/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	15	382
		file1	2	17	344
		file1	3	15	522
		file1	4	15	448
		file1	5	15	437
		file1	6	18	238
		file1	7	18	383
		file1	8	17	229
		file1	9	17	327
		file1	10	17	293
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083843_2026-01-22.083843_1j8mZJ/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		15		382
		file2		2		17		344
		file2		3		15		522
		file2		4		15		448
		file2		5		15		437
		file2		6		18		238
		file2		7		18		383
		file2		8		17		229
		file2		9		17		327
		file2		10		17		293
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 18 18 18 18 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 18 18 18 18 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.906 0.906 18 18 18 18 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.906 0.906 18 18 18 18 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.904 0.904 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.904 0.904 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.899 0.899 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.899 0.899 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.894 0.894 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.894 0.894 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.920 0.869 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.920 0.869 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.915 0.864 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.915 0.864 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.978 0.863 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.978 0.863 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.970 0.862 17 17 16 18 0.8889 0.9412 0.9412 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.970 0.862 17 17 16 18 0.8889 0.9412 0.9412 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.902 0.852 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.902 0.852 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.840 0.840 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.836 0.836 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.836 0.836 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.988 0.823 18 15 15 18 0.8333 0.8333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.988 0.823 15 18 15 18 0.8333 1.0000 0.8333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.981 0.818 15 18 15 18 0.8333 1.0000 0.8333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.981 0.818 18 15 15 18 0.8333 0.8333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.917 0.809 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 R 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.903 0.797 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.902 0.796 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.902 0.796 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.827 0.781 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.827 0.781 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.819 0.774 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.819 0.774 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.818 0.773 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.818 0.773 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.875 0.772 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.875 0.772 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.767 0.767 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.767 0.767 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.760 0.760 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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