciona_repeat autorepeat_8662 ciona_repeat autorepeat_5320 ciona_repeat autorepeat_8663 ciona_repeat ATCOPIA88LTR LTR/Copia autorepeat_5321 ciona_repeat autorepeat_8664 ciona_repeat autorepeat_5322 ciona_repeat autorepeat_8665 ciona_repeat autorepeat_5323 ciona_repeat autorepeat_8666 ciona_repeat autorepeat_5324 ciona_repeat autorepeat_8667 ciona_repeat autorepeat_5325 ciona_repeat autorepeat_8668 ciona_repeat autorepeat_5326 ciona_repeat autorepeat_8669 ciona_repeat autorepeat_5327 ciona_repeat autorepeat_5328 ciona_repeat autorepeat_5329 ciona_repeat E_Q10255 ensembl63168/trans HYPOTHETICAL PROTEIN C56F8.07 IN CHROMOSOME I. STONOR_LTR LTR/Maize copia (CGGAA)n Simple_repeat autorepeat_8670 ciona_repeat autorepeat_8671 ciona_repeat autorepeat_8672 ciona_repeat autorepeat_5330 ciona_repeat autorepeat_8673 ciona_repeat autorepeat_5331 ciona_repeat autorepeat_8674 ciona_repeat autorepeat_5332 ciona_repeat autorepeat_8675 ciona_repeat E_O31103 ensembl4152/trans TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE IS1485. autorepeat_5333 ciona_repeat autorepeat_8676 ciona_repeat autorepeat_5334 ciona_repeat autorepeat_8677 ciona_repeat autorepeat_5335 ciona_repeat autorepeat_8678 ciona_repeat autorepeat_5336 ciona_repeat autorepeat_8679 ciona_repeat autorepeat_5337 ciona_repeat autorepeat_5338 ciona_repeat autorepeat_5339 ciona_repeat E_O00363 ensembl19102/trans PUTATIVE P150. ATCOPIA39_LTR LTR/Copia RMER19A LTR 6p dupl, orientation unknown 12% div RMER19B LTR 6p dupl, orientation unknown 19% div autorepeat_8680 ciona_repeat autorepeat_8681 ciona_repeat autorepeat_8682 ciona_repeat autorepeat_5340 ciona_repeat autorepeat_8683 ciona_repeat autorepeat_5341 ciona_repeat autorepeat_8684 ciona_repeat autorepeat_2000 ciona_repeat autorepeat_5342 ciona_repeat autorepeat_8685 ciona_repeat autorepeat_2001 ciona_repeat autorepeat_5343 ciona_repeat autorepeat_8686 ciona_repeat autorepeat_2002 ciona_repeat autorepeat_5344 ciona_repeat autorepeat_8687 ciona_repeat autorepeat_2003 ciona_repeat autorepeat_5345 ciona_repeat autorepeat_8688 ciona_repeat autorepeat_2004 ciona_repeat autorepeat_5346 ciona_repeat autorepeat_8689 ciona_repeat autorepeat_5347 ciona_repeat autorepeat_2005 ciona_repeat autorepeat_5348 ciona_repeat E_Q95XH6 ensembl12295/low_complexity HYPOTHETICAL 118.9 KDA PROTEIN. autorepeat_2006 ciona_repeat autorepeat_5349 ciona_repeat autorepeat_2007 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ciona_repeat autorepeat_2057 ciona_repeat autorepeat_2058 ciona_repeat autorepeat_2059 ciona_repeat MMIAPLTRL LTR/Retroviral Chaplin2a_FR DNA/MER1 internal deletion prod with partial coding sequence; best matches to Charlie 8 and Cheshire; 8 bp dups with NTCTAGAN bias, 3.7% div. AluYa5 SINE/Alu SVA2 Other AluYa8 SINE/Alu autorepeat_4740 ciona_repeat autorepeat_4741 ciona_repeat autorepeat_4742 ciona_repeat autorepeat_1400 ciona_repeat autorepeat_4743 ciona_repeat autorepeat_1401 ciona_repeat autorepeat_4744 ciona_repeat autorepeat_4745 ciona_repeat autorepeat_1402 ciona_repeat INVADER4_LTR LTR/Gypsy autorepeat_4746 ciona_repeat autorepeat_1403 ciona_repeat autorepeat_4747 ciona_repeat autorepeat_2060 ciona_repeat autorepeat_1404 ciona_repeat autorepeat_4748 ciona_repeat autorepeat_2061 ciona_repeat autorepeat_1405 ciona_repeat autorepeat_4749 ciona_repeat autorepeat_2062 ciona_repeat autorepeat_1406 ciona_repeat autorepeat_2063 ciona_repeat autorepeat_1407 ciona_repeat autorepeat_2064 ciona_repeat autorepeat_1408 ciona_repeat autorepeat_2065 ciona_repeat autorepeat_1409 ciona_repeat autorepeat_2066 ciona_repeat autorepeat_2067 ciona_repeat autorepeat_2068 ciona_repeat autorepeat_2069 ciona_repeat ID1_MM SINE/ID ATCOPIA54LTR LTR/Copia GYPSY_I LTR/Gypsy LTR71A LTR/ERV1 LTR71B LTR/ERV1 AluYb8 SINE/Alu AluYb9 SINE/Alu autorepeat_4750 ciona_repeat autorepeat_4751 ciona_repeat autorepeat_4752 ciona_repeat autorepeat_1410 ciona_repeat autorepeat_4753 ciona_repeat autorepeat_4754 ciona_repeat autorepeat_1411 ciona_repeat autorepeat_4755 ciona_repeat autorepeat_1412 ciona_repeat autorepeat_4756 ciona_repeat autorepeat_1413 ciona_repeat autorepeat_4757 ciona_repeat autorepeat_2070 ciona_repeat autorepeat_1414 ciona_repeat COPIA2 DNA autorepeat_4758 ciona_repeat autorepeat_2071 ciona_repeat autorepeat_1415 ciona_repeat autorepeat_4759 ciona_repeat autorepeat_2072 ciona_repeat autorepeat_1416 ciona_repeat LINE2D_CE LINE/CR1 autorepeat_2073 ciona_repeat autorepeat_1417 ciona_repeat autorepeat_1418 ciona_repeat autorepeat_2074 ciona_repeat autorepeat_2075 ciona_repeat autorepeat_1419 ciona_repeat autorepeat_2076 ciona_repeat autorepeat_2077 ciona_repeat autorepeat_2078 ciona_repeat autorepeat_2079 ciona_repeat DMARS312 DNA AluYc2 SINE/Alu (a better name may be AluYb2a1, as it shares a C->A transversion with the B branch, and just has a G->A transition on top) AluYc3 SINE/Alu LTR72B LTR/ERV1 AluYc5 SINE/Alu autorepeat_4760 ciona_repeat autorepeat_4761 ciona_repeat autorepeat_4762 ciona_repeat autorepeat_4763 ciona_repeat autorepeat_1420 ciona_repeat autorepeat_4764 ciona_repeat autorepeat_1421 ciona_repeat autorepeat_4765 ciona_repeat autorepeat_1422 ciona_repeat autorepeat_4766 ciona_repeat autorepeat_1423 ciona_repeat autorepeat_4767 ciona_repeat autorepeat_2080 ciona_repeat autorepeat_1424 ciona_repeat autorepeat_4768 ciona_repeat autorepeat_2081 ciona_repeat autorepeat_1425 ciona_repeat autorepeat_4769 ciona_repeat autorepeat_2082 ciona_repeat autorepeat_1426 ciona_repeat autorepeat_2083 ciona_repeat autorepeat_1427 ciona_repeat autorepeat_2084 ciona_repeat autorepeat_1428 ciona_repeat autorepeat_2085 ciona_repeat autorepeat_1429 ciona_repeat I_DM LINE/I D.melanogaster (W-IR1 mutation) I factor DNA, complete cds. autorepeat_2086 ciona_repeat autorepeat_2087 ciona_repeat autorepeat_2088 ciona_repeat autorepeat_2089 ciona_repeat E_Q25436 ensembl18619/low_complexity TRANSPOSASE. RIRE1_LTR LTR/Rice gypsy AluYd2 SINE/Alu 3% outside CpGs (renamed from original AluYc, characterized by deletion compared to other Alus) E_Q16925 ensembl8599/trans TRANSPOSASE. TRIM LINE/LOA D.miranda retrotransposon TRIM. AluYd8 SINE/Alu (renamed from original AluYc5) 24557..9411 DNA autorepeat_4770 ciona_repeat autorepeat_4771 ciona_repeat autorepeat_4772 ciona_repeat autorepeat_1430 ciona_repeat autorepeat_4773 ciona_repeat autorepeat_1431 ciona_repeat autorepeat_4774 ciona_repeat CHR-1 SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla autorepeat_1432 ciona_repeat CHR-2 SINE/whales autorepeat_4775 ciona_repeat autorepeat_1433 ciona_repeat autorepeat_4776 ciona_repeat autorepeat_2090 ciona_repeat autorepeat_1434 ciona_repeat autorepeat_4777 ciona_repeat autorepeat_2091 ciona_repeat autorepeat_1435 ciona_repeat autorepeat_4778 ciona_repeat autorepeat_2092 ciona_repeat autorepeat_1436 ciona_repeat MER50-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_4779 ciona_repeat autorepeat_2093 ciona_repeat autorepeat_1437 ciona_repeat DM14101 DNA autorepeat_2094 ciona_repeat autorepeat_1438 ciona_repeat autorepeat_2095 ciona_repeat autorepeat_1439 ciona_repeat autorepeat_2096 ciona_repeat autorepeat_2097 ciona_repeat autorepeat_2098 ciona_repeat autorepeat_2099 ciona_repeat (CACTT)n Simple_repeat IR1_CE DNA E_Q9Y1H0 ensembl16861/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT). AluYe5 SINE/Alu autorepeat_4780 ciona_repeat E_Q26816 ensembl45357/trans ORF 1. autorepeat_4781 ciona_repeat autorepeat_4782 ciona_repeat autorepeat_1440 ciona_repeat autorepeat_4783 ciona_repeat autorepeat_1441 ciona_repeat autorepeat_4784 ciona_repeat autorepeat_1442 ciona_repeat autorepeat_4785 ciona_repeat autorepeat_1443 ciona_repeat autorepeat_4786 ciona_repeat autorepeat_1444 ciona_repeat autorepeat_4787 ciona_repeat autorepeat_1445 ciona_repeat autorepeat_4788 ciona_repeat autorepeat_1446 ciona_repeat autorepeat_4789 ciona_repeat autorepeat_1447 ciona_repeat autorepeat_1448 ciona_repeat Ronin1_I LTR/Gypsy Closely related to Sushi and Samurai. Products of gag-ORF (pos 18-995) 54% andof pol-ORF (1253-4405) 74% similar over full length to SUSHI products. Average divergence 6%, but diagnostic substitutions of subfamilies accounting for about half of these (Ronin is a wandering Samurai) autorepeat_1449 ciona_repeat OPIE2_ZM_I LTR/Copia MARINER4_CE DNA/Mariner (CAAGA)n Simple_repeat tandem_repeat_shown_with_two_copies_1 ciona_repeat ATCOPIA4LTR LTR/Copia autorepeat_4790 ciona_repeat autorepeat_4791 ciona_repeat autorepeat_4792 ciona_repeat autorepeat_1450 ciona_repeat autorepeat_4793 ciona_repeat autorepeat_1451 ciona_repeat autorepeat_4794 ciona_repeat autorepeat_1452 ciona_repeat autorepeat_4795 ciona_repeat autorepeat_1453 ciona_repeat autorepeat_4796 ciona_repeat autorepeat_1454 ciona_repeat autorepeat_4797 ciona_repeat autorepeat_1455 ciona_repeat autorepeat_4798 ciona_repeat autorepeat_1456 ciona_repeat autorepeat_4799 ciona_repeat autorepeat_1457 ciona_repeat autorepeat_1458 ciona_repeat autorepeat_1459 ciona_repeat E_Q9S1F2 ensembl7533/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. DMCBHETLA DNA ATHILA4_LTR LTR/Gypsy IAPEY_LTR LTR/ERVK Undet.??? tRNA LOOPERN5_DR DNA autorepeat_1460 ciona_repeat Thr.TGT tRNA autorepeat_1461 ciona_repeat autorepeat_1462 ciona_repeat E_Q07431 ensembl8217/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. autorepeat_1463 ciona_repeat autorepeat_1464 ciona_repeat autorepeat_1465 ciona_repeat autorepeat_1466 ciona_repeat autorepeat_1467 ciona_repeat autorepeat_1468 ciona_repeat autorepeat_1469 ciona_repeat ROO LTR/PAO Drosophila roo transposable element from 68C glue gene cluster. E_Q9U1N9 ensembl11673/trans ZK262.5 PROTEIN. LTR3_FR LTR Contains a variety of subfamilies; 4 bp duplication sites autorepeat_1470 ciona_repeat autorepeat_1471 ciona_repeat autorepeat_1472 ciona_repeat autorepeat_1473 ciona_repeat autorepeat_1474 ciona_repeat autorepeat_1475 ciona_repeat autorepeat_1476 ciona_repeat autorepeat_1477 ciona_repeat autorepeat_1478 ciona_repeat autorepeat_1479 ciona_repeat 5246,117537..181028 DNA (CAGGC)n Simple_repeat DMRGA DNA DMRER1DM DNA autorepeat_1480 ciona_repeat autorepeat_1481 ciona_repeat autorepeat_1482 ciona_repeat autorepeat_1483 ciona_repeat autorepeat_1484 ciona_repeat autorepeat_1485 ciona_repeat autorepeat_1486 ciona_repeat autorepeat_1487 ciona_repeat autorepeat_1488 ciona_repeat autorepeat_1489 ciona_repeat E_O44315 ensembl16596/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). VL30LTR LTR/Retroviral E_O96546 ensembl16601/low_complexity PUTATIVE ENDONUCLEASE/REVERSE TRANSCRIPTASE. gi|4099802|gb|U89799.1|AGU89799 