/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
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	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	24	181
		file1	2	24	207
		file1	3	24	134
		file1	4	24	158
		file1	5	24	135
		file1	6	22	304
		file1	7	20	355
		file1	8	14	478
		file1	9	16	885
		file1	10	13	420
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2025/09/18/peak-motifs.2025-09-18.093943_2025-09-18.093943_8WOuvq/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
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		file2		4		24		158
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		file2		6		22		304
		file2		7		20		355
		file2		8		14		478
		file2		9		16		885
		file2		10		13		420
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 22 22 22 22 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 20 20 20 20 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 13 13 13 13 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.857 0.785 24 22 22 24 0.9167 0.9167 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.857 0.785 22 24 22 24 0.9167 1.0000 0.9167 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.736 0.736 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.736 0.736 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.800 0.733 22 24 22 24 0.9167 1.0000 0.9167 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.800 0.733 24 22 22 24 0.9167 0.9167 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.723 0.723 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.723 0.723 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.792 0.720 20 22 20 22 0.9091 1.0000 0.9091 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.792 0.720 22 20 20 22 0.9091 0.9091 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.816 0.690 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.816 0.690 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.738 0.677 22 24 22 24 0.9167 1.0000 0.9167 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.738 0.677 24 22 22 24 0.9167 0.9167 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.766 0.670 16 14 14 16 0.8750 0.8750 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.766 0.670 14 16 14 16 0.8750 1.0000 0.8750 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.801 0.668 20 24 20 24 0.8333 1.0000 0.8333 D -3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.801 0.668 24 20 20 24 0.8333 0.8333 1.0000 D 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.721 0.663 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.721 0.663 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.892 0.649 22 16 16 22 0.7273 0.7273 1.0000 D 6
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.892 0.649 16 22 16 22 0.7273 1.0000 0.7273 D -6
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.772 0.643 20 24 20 24 0.8333 1.0000 0.8333 D -4
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.772 0.643 24 20 20 24 0.8333 0.8333 1.0000 D 4
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.760 0.638 22 24 21 25 0.8400 0.9545 0.8750 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.760 0.638 24 22 21 25 0.8400 0.8750 0.9545 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.888 0.615 24 20 18 26 0.6923 0.7500 0.9000 D 6
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.888 0.615 20 24 18 26 0.6923 0.9000 0.7500 D -6
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.767 0.614 16 20 16 20 0.8000 1.0000 0.8000 D -4
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.767 0.614 20 16 16 20 0.8000 0.8000 1.0000 D 4
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.710 0.591 24 20 20 24 0.8333 0.8333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.710 0.591 20 24 20 24 0.8333 1.0000 0.8333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.720 0.560 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D -3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.720 0.560 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D 3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.813 0.542 16 24 16 24 0.6667 1.0000 0.6667 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.813 0.542 24 16 16 24 0.6667 0.6667 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.808 0.539 24 16 16 24 0.6667 0.6667 1.0000 R 6
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.808 0.539 16 24 16 24 0.6667 1.0000 0.6667 R -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.716 0.512 24 24 20 28 0.7143 0.8333 0.8333 D -4
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.716 0.512 24 24 20 28 0.7143 0.8333 0.8333 D 4
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.842 0.505 24 16 15 25 0.6000 0.6250 0.9375 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.842 0.505 16 24 15 25 0.6000 0.9375 0.6250 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.776 0.505 20 13 13 20 0.6500 0.6500 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.776 0.505 13 20 13 20 0.6500 1.0000 0.6500 D 0
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