RSAT - matrix-clustering result

Analysis: ncor_0_5_none_miniatura_motifs (11/05/2026 15:27)

Command

matrix-clustering  -v 1 -max_matrices 300 -matrix ncor_0_5_none_miniatura_motifs $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/11/matrix-clustering_2026-05-11.152629_LqheCB/matrix-clustering_query_matrices.mscan mscan -hclust_method average -calc mean -title ncor_0_5_none_miniatura_motifs -metric_build_tree Ncor -lth w 0 -lth cor 0 -lth Ncor 0.5 -quick -label_in_tree name -return json,heatmap -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/11/matrix-clustering_2026-05-11.152629_LqheCB/matrix-clustering

Results Summary

Nb Input motifs

Nb Input collections

Nb Clusters Found

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Thresholds to partition the tree

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average

Ncor

Ncor = 0.5
cor = 0

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Clusters Summary

Clusters Summary Table

Cluster ID	# Motifs	Motif_Name::Collection	Number of Motifs by Collection	Root Motif (transfac Format)
cluster_1	4	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::4_motifs	Show matrix
cluster_2	7	KAISO_HUMAN.H11MO.2.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.2.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: E2F6_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: E2F7_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: E2F4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: E2F1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::7_motifs	Show matrix
cluster_3	7	REST_m1_GM12878_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m13_known_matrix::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m12_known_matrix::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m11_known_matrix::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m14_known_matrix::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::7_motifs	Show matrix
cluster_4	30	PROX1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF5_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF6_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF3_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP3_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP2_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF14_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF9_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP1_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP4_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF16_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: WT1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN263_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF15_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: MAZ_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN467_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: PURA_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: TBX1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: TBX15_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: EGR2_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: EGR2_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: EGR1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN148_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN281_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::30_motifs	Show matrix
cluster_5	10	ZN219_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN740_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SALL4_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: EGR4_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: SP2_HUMAN.H11MO.1.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: KLF12_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: MAZ_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::10_motifs	Show matrix
cluster_6	3	REST_m8_HeLa-S3_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m4_GM12878_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: REST_m9_HTB-11_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::3_motifs	Show matrix
cluster_7	2	AP2B_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: AP2D_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_8	2	ZN341_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN770_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_9	2	TAF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_10	2	RXRA_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZFX_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_11	2	ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs:: ZN320_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs::	ncor_0_5_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_12	1	REST_m5_HepG2_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_13	1	MBD2_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_14	1	REST_m2_U87_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_15	1	FLI1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_16	1	SPIC_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_17	1	PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_18	1	CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_19	1	RFX1_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_20	1	THAP1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_21	1	REST_m3_PFSK-1_encode::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_22	1	HEY2_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_23	1	RREB1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_24	1	NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_25	1	PAX5_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_26	1	ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_27	1	NRF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_5_none_miniatura_motifs	ncor_0_5_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix

Note: by default the table displays the first 50 clusters. Click on the Show X entries button to display more (or less) clusters.
Click on the column names to change the order of the data.
Use the Search window to find your motif (s) of interest.

Individual Cluster View

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Display Logo Trees

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Display Branch-Motifs

Each cluster has a different color.
Click on the upper buttons to display separately the information of each cluster.
Click on the circles at each tree to display its corresponding merged motifs.

Definitions

Logo tree.
This results shows the hierarchical tree with its logo alignment of one cluster.
The logos are shown in Forward (left logo) and Reverse (right logo) orientation.
Branch-motifs.
On the trees are displayed the branch number that is the number in which the motifs were incorporated in the tree.
The Branch-Motifs table shows the logo in both orientations and the link to the file in TRANSFAC format with the branch-motif.