DNA E_Q09656 ensembl7819/trans HYPOTHETICAL 52.6 KDA PROTEIN ZK1320.8 IN CHROMOSOME II. tRNA-His-CAC tRNA autorepeat_1490 ciona_repeat ATCOPIA20LTR LTR/Copia autorepeat_1491 ciona_repeat HELITRON1_CE DNA/Helitron autorepeat_1492 ciona_repeat autorepeat_1493 ciona_repeat autorepeat_1494 ciona_repeat autorepeat_1495 ciona_repeat autorepeat_1496 ciona_repeat autorepeat_1497 ciona_repeat autorepeat_1498 ciona_repeat gi|3095118|gb|AF054211.1|AF054211 DNA HELICOPY1 DNA/Helicop autorepeat_1499 ciona_repeat HELICOPY2 DNA/Helicop HELICOPY3 DNA/Helicop Tc1N1_DR DNA/TC1 E_Q01379 ensembl12270/low_complexity CONTAINS REVERSE TRANSCRIPTASE AND CYS FINGER DOMAINS. tRNA-His-CAY tRNA (CAAG)n Simple_repeat GGXHOI Satellite/W-chromosome CR1-X1a LINE/CR1 20% 26S_ribosomal_RNA_gene ciona_repeat TOL_OLR DNA/hAT ZDE_ZD LTR/Gypsy RSP Satellite D.melanogaster Rsp repetitive element. E_O16635 ensembl124611/low_complexity HYPOTHETICAL 88.3 KDA PROTEIN. TOURIST DNA/Maize Transposon Mutant, 150 nt]. E_Q93YE2 ensembl126942/trans PUTATIVE POLYPROTEIN (FRAGMENT). MAR1 SINE/Marsupials MER51-internal LTR/MER4_group COPIA_I LTR/Copia Drosophila melanogaster transposable element copia. E_Q94254 ensembl134471/low_complexity HYPOTHETICAL 43.1 KDA PROTEIN. G3_DM LINE/Jockey ETNERV LTR/Retroviral E_Q9BLI3 ensembl13712/trans TRAS5 PROTEIN (FRAGMENT). MIR_cat SINE/MIR E_Q87040 ensembl14607/trans POL PROTEIN (FRAGMENT). MER34-int LTR/ERV1 Looper DNA/T2_type 19% autorepeat_9300 ciona_repeat autorepeat_9301 ciona_repeat autorepeat_9302 ciona_repeat autorepeat_9303 ciona_repeat autorepeat_9304 ciona_repeat 5249bp DNA autorepeat_9305 ciona_repeat autorepeat_9306 ciona_repeat ATCOPIA38A_I LTR/Copia autorepeat_9307 ciona_repeat autorepeat_9308 ciona_repeat ART_LINE1 LINE autorepeat_9309 ciona_repeat HSAT3 Satellite/centromeric HSAT4 Satellite/centromeric HSAT5 Satellite HSAT6 Satellite unit is palindromic ATCOPIA73LTR LTR/Copia autorepeat_9310 ciona_repeat autorepeat_9311 ciona_repeat HSATI Satellite (Chr 21, 22) autorepeat_9312 ciona_repeat autorepeat_9313 ciona_repeat autorepeat_9314 ciona_repeat autorepeat_9315 ciona_repeat autorepeat_9316 ciona_repeat autorepeat_9317 ciona_repeat autorepeat_9318 ciona_repeat (CACAT)n Simple_repeat autorepeat_9319 ciona_repeat E_Q03269 ensembl13486/trans RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT). (CTATT)n Simple_repeat MAUI LINE/Pufferfish autorepeat_9320 ciona_repeat autorepeat_9321 ciona_repeat autorepeat_9322 ciona_repeat SSMER1 Other/Pig autorepeat_9323 ciona_repeat (GGAAA)n Simple_repeat autorepeat_9324 ciona_repeat autorepeat_9325 ciona_repeat autorepeat_9326 ciona_repeat BAGGINS1 LINE/LOA autorepeat_9327 ciona_repeat autorepeat_9328 ciona_repeat autorepeat_9329 ciona_repeat 55564 DNA ENDOVIR1LTR LTR/Copia DMR_DV Unknown DMGATA4 DNA DMGATA5 DNA CINFUL2_I LTR/Maize gypsy GYPSY3_LTR LTR/Gypsy DMGATA6 DNA autorepeat_9330 ciona_repeat autorepeat_9331 ciona_repeat DMGATA9 DNA autorepeat_9332 ciona_repeat autorepeat_9333 ciona_repeat autorepeat_9334 ciona_repeat DMRP1 Unknown autorepeat_9335 ciona_repeat autorepeat_9336 ciona_repeat autorepeat_9337 ciona_repeat autorepeat_9338 ciona_repeat autorepeat_9339 ciona_repeat L1M4b_5end LINE/L1 gi|600844|gb|U11658.1|AGU11658 DNA E_Q05405 ensembl446/trans MARINER TRANSPOSASE 1 (FRAGMENT). Hu-mgU6-53 snoRNA Human mgU6-53 gmeth(U6) c/d snoRNA gi|6468235|emb|AJ243222.1|HSA243222 autorepeat_9340 ciona_repeat autorepeat_9341 ciona_repeat autorepeat_6000 ciona_repeat autorepeat_9342 ciona_repeat autorepeat_9343 ciona_repeat gi|11612471|gb|AF294484.1|AF294484 DNA autorepeat_6001 ciona_repeat autorepeat_9344 ciona_repeat DMRPR Unknown Drosophila repeat from 68C glue gene cluster. autorepeat_6002 ciona_repeat autorepeat_9345 ciona_repeat autorepeat_6003 ciona_repeat autorepeat_9346 ciona_repeat autorepeat_6004 ciona_repeat autorepeat_9347 ciona_repeat autorepeat_6005 ciona_repeat autorepeat_9348 ciona_repeat autorepeat_6006 ciona_repeat autorepeat_9349 ciona_repeat autorepeat_6007 ciona_repeat autorepeat_6008 ciona_repeat ATCOPIA72_I LTR/Copia autorepeat_6009 ciona_repeat TAR1_TA LTR/Copia E_Q963V5 ensembl7718/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_9350 ciona_repeat autorepeat_9351 ciona_repeat autorepeat_9352 ciona_repeat autorepeat_6010 ciona_repeat autorepeat_9353 ciona_repeat autorepeat_6011 ciona_repeat autorepeat_9354 ciona_repeat autorepeat_6012 ciona_repeat autorepeat_9355 ciona_repeat autorepeat_6013 ciona_repeat autorepeat_9356 ciona_repeat HARBINGERN6_DR DNA autorepeat_6014 ciona_repeat autorepeat_9357 ciona_repeat HRES1 LTR/Retroviral autorepeat_6015 ciona_repeat autorepeat_9358 ciona_repeat autorepeat_6016 ciona_repeat autorepeat_9359 ciona_repeat autorepeat_6017 ciona_repeat autorepeat_6018 ciona_repeat autorepeat_6019 ciona_repeat RNaseMRP_RNA miscRNA X51867.1 H.sapiens MRP RNA gene encoding the RNA component of RNase MRP // [716..980] extracted from this accession - MRP RNA o (gi|6671107:<1-220, DNA MDM1_OS DNA/MuDR E_Q9BM79 ensembl6934/low_complexity GAG-POL POLYPROTEIN. autorepeat_8700 ciona_repeat autorepeat_8701 ciona_repeat autorepeat_8702 ciona_repeat autorepeat_8703 ciona_repeat autorepeat_8704 ciona_repeat autorepeat_9360 ciona_repeat autorepeat_8705 ciona_repeat autorepeat_9361 ciona_repeat autorepeat_8706 ciona_repeat autorepeat_9362 ciona_repeat autorepeat_6020 ciona_repeat autorepeat_8707 ciona_repeat autorepeat_9363 ciona_repeat autorepeat_6021 ciona_repeat autorepeat_8708 ciona_repeat autorepeat_9364 ciona_repeat DMRS1 DNA autorepeat_6022 ciona_repeat autorepeat_8709 ciona_repeat autorepeat_9365 ciona_repeat autorepeat_6023 ciona_repeat autorepeat_9366 ciona_repeat autorepeat_6024 ciona_repeat autorepeat_9367 ciona_repeat autorepeat_6025 ciona_repeat autorepeat_9368 ciona_repeat autorepeat_6026 ciona_repeat autorepeat_9369 ciona_repeat autorepeat_6027 ciona_repeat autorepeat_6028 ciona_repeat autorepeat_6029 ciona_repeat autorepeat_8710 ciona_repeat autorepeat_8711 ciona_repeat E_Q9BLI2 ensembl17476/trans TRAS6 PROTEIN (FRAGMENT). RATID SINE NOMAD_LTR LTR/Gypsy autorepeat_8712 ciona_repeat autorepeat_8713 ciona_repeat autorepeat_8714 ciona_repeat autorepeat_9370 ciona_repeat autorepeat_8715 ciona_repeat autorepeat_9371 ciona_repeat autorepeat_8716 ciona_repeat autorepeat_9372 ciona_repeat autorepeat_6030 ciona_repeat autorepeat_8717 ciona_repeat autorepeat_9373 ciona_repeat autorepeat_6031 ciona_repeat autorepeat_8718 ciona_repeat autorepeat_9374 ciona_repeat autorepeat_6032 ciona_repeat autorepeat_8719 ciona_repeat autorepeat_9375 ciona_repeat autorepeat_6033 ciona_repeat autorepeat_9376 ciona_repeat autorepeat_6034 ciona_repeat autorepeat_9377 ciona_repeat autorepeat_6035 ciona_repeat autorepeat_9378 ciona_repeat autorepeat_6036 ciona_repeat autorepeat_9379 ciona_repeat autorepeat_6037 ciona_repeat autorepeat_6038 ciona_repeat autorepeat_6039 ciona_repeat 151106..32741,59170..160640 DNA DMSC1XHO DNA autorepeat_8720 ciona_repeat autorepeat_8721 ciona_repeat INVADER DNA autorepeat_8722 ciona_repeat ATGP8LTR LTR/Gypsy autorepeat_8723 ciona_repeat autorepeat_8724 ciona_repeat autorepeat_9380 ciona_repeat autorepeat_8725 ciona_repeat autorepeat_9381 ciona_repeat autorepeat_8726 ciona_repeat autorepeat_9382 ciona_repeat autorepeat_6040 ciona_repeat autorepeat_8727 ciona_repeat autorepeat_9383 ciona_repeat autorepeat_6041 ciona_repeat autorepeat_8728 ciona_repeat autorepeat_9384 ciona_repeat autorepeat_6042 ciona_repeat autorepeat_8729 ciona_repeat autorepeat_9385 ciona_repeat autorepeat_6043 ciona_repeat autorepeat_9386 ciona_repeat autorepeat_6044 ciona_repeat autorepeat_9387 ciona_repeat autorepeat_6045 ciona_repeat autorepeat_9388 ciona_repeat autorepeat_6046 ciona_repeat autorepeat_9389 ciona_repeat AluYd3a1 SINE/Alu (renamed from original AluYc3) autorepeat_6047 ciona_repeat autorepeat_6048 ciona_repeat autorepeat_6049 ciona_repeat ART-LINE2 LINE HELITRON1_OS DNA/Helitron L1B_OC LINE/L1 SINE_DR1 SINE SINE_DR2 SINE Ser.GCT tRNA Expander2 LINE/RTE Sister lineage to Expander to which it is 80% similar (DNA) over the full length (except 3' UTR). The Expanders are also very similar to Rex3; and fit in the RTE group that also includes Bov-B in ruminants. Coding ORF from 172-3348. Ave subst level 6%, younger elements present. autorepeat_8730 ciona_repeat autorepeat_8731 ciona_repeat autorepeat_8732 ciona_repeat autorepeat_8733 ciona_repeat autorepeat_8734 ciona_repeat autorepeat_9390 ciona_repeat autorepeat_8735 ciona_repeat autorepeat_9391 ciona_repeat autorepeat_8736 ciona_repeat autorepeat_9392 ciona_repeat autorepeat_6050 ciona_repeat autorepeat_8737 ciona_repeat autorepeat_9393 ciona_repeat autorepeat_6051 ciona_repeat autorepeat_8738 ciona_repeat autorepeat_9394 ciona_repeat autorepeat_6052 ciona_repeat autorepeat_8739 ciona_repeat autorepeat_9395 ciona_repeat autorepeat_6053 ciona_repeat autorepeat_9396 ciona_repeat autorepeat_6054 ciona_repeat autorepeat_9397 ciona_repeat autorepeat_6055 ciona_repeat autorepeat_9398 ciona_repeat autorepeat_6056 ciona_repeat autorepeat_9399 ciona_repeat autorepeat_6057 ciona_repeat autorepeat_6058 ciona_repeat autorepeat_6059 ciona_repeat Bov-B LINE/BovB Bov-D SINE/BovD BaEV-int LTR/ERV1 DM2 LTR/Gypsy Drosophila retroposon microcopia Dm-2 3'end. autorepeat_8740 ciona_repeat autorepeat_8741 ciona_repeat autorepeat_8742 ciona_repeat autorepeat_5400 ciona_repeat autorepeat_8743 ciona_repeat autorepeat_5401 ciona_repeat autorepeat_8744 ciona_repeat autorepeat_5402 ciona_repeat autorepeat_8745 ciona_repeat autorepeat_5403 ciona_repeat autorepeat_8746 ciona_repeat autorepeat_5404 ciona_repeat autorepeat_6060 ciona_repeat autorepeat_8747 ciona_repeat autorepeat_5405 ciona_repeat autorepeat_6061 ciona_repeat autorepeat_8748 ciona_repeat autorepeat_5406 ciona_repeat autorepeat_6062 ciona_repeat autorepeat_8749 ciona_repeat autorepeat_5407 ciona_repeat autorepeat_6063 ciona_repeat autorepeat_5408 ciona_repeat autorepeat_6064 ciona_repeat ATCOPIA66_I LTR/Copia autorepeat_5409 ciona_repeat autorepeat_6065 ciona_repeat autorepeat_6066 ciona_repeat autorepeat_6067 ciona_repeat autorepeat_6068 ciona_repeat ATMUNX1 DNA/MuDR autorepeat_6069 ciona_repeat ATCOPIA58LTR LTR/Copia (CGGA)n Simple_repeat 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autorepeat_8770 ciona_repeat autorepeat_8771 ciona_repeat (CAGAGA)n Simple_repeat autorepeat_8772 ciona_repeat autorepeat_5430 ciona_repeat autorepeat_8773 ciona_repeat autorepeat_5431 ciona_repeat autorepeat_8774 ciona_repeat autorepeat_5432 ciona_repeat autorepeat_8775 