/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	15	369
		file1	2	17	329
		file1	3	15	390
		file1	4	15	460
		file1	5	15	402
		file1	6	18	238
		file1	7	17	214
		file1	8	17	359
		file1	9	16	309
		file1	10	17	258
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.083931_2026-01-22.083931_nNIkDc/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		15		369
		file2		2		17		329
		file2		3		15		390
		file2		4		15		460
		file2		5		15		402
		file2		6		18		238
		file2		7		17		214
		file2		8		17		359
		file2		9		16		309
		file2		10		17		258
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 18 18 18 18 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.981 0.919 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.981 0.919 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.908 0.908 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.908 0.908 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.899 0.899 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.899 0.899 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.885 0.885 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.885 0.885 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.922 0.870 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.922 0.870 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.974 0.866 17 17 16 18 0.8889 0.9412 0.9412 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.974 0.866 17 17 16 18 0.8889 0.9412 0.9412 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.980 0.865 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.980 0.865 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.895 0.839 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.895 0.839 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.886 0.837 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.886 0.837 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.945 0.833 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.945 0.833 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.826 0.826 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.826 0.826 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.873 0.824 18 17 17 18 0.9444 0.9444 1.0000 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.873 0.824 17 18 17 18 0.9444 1.0000 0.9444 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.985 0.821 18 15 15 18 0.8333 0.8333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.985 0.821 15 18 15 18 0.8333 1.0000 0.8333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.815 0.815 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.815 0.815 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.899 0.793 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.899 0.793 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.898 0.793 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.898 0.793 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.833 0.780 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.833 0.780 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.778 0.778 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.778 0.778 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.774 0.774 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.774 0.774 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.875 0.772 17 15 15 17 0.8824 0.8824 1.0000 R 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.875 0.772 15 17 15 17 0.8824 1.0000 0.8824 R 0
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