; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/03/18/oligo-analysis_2025-03-18.152603_JTJObe_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/03/18/oligo-analysis_2025-03-18.152603_JTJObe_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/03/18/oligo-analysis_2025-03-18.152603_JTJObe_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/03/18/oligo-analysis_2025-03-18.152603_JTJObe_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
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g 25 22 48 45 1 0 1 0 0 7 1 5 11 31 10
t 20 26 8 29 1 2 9 1 2 73 2 3 55 25 22
//
a 53 39 88 16 80 4 91 92 16 49 44
c 9 22 4 3 1 2 1 0 1 12 4
g 2 8 1 2 0 83 0 2 69 9 18
t 30 25 1 73 13 5 2 0 8 24 28
//
a 113 119 49 210 209 176 219 205 42 206 209 48 90 124
c 24 33 7 7 9 1 7 3 3 5 2 5 33 22
g 52 44 20 7 6 6 1 5 6 9 7 22 44 31
t 43 36 156 8 8 49 5 19 181 12 14 157 65 55
//
a 61 64 29 43 104 110 120 118 118 114 47 107 103 37 46 61
c 7 6 9 8 0 3 0 0 0 1 1 1 1 1 9 4
g 40 29 73 67 7 7 2 1 2 5 4 4 8 29 42 20
t 15 24 12 5 12 3 1 4 3 3 71 11 11 56 26 38
//
a 22 25 6 13 33 34 22 34 34 5 34 31 6 1 29 4 15 8 24 26
c 3 5 11 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 1 17 0 0
g 5 3 17 18 0 0 0 0 0 4 0 3 1 29 1 7 2 3 4 3
t 4 1 0 1 1 0 12 0 0 25 0 0 27 4 4 2 16 6 6 5
//
a 16 30 14 3 49 49 49 47 49 14 29 33
c 4 1 0 0 0 0 0 2 0 0 14 4
g 21 9 34 43 0 0 0 0 0 30 3 6
t 8 9 1 3 0 0 0 0 0 5 3 6
//
a 6 13 0 0 38 0 38 38 10 16
c 18 10 0 38 0 0 0 0 17 6
g 3 4 0 0 0 0 0 0 4 0
t 11 11 38 0 0 38 0 0 7 16
//
a 43 46 32 23 80 89 90 95 94 93 96 31 85 87 23 39 56
c 4 6 4 9 5 3 3 0 2 0 2 3 0 2 1 12 6
g 27 29 50 59 9 6 7 2 2 4 0 4 9 4 18 25 10
t 27 20 15 10 7 3 1 4 3 4 3 63 7 8 59 25 29
//
a 29 35 78 10 8 13 70 84 82 44 47
c 6 6 1 0 2 1 5 0 0 8 5
g 6 33 2 73 69 3 9 1 2 11 17
t 44 11 4 2 6 68 1 0 1 22 16
//
a 42 27 72 73 20 72 73 9 25 73 42 40 45
c 7 11 0 0 2 0 0 0 48 0 15 16 12
g 11 21 0 0 45 0 0 63 0 0 7 11 4
t 13 14 1 0 6 1 0 1 0 0 9 6 12
//
a 75 51 141 21 6 199 29 1 31 4 29 86 32
c 23 44 18 5 2 1 2 1 2 4 26 38 49
g 20 43 11 7 2 1 0 0 1 3 61 14 40
t 125 105 73 210 233 42 212 241 209 232 127 105 122
//
a 4 8 12 12 1 0 0 3 10 0 3 7
c 1 2 0 0 0 0 0 8 1 12 3 1
g 3 1 0 0 0 0 12 0 0 0 1 0
t 4 1 0 0 11 12 0 1 1 0 5 4
//
a 89 86 109 38 158 149 129 149 147 40 157 158 50 58 102
c 7 13 12 2 0 3 2 1 0 1 0 2 0 23 15
g 18 36 23 77 3 7 2 12 0 5 2 1 13 45 19
t 49 28 19 46 2 4 30 1 16 117 4 2 100 37 27
//
a 67 87 144 172 8 10 7 3 15 53 38
c 10 27 11 1 0 3 1 0 1 13 21
g 32 17 9 4 0 4 0 9 131 30 31
t 73 51 18 5 174 165 174 170 35 86 92
//
a 51 40 44 61 25 27 94 97 90 95 98 27 94 88 33 29 58
c 2 17 11 9 12 0 2 1 1 0 0 0 0 3 1 11 8
g 33 21 23 17 56 55 1 1 1 5 0 7 1 6 9 30 10
t 15 23 23 14 8 19 4 2 9 1 3 67 6 4 58 31 25
//
a 24 13 36 6 13 0 2 52 10 52 52 10 18
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g 0 0 3 3 4 0 2 0 0 0 0 4 0
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