ciona_repeat autorepeat_5433 ciona_repeat autorepeat_8776 ciona_repeat autorepeat_5434 ciona_repeat autorepeat_6090 ciona_repeat autorepeat_8777 ciona_repeat autorepeat_5435 ciona_repeat autorepeat_6091 ciona_repeat autorepeat_8778 ciona_repeat autorepeat_5436 ciona_repeat autorepeat_6092 ciona_repeat autorepeat_8779 ciona_repeat Arg.ACG tRNA autorepeat_5437 ciona_repeat autorepeat_6093 ciona_repeat autorepeat_5438 ciona_repeat autorepeat_6094 ciona_repeat gi|18087064|gb|AF387855.1|AF387855 DNA autorepeat_5439 ciona_repeat autorepeat_6095 ciona_repeat autorepeat_6096 ciona_repeat MER48 LTR/ERV1 HERVH48 LTRs, 10-11% diverged (TTAAG)n Simple_repeat autorepeat_6097 ciona_repeat RIRE2_OS_I LTR/Gypsy autorepeat_6098 ciona_repeat autorepeat_6099 ciona_repeat autorepeat_8780 ciona_repeat autorepeat_8781 ciona_repeat autorepeat_8782 ciona_repeat autorepeat_5440 ciona_repeat autorepeat_8783 ciona_repeat 14377 DNA autorepeat_5441 ciona_repeat autorepeat_8784 ciona_repeat autorepeat_2100 ciona_repeat autorepeat_5442 ciona_repeat autorepeat_8785 ciona_repeat autorepeat_2101 ciona_repeat autorepeat_5443 ciona_repeat autorepeat_8786 ciona_repeat autorepeat_2102 ciona_repeat autorepeat_5444 ciona_repeat autorepeat_8787 ciona_repeat autorepeat_2103 ciona_repeat autorepeat_5445 ciona_repeat autorepeat_8788 ciona_repeat ATCOPIA92LTR LTR/Copia autorepeat_5446 ciona_repeat autorepeat_8789 ciona_repeat autorepeat_2104 ciona_repeat autorepeat_5447 ciona_repeat autorepeat_2105 ciona_repeat autorepeat_5448 ciona_repeat autorepeat_2106 ciona_repeat autorepeat_5449 ciona_repeat autorepeat_2107 ciona_repeat autorepeat_2108 ciona_repeat ATCOPIA33_I LTR/Copia autorepeat_2109 ciona_repeat autorepeat_8790 ciona_repeat 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DT1 DNA/Mariner autorepeat_4810 ciona_repeat autorepeat_4811 ciona_repeat ATCOPIA28_LTR LTR/Copia autorepeat_4812 ciona_repeat autorepeat_4813 ciona_repeat autorepeat_4814 ciona_repeat autorepeat_5470 ciona_repeat autorepeat_4815 ciona_repeat autorepeat_5471 ciona_repeat autorepeat_2130 ciona_repeat autorepeat_4816 ciona_repeat autorepeat_5472 ciona_repeat RIRE3_I LTR/Rice gypsy ATHAT1 DNA/HAT autorepeat_4817 ciona_repeat autorepeat_5473 ciona_repeat autorepeat_2131 ciona_repeat autorepeat_4818 ciona_repeat autorepeat_5474 ciona_repeat ATHAT2 DNA/HAT autorepeat_2132 ciona_repeat PALTA4_CE DNA/Tc1? autorepeat_4819 ciona_repeat autorepeat_5475 ciona_repeat ATHAT3 DNA/HAT autorepeat_2133 ciona_repeat autorepeat_5476 ciona_repeat autorepeat_2134 ciona_repeat ATLINEIII LINE/L1 autorepeat_5477 ciona_repeat autorepeat_2135 ciona_repeat autorepeat_5478 ciona_repeat autorepeat_2136 ciona_repeat autorepeat_5479 ciona_repeat ATHAT7 DNA/HAT CHR-2A SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Ruminantia TDR1 DNA/TC1 autorepeat_2137 ciona_repeat CHR-2B SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Ruminantia TDR2 DNA autorepeat_2138 ciona_repeat TDR3 DNA autorepeat_2139 ciona_repeat TDR4 DNA TDR5 DNA TDR6 DNA TDR7 DNA TDR8 DNA TDR9 DNA E_O48730 ensembl3532/trans EN/SPM-LIKE TRANSPOSON PROTEIN. 7SK_RNA miscRNA X05490.1 Human 7SK RNA gene only positions [245..575] LTR1 LTR/ERV1 mer4 group 11% div HUERS-P2 LTRs Hu-U50prime snoRNA Human U50prime gmeth c/d snoRNA intron 5 U50HG gi|5821114:1701-1733, LTR2 LTR/ERV1 8% div HERVE/Harlequin LTR 169 LTR3 LTR/ERVK HERVK3 LTR LTR4 LTR/ERV1 HERV3 (and HERVR?) LTRs LTR5 LTR/ERVK HERVK LTR <5% autorepeat_4820 ciona_repeat LTR6 LTR/Retroviral autorepeat_4821 ciona_repeat LTR7 LTR/ERV1 HERVH-LTR 6-7% autorepeat_4822 ciona_repeat LTR8 LTR/ERV1 mer4 group 10-11% HUERS-P1 LTR autorepeat_4823 ciona_repeat LTR9 LTR/ERV1 mer4 group 16% div HUERS-P3 LTR autorepeat_4824 ciona_repeat autorepeat_5480 ciona_repeat autorepeat_4825 ciona_repeat autorepeat_5481 ciona_repeat autorepeat_4826 ciona_repeat autorepeat_5482 ciona_repeat autorepeat_2140 ciona_repeat autorepeat_4827 ciona_repeat autorepeat_5483 ciona_repeat autorepeat_2141 ciona_repeat autorepeat_4828 ciona_repeat autorepeat_5484 ciona_repeat autorepeat_2142 ciona_repeat autorepeat_4829 ciona_repeat autorepeat_5485 ciona_repeat autorepeat_2143 ciona_repeat autorepeat_5486 ciona_repeat autorepeat_2144 ciona_repeat autorepeat_5487 ciona_repeat autorepeat_2145 ciona_repeat autorepeat_5488 ciona_repeat ZEON1_ZM_I LTR/Gypsy autorepeat_2146 ciona_repeat autorepeat_5489 ciona_repeat autorepeat_2147 ciona_repeat autorepeat_2148 ciona_repeat autorepeat_2149 ciona_repeat INVADER1_LTR LTR/Gypsy BAGGINS DNA ERE1 SINE/horse autorepeat_4830 ciona_repeat autorepeat_4831 ciona_repeat autorepeat_4832 ciona_repeat autorepeat_4833 ciona_repeat ATCOPIA24LTR LTR/Copia autorepeat_4834 ciona_repeat autorepeat_5490 ciona_repeat autorepeat_4835 ciona_repeat autorepeat_5491 ciona_repeat autorepeat_4836 ciona_repeat autorepeat_5492 ciona_repeat autorepeat_2150 ciona_repeat autorepeat_4837 ciona_repeat autorepeat_5493 ciona_repeat autorepeat_2151 ciona_repeat autorepeat_4838 ciona_repeat autorepeat_5494 ciona_repeat autorepeat_2152 ciona_repeat autorepeat_4839 ciona_repeat autorepeat_5495 ciona_repeat autorepeat_2153 ciona_repeat MER83B-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_5496 ciona_repeat autorepeat_2154 ciona_repeat autorepeat_5497 ciona_repeat autorepeat_2155 ciona_repeat autorepeat_5498 ciona_repeat autorepeat_2156 ciona_repeat autorepeat_5499 ciona_repeat autorepeat_2157 ciona_repeat autorepeat_2158 ciona_repeat autorepeat_2159 ciona_repeat autorepeat_1 ciona_repeat autorepeat_2 ciona_repeat HAT3_CE DNA/HAT autorepeat_3 ciona_repeat autorepeat_4 ciona_repeat autorepeat_5 ciona_repeat autorepeat_6 ciona_repeat autorepeat_7 ciona_repeat autorepeat_8 ciona_repeat autorepeat_9 ciona_repeat E_O77146 ensembl26118/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE SJR1 (FRAGMENT). E_Q946U4 ensembl17821/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4840 ciona_repeat autorepeat_4841 ciona_repeat autorepeat_1500 ciona_repeat autorepeat_4842 ciona_repeat autorepeat_4843 ciona_repeat autorepeat_1501 ciona_repeat autorepeat_4844 ciona_repeat autorepeat_1502 ciona_repeat autorepeat_4845 ciona_repeat autorepeat_1503 ciona_repeat autorepeat_4846 ciona_repeat autorepeat_2160 ciona_repeat autorepeat_1504 ciona_repeat autorepeat_4847 ciona_repeat autorepeat_2161 ciona_repeat autorepeat_1505 ciona_repeat Contig10 WI_ciona_repeat autorepeat_4848 ciona_repeat autorepeat_2162 ciona_repeat autorepeat_1506 ciona_repeat Contig11 WI_ciona_repeat autorepeat_4849 ciona_repeat autorepeat_2163 ciona_repeat autorepeat_1507 ciona_repeat Contig12 WI_ciona_repeat autorepeat_2164 ciona_repeat autorepeat_1508 ciona_repeat ATCOPIA27_I LTR/Copia Contig13 WI_ciona_repeat autorepeat_2165 ciona_repeat autorepeat_1509 ciona_repeat Contig14 WI_ciona_repeat autorepeat_2166 ciona_repeat Contig15 WI_ciona_repeat autorepeat_2167 ciona_repeat Contig16 WI_ciona_repeat autorepeat_2168 ciona_repeat Contig17 WI_ciona_repeat autorepeat_2169 ciona_repeat Contig18 WI_ciona_repeat Contig19 WI_ciona_repeat OPIE2_ZM_LTR LTR/Copia DMARS406 DNA tRNA-Arg-AGA tRNA LINE_DR LINE/L2 tRNA-Arg-AGG tRNA autorepeat_4850 ciona_repeat autorepeat_4851 ciona_repeat autorepeat_4852 ciona_repeat autorepeat_1510 ciona_repeat autorepeat_4853 ciona_repeat autorepeat_1511 ciona_repeat autorepeat_4854 ciona_repeat autorepeat_1512 ciona_repeat autorepeat_4855 ciona_repeat autorepeat_1513 ciona_repeat autorepeat_4856 ciona_repeat autorepeat_2170 ciona_repeat autorepeat_1514 ciona_repeat autorepeat_4857 ciona_repeat autorepeat_2171 ciona_repeat autorepeat_1515 ciona_repeat Contig20 WI_ciona_repeat autorepeat_4858 ciona_repeat autorepeat_2172 ciona_repeat autorepeat_1516 ciona_repeat Contig21 WI_ciona_repeat autorepeat_4859 ciona_repeat autorepeat_2173 ciona_repeat autorepeat_1517 ciona_repeat Contig22 WI_ciona_repeat autorepeat_2174 ciona_repeat autorepeat_1518 ciona_repeat Contig23 WI_ciona_repeat autorepeat_2175 ciona_repeat autorepeat_1519 ciona_repeat Contig24 WI_ciona_repeat autorepeat_2176 ciona_repeat Contig25 WI_ciona_repeat autorepeat_2177 ciona_repeat Contig26 WI_ciona_repeat autorepeat_2178 ciona_repeat Contig27 WI_ciona_repeat autorepeat_2179 ciona_repeat Contig28 WI_ciona_repeat Contig29 WI_ciona_repeat autorepeat_4860 ciona_repeat autorepeat_4861 ciona_repeat autorepeat_4862 ciona_repeat autorepeat_1520 ciona_repeat autorepeat_4863 ciona_repeat autorepeat_1521 ciona_repeat autorepeat_4864 ciona_repeat autorepeat_1522 ciona_repeat autorepeat_4865 ciona_repeat autorepeat_1523 ciona_repeat autorepeat_4866 ciona_repeat HATN13_DR DNA autorepeat_2180 ciona_repeat autorepeat_1524 ciona_repeat SPRINGER DNA autorepeat_4867 ciona_repeat autorepeat_2181 ciona_repeat autorepeat_1525 ciona_repeat Contig30 WI_ciona_repeat autorepeat_4868 ciona_repeat autorepeat_2182 ciona_repeat autorepeat_1526 ciona_repeat Contig31 WI_ciona_repeat autorepeat_4869 ciona_repeat autorepeat_2183 ciona_repeat autorepeat_1527 ciona_repeat Contig32 WI_ciona_repeat autorepeat_2184 ciona_repeat autorepeat_1528 ciona_repeat Contig33 WI_ciona_repeat autorepeat_2185 ciona_repeat autorepeat_1529 ciona_repeat DMSAT DNA Contig34 WI_ciona_repeat autorepeat_2186 ciona_repeat Contig35 WI_ciona_repeat autorepeat_2187 ciona_repeat (CCCTAA)n Simple_repeat Contig36 WI_ciona_repeat autorepeat_2188 ciona_repeat Contig37 WI_ciona_repeat autorepeat_2189 ciona_repeat Contig38 WI_ciona_repeat Contig39 WI_ciona_repeat LTRIS_MM LTR/ERV1 MMURS LTR E_Q963X2 ensembl42545/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_4870 ciona_repeat autorepeat_4871 ciona_repeat autorepeat_4872 ciona_repeat autorepeat_1530 ciona_repeat autorepeat_4873 ciona_repeat autorepeat_1531 ciona_repeat autorepeat_4874 ciona_repeat autorepeat_1532 ciona_repeat autorepeat_4875 ciona_repeat autorepeat_1533 ciona_repeat autorepeat_4876 ciona_repeat autorepeat_2190 ciona_repeat autorepeat_1534 ciona_repeat autorepeat_4877 ciona_repeat autorepeat_2191 ciona_repeat autorepeat_1535 ciona_repeat Contig40 WI_ciona_repeat autorepeat_4878 ciona_repeat autorepeat_2192 ciona_repeat autorepeat_1536 ciona_repeat Contig41 WI_ciona_repeat autorepeat_4879 ciona_repeat autorepeat_2193 ciona_repeat autorepeat_1537 ciona_repeat Contig42 WI_ciona_repeat autorepeat_2194 ciona_repeat autorepeat_1538 ciona_repeat Contig43 WI_ciona_repeat autorepeat_2195 ciona_repeat autorepeat_1539 ciona_repeat Contig44 WI_ciona_repeat autorepeat_2196 ciona_repeat Contig45 WI_ciona_repeat autorepeat_2197 ciona_repeat Contig46 WI_ciona_repeat autorepeat_2198 ciona_repeat Contig47 WI_ciona_repeat