Individual Motif View

Individual Motif View

Motif id	Motif name	Cluster	Collection	Width	IC	Number of sites	Consensus	Consensus (Rev)
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m37_PURA_HUMAN.H11MO.0.D	PURA_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.21	13	+++CYMYGCCCMCCMMYWCC++++	++++GGwrkkgGkgGgCrkRG+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m41_RXRA_HUMAN.H11MO.0.A	RXRA_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_10	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	20	7.01	500	rrgkgrgrsrrRGGkCArrg	CYYTGMCCYYYSYCYCMCYY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m71_ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C	ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_26	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	12.05	498	rrkGcmTkCTGGGArwtGtAGT	ACTACAWYTCCCAGMAKGCMYY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m53_TBX1_HUMAN.H11MO.0.D	TBX1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	12.36	4716	++MHGCCCACCCCTRCCCACCC++	++GGGtGGGyAGGGGtGGGcdk++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m16_KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	8.03	2010	++yTsGCrrGArkw+	+WMYTCYYGCSAR++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m80_REST_m4_GM12878_encode	REST_m4_GM12878_encode	cluster_6	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.55	100	GsassvdGGasaGs	SCTSTCCHBSSTSC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m30_NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B	NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_24	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	19	8.57	451	rrGGkCArtGrCCbcgvGG	CCBCGVGGYCAYTGMCCYY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m8_EGR1_HUMAN.H11MO.0.A	EGR1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.02	500	++++grrkGcGkGGGyGGrrr+++	+++YYYCCRCCCMCGCMYYC++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m12_FLI1_HUMAN.H11MO.0.A	FLI1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_15	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	18	9.72	497	grrgrmAGGAAGgrrrgr	YCYYYCCTTCCTKYCYYC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m78_REST_m2_U87_encode	REST_m2_U87_encode	cluster_14	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	10	11.12	100	TGTCCrtGGT	ACCAYGGACA
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m86_REST_m13_known_matrix	REST_m13_known_matrix	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	17.29	100	+TCAGCACCRYGGACAGYRC++	++GyrCTGTCCryGGTGCTGa+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m54_TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C	TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.72	500	rrrrGGCGGGAarr+	+YYTTCCCGCCYYYY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m63_ZN219_HUMAN.H11MO.0.D	ZN219_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	9.01	26	++grGGGGGGyGGa	TCCRCCCCCCYC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m7_E2F7_HUMAN.H11MO.0.B	E2F7_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.27	500	++grGGCGGGRaarr	YYTTYCCCGCCYC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m42_SALL4_HUMAN.H11MO.0.B	SALL4_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.95	500	+CCCWCCCHSC+++	+++gsdGGGwGgG+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m15_KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_1	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.56	500	++++tmtCGCGAGAr	YTCTCGCGAKA++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m61_ZFX_HUMAN.H11MO.1.A	ZFX_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_10	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	20	6.63	495	+++kgrrgsvsAGGCCksrg	CYSMGGCCTSBSCYYCM+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m69_ZN740_HUMAN.H11MO.0.D	ZN740_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	9.34	2411	kkkGGGGGGGyrgk	MCYRCCCCCCCMMM
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m51_TAF1_HUMAN.H11MO.0.A	TAF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_9	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	16	7.40	500	rArrwGGmgGmggmgr	YCKCCKCCKCCWYYTY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m49_SP4_HUMAN.H11MO.1.A	SP4_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.07	496	++++GrrrgGGGmGGRGmyk++++	++++MRKCYCCKCCCCYYYC++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m79_REST_m3_PFSK-1_encode	REST_m3_PFSK-1_encode	cluster_21	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	10	9.97	100	GGACAGCkCC	GGMGCTGTCC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m57_VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C	VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.09	489	+rrrrGGArGgrr+	+YYCCYTCCYYYY+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m85_REST_m12_known_matrix	REST_m12_known_matrix	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	19.93	100	GGYRCTSTCCGHGGWGCTRAA+	+tTyAGcwCCdCGGAsAGyrCC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m22_KLF3_HUMAN.H11MO.0.B	KLF3_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.51	498	+++ggrgrdGGGyGGGGcyggg++	++CCCRGCCCCRCCCHYCYCC+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m3_CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A	CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_18	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	17	11.02	450	gCCrsyAGGGGGCGCyv	BRGCGCCCCCTRSYGGC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m77_REST_m1_GM12878_encode	REST_m1_GM12878_encode	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	13.42	100	GTCCRTGGTGCTGAA+++++++	+++++++tTCAGCACCayGGAC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m23_KLF4_HUMAN.H11MO.0.A	KLF4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	8.95	500	+++RCCMCRCCCW+	+wGGGyGkGGy+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m60_ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D	ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_11	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	20	9.00	483	++ggrgCCCgGGAmycwG++	++CWGRKTCCCGGGCYCC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m76_KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	