; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/03/14/oligo-analysis_2025-03-14.213821_uCv2F4_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/03/14/oligo-analysis_2025-03-14.213821_uCv2F4_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/03/14/oligo-analysis_2025-03-14.213821_uCv2F4_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/03/14/oligo-analysis_2025-03-14.213821_uCv2F4_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
a 31 159 54 20 213 3 8 240 7 41 46 22 1 120 57 24
c 65 21 12 223 14 203 203 2 3 0 0 3 8 66 15 132
g 132 15 66 8 3 0 0 3 2 203 203 14 223 12 21 65
t 24 57 120 1 22 46 41 7 240 8 3 213 20 54 159 31
//
a 21 13 10 53 5 2 1 6 3 48 14 24 6
c 7 15 7 1 48 0 0 0 0 2 23 6 19
g 3 12 4 0 0 52 0 49 2 1 4 5 3
t 24 15 34 1 2 1 54 0 50 4 14 20 27
//
a 10 84 95 6 115 1 100 118 93 8 8 84 8 117 90 16 89 35
c 35 22 9 102 2 114 2 1 0 0 3 0 0 0 0 97 19 55
g 69 9 11 0 0 1 0 0 6 110 101 10 111 2 29 1 10 3
t 5 4 4 11 2 3 17 0 20 1 7 25 0 0 0 5 1 26
//
a 39 96 170 29 184 40 178 181 158 131 130 176 15 95 109
c 51 30 14 143 3 136 0 4 13 2 5 6 8 24 14
g 63 38 1 6 0 6 0 2 15 55 47 3 140 39 33
t 35 24 3 10 1 6 10 1 2 0 6 3 25 30 32
//
a 42 39 105 108 103 6 7 5 6 38 30
c 14 24 2 2 4 96 23 97 3 20 36
g 13 33 0 1 3 3 69 3 0 22 23
t 42 15 4 0 1 6 12 6 102 31 22
//
a 273 372 640 57 598 644 92 602 619 251 364
c 57 64 1 26 0 4 21 40 9 105 104
g 239 143 20 562 66 14 543 28 23 230 139
t 104 94 12 28 9 11 17 3 22 87 66
//
a 8 8 1 20 0 0 0 0 22 0 15 14
c 1 7 0 0 0 25 0 1 0 0 0 1
g 12 4 0 0 20 0 22 24 0 0 5 10
t 4 6 24 5 5 0 3 0 3 25 5 0
//
a 9 51 0 0 0 0 0 68 10 12
c 40 0 0 0 0 68 68 0 7 7
g 7 7 0 68 68 0 0 0 0 40
t 12 10 68 0 0 0 0 0 51 9
//
a 33 12 13 6 3 1 8 15 2 1 3 1 4 4 16 10 16 6
c 7 15 25 53 6 126 10 99 124 9 2 6 1 0 10 10 16 70
g 56 9 68 4 0 0 1 3 0 2 0 0 120 3 101 16 25 41
t 39 99 29 72 126 8 116 18 9 123 130 128 10 128 8 99 78 18
//
a 27 10 54 0 0 0 0 0 16 7
c 4 11 0 54 54 0 0 54 24 12
g 4 13 0 0 0 0 0 0 2 7
t 19 20 0 0 0 54 54 0 12 28
//
a 18 93 7 1 189 1 2 207 3 31 68 33 6
c 79 25 8 171 13 193 207 0 0 10 22 24 76
g 65 19 6 39 0 0 0 3 0 164 79 12 89
t 49 74 190 0 9 17 2 1 208 6 42 142 40
//
a 14 8 0 0 0 38 0 0 12 7
c 2 6 38 0 0 0 0 38 13 5
g 2 2 0 0 0 0 0 0 3 5
t 20 22 0 38 38 0 38 0 10 21
//
a 4 5 16 0 0 0 16 0 3 5
c 4 1 0 16 0 0 0 0 0 1
g 2 5 0 0 16 16 0 0 6 2
t 6 5 0 0 0 0 0 16 7 8
//
a 147 145 287 287 287 287 0 287 149 134
c 25 46 0 0 0 0 0 0 25 27
g 32 30 0 0 0 0 0 0 33 35
t 83 66 0 0 0 0 287 0 80 91
//
a 86 61 180 0 180 180 180 0 69 81
c 36 37 0 0 0 0 0 0 31 33
g 14 23 0 0 0 0 0 0 28 33
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//
a 9 21 0 43 0 0 43 0 15 40
c 5 0 0 0 0 43 0 43 8 0
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