/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
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	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
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	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	15	418
		file1	2	14	505
		file1	3	15	350
		file1	4	15	402
		file1	5	15	496
		file1	6	14	343
		file1	7	15	295
		file1	8	15	350
		file1	9	15	244
		file1	10	14	395
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/01/22/peak-motifs.2026-01-22.084501_2026-01-22.084501_yybHyF/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		15		418
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		file2		3		15		350
		file2		4		15		402
		file2		5		15		496
		file2		6		14		343
		file2		7		15		295
		file2		8		15		350
		file2		9		15		244
		file2		10		14		395
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.980 0.915 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.980 0.915 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.915 0.915 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.915 0.915 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.906 0.906 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.906 0.906 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.894 0.894 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.894 0.894 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.884 0.884 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.884 0.884 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.937 0.875 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.937 0.875 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.839 0.839 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.839 0.839 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.943 0.825 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.943 0.825 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.876 0.817 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.876 0.817 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.809 0.809 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.809 0.809 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.922 0.807 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.806 0.806 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.806 0.806 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.784 0.784 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.784 0.784 15 15 15 15 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.833 0.778 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.833 0.778 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.884 0.774 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 R -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.824 0.769 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.824 0.769 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.861 0.753 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.861 0.753 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.803 0.750 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.803 0.750 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.800 0.747 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.800 0.747 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.852 0.745 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.852 0.745 15 15 14 16 0.8750 0.9333 0.9333 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.795 0.742 14 15 14 15 0.9333 1.0000 0.9333 R -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.795 0.742 15 14 14 15 0.9333 0.9333 1.0000 R 0
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