8.03	2010	++yTsGCrrGArkw+	+WMYTCYYGCSAR++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m44_SP1_HUMAN.H11MO.1.A	SP1_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.10	432	++++++vgGGGGCGGGGCck++++	++++MGGCCCCGCCCCCB++++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m45_SP2_HUMAN.H11MO.0.A	SP2_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.03	499	++sgssrgGrGGCGGGgccggsgs	SCSCCGGCCCCGCCYCCYSSCS++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m26_KLF9_HUMAN.H11MO.0.C	KLF9_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	11.53	256	++++grrGkGGGCGKGgCc+++++	+++++GGCCMCGCCCMCYYC++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m81_REST_m5_HepG2_encode	REST_m5_HepG2_encode	cluster_12	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	11	5.90	100	sssgGSwGCtG	CAGCWSCCSSS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m14_KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	8.59	498	sarrymtCGCGAGAr	YTCTCGCGAKRYYTS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m1_AP2B_HUMAN.H11MO.0.B	AP2B_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_7	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	7.03	28	+GsCyGvGGgs+++	+++SCCCBCRGSC+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m31_NRF1_HUMAN.H11MO.0.A	NRF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_27	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	17	11.95	500	cwsTGCGCATGCGCrrs	SYYGCGCATGCGCASWG
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m66_ZN320_HUMAN.H11MO.0.C	ZN320_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_11	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	20	12.26	461	GkGGGdcCmgGGGGMmwrtG	CAYWKKCCCCCKGGHCCCMC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m87_REST_m14_known_matrix	REST_m14_known_matrix	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	16.10	100	tTCAGcACCatGGACAGckcC+	+GGMGCTGTCCATGGTGCTGAA
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m34_PAX5_HUMAN.H11MO.0.A	PAX5_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_25	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	21	9.99	202	scskGggCArCvrAGCGwGAC	GTCWCGCTYBGYTGCCCMSGS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m64_ZN263_HUMAN.H11MO.0.A	ZN263_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.52	499	+++YYCCYCCYCYYCCTCCTCCC+	+GGGAGGAggrrGrggrggrr+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m67_ZN341_HUMAN.H11MO.0.C	ZN341_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_8	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	9.14	499	grggrrrrggrgrrGGARsAGC	GCTSYTCCYYCYCCYYYYCCYC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m83_REST_m9_HTB-11_encode	REST_m9_HTB-11_encode	cluster_6	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.29	100	SCWSCWSSSWSWSC	GswswssswGswGs
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m20_KLF16_HUMAN.H11MO.0.D	KLF16_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.93	650	+gkGGGyGkGksgGGgGGGg++++	++++CCCCCCCCSMCMCRCCCMC+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m27_MAZ_HUMAN.H11MO.0.A	MAZ_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.98	500	+YYYYYYYCYCYCYYCCTCCYYC+	+grrGGaGGrRgrGrgrrrrrrr+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m4_E2F1_HUMAN.H11MO.0.A	E2F1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.85	500	rgrgGGCGGGArrr+	+YYYTCCCGCCCYCY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m82_REST_m8_HeLa-S3_encode	REST_m8_HeLa-S3_encode	cluster_6	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.40	100	SCHSGSMSAGSWSC	GswsctskscsdGs
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m32_PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C	PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.03	491	++ggGGmgGGGgmkGgrrggGrrg	CYYCCCYYCCMKCCCCCKCCCC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m35_PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D	PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_17	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	17	9.78	25	gGrGSsmycwrkAGGGG	CCCCTMYWGRKSSCYCC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m48_SP4_HUMAN.H11MO.0.A	SP4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.73	499	++grgmargrGGCGGrGccrrr++	++YYYGGCYCCGCCYCYTKCYC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m68_ZN467_HUMAN.H11MO.0.C	ZN467_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	12.65	499	++rGGGAGGrGrrrgrrrrrrrrr	YYYYYYYYYCYYYCYCCTCCCY++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m47_SP3_HUMAN.H11MO.0.B	SP3_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.61	415	+++gggrggGGGcGGGGcsrgsg+	+CSCYSGCCCCGCCCCCYCCC+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m40_RREB1_HUMAN.H11MO.0.D	RREB1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_23	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	12.54	26	rkskkkGkkGkTGkTTkGkGkt	AMCMCMAAMCAMCMMCMMMSMY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m72_ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C	ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_9	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	16	10.38	476	rgkcwGAkGGmGGAGG	CCTCCKCCMTCWGMCY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m28_MAZ_HUMAN.H11MO.1.A	MAZ_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	9.47	486	++rrGGGmGGGGs+	+SCCCCKCCCYY++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m59_ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A	ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.27	500	++++YYKYCCCTCCCCCWCCYYC+	+grrggwGGGGGAgGGRmrr++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m62_ZN148_HUMAN.H11MO.0.D	ZN148_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.78	34	+++++kgggkGGGGGaGGGG++++	++++CCCCTCCCCCMCCCM+++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m56_VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C	VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.92	500	+ggrrrrgrrGGAGgrggrgrrr+	+YYYCYCCYCCTCCYYCYYYYCC+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m19_KLF15_HUMAN.H11MO.0.A	KLF15_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	11.34	479	++CCYCYCCCYBCYCCKCCYY+++	+++rRGGmGGrGvrgGGrgrGG++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m36_PROX1_HUMAN.H11MO.0.D	PROX1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	6.60	773	++++CCCMMSMCGYCYYMCCM+++	+++kggkrrGRcGkskkggg++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m50_SPIC_HUMAN.H11MO.0.D	SPIC_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_16	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	13	4.65	263	krdrrwGgGkrrg	CYYMCCCWYYHYM