autorepeat_2199 ciona_repeat Contig48 WI_ciona_repeat Contig49 WI_ciona_repeat 5.8S_ribosomal rDNA U13369.1 Human ribosomal DNA complete repeating unit [6623..6779] ULYSS_LTR LTR/Gypsy D.virilis Ulysses retrotransposon. Bridge2(Xena) LINE/Penelope 5' truncated LINE consensus. Only a fragment of the old Bridge2 in here (pos 116-502 corresponds to bp 1-387 of old entry). Remainder of old entry is another repeat. The current sequence aligns (with 18-20% divergence) to Bridge1. Xena is the name given in a GenBank entry; they think it to be an LTR element. Very young (ave 8%, but some < 1% diverged) autorepeat_4880 ciona_repeat ATCOPIA77LTR LTR/Copia autorepeat_4881 ciona_repeat DMTOM1_LTR LTR/Gypsy autorepeat_4882 ciona_repeat autorepeat_1540 ciona_repeat autorepeat_4883 ciona_repeat autorepeat_1541 ciona_repeat autorepeat_10 ciona_repeat autorepeat_4884 ciona_repeat autorepeat_1542 ciona_repeat autorepeat_11 ciona_repeat autorepeat_4885 ciona_repeat autorepeat_1543 ciona_repeat MST-INTERNAL LTR/MaLR autorepeat_12 ciona_repeat autorepeat_4886 ciona_repeat autorepeat_1544 ciona_repeat RLTR5_MM LTR/ERV1 MuRVY autorepeat_13 ciona_repeat autorepeat_4887 ciona_repeat autorepeat_1545 ciona_repeat 150034 DNA Contig50 WI_ciona_repeat autorepeat_14 ciona_repeat autorepeat_4888 ciona_repeat autorepeat_1546 ciona_repeat Contig51 WI_ciona_repeat autorepeat_15 ciona_repeat autorepeat_4889 ciona_repeat autorepeat_1547 ciona_repeat Contig52 WI_ciona_repeat autorepeat_1548 ciona_repeat Contig53 WI_ciona_repeat autorepeat_16 ciona_repeat autorepeat_1549 ciona_repeat Contig54 WI_ciona_repeat autorepeat_17 ciona_repeat Ronin2_I LTR/Gypsy Closely related to Sushi and Samurai. Products of gag-ORF (pos 17-994) 59% and of pol-ORF (~1260-4329) 73% similar over full length to SUSHI products. Consensus derived for all copies <15% diverged from this consensus; average subst level 10%, but reflects existence of multiple subfamilies. Contig55 WI_ciona_repeat autorepeat_18 ciona_repeat Contig56 WI_ciona_repeat autorepeat_19 ciona_repeat Contig57 WI_ciona_repeat Contig58 WI_ciona_repeat Contig59 WI_ciona_repeat E_Q9P957 ensembl8215/trans POL (REVERSE TRANSCRIPTASE-RNASE H) (FRAGMENT). SN5 Other/centromeric autorepeat_4890 ciona_repeat DMSTEGHA DNA autorepeat_4891 ciona_repeat DMSTEGHB DNA autorepeat_4892 ciona_repeat autorepeat_1550 ciona_repeat autorepeat_4893 ciona_repeat autorepeat_1551 ciona_repeat autorepeat_20 ciona_repeat autorepeat_4894 ciona_repeat autorepeat_1552 ciona_repeat autorepeat_21 ciona_repeat autorepeat_4895 ciona_repeat autorepeat_1553 ciona_repeat autorepeat_22 ciona_repeat autorepeat_4896 ciona_repeat autorepeat_1554 ciona_repeat autorepeat_23 ciona_repeat autorepeat_4897 ciona_repeat autorepeat_1555 ciona_repeat Contig60 WI_ciona_repeat autorepeat_24 ciona_repeat autorepeat_4898 ciona_repeat autorepeat_1556 ciona_repeat Contig61 WI_ciona_repeat autorepeat_4899 ciona_repeat autorepeat_1557 ciona_repeat Contig62 WI_ciona_repeat autorepeat_25 ciona_repeat autorepeat_1558 ciona_repeat Contig63 WI_ciona_repeat autorepeat_26 ciona_repeat autorepeat_1559 ciona_repeat Contig64 WI_ciona_repeat autorepeat_27 ciona_repeat Contig65 WI_ciona_repeat autorepeat_28 ciona_repeat Contig66 WI_ciona_repeat autorepeat_29 ciona_repeat Contig67 WI_ciona_repeat Contig68 WI_ciona_repeat Contig69 WI_ciona_repeat ERV1-I_DR LTR/ERV ATHILA7LTR LTR/Gypsy FERV-R2_LTR LTR/ERV1 autorepeat_1560 ciona_repeat 94667..185337 DNA autorepeat_1561 ciona_repeat autorepeat_30 ciona_repeat autorepeat_1562 ciona_repeat autorepeat_31 ciona_repeat autorepeat_1563 ciona_repeat autorepeat_32 ciona_repeat autorepeat_1564 ciona_repeat autorepeat_33 ciona_repeat autorepeat_1565 ciona_repeat Contig70 WI_ciona_repeat autorepeat_1566 ciona_repeat Contig71 WI_ciona_repeat autorepeat_34 ciona_repeat autorepeat_1567 ciona_repeat SUSHII LTR/Pufferfish Contig72 WI_ciona_repeat autorepeat_35 ciona_repeat autorepeat_1568 ciona_repeat Contig73 WI_ciona_repeat autorepeat_36 ciona_repeat autorepeat_1569 ciona_repeat Contig74 WI_ciona_repeat autorepeat_37 ciona_repeat Contig75 WI_ciona_repeat autorepeat_38 ciona_repeat Contig76 WI_ciona_repeat autorepeat_39 ciona_repeat T412LTR LTR Contig77 WI_ciona_repeat Contig78 WI_ciona_repeat Contig79 WI_ciona_repeat autorepeat_1570 ciona_repeat autorepeat_1571 ciona_repeat DMMINIDNA DNA autorepeat_40 ciona_repeat autorepeat_1572 ciona_repeat autorepeat_41 ciona_repeat autorepeat_1573 ciona_repeat autorepeat_42 ciona_repeat autorepeat_1574 ciona_repeat autorepeat_1575 ciona_repeat Contig80 WI_ciona_repeat autorepeat_43 ciona_repeat autorepeat_1576 ciona_repeat Contig81 WI_ciona_repeat autorepeat_44 ciona_repeat autorepeat_1577 ciona_repeat Contig82 WI_ciona_repeat autorepeat_45 ciona_repeat autorepeat_1578 ciona_repeat Contig83 WI_ciona_repeat autorepeat_46 ciona_repeat E_P09523 ensembl10158/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. autorepeat_1579 ciona_repeat Contig84 WI_ciona_repeat autorepeat_47 ciona_repeat E_Q9TZF8 ensembl11382/trans F58E1.1 PROTEIN. Contig85 WI_ciona_repeat autorepeat_48 ciona_repeat Contig86 WI_ciona_repeat autorepeat_49 ciona_repeat Contig87 WI_ciona_repeat Contig88 WI_ciona_repeat SAMURAI LTR/Pufferfish Contig89 WI_ciona_repeat E_Q24691 ensembl6557/trans MANIRER-2 PROTEIN (FRAGMENT). E_Q9U3R4 ensembl6588/trans C06B8.5 PROTEIN. gi|1381121|gb|L78796.1|MSQTNTATAC DNA DMRER2DM DNA autorepeat_1580 ciona_repeat autorepeat_1581 ciona_repeat autorepeat_50 ciona_repeat autorepeat_1582 ciona_repeat L1M3c_5end LINE/L1 autorepeat_51 ciona_repeat autorepeat_1583 ciona_repeat autorepeat_1584 ciona_repeat autorepeat_52 ciona_repeat autorepeat_1585 ciona_repeat Contig90 WI_ciona_repeat autorepeat_53 ciona_repeat autorepeat_1586 ciona_repeat Contig91 WI_ciona_repeat autorepeat_54 ciona_repeat autorepeat_1587 ciona_repeat Contig92 WI_ciona_repeat autorepeat_55 ciona_repeat autorepeat_1588 ciona_repeat Contig93 WI_ciona_repeat autorepeat_56 ciona_repeat autorepeat_1589 ciona_repeat Contig94 WI_ciona_repeat autorepeat_57 ciona_repeat Contig95 WI_ciona_repeat autorepeat_58 ciona_repeat Contig96 WI_ciona_repeat autorepeat_59 ciona_repeat Contig97 WI_ciona_repeat Contig98 WI_ciona_repeat Furousha DNA/hAT_Tol2 Product of ORF 584-2056 is most similar to the human transposase-derived gene Tramp (47% over 398 AA) 8 bp duplications; 4.5% div (furou is 'wandering around' in Japanese, furousha is vagabond/tramp) L1ME3A LINE/L1 Contig99 WI_ciona_repeat L1ME3B LINE/L1 gi|159634|gb|M35465.1|MSQRTR1N DNA THE1A LTR/MaLR THE1B LTR/MaLR THE1C LTR/MaLR ATHILA6A_I LTR/Gypsy THE1D LTR/MaLR STALKER2_I LTR/Gypsy autorepeat_1590 ciona_repeat autorepeat_1591 ciona_repeat autorepeat_60 ciona_repeat autorepeat_1592 ciona_repeat autorepeat_1593 ciona_repeat autorepeat_61 ciona_repeat autorepeat_1594 ciona_repeat autorepeat_62 ciona_repeat autorepeat_1595 ciona_repeat autorepeat_63 ciona_repeat autorepeat_1596 ciona_repeat STALKER2_LTR LTR/Gypsy autorepeat_64 ciona_repeat autorepeat_1597 ciona_repeat autorepeat_65 ciona_repeat autorepeat_1598 ciona_repeat autorepeat_66 ciona_repeat autorepeat_1599 ciona_repeat autorepeat_67 ciona_repeat autorepeat_68 ciona_repeat autorepeat_69 ciona_repeat L1ME4A LINE/L1 autorepeat_70 ciona_repeat autorepeat_71 ciona_repeat autorepeat_72 ciona_repeat autorepeat_73 ciona_repeat DMDM11 DNA autorepeat_74 ciona_repeat autorepeat_75 ciona_repeat autorepeat_76 ciona_repeat autorepeat_77 ciona_repeat gi|6671102:c1100-8, DNA autorepeat_78 ciona_repeat autorepeat_79 ciona_repeat L1ME4a LINE/L1 140246,23112 DNA autorepeat_80 ciona_repeat autorepeat_81 ciona_repeat autorepeat_82 ciona_repeat CIN4L_ZM LINE/L1 autorepeat_83 ciona_repeat autorepeat_84 ciona_repeat autorepeat_85 ciona_repeat autorepeat_86 ciona_repeat autorepeat_87 ciona_repeat autorepeat_88 ciona_repeat autorepeat_89 ciona_repeat ORR1B-INT LTR/MaLR MER31-int LTR/ERV1 mer4 group 108266 DNA DMW1DOC DNA (CGATA)n Simple_repeat E_Q23827 ensembl62544/trans TRANSPOSASE (FRAGMENT). E_Q9YW31 ensembl16643/low_complexity ORF MSV061 PUTATIVE LINE REVERSE TRANSCRIPTASE, SIMILAR TO CAENORHABDITIS ELEGANS GB:U00063. autorepeat_90 ciona_repeat autorepeat_91 ciona_repeat autorepeat_92 ciona_repeat autorepeat_93 ciona_repeat autorepeat_94 ciona_repeat autorepeat_95 ciona_repeat autorepeat_96 ciona_repeat autorepeat_97 ciona_repeat autorepeat_98 ciona_repeat autorepeat_99 ciona_repeat ATCOPIA43LTR LTR/Copia ALA_DM Unknown Drosophila melanogaster ALA-D DNA repeat region. (CATATA)n Simple_repeat ES22 Satellite/Horse SVA Other PROTOP DNA/P autorepeat_9400 ciona_repeat autorepeat_9401 ciona_repeat autorepeat_9402 ciona_repeat autorepeat_9403 ciona_repeat autorepeat_9404 ciona_repeat autorepeat_9405 ciona_repeat ATCOPIA38B_I LTR/Copia autorepeat_9406 ciona_repeat U4atac snRNA U62822.1 Human small nuclear RNA U4atac, partial sequence autorepeat_9407 ciona_repeat autorepeat_9408 ciona_repeat autorepeat_9409 ciona_repeat Leu.CAA tRNA ATSINE2A SINE? autorepeat_9410 ciona_repeat autorepeat_9411 ciona_repeat Leu.CAG tRNA autorepeat_9412 ciona_repeat autorepeat_9413 ciona_repeat autorepeat_9414 ciona_repeat autorepeat_9415 ciona_repeat autorepeat_9416 ciona_repeat E_Q24697 ensembl13674/trans PLANARIAN MARINER-0 GENE (FRAGMENT). autorepeat_9417 ciona_repeat autorepeat_9418 ciona_repeat autorepeat_9419 ciona_repeat (CGAGG)n Simple_repeat (CAACC)n Simple_repeat 162113..115626 DNA REX3_XM LINE/Platyfish (Xiphophorus maculatus) 51691..13951 DNA TRAM_I LTR/PAO D.miranda LTR retrotransposon TRAM; an internal sequence. autorepeat_9420 ciona_repeat autorepeat_9421 ciona_repeat autorepeat_9422 ciona_repeat autorepeat_9423 ciona_repeat autorepeat_9424 ciona_repeat autorepeat_9425 ciona_repeat autorepeat_9426 ciona_repeat autorepeat_9427 ciona_repeat autorepeat_9428 ciona_repeat autorepeat_9429 ciona_repeat (CATAG)n Simple_repeat ATLINE1_3A LINE/L1 L1-2_DR LINE/L1 L1VL2_5end LINE/L1 autorepeat_9430 ciona_repeat autorepeat_9431 ciona_repeat autorepeat_9432 ciona_repeat autorepeat_9433 ciona_repeat autorepeat_9434 ciona_repeat autorepeat_9435 ciona_repeat autorepeat_9436 ciona_repeat autorepeat_9437 ciona_repeat autorepeat_9438 ciona_repeat XDMR Unknown XDMR is a dispersed repetitive element. autorepeat_9439 ciona_repeat gi|159627|gb|M35454.1|MSQRTR1G DNA 62893 DNA ERVL LTR/ERVL 15-18% div, MLT2B1/B2 LTRs autorepeat_9440 ciona_repeat autorepeat_9441 ciona_repeat E_Q03272 ensembl3769/low_complexity RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT). autorepeat_9442 ciona_repeat autorepeat_6100 ciona_repeat autorepeat_9443 