; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/02/07/oligo-analysis_2025-02-07.163049_PHP7OF_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/02/07/oligo-analysis_2025-02-07.163049_PHP7OF_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/02/07/oligo-analysis_2025-02-07.163049_PHP7OF_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/02/07/oligo-analysis_2025-02-07.163049_PHP7OF_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
a 92 87 32 69 37 19 70 23 2 300 7 5 107 99
c 66 57 34 186 32 33 45 14 8 17 10 7 92 62
g 87 79 243 53 20 246 173 6 330 17 7 326 88 84
t 98 120 34 35 254 45 55 300 3 9 319 5 56 98
//
a 707 930 1671 230 1723 1648 210 1662 1614 722 910
c 241 254 34 69 46 44 55 87 42 173 278
g 716 507 96 1527 65 95 1556 80 148 722 420
t 189 162 52 27 19 66 32 24 49 236 245
//
a 262 305 0 886 886 0 230 256
c 200 160 0 0 0 0 191 199
g 200 239 0 0 0 0 279 211
t 224 182 886 0 0 886 186 220
//
a 108 118 0 431 0 0 0 161 101
c 124 152 0 0 431 431 0 75 103
g 93 83 0 0 0 0 0 70 110
t 106 78 431 0 0 0 431 125 117
//
a 137 146 209 0 0 563 0 0 220 168
c 81 93 65 0 0 0 0 0 101 84
g 255 205 153 563 563 0 563 563 156 193
t 90 119 136 0 0 0 0 0 86 118
//
a 92 63 121 0 0 329 0 0 132 58
c 110 74 41 329 0 0 329 0 55 118
g 49 131 76 0 329 0 0 329 69 72
t 78 61 91 0 0 0 0 0 73 81
//
a 80 104 94 0 0 0 0 0 91 91
c 80 66 60 0 0 319 0 0 97 68
g 101 87 74 319 319 0 319 319 83 85
t 58 62 91 0 0 0 0 0 48 75
//
a 112 144 173 0 0 512 0 0 180 117
c 130 157 98 0 512 0 0 512 99 108
g 181 114 119 512 0 0 512 0 84 156
t 89 97 122 0 0 0 0 0 149 131
//
a 93 78 0 0 256 0 0 90 53
c 35 29 0 0 0 0 0 65 37
g 42 70 256 0 0 256 0 39 87
t 86 79 0 256 0 0 256 62 79
//
a 120 114 19 22 25 15 22 11 9 124 121
c 121 118 408 21 389 446 35 21 442 84 133
g 143 88 16 418 19 4 406 23 19 132 87
t 101 165 42 24 52 20 22 430 15 145 144
//
a 199 165 0 554 554 0 554 186 132
c 115 109 554 0 0 554 0 115 179
g 113 122 0 0 0 0 0 118 138
t 127 158 0 0 0 0 0 135 105
//
a 135 153 0 0 0 0 0 126 102
c 160 87 0 530 0 0 530 123 116
g 112 104 530 0 0 530 0 103 162
t 123 186 0 0 530 0 0 178 150
//
a 220 186 886 0 0 886 182 224
c 211 279 0 0 0 0 239 200
g 199 191 0 0 0 0 160 200
t 256 230 0 886 886 0 305 262
//
a 519 478 0 1691 1691 0 308 449
c 372 294 1691 0 0 0 449 405
g 381 414 0 0 0 0 524 366
t 419 505 0 0 0 1691 410 471
//
a 420 307 0 0 0 0 498 337
c 402 451 1670 0 1670 0 381 551
g 417 359 0 0 0 1670 264 404
t 431 553 0 1670 0 0 527 378
//
a 154 191 46 492 8 8 552 29 13 220 144
c 150 149 96 60 14 591 37 18 556 85 155
g 128 144 23 30 23 11 15 19 36 123 108
t 194 142 461 44 581 16 22 560 21 198 219
//
a 33 30 6 6 14 1 20 19 2 95 5 2 86 15 19 28
c 29 22 11 81 7 2 15 22 2 2 85 5 5 56 18 23
g 23 29 88 12 3 93 57 7 106 9 5 101 9 21 48 25
t 25 29 5 11 86 14 18 62 0 4 15 2 10 18 25 34
//
a 51 60 5 9 160 4 6 155 15 12 46 39
c 49 34 8 154 7 2 158 5 3 23 42 33
g 32 34 156 5 3 161 5 3 148 11 34 61
t 41 45 4 5 3 6 4 10 7 127 51 40
//
a 509 445 0 0 0 0 518 432
c 353 351 0 0 0 0 392 375
g 440 396 1769 0 0 1769 400 434
t 467 577 0 1769 1769 0 459 528
//
a 28 38 5 7 6 2 4 8 8 8 38 33 29
c 40 22 3 104 3 2 3 106 6 3 26 33 20
g 31 25 115 6 4 119 116 4 104 111 39 36 41
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