; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/07/23/oligo-analysis_2025-07-23.135129_qujEMf_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/07/23/oligo-analysis_2025-07-23.135129_qujEMf_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/07/23/oligo-analysis_2025-07-23.135129_qujEMf_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/07/23/oligo-analysis_2025-07-23.135129_qujEMf_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
a 456 498 482 1291 1299 1316 1319 1304 1271 483 505 476
c 243 215 191 20 19 9 7 12 16 152 224 250
g 251 272 478 25 12 11 11 10 33 165 256 242
t 398 363 197 12 18 12 11 22 28 548 363 380
//
a 32 32 2 6 8 1 5 115 0 3 51 29
c 33 25 1 115 3 2 3 4 16 11 26 51
g 32 42 132 3 120 129 5 12 117 10 30 36
t 38 36 0 11 4 3 122 4 2 111 28 19
//
a 313 267 120 176 825 936 949 956 937 933 362 363 344
c 154 142 78 86 55 12 17 10 20 12 118 158 182
g 144 160 68 77 44 28 14 13 13 16 133 198 172
t 389 431 734 661 76 24 20 21 30 39 387 281 302
//
a 118 134 113 42 402 390 370 21 12 6 39 149 125 129
c 77 73 90 310 7 5 14 13 11 3 27 66 86 94
g 94 86 66 27 3 11 13 14 5 7 310 90 73 77
t 129 125 149 39 6 12 21 370 390 402 42 113 134 118
//
a 182 163 35 470 29 51 25 494 466 185 160
c 93 99 26 17 20 12 18 13 20 88 117
g 119 127 451 19 455 18 468 22 33 147 118
t 142 147 24 30 32 455 25 7 17 116 141
//
a 25 13 67 4 4 67 8 0 70 3 64 15 32
c 7 7 2 4 3 1 0 71 0 4 2 19 11
g 29 23 3 65 0 2 0 1 0 0 6 14 10
t 12 30 1 0 66 3 65 1 3 66 1 25 20
//
a 18 26 106 2 0 112 0 2 6 5 29 26
c 29 23 2 16 14 2 111 112 3 99 30 34
g 52 22 3 101 1 3 5 1 104 6 24 38
t 20 48 8 0 104 2 3 4 6 9 36 21
//
a 105 131 261 261 261 0 0 0 48 62
c 41 42 0 0 0 0 0 0 47 46
g 56 38 0 0 0 0 261 0 52 63
t 59 50 0 0 0 261 0 261 114 90
//
a 98 105 107 27 337 339 319 12 10 6 31 142 101
c 66 66 86 292 7 2 16 8 18 5 249 60 74
g 79 76 51 24 7 7 14 4 6 12 46 63 67
t 117 113 116 17 9 12 11 336 326 337 34 95 118
//
a 429 460 482 1213 1206 1202 1213 1214 1197 483 487 458
c 214 201 191 10 13 7 12 4 9 329 188 218
g 232 255 367 7 11 20 3 8 12 165 231 230
t 362 321 197 7 7 8 9 11 19 260 331 331
//
a 33 23 90 11 78 87 3 6 3 4 37 26
c 19 31 2 7 4 3 84 3 1 84 18 18
g 18 25 1 3 7 2 5 78 1 5 12 22
t 23 14 0 72 4 1 1 6 88 0 26 27
//
a 46 51 138 125 11 5 2 137 0 9 55 40
c 45 43 2 14 2 6 137 5 2 130 34 41
g 28 41 3 4 122 5 6 4 145 3 32 27
t 32 16 8 8 16 135 6 5 4 9 30 43
//
a 33 18 0 148 0 0 0 0 21 31
c 40 63 148 0 148 148 0 148 57 38
g 38 48 0 0 0 0 148 0 36 52
t 37 19 0 0 0 0 0 0 34 27
//
a 31 29 90 0 90 0 90 0 34 29
c 21 23 0 0 0 90 0 0 14 14
g 16 16 0 0 0 0 0 90 17 14
t 22 22 0 90 0 0 0 0 25 33
//
a 45 49 0 0 0 177 177 177 81 68
c 29 30 0 177 0 0 0 0 33 20
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//
a 39 32 20 93 18 11 16 102 99 103 11 7 9 9 92 38 45
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t 36 37 11 14 10 97 9 5 9 9 97 100 99 10 18 43 28
//
a 111 123 82 15 442 430 413 9 9 56 162 130
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