/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	15	497
		file1	2	15	601
		file1	3	15	653
		file1	4	15	548
		file1	5	14	564
		file1	6	16	346
		file1	7	16	485
		file1	8	16	437
		file1	9	16	392
		file1	10	16	305
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084217_2026-01-22.084217_H5wC85/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		15		497
		file2		2		15		601
		file2		3		15		653
		file2		4		15		548
		file2		5		14		564
		file2		6		16		346
		file2		7		16		485
		file2		8		16		437
		file2		9		16		392
		file2		10		16		305
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.948 0.948 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.948 0.948 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.985 0.923 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.985 0.923 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.984 0.922 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.984 0.922 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.982 0.921 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.982 0.921 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.914 0.914 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.914 0.914 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.901 0.901 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.901 0.901 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.897 0.897 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.897 0.897 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.950 0.891 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 R 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.950 0.891 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.883 0.883 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.883 0.883 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.880 0.880 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.926 0.865 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.863 0.863 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.863 0.863 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.836 0.836 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.836 0.836 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.882 0.827 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.874 0.819 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.874 0.819 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.806 0.806 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.806 0.806 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.801 0.801 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.801 0.801 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.909 0.795 14 16 14 16 0.8750 1.0000 0.8750 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.909 0.795 16 14 14 16 0.8750 0.8750 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.847 0.794 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.847 0.794 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.847 0.794 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
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