; parse-gtf -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.pep.all.fa -org_name Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55 -task all -taxid 4236 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome ; Program version 1.48 ; Input files ; fasta_pep /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.pep.all.fa ; fasta /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.dna.toplevel.fa ; fasta_rm /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.dna_rm.genome.fa ; 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gene_end_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55_gene_end.gtf ; contigs_txt_rm /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/contigs_rm.txt ; exon /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/exon.tab ; peptidic_sequences /var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/peptidic_sequences.fasta ; gene_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55_gene.gtf ; fasta_rm_lengths /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55.dna_rm.genome_lengths.tab ; tts_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55_tts.gtf ; transcript_gtf /var/www/html/rsat/data/genomes/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55/genome/Lactuca_sativa.Lsat_Salinas_v7.55_transcript.gtf ; 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