; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/06/18/oligo-analysis_2025-06-18.163157_OYwWL5_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/06/18/oligo-analysis_2025-06-18.163157_OYwWL5_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/06/18/oligo-analysis_2025-06-18.163157_OYwWL5_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/06/18/oligo-analysis_2025-06-18.163157_OYwWL5_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
a 50 48 13 7 16 9 7 129 131 118 8 19 6 9 10 45 37
c 34 44 14 140 13 13 125 19 16 16 128 10 13 13 132 41 42
g 36 30 132 7 12 22 22 8 11 25 10 10 14 129 13 37 44
t 44 42 5 10 123 120 10 8 6 5 18 125 131 13 9 41 41
//
a 77 70 262 270 254 5 7 22 239 262 87 83
c 78 81 18 10 15 12 270 21 12 14 71 75
g 67 83 3 8 13 273 10 20 26 8 76 69
t 70 58 9 4 10 2 5 229 15 8 58 65
//
a 61 78 13 233 8 218 3 242 221 225 67 79
c 68 64 26 7 13 14 242 5 10 9 70 60
g 53 58 11 7 6 16 5 2 9 14 59 70
t 76 58 208 11 231 10 8 9 18 10 62 49
//
a 10 13 7 2 1 2 5 37 37 34 2 4 4 4 35 32 1 2 11 10
c 17 12 3 39 4 3 28 2 2 5 33 2 2 8 4 4 5 34 12 8
g 7 9 34 2 7 8 6 2 1 5 6 3 4 31 5 4 37 5 8 16
t 11 11 1 2 33 32 6 4 5 1 4 36 35 2 1 5 2 4 14 11
//
a 39 35 11 3 13 5 6 123 119 113 6 6 8 28 26
c 31 39 3 122 13 10 118 8 6 6 119 9 12 42 36
g 38 30 119 7 8 21 5 5 10 15 6 7 109 31 49
t 31 35 6 7 105 103 10 3 4 5 8 117 10 38 28
//
a 240 261 895 924 30 34 96 878 867 281 214
c 257 357 61 39 31 924 74 93 72 243 293
g 335 257 55 41 948 38 818 35 57 309 304
t 201 158 22 29 24 37 45 27 37 200 222
//
a 35 52 0 0 0 0 0 222 45 44
c 55 60 0 222 0 222 0 0 61 61
g 80 53 222 0 0 0 222 0 70 64
t 52 57 0 0 222 0 0 0 46 53
//
a 0 2 0 1 2 0 0 10 7 9 0 1 0 0 6 8 0 0 2 6 9 2 3 2 3
c 2 1 1 5 0 0 5 1 2 0 9 2 0 2 3 1 0 2 0 2 0 2 7 3 3
g 3 3 10 2 1 1 2 0 0 0 2 1 0 9 0 1 2 1 9 1 0 7 0 4 4
t 6 5 0 3 8 10 4 0 2 2 0 7 11 0 2 1 9 8 0 2 2 0 1 2 1
//
a 75 72 286 297 297 11 6 13 8 15 74 85
c 88 104 24 20 15 7 314 13 13 13 88 90
g 90 88 13 13 13 314 7 15 20 24 104 88
t 85 74 15 8 13 6 11 297 297 286 72 75
//
a 26 31 8 11 10 119 122 108 6 13 1 7 4 44 33
c 43 42 15 15 117 11 9 10 121 11 3 1 121 30 36
g 36 36 111 9 13 9 5 20 7 11 9 131 13 31 46
t 37 33 8 107 2 3 6 4 8 107 129 3 4 37 27
//
a 200 204 749 736 757 25 26 40 705 211 241
c 199 257 38 51 37 16 17 81 46 193 200
g 253 212 41 21 28 30 794 61 53 213 223
t 207 186 31 51 37 788 22 677 55 242 195
//
a 71 62 0 0 0 0 271 271 86 64
c 75 66 0 271 0 271 0 0 61 70
g 68 61 271 0 0 0 0 0 67 64
t 57 82 0 0 271 0 0 0 57 73
//
a 96 82 78 28 336 336 21 4 5 10 18 93 86
c 97 102 66 312 22 9 13 27 12 16 292 86 89
g 76 94 152 19 9 17 331 10 6 26 37 106 105
t 105 96 78 15 7 12 9 333 351 322 27 89 94
//
a 173 157 22 671 27 23 23 61 568 171 176
c 209 158 674 25 15 24 631 56 50 168 194
g 152 258 23 13 22 38 37 36 60 201 181
t 202 163 17 27 672 651 45 583 58 196 185
//
a 27 29 85 2 2 2 5 94 98 1 3 35 17
c 26 35 10 6 2 1 3 6 2 0 98 19 29
g 39 22 9 8 2 5 100 3 3 108 7 27 32
t 18 24 6 94 104 102 2 7 7 1 2 29 32
//
a 361 344 50 22 1211 1172 1196 1139 64 266 347
c 331 316 59 1296 70 107 76 64 102 446 382
g 384 341 1222 38 73 75 70 81 1146 359 328
t 308 383 53 28 30 30 42 100 72 313 327
//
a 49 34 157 0 157 0 0 0 35 46
c 27 50 0 0 0 0 0 0 55 37
g 29 30 0 0 0 0 0 157 35 38
t 52 43 0 157 0 157 157 0 32 36
//
a 63 64 0 255 0 0 255 255 65 52
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g 82 53 255 0 255 0 0 0 86 89
t 48 74 0 0 0 0 0 0 47 62
//
a 9 8 1 2 3 6 1 30 29 32 1 2 1 0 24 25 4 1 0 2 8 9
c 13 7 4 32 5 3 26 7 6 2 31 5 5 4 10 8 3 1 5 26 11 16
g 5 8 33 1 3 3 9 1 3 6 3 6 4 31 4 2 5 2 31 7 7 10
t 13 17 2 5 29 28 4 2 2 0 5 27 30 5 2 5 28 36 4 5 14 5
//
a 24 33 5 4 11 4 7 86 83 7 4 76 9 26 21
c 22 24 6 86 9 3 85 4 4 5 9 4 5 21 22
g 22 13 82 3 4 10 6 3 7 7 5 10 6 26 27
t 31 29 6 6 75 82 1 6 5 80 81 9 79 26 29
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