ciona_repeat autorepeat_6101 ciona_repeat autorepeat_9444 ciona_repeat autorepeat_6102 ciona_repeat autorepeat_9445 ciona_repeat autorepeat_6103 ciona_repeat autorepeat_9446 ciona_repeat ATCOPIA96LTR LTR/Copia autorepeat_6104 ciona_repeat autorepeat_9447 ciona_repeat autorepeat_6105 ciona_repeat autorepeat_9448 ciona_repeat autorepeat_6106 ciona_repeat autorepeat_9449 ciona_repeat autorepeat_6107 ciona_repeat autorepeat_6108 ciona_repeat ATCOPIA73_I LTR/Copia autorepeat_6109 ciona_repeat M4DM DNA 47694..3737 DNA gi|5804813|emb|AJ006564.1|AAR6564 DNA B2_Felis SINE/B2 10% div, undoubtedly heterologous autorepeat_9450 ciona_repeat autorepeat_9451 ciona_repeat autorepeat_9452 ciona_repeat autorepeat_6110 ciona_repeat autorepeat_9453 ciona_repeat autorepeat_6111 ciona_repeat autorepeat_9454 ciona_repeat autorepeat_6112 ciona_repeat autorepeat_9455 ciona_repeat autorepeat_6113 ciona_repeat autorepeat_9456 ciona_repeat MMRVL13 Other autorepeat_6114 ciona_repeat autorepeat_9457 ciona_repeat autorepeat_6115 ciona_repeat autorepeat_9458 ciona_repeat autorepeat_6116 ciona_repeat autorepeat_9459 ciona_repeat autorepeat_6117 ciona_repeat autorepeat_6118 ciona_repeat autorepeat_6119 ciona_repeat DOC3_DM LINE/Jockey autorepeat_8800 ciona_repeat autorepeat_8801 ciona_repeat autorepeat_8802 ciona_repeat autorepeat_8803 ciona_repeat autorepeat_8804 ciona_repeat autorepeat_9460 ciona_repeat autorepeat_8805 ciona_repeat autorepeat_9461 ciona_repeat autorepeat_8806 ciona_repeat autorepeat_9462 ciona_repeat autorepeat_6120 ciona_repeat autorepeat_8807 ciona_repeat autorepeat_9463 ciona_repeat E_Q02964 ensembl17404/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. autorepeat_6121 ciona_repeat autorepeat_8808 ciona_repeat autorepeat_9464 ciona_repeat autorepeat_6122 ciona_repeat autorepeat_8809 ciona_repeat autorepeat_9465 ciona_repeat autorepeat_6123 ciona_repeat autorepeat_9466 ciona_repeat autorepeat_6124 ciona_repeat autorepeat_9467 ciona_repeat autorepeat_6125 ciona_repeat autorepeat_9468 ciona_repeat autorepeat_6126 ciona_repeat autorepeat_9469 ciona_repeat MU1_ZM DNA/MuDR DMTN1731 DNA autorepeat_6127 ciona_repeat ATN9_1 DNA/MuDR 2% autorepeat_6128 ciona_repeat LTR23-int LTR/ERV1 mer4 group autorepeat_6129 ciona_repeat gi|3095159|gb|AF054234.1|AF054234 DNA autorepeat_8810 ciona_repeat autorepeat_8811 ciona_repeat autorepeat_8812 ciona_repeat autorepeat_8813 ciona_repeat 164553..80272 DNA autorepeat_8814 ciona_repeat autorepeat_9470 ciona_repeat autorepeat_8815 ciona_repeat autorepeat_9471 ciona_repeat autorepeat_8816 ciona_repeat autorepeat_9472 ciona_repeat autorepeat_6130 ciona_repeat autorepeat_8817 ciona_repeat autorepeat_9473 ciona_repeat Hu-U13 Human snoRNA U13 rRNA cleavage c/d snoRNA No GENBANK entry. Literature PMID|2531075 autorepeat_6131 ciona_repeat autorepeat_8818 ciona_repeat autorepeat_9474 ciona_repeat autorepeat_6132 ciona_repeat autorepeat_8819 ciona_repeat autorepeat_9475 ciona_repeat E_O18588 ensembl62540/trans MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT). autorepeat_9476 ciona_repeat autorepeat_6133 ciona_repeat autorepeat_6134 ciona_repeat autorepeat_9477 ciona_repeat autorepeat_6135 ciona_repeat autorepeat_9478 ciona_repeat TABOR DNA autorepeat_6136 ciona_repeat autorepeat_9479 ciona_repeat autorepeat_6137 ciona_repeat autorepeat_6138 ciona_repeat HsTC2-2 DNA/Tc2 (think of good name) 12jul2001 autorepeat_6139 ciona_repeat (CCCCAA)n Simple_repeat subtelomeric Satellite 31561,163513 DNA RLTRMRS_PS LTR/ERV autorepeat_8820 ciona_repeat autorepeat_8821 ciona_repeat autorepeat_8822 ciona_repeat autorepeat_8823 ciona_repeat autorepeat_8824 ciona_repeat autorepeat_9480 ciona_repeat autorepeat_8825 ciona_repeat autorepeat_9481 ciona_repeat autorepeat_8826 ciona_repeat autorepeat_9482 ciona_repeat autorepeat_6140 ciona_repeat autorepeat_8827 ciona_repeat autorepeat_9483 ciona_repeat IDEFIX_I LTR/Gypsy autorepeat_6141 ciona_repeat autorepeat_8828 ciona_repeat autorepeat_9484 ciona_repeat autorepeat_6142 ciona_repeat autorepeat_8829 ciona_repeat autorepeat_9485 ciona_repeat E_Q9N6Y0 ensembl26750/low_complexity ORF1 PROTEIN. yet_another_repeat ciona_repeat autorepeat_6143 ciona_repeat autorepeat_9486 ciona_repeat autorepeat_6144 ciona_repeat autorepeat_9487 ciona_repeat autorepeat_6145 ciona_repeat autorepeat_9488 ciona_repeat autorepeat_6146 ciona_repeat autorepeat_9489 ciona_repeat autorepeat_6147 ciona_repeat autorepeat_6148 ciona_repeat autorepeat_6149 ciona_repeat ATCOPIA40_I LTR/Copia DMSUF DNA autorepeat_8830 ciona_repeat autorepeat_8831 ciona_repeat autorepeat_8832 ciona_repeat autorepeat_8833 ciona_repeat autorepeat_8834 ciona_repeat autorepeat_9490 ciona_repeat autorepeat_8835 ciona_repeat autorepeat_9491 ciona_repeat autorepeat_8836 ciona_repeat autorepeat_9492 ciona_repeat autorepeat_6150 ciona_repeat autorepeat_8837 ciona_repeat autorepeat_9493 ciona_repeat autorepeat_6151 ciona_repeat autorepeat_8838 ciona_repeat autorepeat_9494 ciona_repeat autorepeat_6152 ciona_repeat autorepeat_8839 ciona_repeat autorepeat_9495 ciona_repeat autorepeat_6153 ciona_repeat autorepeat_9496 ciona_repeat autorepeat_6154 ciona_repeat autorepeat_9497 ciona_repeat autorepeat_6155 ciona_repeat autorepeat_9498 ciona_repeat autorepeat_6156 ciona_repeat autorepeat_9499 ciona_repeat 67752,112434,31539 DNA autorepeat_6157 ciona_repeat autorepeat_6158 ciona_repeat autorepeat_6159 ciona_repeat Glu.TTC tRNA gi|1196519|gb|L76231.1|MSQTUCU DNA gi|1381120|gb|L78795.1|MSQTNTATAB DNA gi|11612470|gb|AF294483.1|AF294483 DNA (CGAAA)n Simple_repeat CINFUL2_ZM_I LTR/Gypsy (CACTG)n Simple_repeat (CA)n Simple_repeat autorepeat_8840 ciona_repeat autorepeat_8841 ciona_repeat autorepeat_8842 ciona_repeat autorepeat_5500 ciona_repeat autorepeat_8843 ciona_repeat autorepeat_5501 ciona_repeat autorepeat_8844 ciona_repeat BOMZH1 DNA/MuDR autorepeat_5502 ciona_repeat autorepeat_8845 ciona_repeat BOMZH2 DNA/MuDR autorepeat_5503 ciona_repeat autorepeat_8846 ciona_repeat autorepeat_5504 ciona_repeat autorepeat_6160 ciona_repeat autorepeat_8847 ciona_repeat autorepeat_5505 ciona_repeat autorepeat_6161 ciona_repeat autorepeat_8848 ciona_repeat autorepeat_5506 ciona_repeat autorepeat_6162 ciona_repeat autorepeat_8849 ciona_repeat autorepeat_5507 ciona_repeat autorepeat_6163 ciona_repeat autorepeat_5508 ciona_repeat autorepeat_6164 ciona_repeat ATCOPIA67_I LTR/Copia autorepeat_5509 ciona_repeat autorepeat_6165 ciona_repeat autorepeat_6166 ciona_repeat autorepeat_6167 ciona_repeat autorepeat_6168 ciona_repeat autorepeat_6169 ciona_repeat E_P26809 ensembl19187/trans POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)]. 85328..125865 DNA RC123 Satellite ATCOPIA33_LTR LTR/Copia TA1_AT LTR/Gypsy EN1 DNA/Maize Autonomous DNA transposon En-1. autorepeat_8850 ciona_repeat autorepeat_8851 ciona_repeat autorepeat_8852 ciona_repeat autorepeat_5510 ciona_repeat autorepeat_8853 ciona_repeat autorepeat_5511 ciona_repeat autorepeat_8854 ciona_repeat PRE1d2 SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_5512 ciona_repeat autorepeat_8855 ciona_repeat autorepeat_5513 ciona_repeat autorepeat_8856 ciona_repeat autorepeat_5514 ciona_repeat autorepeat_6170 ciona_repeat autorepeat_8857 ciona_repeat autorepeat_5515 ciona_repeat autorepeat_6171 ciona_repeat autorepeat_8858 ciona_repeat autorepeat_5516 ciona_repeat autorepeat_6172 ciona_repeat autorepeat_8859 ciona_repeat autorepeat_5517 ciona_repeat autorepeat_6173 ciona_repeat ARLTR2 LTR autorepeat_5518 ciona_repeat autorepeat_6174 ciona_repeat autorepeat_5519 ciona_repeat autorepeat_6175 ciona_repeat autorepeat_6176 ciona_repeat autorepeat_6177 ciona_repeat autorepeat_6178 ciona_repeat autorepeat_6179 ciona_repeat autorepeat_8860 ciona_repeat autorepeat_8861 ciona_repeat autorepeat_8862 ciona_repeat autorepeat_5520 ciona_repeat autorepeat_8863 ciona_repeat autorepeat_5521 ciona_repeat autorepeat_8864 ciona_repeat autorepeat_5522 ciona_repeat autorepeat_8865 ciona_repeat autorepeat_5523 ciona_repeat autorepeat_8866 ciona_repeat autorepeat_5524 ciona_repeat autorepeat_6180 ciona_repeat autorepeat_8867 ciona_repeat autorepeat_5525 ciona_repeat autorepeat_6181 ciona_repeat autorepeat_8868 ciona_repeat autorepeat_5526 ciona_repeat autorepeat_6182 ciona_repeat autorepeat_8869 ciona_repeat autorepeat_5527 ciona_repeat autorepeat_6183 ciona_repeat autorepeat_5528 ciona_repeat autorepeat_6184 ciona_repeat autorepeat_5529 ciona_repeat autorepeat_6185 ciona_repeat autorepeat_6186 ciona_repeat autorepeat_6187 ciona_repeat MMETn-int LTR/ERVK autorepeat_6188 ciona_repeat autorepeat_6189 ciona_repeat 37327 DNA ATCOPIA62LTR LTR/Copia E_Q963V6 ensembl26526/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_8870 ciona_repeat autorepeat_8871 ciona_repeat autorepeat_8872 ciona_repeat autorepeat_5530 ciona_repeat autorepeat_8873 ciona_repeat autorepeat_5531 ciona_repeat autorepeat_8874 ciona_repeat PRE1f2 SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_5532 ciona_repeat autorepeat_8875 ciona_repeat autorepeat_5533 ciona_repeat autorepeat_8876 ciona_repeat autorepeat_5534 ciona_repeat autorepeat_6190 ciona_repeat autorepeat_8877 ciona_repeat Contig100 WI_ciona_repeat autorepeat_5535 ciona_repeat autorepeat_6191 ciona_repeat autorepeat_8878 ciona_repeat Contig101 WI_ciona_repeat autorepeat_5536 ciona_repeat autorepeat_6192 ciona_repeat autorepeat_8879 ciona_repeat Contig102 WI_ciona_repeat autorepeat_5537 ciona_repeat autorepeat_6193 ciona_repeat Contig103 WI_ciona_repeat autorepeat_5538 ciona_repeat autorepeat_6194 ciona_repeat Contig104 WI_ciona_repeat autorepeat_5539 ciona_repeat autorepeat_6195 ciona_repeat Contig105 WI_ciona_repeat autorepeat_6196 ciona_repeat Contig106 WI_ciona_repeat autorepeat_6197 ciona_repeat Contig107 WI_ciona_repeat autorepeat_6198 ciona_repeat Contig108 WI_ciona_repeat autorepeat_6199 ciona_repeat TC1 DNA/Tc1 DMTNCIRC DNA Contig109 WI_ciona_repeat TC2 DNA/Pogo TC4 DNA/Pogo TC5 DNA/Pogo TC6 DNA autorepeat_8880 ciona_repeat autorepeat_8881 ciona_repeat autorepeat_8882 ciona_repeat autorepeat_5540 ciona_repeat autorepeat_8883 ciona_repeat autorepeat_5541 ciona_repeat autorepeat_8884 ciona_repeat autorepeat_2200 ciona_repeat autorepeat_5542 ciona_repeat autorepeat_8885 ciona_repeat autorepeat_2201 ciona_repeat autorepeat_5543 ciona_repeat autorepeat_8886 ciona_repeat autorepeat_2202 ciona_repeat autorepeat_5544 ciona_repeat autorepeat_8887 ciona_repeat Contig110 WI_ciona_repeat autorepeat_5545 ciona_repeat autorepeat_8888 ciona_repeat autorepeat_2203 ciona_repeat Contig111 WI_ciona_repeat autorepeat_5546 