/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	15	188
		file1	2	15	178
		file1	3	14	229
		file1	4	14	228
		file1	5	15	164
		file1	6	14	136
		file1	7	15	194
		file1	8	14	141
		file1	9	15	170
		file1	10	14	114
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084320_2026-01-22.084320_l9H2rm/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		15		188
		file2		2		15		178
		file2		3		14		229
		file2		4		14		228
		file2		5		15		164
		file2		6		14		136
		file2		7		15		194
		file2		8		14		141
		file2		9		15		170
		file2		10		14		114
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.990 0.924 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.990 0.924 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.922 0.922 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.922 0.922 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.921 0.921 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.921 0.921 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.975 0.910 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.975 0.910 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.962 0.898 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.962 0.898 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.950 0.887 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.950 0.887 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.947 0.884 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.947 0.884 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.883 0.883 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.883 0.883 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.880 0.880 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.880 0.880 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.921 0.860 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.858 0.858 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.858 0.858 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.852 0.852 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.852 0.852 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.829 0.829 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.829 0.829 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.878 0.820 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.808 0.808 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.808 0.808 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.863 0.805 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.863 0.805 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.801 0.801 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.801 0.801 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.858 0.801 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
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