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m18_KLF14_HUMAN.H11MO.0.D	KLF14_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.66	2224	+++++rrGkGGGCGTGgy++++++	++++++RCCACGCCCMCYY+++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m24_KLF5_HUMAN.H11MO.0.A	KLF5_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.65	500	++++++++wGGGtGkGGctggg++	++CCCAGCCMCACCCW++++++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m39_RFX1_HUMAN.H11MO.0.B	RFX1_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_19	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	11.09	457	sssscsGTTGCCAkGGcraCss	SSGTYGCCMTGGCAACSGSSSS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m74_KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	8.59	498	sarrymtCGCGAGAr	YTCTCGCGAKRYYTS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m11_EGR4_HUMAN.H11MO.0.D	EGR4_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	10.30	6	++KCCCYRCCSCC+	+GGsGGyrGGGm++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m2_AP2D_HUMAN.H11MO.0.D	AP2D_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_7	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	11.61	5	cGcCyGrGGCgCGt	ACGCGCCYCRGGCG
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m38_REST_HUMAN.H11MO.0.A	REST_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	15.87	500	tTCAGcACCayGGACAGckcCm	KGGMGCTGTCCRTGGTGCTGAA
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m73_REST_HUMAN.H11MO.0.A	REST_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	15.87	500	tTCAGcACCayGGACAGckcCm	KGGMGCTGTCCRTGGTGCTGAA
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m55_THAP1_HUMAN.H11MO.0.C	THAP1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_20	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	8.91	498	sGccGCCatstyggctscGGGC	GCCCGSAGCCRASATGGCGGCS
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m33_PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C	PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	6.87	496	+++aGGGAGGrG++	++CYCCTCCCT+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m9_EGR2_HUMAN.H11MO.0.A	EGR2_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.83	500	++grgrrkGwGkGGGhGGrr++++	++++YYCCDCCCMCWCMYYCYC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m46_SP2_HUMAN.H11MO.1.B	SP2_HUMAN.H11MO.1.B	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	9.50	498	+GCCCCGCCYCYY+	+rrGrGGCGGGGc+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m75_KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_1	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.56	500	++++tmtCGCGAGAr	YTCTCGCGAKA++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m65_ZN281_HUMAN.H11MO.0.A	ZN281_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	11.34	482	++++++gggwGGGGGAGGGGr+++	+++YCCCCTCCCCCWCCC++++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m70_ZN770_HUMAN.H11MO.0.C	ZN770_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_8	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	12.51	490	gGGAGGCyGaGgcrGGaGgakc	GMTCCTCCYGCCTCRGCCTCCC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m58_WT1_HUMAN.H11MO.0.C	WT1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	11.44	500	+++rgGvGrRGGAGGrGgrGgrG+	+CYCCYCCYCCTCCYYCBCCY+++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m5_E2F4_HUMAN.H11MO.0.A	E2F4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.86	500	+HYTYCCCGCCCYS+	+srgGGCGGGRard+
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m52_TBX15_HUMAN.H11MO.0.D	TBX15_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	10.31	6952	++gGGggGGGggGGGtGGGrg+++	+++CYCCCACCCCCCCCCCCCC++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m21_KLF1_HUMAN.H11MO.0.A	KLF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	9.56	489	++++++++rGGGyGkGGCyggg++	++CCCRGCCMCRCCCY++++++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m13_HEY2_HUMAN.H11MO.0.D	HEY2_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_22	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	17	11.05	8	GbbsGCwCGTGsChybv	BVRDGSCACGWGCSVVC
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m84_REST_m11_known_matrix	REST_m11_known_matrix	cluster_3	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	22	20.84	100	TTCAGCACCrCGGACAGmrsC+	+GSYKCTGTCCGYGGTGCTGAA
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m10_EGR2_HUMAN.H11MO.1.A	EGR2_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.52	498	+++++grkGyGkGGGhGGrgg+++	+++CCYCCDCCCMCRCMYC+++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m25_KLF6_HUMAN.H11MO.0.A	KLF6_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	8.11	496	+++++YYCCMDGCCMCDCCCYYCC	ggrrGGGhGKGGchkggrr+++++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m43_SP1_HUMAN.H11MO.0.A	SP1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_4	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	24	15.03	499	rgGGGGCGGGGCckGGgsggGg++	++CCCCSCCCMGGCCCCGCCCCCY
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m6_E2F6_HUMAN.H11MO.0.A	E2F6_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_2	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	15	7.43	500	++rrGGCGGGArrrr	YYYYTCCCGCCYY++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m17_KLF12_HUMAN.H11MO.0.C	KLF12_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_5	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	14	10.08	452	++mgGGGCGGGGC+	+GCCCCGCCCCK++
ncor_0_5_none_miniatura_motifs_m29_MBD2_HUMAN.H11MO.0.B	MBD2_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_13	ncor_0_5_none_miniatura_motifs	11	8.38	111	ssSkCCGGmgr	YCKCCGGMSSS