ciona_repeat autorepeat_8889 ciona_repeat autorepeat_2204 ciona_repeat Contig112 WI_ciona_repeat autorepeat_5547 ciona_repeat autorepeat_2205 ciona_repeat Contig113 WI_ciona_repeat autorepeat_5548 ciona_repeat autorepeat_2206 ciona_repeat Contig114 WI_ciona_repeat autorepeat_5549 ciona_repeat autorepeat_2207 ciona_repeat Contig115 WI_ciona_repeat autorepeat_2208 ciona_repeat ATCOPIA34_I LTR/Copia Contig116 WI_ciona_repeat autorepeat_2209 ciona_repeat Contig117 WI_ciona_repeat Contig118 WI_ciona_repeat Contig119 WI_ciona_repeat autorepeat_8890 ciona_repeat autorepeat_8891 ciona_repeat autorepeat_8892 ciona_repeat HSREP271 Satellite/telomeric autorepeat_5550 ciona_repeat autorepeat_8893 ciona_repeat VANDAL1N1 DNA/MuDR autorepeat_5551 ciona_repeat autorepeat_8894 ciona_repeat autorepeat_2210 ciona_repeat autorepeat_5552 ciona_repeat autorepeat_8895 ciona_repeat autorepeat_2211 ciona_repeat autorepeat_5553 ciona_repeat autorepeat_8896 ciona_repeat autorepeat_5554 ciona_repeat autorepeat_8897 ciona_repeat autorepeat_2212 ciona_repeat Contig120 WI_ciona_repeat autorepeat_5555 ciona_repeat autorepeat_8898 ciona_repeat autorepeat_2213 ciona_repeat Contig121 WI_ciona_repeat autorepeat_5556 ciona_repeat autorepeat_8899 ciona_repeat autorepeat_2214 ciona_repeat Contig122 WI_ciona_repeat autorepeat_5557 ciona_repeat autorepeat_2215 ciona_repeat Contig123 WI_ciona_repeat autorepeat_5558 ciona_repeat autorepeat_2216 ciona_repeat Contig124 WI_ciona_repeat autorepeat_5559 ciona_repeat autorepeat_2217 ciona_repeat Contig125 WI_ciona_repeat autorepeat_2218 ciona_repeat Contig126 WI_ciona_repeat autorepeat_2219 ciona_repeat Contig127 WI_ciona_repeat Contig128 WI_ciona_repeat Contig129 WI_ciona_repeat autorepeat_4900 ciona_repeat autorepeat_4901 ciona_repeat autorepeat_4902 ciona_repeat autorepeat_4903 ciona_repeat autorepeat_4904 ciona_repeat autorepeat_5560 ciona_repeat autorepeat_4905 ciona_repeat autorepeat_5561 ciona_repeat hY4_RNA scRNA X57566.1 Human hy4 Ro RNA (associated with erythrocyte Ro RNP's) autorepeat_2220 ciona_repeat autorepeat_4906 ciona_repeat autorepeat_5562 ciona_repeat autorepeat_4907 ciona_repeat autorepeat_5563 ciona_repeat autorepeat_2221 ciona_repeat autorepeat_4908 ciona_repeat autorepeat_5564 ciona_repeat PRE1a SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2222 ciona_repeat Contig130 WI_ciona_repeat autorepeat_4909 ciona_repeat autorepeat_5565 ciona_repeat PRE1b SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2223 ciona_repeat Contig131 WI_ciona_repeat autorepeat_5566 ciona_repeat PRE1c SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2224 ciona_repeat Contig132 WI_ciona_repeat autorepeat_5567 ciona_repeat PRE1d SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2225 ciona_repeat Contig133 WI_ciona_repeat autorepeat_5568 ciona_repeat PRE1e SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2226 ciona_repeat Contig134 WI_ciona_repeat autorepeat_5569 ciona_repeat PRE1f SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2227 ciona_repeat Contig135 WI_ciona_repeat PRE1g SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina autorepeat_2228 ciona_repeat Contig136 WI_ciona_repeat autorepeat_2229 ciona_repeat Contig137 WI_ciona_repeat PRE1h SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina PRE1i SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina S50810 DNA AT_rich Low_complexity Contig138 WI_ciona_repeat PRE1j SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina Contig139 WI_ciona_repeat PRE1k SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Suina GYPSY6_I LTR/Gypsy HELITRONY1_CE DNA/Helitron HELITRONY1_CE is a nonautonomous DNA transposon - a consensus. TZ86R_ZM Unknown autorepeat_4910 ciona_repeat autorepeat_4911 ciona_repeat autorepeat_4912 ciona_repeat autorepeat_4913 ciona_repeat autorepeat_4914 ciona_repeat autorepeat_5570 ciona_repeat Ronin3_LTR LTR/Gypsy autorepeat_4915 ciona_repeat autorepeat_5571 ciona_repeat autorepeat_4916 ciona_repeat autorepeat_5572 ciona_repeat autorepeat_2230 ciona_repeat autorepeat_4917 ciona_repeat autorepeat_5573 ciona_repeat autorepeat_2231 ciona_repeat autorepeat_4918 ciona_repeat autorepeat_5574 ciona_repeat autorepeat_2232 ciona_repeat gi|1381252|gb|L78798.1|MSQTNTATAE DNA Contig140 WI_ciona_repeat autorepeat_4919 ciona_repeat autorepeat_5575 ciona_repeat autorepeat_2233 ciona_repeat Contig141 WI_ciona_repeat autorepeat_5576 ciona_repeat autorepeat_2234 ciona_repeat Contig142 WI_ciona_repeat autorepeat_5577 ciona_repeat autorepeat_2235 ciona_repeat Contig143 WI_ciona_repeat autorepeat_5578 ciona_repeat E_Q95NH2 ensembl42540/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_2236 ciona_repeat Contig144 WI_ciona_repeat autorepeat_5579 ciona_repeat autorepeat_2237 ciona_repeat Contig145 WI_ciona_repeat autorepeat_2238 ciona_repeat Contig146 WI_ciona_repeat autorepeat_2239 ciona_repeat Contig147 WI_ciona_repeat Contig148 WI_ciona_repeat Contig149 WI_ciona_repeat GTWIN DNA autorepeat_4920 ciona_repeat 13857 DNA autorepeat_4921 ciona_repeat MLT-INTERNAL LTR/MaLR MLT1A1 autorepeat_4922 ciona_repeat autorepeat_4923 ciona_repeat autorepeat_4924 ciona_repeat autorepeat_5580 ciona_repeat autorepeat_4925 ciona_repeat autorepeat_5581 ciona_repeat (CAGCT)n Simple_repeat autorepeat_4926 ciona_repeat autorepeat_5582 ciona_repeat E_Q9NBJ3 ensembl9043/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_2240 ciona_repeat autorepeat_4927 ciona_repeat autorepeat_5583 ciona_repeat autorepeat_2241 ciona_repeat autorepeat_4928 ciona_repeat autorepeat_5584 ciona_repeat autorepeat_2242 ciona_repeat Contig150 WI_ciona_repeat autorepeat_4929 ciona_repeat autorepeat_5585 ciona_repeat autorepeat_2243 ciona_repeat COPIA2_LTR_DM LTR/Copia Contig151 WI_ciona_repeat autorepeat_5586 ciona_repeat autorepeat_2244 ciona_repeat Contig152 WI_ciona_repeat autorepeat_5587 ciona_repeat autorepeat_2245 ciona_repeat Contig153 WI_ciona_repeat autorepeat_5588 ciona_repeat autorepeat_2246 ciona_repeat Contig154 WI_ciona_repeat autorepeat_5589 ciona_repeat autorepeat_2247 ciona_repeat Contig155 WI_ciona_repeat autorepeat_2248 ciona_repeat autorepeat_2249 ciona_repeat Contig156 WI_ciona_repeat Contig157 WI_ciona_repeat Contig158 WI_ciona_repeat Contig159 WI_ciona_repeat gi|18087063|gb|AF387854.1|AF387854 DNA CEREBA_HV_I LTR/Gypsy E_Q9TVZ9 ensembl25995/low_complexity DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), PARTIAL CDS, STRAIN C137 (FRAGMENT). (TGG)n Simple_repeat autorepeat_4930 ciona_repeat autorepeat_4931 ciona_repeat autorepeat_4932 ciona_repeat autorepeat_4933 ciona_repeat autorepeat_4934 ciona_repeat autorepeat_5590 ciona_repeat autorepeat_4935 ciona_repeat autorepeat_5591 ciona_repeat autorepeat_4936 ciona_repeat autorepeat_5592 ciona_repeat autorepeat_2250 ciona_repeat autorepeat_4937 ciona_repeat autorepeat_5593 ciona_repeat autorepeat_2251 ciona_repeat autorepeat_4938 ciona_repeat autorepeat_5594 ciona_repeat autorepeat_2252 ciona_repeat VANDALNX1 DNA/MuDR Contig160 WI_ciona_repeat autorepeat_4939 ciona_repeat autorepeat_5595 ciona_repeat autorepeat_2253 ciona_repeat Contig161 WI_ciona_repeat autorepeat_5596 ciona_repeat VANDALNX2 DNA/MuDR autorepeat_2254 ciona_repeat Contig162 WI_ciona_repeat autorepeat_5597 ciona_repeat autorepeat_2255 ciona_repeat Contig163 WI_ciona_repeat autorepeat_5598 ciona_repeat autorepeat_2256 ciona_repeat Contig164 WI_ciona_repeat autorepeat_5599 ciona_repeat autorepeat_2257 ciona_repeat 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(TGGGGG)n Simple_repeat tRNA-Leu-CTY tRNA (CAAGC)n Simple_repeat gi|159629|gb|M35457.1|MSQRTR1I DNA DMYW14G7 DNA HATN4_DR DNA autorepeat_4990 ciona_repeat autorepeat_4991 ciona_repeat autorepeat_4992 ciona_repeat autorepeat_1650 ciona_repeat autorepeat_4993 ciona_repeat autorepeat_1651 ciona_repeat autorepeat_4994 ciona_repeat autorepeat_1652 ciona_repeat autorepeat_4995 ciona_repeat autorepeat_1653 ciona_repeat autorepeat_4996 ciona_repeat autorepeat_1654 ciona_repeat autorepeat_4997 ciona_repeat autorepeat_1655 ciona_repeat autorepeat_4998 ciona_repeat autorepeat_1656 ciona_repeat autorepeat_4999 ciona_repeat autorepeat_1657 ciona_repeat autorepeat_1658 ciona_repeat autorepeat_1659 ciona_repeat L1-6_DR LINE/L1 DM20D5M1 DNA DM20D5M2 DNA DM20D5M3 DNA DM20D5M4 DNA autorepeat_1660 ciona_repeat autorepeat_1661 ciona_repeat DM20D5M6 DNA autorepeat_1662 ciona_repeat DM20D5M7 DNA XR_XL DNA/T2 ATCOPIA81LTR LTR/Copia autorepeat_1663 ciona_repeat DM20D5M8 DNA autorepeat_1664 ciona_repeat DM20D5M9 DNA autorepeat_1665 ciona_repeat autorepeat_1666 ciona_repeat autorepeat_1667 ciona_repeat autorepeat_1668 ciona_repeat autorepeat_1669 ciona_repeat MMCMLTR LTR/Retroviral HUERS-P3b LTR/ERV1 mer4 group LTR8/9 14-16% div I-1_DR N autorepeat_1670 ciona_repeat autorepeat_1671 ciona_repeat (TAA)n Simple_repeat autorepeat_1672 ciona_repeat autorepeat_1673 ciona_repeat autorepeat_1674 ciona_repeat autorepeat_1675 ciona_repeat autorepeat_1676 ciona_repeat autorepeat_1677 ciona_repeat autorepeat_1678 ciona_repeat autorepeat_1679 ciona_repeat gi|3095151|gb|AF054229.1|AF054229 DNA TIR21T5A_CE DNA autorepeat_1680 ciona_repeat autorepeat_1681 ciona_repeat autorepeat_1682 ciona_repeat autorepeat_1683 ciona_repeat autorepeat_1684 ciona_repeat autorepeat_1685 ciona_repeat autorepeat_1686 ciona_repeat autorepeat_1687 ciona_repeat autorepeat_1688 ciona_repeat autorepeat_1689 ciona_repeat U11 snRNA X13707.1 Human U11 small nuclear RNA gene U12 snRNA J04119.1 Human small nuclear RNA U12 U13 snRNA E_P15629 ensembl17822/trans ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)]. U14 snRNA TR5 Unknown U17 snRNA MER66-int LTR/ERV1 mer4 group ATHILA6B_I LTR/Gypsy autorepeat_1690 ciona_repeat autorepeat_1691 ciona_repeat autorepeat_1692 ciona_repeat autorepeat_1693 ciona_repeat autorepeat_1694 ciona_repeat autorepeat_1695 ciona_repeat autorepeat_1696 ciona_repeat autorepeat_1697 ciona_repeat autorepeat_1698 ciona_repeat autorepeat_1699 ciona_repeat E_P91509 ensembl11564/trans HYPOTHETICAL 43.3 KDA PROTEIN. 