; parse-gtf  -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.pep.all.fa -org_name Triticum_turgidum.svevo.46 -task all -taxid 4567 -gtf_source ensemblgenomes -o $RSAT/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome
; Program version       	1.48
; Input files
;	fasta_rm     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna_rm.genome.fa
;	gtf          	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.gtf
;	fasta        	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna.toplevel.fa
;	fasta_pep    	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.pep.all.fa
; Output files
;	peptidic_sequences	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/peptidic_sequences.fasta
;	contigs_txt_rm	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/contigs_rm.txt
;	tts_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_tts.gtf
;	gene_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_gene.gtf
;	contig_rm    	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/contig_rm.tab
;	gene         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/gene.tab
;	stop_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_stop_codon.gtf
;	transcript   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/transcript.tab
;	gene_start_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_gene_start.gtf
;	gene_end_gtf 	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_gene_end.gtf
;	cds          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/cds.tab
;	three_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_three_prime_utr.gtf
;	log          	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/log.txt
;	exon         	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/exon.tab
;	organism     	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/organism.tab
;	contig       	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/contig.tab
;	tss_gtf      	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_tss.gtf
;	stop_codon   	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/stop_codon.tab
;	start_codon_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_start_codon.gtf
;	five_prime_utr_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_five_prime_utr.gtf
;	transcript_gtf	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_transcript.gtf
;	fasta_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna.toplevel_lengths.tab
;	start_codon  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/start_codon.tab
;	contigs_txt  	/var/www/html/rsat/public_html/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/contigs.txt
;	fasta_pep_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.pep.all_lengths.tab
;	fasta_rm_lengths	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46.dna_rm.genome_lengths.tab
;	exon_gtf     	/var/www/html/rsat/data/genomes/Triticum_turgidum.svevo.46/genome/Triticum_turgidum.svevo.46_exon.gtf
; Parsed rows per feature type
;	cds          	1248649
;	exon         	1250057
;	five_prime_utr	149
;	gene         	66559
;	start_codon  	196382
;	stop_codon   	196043
;	transcript   	196153
; Parsed rows per contig
;	Contig       	Total	cds	exon	five_prime_utr	gene	start	stop	transcript
;	1A           	197419	78869	78944	5	3911	11912	11891	11887
;	1B           	196143	77622	77738	11	4147	12223	12195	12207
;	2A           	250619	99400	99485	12	5201	15520	15496	15505
;	2B           	245656	96721	96811	12	5467	15569	15531	15545
;	3A           	258954	103923	104038	13	4971	15345	15322	15342
;	3B           	262647	103905	104042	9	5841	16298	16278	16274
;	4A           	220936	87731	87810	11	4398	13679	13646	13661
;	4B           	194110	78111	78205	7	3496	11439	11421	11431
;	5A           	230773	91563	91678	12	4686	14295	14262	14277
;	5B           	236165	93242	93340	7	5047	14866	14828	14835
;	6A           	182154	72239	72353	12	3658	11298	11298	11296
;	6B           	185650	73182	73262	10	4027	11734	11714	11721
;	7A           	226932	89596	89692	18	4893	14253	14235	14245
;	7B           	193192	76053	76129	9	4250	12265	12240	12246
;	Un           	72642	26492	26530	1	2566	5686	5686	5681
; Host name	baobab.eead.csic.es
; Job started	2020-01-25.140050
; Job done	2020-01-30.041000
; Seconds	1098.69
;	user	1098.69
;	system	8078.52
;	cuser	295768.55
;	csystem	91290.18