/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	14	309
		file1	2	13	328
		file1	3	14	405
		file1	4	15	373
		file1	5	14	323
		file1	6	15	285
		file1	7	16	246
		file1	8	15	321
		file1	9	15	250
		file1	10	16	197
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084429_2026-01-22.084429_vEeoc0/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
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		file2		3		14		405
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		file2		6		15		285
		file2		7		16		246
		file2		8		15		321
		file2		9		15		250
		file2		10		16		197
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 13 13 13 13 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.989 0.923 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.989 0.923 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.975 0.910 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.975 0.910 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.971 0.906 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.971 0.906 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.888 0.888 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.888 0.888 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.876 0.876 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.876 0.876 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.861 0.861 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.861 0.861 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.909 0.852 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.909 0.852 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.840 0.840 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.840 0.840 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.833 0.833 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.833 0.833 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.877 0.819 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.874 0.816 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.874 0.816 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.877 0.814 13 14 13 14 0.9286 1.0000 0.9286 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.877 0.814 14 13 13 14 0.9286 0.9286 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.868 0.810 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.868 0.810 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.773 0.773 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.756 0.756 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.796 0.743 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.796 0.743 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.852 0.738 13 15 13 15 0.8667 1.0000 0.8667 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.852 0.738 15 13 13 15 0.8667 0.8667 1.0000 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.776 0.724 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R -1
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.723 0.723 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.723 0.723 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.774 0.722 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.774 0.722 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.765 0.718 15 16 15 16 0.9375 1.0000 0.9375 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.765 0.718 16 15 15 16 0.9375 0.9375 1.0000 D 1
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