169397..94135 DNA gi|5804811|emb|AJ006562.1|AME6562 DNA gi|1480676|gb|U60878.1|AAU60878 DNA DMDMRA DNA DMDMRB DNA DMDMRC DNA ATCOPIA13LTR LTR/Copia TIR9TA1A_CE DNA ATCOPIA80_I LTR/Copia FAM SINE/Alu gi|1381251|gb|L78797.1|MSQTNTATAD DNA ERV1-LTR_DR LTR/ERV (CTAAG)n Simple_repeat (GA)n Simple_repeat BARE1_HV_I LTR/Copia autorepeat_9500 ciona_repeat autorepeat_9501 ciona_repeat autorepeat_9502 ciona_repeat autorepeat_9503 ciona_repeat ATCOPIA8AI LTR/Copia autorepeat_9504 ciona_repeat autorepeat_9505 ciona_repeat autorepeat_9506 ciona_repeat autorepeat_9507 ciona_repeat autorepeat_9508 ciona_repeat autorepeat_9509 ciona_repeat HARBINGER DNA/Harbinger autorepeat_9510 ciona_repeat autorepeat_9511 ciona_repeat autorepeat_9512 ciona_repeat autorepeat_9513 ciona_repeat ATCOPIA8BI LTR/Copia autorepeat_9514 ciona_repeat autorepeat_9515 ciona_repeat autorepeat_9516 ciona_repeat TART_B1 LINE/Telomere Drosophila melanogaster TART-B1 transposon. autorepeat_9517 ciona_repeat TART_B2 LINE Drosophila melanogaster TART-B2. autorepeat_9518 ciona_repeat autorepeat_9519 ciona_repeat TX1 LINE/L1 (GGGA)n Simple_repeat XL1723I DNA/hAT XL1723L DNA/hAT E_Q9BKT6 ensembl12623/low_complexity HYPOTHETICAL 55.2 KDA PROTEIN. autorepeat_9520 ciona_repeat autorepeat_9521 ciona_repeat autorepeat_9522 ciona_repeat autorepeat_9523 ciona_repeat XL1723R DNA/hAT autorepeat_9524 ciona_repeat autorepeat_9525 ciona_repeat autorepeat_9526 ciona_repeat autorepeat_9527 ciona_repeat DMSC1KPN DNA autorepeat_9528 ciona_repeat autorepeat_9529 ciona_repeat PVSAT Satellite/Cod (Pollachius virens) ATCOPIA66LTR LTR/Copia BARI_DM DNA/Tc1 autorepeat_9530 ciona_repeat S78304 DNA 7SK RNA autorepeat_9531 ciona_repeat autorepeat_9532 ciona_repeat 7SL RNA autorepeat_9533 ciona_repeat autorepeat_9534 ciona_repeat autorepeat_9535 ciona_repeat autorepeat_9536 ciona_repeat autorepeat_9537 ciona_repeat autorepeat_9538 ciona_repeat autorepeat_9539 ciona_repeat DMCR1A LINE/CR1 ORR1A1 LTR/MaLR ORR1A2 LTR/MaLR ORR1A3 LTR/MaLR (CGG)n Simple_repeat autorepeat_9540 ciona_repeat TZF DNA/TC1 consensus autorepeat_9541 ciona_repeat autorepeat_9542 ciona_repeat autorepeat_6200 ciona_repeat autorepeat_9543 ciona_repeat autorepeat_6201 ciona_repeat autorepeat_9544 ciona_repeat autorepeat_6202 ciona_repeat autorepeat_9545 ciona_repeat autorepeat_6203 ciona_repeat autorepeat_9546 ciona_repeat autorepeat_6204 ciona_repeat autorepeat_9547 ciona_repeat autorepeat_6205 ciona_repeat autorepeat_6206 ciona_repeat autorepeat_6207 ciona_repeat autorepeat_6208 ciona_repeat ATCOPIA74_I LTR/Copia autorepeat_6209 ciona_repeat ORR1B1 LTR/MaLR ORR1B2 LTR/MaLR E_Q9LR94 ensembl19114/trans T23E23.16. B4-5 SINE/B4 RMER2 Unknown RMER3 LTR RMER4 LTR RMER5 LTR/ERV1 partially matches MER4D autorepeat_6210 ciona_repeat autorepeat_6211 ciona_repeat autorepeat_6212 ciona_repeat autorepeat_6213 ciona_repeat autorepeat_6214 ciona_repeat autorepeat_6215 ciona_repeat autorepeat_6216 ciona_repeat autorepeat_6217 ciona_repeat autorepeat_6218 ciona_repeat autorepeat_6219 ciona_repeat ATCOPIA65A_I LTR/Copia autorepeat_8900 ciona_repeat L1_Cric LINE/L1 autorepeat_8901 ciona_repeat autorepeat_8902 ciona_repeat autorepeat_8903 ciona_repeat MMLTRIS LTR autorepeat_8904 ciona_repeat autorepeat_8905 ciona_repeat autorepeat_8906 ciona_repeat autorepeat_6220 ciona_repeat autorepeat_8907 ciona_repeat COW_LINE LINE autorepeat_6221 ciona_repeat autorepeat_8908 ciona_repeat autorepeat_6222 ciona_repeat autorepeat_8909 ciona_repeat autorepeat_6223 ciona_repeat autorepeat_6224 ciona_repeat ATMU3N1 DNA/MuDR autorepeat_6225 ciona_repeat autorepeat_6226 ciona_repeat autorepeat_6227 ciona_repeat E_Q9N4R7 ensembl16642/low_complexity Y58G8A.2 PROTEIN. autorepeat_6228 ciona_repeat autorepeat_6229 ciona_repeat E_Q9NBI0 ensembl9037/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_8910 ciona_repeat autorepeat_8911 ciona_repeat autorepeat_8912 ciona_repeat autorepeat_8913 ciona_repeat autorepeat_8914 ciona_repeat autorepeat_8915 ciona_repeat autorepeat_8916 ciona_repeat autorepeat_6230 ciona_repeat autorepeat_8917 ciona_repeat autorepeat_6231 ciona_repeat autorepeat_8918 ciona_repeat autorepeat_6232 ciona_repeat autorepeat_8919 ciona_repeat autorepeat_6233 ciona_repeat autorepeat_6234 ciona_repeat autorepeat_6235 ciona_repeat XDMR_DM Unknown D.melanogaster dispersed middle repetitive DNA sequence. autorepeat_6236 ciona_repeat autorepeat_6237 ciona_repeat autorepeat_6238 ciona_repeat autorepeat_6239 ciona_repeat NPALTA1_CE DNA MICROPIA_LTR LTR/Gypsy (CAGA)n Simple_repeat autorepeat_8920 ciona_repeat autorepeat_8921 ciona_repeat autorepeat_8922 ciona_repeat autorepeat_8923 ciona_repeat autorepeat_8924 ciona_repeat autorepeat_8925 ciona_repeat (CAGGT)n Simple_repeat autorepeat_8926 ciona_repeat autorepeat_6240 ciona_repeat autorepeat_8927 ciona_repeat autorepeat_6241 ciona_repeat autorepeat_8928 ciona_repeat autorepeat_6242 ciona_repeat autorepeat_8929 ciona_repeat autorepeat_6243 ciona_repeat autorepeat_6244 ciona_repeat autorepeat_6245 ciona_repeat autorepeat_6246 ciona_repeat autorepeat_6247 ciona_repeat CATCH1LTR_DR LTR autorepeat_6248 ciona_repeat autorepeat_6249 ciona_repeat (TAGGG)n Simple_repeat SINE_FR2 SINE/Mermaid very young (3% average, incl CpGs) tRNA-Gly-GGA (83% bp 10-70), MER6 (83% bp 80-350) MER31-internal LTR/MER4-group autorepeat_8930 ciona_repeat autorepeat_8931 ciona_repeat autorepeat_8932 ciona_repeat autorepeat_8933 ciona_repeat autorepeat_8934 ciona_repeat autorepeat_8935 ciona_repeat autorepeat_8936 ciona_repeat autorepeat_6250 ciona_repeat autorepeat_8937 ciona_repeat autorepeat_6251 ciona_repeat autorepeat_8938 ciona_repeat ATCOPIA30_LTR LTR/Copia autorepeat_6252 ciona_repeat autorepeat_8939 ciona_repeat 95130..22811 DNA autorepeat_6253 ciona_repeat 143634..148567 DNA autorepeat_6254 ciona_repeat autorepeat_6255 ciona_repeat autorepeat_6256 ciona_repeat autorepeat_6257 ciona_repeat autorepeat_6258 ciona_repeat autorepeat_6259 ciona_repeat SYNREP_MM Satellite (CCTCG)n Simple_repeat PREM1 LTR/Maize Putative LTR-retroelement (a consensus). autorepeat_8940 ciona_repeat autorepeat_8941 ciona_repeat autorepeat_8942 ciona_repeat autorepeat_5600 ciona_repeat autorepeat_8943 ciona_repeat autorepeat_5601 ciona_repeat autorepeat_8944 ciona_repeat autorepeat_5602 ciona_repeat autorepeat_8945 ciona_repeat autorepeat_5603 ciona_repeat autorepeat_8946 ciona_repeat autorepeat_5604 ciona_repeat autorepeat_6260 ciona_repeat autorepeat_8947 ciona_repeat autorepeat_6261 ciona_repeat autorepeat_5605 ciona_repeat autorepeat_8948 ciona_repeat MIRAGE1 DNA/Mirage autorepeat_5606 ciona_repeat autorepeat_6262 ciona_repeat autorepeat_8949 ciona_repeat autorepeat_5607 ciona_repeat autorepeat_6263 ciona_repeat autorepeat_5608 ciona_repeat autorepeat_6264 ciona_repeat ATCOPIA68_I LTR/Copia autorepeat_5609 ciona_repeat autorepeat_6265 ciona_repeat autorepeat_6266 ciona_repeat autorepeat_6267 ciona_repeat TIGGU1B DNA/Tigger TA duplication, only 2.5% kimura. Short similarity to Tigger2 (44% similar,27$ ident at coding level). No full-length element yet, autorepeat_6268 ciona_repeat autorepeat_6269 ciona_repeat TNR3_OS DNA/En-Spm autorepeat_8950 ciona_repeat autorepeat_8951 ciona_repeat autorepeat_8952 ciona_repeat autorepeat_5610 ciona_repeat autorepeat_8953 ciona_repeat autorepeat_5611 ciona_repeat autorepeat_8954 ciona_repeat ATENSPM10 DNA/En-Spm MLT1-INTERNAL LTR/MaLR MLT1C autorepeat_5612 ciona_repeat autorepeat_8955 ciona_repeat ATENSPM11 DNA/En-Spm autorepeat_5613 ciona_repeat autorepeat_8956 ciona_repeat autorepeat_5614 ciona_repeat autorepeat_6270 ciona_repeat autorepeat_8957 ciona_repeat autorepeat_5615 ciona_repeat autorepeat_6271 ciona_repeat autorepeat_8958 ciona_repeat 4656..3837,91448..121204,45884..130839,183128..74459 DNA autorepeat_5616 ciona_repeat autorepeat_6272 ciona_repeat autorepeat_8959 ciona_repeat autorepeat_5617 ciona_repeat autorepeat_6273 ciona_repeat autorepeat_5618 ciona_repeat autorepeat_6274 ciona_repeat DRSATII Satellite autorepeat_5619 ciona_repeat autorepeat_6275 ciona_repeat autorepeat_6276 ciona_repeat TIGGU2A DNA/Tigger autorepeat_6277 ciona_repeat autorepeat_6278 ciona_repeat autorepeat_6279 ciona_repeat PAL8C_1 DNA/HAT Hu-U15a snoRNA Human U15a cleavage? c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein S3 (rps3) gi|347528|gb|L15616.1|HUMU15AX PAL8C_2 DNA/HAT Hu-U15b snoRNA Human U15b gmeth c/d snoRNA intron 5 ribosomal protein S3 (rps3) gi|347529:1-146, PAL8C_3 DNA/HAT PAL8C_4 DNA/HAT PAL8C_5 DNA/HAT ATENSPM1A DNA/En-Spm E_Q9NAF7 ensembl60635/trans Y48G10A.5 PROTEIN (Y66D12A.Y PROTEIN). tRNA-Gln-CAA_ tRNA gi|3095158|gb|AF054233.1|AF054233 DNA autorepeat_8960 ciona_repeat autorepeat_8961 ciona_repeat L1MCa_5end LINE/L1 autorepeat_8962 ciona_repeat autorepeat_5620 ciona_repeat autorepeat_8963 ciona_repeat autorepeat_5621 ciona_repeat autorepeat_8964 ciona_repeat autorepeat_5622 ciona_repeat autorepeat_8965 ciona_repeat autorepeat_5623 ciona_repeat autorepeat_8966 ciona_repeat autorepeat_5624 ciona_repeat autorepeat_6280 ciona_repeat autorepeat_8967 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WI_ciona_repeat autorepeat_2309 ciona_repeat Contig217 WI_ciona_repeat Contig218 WI_ciona_repeat MER101 LTR/ERV1 mer4 group 15% Contig219 WI_ciona_repeat MER103 DNA 21% MER104 DNA/Tc2 TA dups MER105 DNA 19% hY1_RNA scRNA K01562.1 Actual hY1 RNA determined by Steitz (83): MER107 DNA/MER1_type 6% div MER109 Unknown 19% HATN8_DR DNA autorepeat_8990 ciona_repeat autorepeat_8991 ciona_repeat autorepeat_8992 ciona_repeat autorepeat_5650 ciona_repeat autorepeat_8993 ciona_repeat autorepeat_5651 ciona_repeat autorepeat_8994 ciona_repeat VANDAL2N1 DNA/MuDR autorepeat_2310 ciona_repeat autorepeat_5652 ciona_repeat autorepeat_8995 ciona_repeat CR1-4_DR LINE/L2 autorepeat_5653 ciona_repeat autorepeat_8996 ciona_repeat autorepeat_2311 ciona_repeat autorepeat_5654 ciona_repeat autorepeat_8997 ciona_repeat autorepeat_2312 ciona_repeat MARINER2 DNA Contig220 WI_ciona_repeat autorepeat_5655 ciona_repeat autorepeat_8998 ciona_repeat RNaseP_RNA miscRNA S68670.1 H1 RNA gene {promoter} autorepeat_2313 ciona_repeat Contig221 WI_ciona_repeat autorepeat_5656 ciona_repeat autorepeat_8999 ciona_repeat autorepeat_2314 ciona_repeat Contig222 WI_ciona_repeat autorepeat_5657 ciona_repeat autorepeat_2315 ciona_repeat Contig223 WI_ciona_repeat autorepeat_5658 ciona_repeat autorepeat_2316 ciona_repeat Contig224 WI_ciona_repeat autorepeat_5659 ciona_repeat autorepeat_2317 ciona_repeat Contig225 WI_ciona_repeat autorepeat_2318 ciona_repeat Contig226 WI_ciona_repeat autorepeat_2319 ciona_repeat Contig227 WI_ciona_repeat MER110 LTR/ERV1 20% div Contig228 WI_ciona_repeat MER112 DNA/MER1_type 21-22% Contig229 WI_ciona_repeat MER113 DNA/MER1_type? 8 bp dups (NTCTAGAN) 23% div MER114 LTR/ERV 20-25% MER115 DNA/AcHobo 20-25% 8 bp duplications MER116 DNA/Mariner 16-17% (quite similar to Made1; to be renamed Made2) MER117 DNA/MER1_type 29%? MER119 DNA/MER1_type 24% MER11A LTR/ERVK ~10% div MER11B LTR/ERVK ~10% div MER11C LTR/ERVK ~10% div MER11D LTR/ERVK 2% div autorepeat_5660 