; parse-gtf -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.pep.all.fa -org_name Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40 -task all -taxid 3055 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome ; Program version 1.48 ; Input files ; fasta_rm /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.dna_rm.genome.fa ; gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.gtf ; fasta /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.dna.toplevel.fa ; fasta_pep /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.pep.all.fa ; Output files ; peptidic_sequences /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/peptidic_sequences.fasta ; contigs_txt_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/contigs_rm.txt ; tts_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_tts.gtf ; gene_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_gene.gtf ; contig_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/contig_rm.tab ; gene /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/gene.tab ; stop_codon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_stop_codon.gtf ; transcript /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/transcript.tab ; gene_start_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_gene_start.gtf ; gene_end_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_gene_end.gtf ; 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stop_codon /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/stop_codon.tab ; start_codon_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_start_codon.gtf ; five_prime_utr_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_five_prime_utr.gtf ; transcript_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40_transcript.gtf ; fasta_lengths /var/www/html/rsat/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40.dna.toplevel_lengths.tab ; start_codon /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Chlamydomonas_reinhardtii.Chlamydomonas_reinhardtii_v5.5.40/genome/start_codon.tab ; 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