; convert-matrix -v 1 -i $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/17/oligo-analysis_2025-09-17.110157_JQQPtC_pssm_count_matrices.tf -from transfac -to tab -return counts -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/17/oligo-analysis_2025-09-17.110157_JQQPtC_pssm_count_matrices.txt
; Input files
; input /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/09/17/oligo-analysis_2025-09-17.110157_JQQPtC_pssm_count_matrices.tf
; Input format transfac
; Output files
; output /var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/09/17/oligo-analysis_2025-09-17.110157_JQQPtC_pssm_count_matrices.txt
; Output format tab
; pseudo-weight 1
a 203 198 443 49 54 441 50 34 61 505 475 90 189 208 188
c 85 86 31 34 18 20 31 17 425 17 16 348 85 94 80
g 77 86 19 25 14 39 416 16 22 11 15 37 94 71 98
t 186 181 58 443 465 51 54 484 43 18 45 76 183 178 185
//
a 117 84 57 21 22 14 7 12 271 270 36 88 106 103
c 32 51 24 7 7 1 5 265 6 5 219 33 42 44
g 50 38 45 21 240 267 0 7 11 3 8 79 44 48
t 94 120 167 244 24 11 281 9 5 15 30 93 101 98
//
a 100 97 205 56 42 247 29 14 27 280 267 226 56 45 53 229 116 110
c 47 50 19 30 20 6 17 8 240 8 8 16 33 29 151 17 39 53
g 50 48 19 34 24 18 218 5 14 3 6 20 152 9 32 13 37 43
t 101 103 55 178 212 27 34 271 17 7 17 36 57 215 62 39 106 92
//
a 271 307 634 67 45 96 733 107 90 712 666 100 266 271
c 142 149 41 16 11 40 19 569 55 33 36 31 135 138
g 122 123 46 37 25 578 23 41 29 25 45 34 140 134
t 289 245 103 704 743 110 49 107 650 54 77 659 283 281
//
a 98 109 19 285 37 308 32 51 18 44 22 273 120 120
c 64 44 18 17 246 2 249 4 8 9 12 26 63 54
g 54 63 26 12 9 8 4 249 2 246 17 18 44 64
t 120 120 273 22 44 18 51 32 308 37 285 19 109 98
//
a 143 145 348 57 59 27 41 354 24 21 32 320 125 110
c 85 73 14 265 28 13 297 3 14 16 12 13 67 67
g 49 64 9 20 263 9 20 20 3 17 10 22 57 68
t 126 121 32 61 53 354 45 26 362 349 349 48 154 158
//
a 109 106 250 270 289 36 54 10 281 23 282 67 91 97 104
c 51 60 14 16 5 220 8 4 6 7 9 30 32 52 47
g 59 51 16 6 0 17 219 6 6 3 8 139 35 54 45
t 92 94 31 19 17 38 30 291 18 278 12 75 153 108 115
//
a 125 153 298 71 45 343 43 23 39 392 379 338 85 69 225 145 119 144 153
c 65 63 33 41 18 6 25 14 325 13 7 29 41 28 50 51 43 80 69
g 64 72 31 29 23 30 304 9 24 10 13 20 215 30 45 111 60 59 69
t 171 137 63 284 339 46 53 379 37 10 26 38 84 298 105 118 203 142 134
//
a 163 137 141 68 13 13 22 429 33 18 51 51 277 146 171
c 84 73 109 41 8 5 13 9 381 13 21 32 26 74 75
g 81 98 67 234 10 8 398 12 14 14 12 49 54 74 67
t 138 158 149 123 435 440 33 16 38 421 382 334 109 172 153
//
a 192 178 188 0 510 510 510 0 510 156 186
c 95 75 92 510 0 0 0 0 0 69 72
g 63 80 68 0 0 0 0 0 0 66 80
t 160 177 162 0 0 0 0 510 0 219 172
//
a 28 16 58 0 0 58 0 0 19 26
c 17 10 0 58 0 0 58 58 12 13
g 4 17 0 0 58 0 0 0 11 4
t 9 15 0 0 0 0 0 0 16 15
//
a 12 12 38 38 0 0 0 0 4 17
c 3 9 0 0 38 0 38 0 5 5
g 9 6 0 0 0 38 0 38 9 8
t 14 11 0 0 0 0 0 0 20 8
//
a 114 101 296 0 0 296 296 0 92 119
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t 86 113 0 0 296 0 0 296 112 96
//
a 90 87 236 0 236 236 0 0 58 76
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//
a 144 146 0 358 0 0 0 358 143 150
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//
a 17 23 0 0 0 0 80 0 28 31
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//
a 59 82 193 193 0 193 0 0 50 66
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//
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//
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