ciona_repeat autorepeat_5661 ciona_repeat autorepeat_5662 ciona_repeat autorepeat_2320 ciona_repeat autorepeat_5663 ciona_repeat ATCOPIA85LTR LTR/Copia autorepeat_2321 ciona_repeat autorepeat_5664 ciona_repeat autorepeat_2322 ciona_repeat PSLINE LINE/Turtle CR1 (Platemys spixii) Contig230 WI_ciona_repeat autorepeat_5665 ciona_repeat autorepeat_2323 ciona_repeat Contig231 WI_ciona_repeat autorepeat_5666 ciona_repeat autorepeat_2324 ciona_repeat Contig232 WI_ciona_repeat autorepeat_5667 ciona_repeat B5-RSINE1 SINE/B4 autorepeat_2325 ciona_repeat Contig233 WI_ciona_repeat autorepeat_5668 ciona_repeat E_P34620 ensembl3174/low_complexity HYPOTHETICAL 42.2 KDA PROTEIN ZK1236.4 IN CHROMOSOME III. autorepeat_2326 ciona_repeat Contig234 WI_ciona_repeat autorepeat_5669 ciona_repeat autorepeat_2327 ciona_repeat Contig235 WI_ciona_repeat autorepeat_2328 ciona_repeat Contig236 WI_ciona_repeat autorepeat_2329 ciona_repeat Contig237 WI_ciona_repeat Contig238 WI_ciona_repeat MER121 Unknown 26-27% Contig239 WI_ciona_repeat CELE11 DNA/Pogo CELE14 DNA E_Q9NL33 ensembl20722/low_complexity POL POLYPROTEIN (FRAGMENT). autorepeat_5670 ciona_repeat autorepeat_5671 ciona_repeat autorepeat_5672 ciona_repeat autorepeat_2330 ciona_repeat autorepeat_5673 ciona_repeat autorepeat_2331 ciona_repeat autorepeat_5674 ciona_repeat autorepeat_2332 ciona_repeat Contig240 WI_ciona_repeat autorepeat_5675 ciona_repeat autorepeat_2333 ciona_repeat Contig241 WI_ciona_repeat autorepeat_5676 ciona_repeat autorepeat_2334 ciona_repeat Contig242 WI_ciona_repeat autorepeat_5677 ciona_repeat autorepeat_2335 ciona_repeat Contig243 WI_ciona_repeat autorepeat_5678 ciona_repeat autorepeat_2336 ciona_repeat Contig244 WI_ciona_repeat autorepeat_5679 ciona_repeat autorepeat_2337 ciona_repeat Contig245 WI_ciona_repeat autorepeat_2338 ciona_repeat autorepeat_2339 ciona_repeat Contig246 WI_ciona_repeat Contig247 WI_ciona_repeat Contig248 WI_ciona_repeat Contig249 WI_ciona_repeat FTZ_DM Unknown Drosophila melanogaster inverted repeat in ftz gene. 120439..4033 DNA autorepeat_5680 ciona_repeat autorepeat_5681 ciona_repeat autorepeat_5682 ciona_repeat autorepeat_2340 ciona_repeat autorepeat_5683 ciona_repeat autorepeat_2341 ciona_repeat autorepeat_5684 ciona_repeat autorepeat_2342 ciona_repeat Contig250 WI_ciona_repeat autorepeat_5685 ciona_repeat MER34B-int LTR/ERV1 autorepeat_2343 ciona_repeat Contig251 WI_ciona_repeat autorepeat_5686 ciona_repeat EAVHP_I LTR/ERV autorepeat_2344 ciona_repeat Contig252 WI_ciona_repeat autorepeat_5687 ciona_repeat autorepeat_2345 ciona_repeat Contig253 WI_ciona_repeat autorepeat_5688 ciona_repeat autorepeat_2346 ciona_repeat Contig254 WI_ciona_repeat autorepeat_5689 ciona_repeat autorepeat_2347 ciona_repeat autorepeat_2348 ciona_repeat 146168..188327 DNA Contig255 WI_ciona_repeat autorepeat_2349 ciona_repeat Contig256 WI_ciona_repeat Contig257 WI_ciona_repeat Contig258 WI_ciona_repeat Contig259 WI_ciona_repeat autorepeat_5690 ciona_repeat autorepeat_5691 ciona_repeat autorepeat_5692 ciona_repeat autorepeat_2350 ciona_repeat DPSAT1 Satellite D.pulchellus satellite DNA. autorepeat_5693 ciona_repeat autorepeat_2351 ciona_repeat autorepeat_5694 ciona_repeat autorepeat_2352 ciona_repeat Contig260 WI_ciona_repeat autorepeat_5695 ciona_repeat autorepeat_2353 ciona_repeat Contig261 WI_ciona_repeat autorepeat_5696 ciona_repeat autorepeat_2354 ciona_repeat Contig262 WI_ciona_repeat autorepeat_5697 ciona_repeat autorepeat_2355 ciona_repeat Contig263 WI_ciona_repeat autorepeat_5698 ciona_repeat autorepeat_2356 ciona_repeat autorepeat_5699 ciona_repeat autorepeat_2357 ciona_repeat Contig264 WI_ciona_repeat autorepeat_2358 ciona_repeat Contig265 WI_ciona_repeat autorepeat_2359 ciona_repeat Contig266 WI_ciona_repeat Contig267 WI_ciona_repeat REX1-1_DR LINE/L2 Contig268 WI_ciona_repeat Contig269 WI_ciona_repeat UHU DNA/Tc1 Drosophila heteroneura DNA for Tc1-like transposable element Uhu. CELE42 DNA E_Q95NS5 ensembl1729/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). 60805,109722,101367..11901,167795,108371..46158,115954 DNA CELE45 SINE autorepeat_1700 ciona_repeat autorepeat_1701 ciona_repeat autorepeat_1702 ciona_repeat autorepeat_1703 ciona_repeat autorepeat_2360 ciona_repeat autorepeat_1704 ciona_repeat autorepeat_2361 ciona_repeat autorepeat_1705 ciona_repeat autorepeat_2362 ciona_repeat autorepeat_1706 ciona_repeat Contig270 WI_ciona_repeat autorepeat_2363 ciona_repeat autorepeat_1707 ciona_repeat DMHMR1 Unknown Contig271 WI_ciona_repeat autorepeat_2364 ciona_repeat autorepeat_1708 ciona_repeat DMHMR2 Unknown D.melanogaster Heterochromatin repeat. ATCOPIA29_I LTR/Copia Contig272 WI_ciona_repeat autorepeat_2365 ciona_repeat autorepeat_1709 ciona_repeat autorepeat_2366 ciona_repeat L1MEc_5end LINE/L1 Contig273 WI_ciona_repeat E_Q9Y027 ensembl17898/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_2367 ciona_repeat Contig274 WI_ciona_repeat autorepeat_2368 ciona_repeat Contig275 WI_ciona_repeat autorepeat_2369 ciona_repeat Contig276 WI_ciona_repeat Contig277 WI_ciona_repeat Contig278 WI_ciona_repeat Contig279 WI_ciona_repeat 135355..106927,141388,90855 DNA tRNA-Arg-CGA tRNA tRNA-Arg-CGC tRNA tRNA-Arg-CGG tRNA WALDOA DNA WALDOB DNA ATCOPIA17LTR LTR/Copia autorepeat_1710 ciona_repeat autorepeat_1711 ciona_repeat autorepeat_1712 ciona_repeat autorepeat_1713 ciona_repeat autorepeat_2370 ciona_repeat autorepeat_1714 ciona_repeat autorepeat_2371 ciona_repeat autorepeat_1715 ciona_repeat autorepeat_2372 ciona_repeat autorepeat_1716 ciona_repeat Contig280 WI_ciona_repeat autorepeat_2373 ciona_repeat autorepeat_1717 ciona_repeat Contig281 WI_ciona_repeat autorepeat_2374 ciona_repeat autorepeat_1718 ciona_repeat autorepeat_2375 ciona_repeat autorepeat_1719 ciona_repeat Contig282 WI_ciona_repeat autorepeat_2376 ciona_repeat EXPANDER LINE/Pufferfish Contig283 WI_ciona_repeat autorepeat_2377 ciona_repeat Contig284 WI_ciona_repeat autorepeat_2378 ciona_repeat Contig285 WI_ciona_repeat Sushi_LTR LTR/Gypsy (unchanged) autorepeat_2379 ciona_repeat Contig286 WI_ciona_repeat tRNA-Arg-CGY tRNA Contig287 WI_ciona_repeat Contig288 WI_ciona_repeat Contig289 WI_ciona_repeat E_Q9U4W1 ensembl51779/low_complexity POL-LIKE PROTEIN. autorepeat_1720 ciona_repeat autorepeat_1721 ciona_repeat autorepeat_1722 ciona_repeat DNA13TA1a_DR DNA autorepeat_1723 ciona_repeat autorepeat_2380 ciona_repeat autorepeat_1724 ciona_repeat autorepeat_2381 ciona_repeat autorepeat_1725 ciona_repeat autorepeat_2382 ciona_repeat autorepeat_1726 ciona_repeat Contig290 WI_ciona_repeat autorepeat_2383 ciona_repeat autorepeat_1727 ciona_repeat autorepeat_2384 ciona_repeat autorepeat_1728 ciona_repeat Contig291 WI_ciona_repeat autorepeat_2385 ciona_repeat autorepeat_1729 ciona_repeat Contig292 WI_ciona_repeat autorepeat_2386 ciona_repeat Contig293 WI_ciona_repeat autorepeat_2387 ciona_repeat Contig294 WI_ciona_repeat autorepeat_2388 ciona_repeat Contig295 WI_ciona_repeat autorepeat_2389 ciona_repeat Contig296 WI_ciona_repeat Contig297 WI_ciona_repeat Contig298 WI_ciona_repeat Contig299 WI_ciona_repeat 141557,148249..88001,141557 DNA PABL_A LTR/ERV1 mer4 group 9-10% PABL_B LTR/ERV1 mer4 group 8% autorepeat_1730 ciona_repeat autorepeat_1731 ciona_repeat autorepeat_1732 ciona_repeat autorepeat_1733 ciona_repeat autorepeat_2390 ciona_repeat autorepeat_1734 ciona_repeat autorepeat_2391 ciona_repeat autorepeat_1735 ciona_repeat autorepeat_2392 ciona_repeat autorepeat_1736 ciona_repeat autorepeat_2393 ciona_repeat autorepeat_1737 ciona_repeat autorepeat_2394 ciona_repeat autorepeat_1738 ciona_repeat PAL9A_CE DNA/MuDR autorepeat_2395 ciona_repeat autorepeat_1739 ciona_repeat autorepeat_2396 ciona_repeat autorepeat_2397 ciona_repeat autorepeat_2398 ciona_repeat autorepeat_2399 ciona_repeat 1862,1675,187084 DNA autorepeat_1740 ciona_repeat autorepeat_1741 ciona_repeat autorepeat_1742 ciona_repeat autorepeat_1743 ciona_repeat gi|1381119|gb|L78794.1|MSQTNTATAA DNA gi|18087062|gb|AF387853.1|AF387853 DNA autorepeat_1744 ciona_repeat autorepeat_1745 ciona_repeat autorepeat_1746 ciona_repeat autorepeat_1747 ciona_repeat autorepeat_1748 ciona_repeat autorepeat_1749 ciona_repeat OSSAT1 Satellite/Centromeric SUSHIIDR1 repeat OSSAT2 Satellite/Centromeric RIRE8A_I LTR/Rice gypsy HERVP71A LTR/ERV1 LTR71 ATCOPIA51LTR LTR/Copia autorepeat_1750 ciona_repeat autorepeat_1751 ciona_repeat autorepeat_1752 ciona_repeat autorepeat_1753 ciona_repeat autorepeat_1754 ciona_repeat autorepeat_1755 ciona_repeat autorepeat_1756 ciona_repeat autorepeat_1757 ciona_repeat autorepeat_1758 ciona_repeat autorepeat_1759 ciona_repeat LINE2A_CE LINE/CR1 HERVS71 LTR/ERV1 HERVHC2 (LTR6A/B) Ile.TAT tRNA BURDOCK_I LTR/Gypsy Drosophila melanogaster BURDOCK retrotransposon - internal sequence. E_Q95NL0 ensembl82345/trans REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT). autorepeat_1760 ciona_repeat autorepeat_1761 ciona_repeat ARET1I LTR/Gypsy Arabidopsis Internal part of Ty3/Gypsy-type retrotransposon ARET1. autorepeat_1762 ciona_repeat autorepeat_1763 ciona_repeat autorepeat_1764 ciona_repeat autorepeat_1765 ciona_repeat autorepeat_1766 ciona_repeat autorepeat_1767 ciona_repeat ATREPX1 Other/Composite contains ATHATN1 autorepeat_1768 ciona_repeat autorepeat_1769 ciona_repeat Chaplin4_FR DNA/MER1 protein encoded by bp 283-1965 is very similar to the Charlie8 product (> 60% similar over 538 AA); 2.3% div. FASAT Other/Satellite 120179 DNA E_Q9YGS2 ensembl12261/low_complexity REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN. autorepeat_1770 ciona_repeat autorepeat_1771 ciona_repeat autorepeat_1772 ciona_repeat autorepeat_1773 ciona_repeat autorepeat_1774 ciona_repeat autorepeat_1775 ciona_repeat autorepeat_1776 ciona_repeat autorepeat_1777 ciona_repeat autorepeat_1778 ciona_repeat autorepeat_1779 ciona_repeat gi|5804807|emb|AJ006560.1|AME6560 DNA E_Q9I5L3 ensembl7535/trans HYPOTHETICAL PROTEIN PA0715. E_Q84682 ensembl40465/trans REVERSE TRANSCRIPTASE. PALTTAA2_CE DNA/PiggyBac? (CCCCG)n Simple_repeat ULYSS LTR/Gypsy D.virilis Ulysses retrotransposon. autorepeat_1780 ciona_repeat autorepeat_1781 ciona_repeat autorepeat_1782 ciona_repeat autorepeat_1783 ciona_repeat autorepeat_1784 ciona_repeat autorepeat_1785 ciona_repeat autorepeat_1786 ciona_repeat (GAGAA)n Simple_repeat autorepeat_1787 ciona_repeat autorepeat_1788 ciona_repeat autorepeat_1789 ciona_repeat E_Q24363 ensembl103850/low_complexity I FACTOR. Chaplin7a_FR DNA/MER1 2.2% div., internal deletion product. Remaining coding region most smilar to Charlie8, Cheshire; typical NTCTAGAN duplications