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Write the name of one cluster, collection or a pattern in the Search window.

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File	Description
Pairwise comparison	This table shows the pairwise comparison between all the input motifs using different metrics. This is the compare-matrices result.
Matrix description	This table shows information of each input motif.
Cluster-wise Motif Files [zip]	One TRANSFAC file is generated for each cluster including all the input motifs grouped in the corresponding cluster.
Root motifs	A file with the root matrix of each cluster.
Motif collections per cluster	A tab separated file containing the counts of motif of each collection on each cluster.
Clusters	A tab separated file containing the clusters and their correspondng motifs.
Central motifs IDs	A tab separated file containing the central motif, that one who is the most similar to all the others motif in the same cluster.
Central motifs (in TRANSFAC format)	A transfac file containing the central motif, that one who is the most similar to all the others motif within the same cluster.
Input motifs	The input motifs analyzed with matrix-clustering.

References
1. Castro-Mondragon JA et al. RSAT matrix-clustering: dynamic exploration and redundancy reduction of transcription factor binding motif collections. doi: 10.1093/nar/gkx314; Nucleic Acids Research (2017)
2. Last RSAT release: Nguyen NTT et al. RSAT 2018: regulatory sequence analysis tools 20th anniversary. Nucleic Acids Research (2018).
Additional Information
- Jacques van Helden course
Contact
- Jaime Castro-Mondragon - j.a.c.mondragon@ncmm.uio.no
- Morgane Thomas-Chollier - mthomas@biologie.ens.fr
- Jacques van Helden - Jacques.van-Helden@univ-amu.fr

RSAT - matrix-clustering result

Analysis: ncor_0_5_none_miniatura_motifs (11/05/2026 15:27)

Command

Results Summary

Clusters Summary Table

Individual Cluster View

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

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