RSAT - matrix-clustering result

Analysis: ncor_0_4_none_miniatura_motifs (11/05/2026 15:27)

Command

matrix-clustering  -v 1 -max_matrices 300 -matrix ncor_0_4_none_miniatura_motifs $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/11/matrix-clustering_2026-05-11.152643_2HyYHX/matrix-clustering_query_matrices.mscan mscan -hclust_method average -calc mean -title ncor_0_4_none_miniatura_motifs -metric_build_tree Ncor -lth w 0 -lth cor 0 -lth Ncor 0.4 -quick -label_in_tree name -return json,heatmap -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/11/matrix-clustering_2026-05-11.152643_2HyYHX/matrix-clustering

Results Summary

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Nb Clusters Found

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average

Ncor

Ncor = 0.4
cor = 0

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Clusters Summary

Clusters Summary Table

Cluster ID	# Motifs	Motif_Name::Collection	Number of Motifs by Collection	Root Motif (transfac Format)
cluster_1	12	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: MBD2_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.2.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KAISO_HUMAN.H11MO.2.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: E2F6_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: E2F7_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: E2F4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: E2F1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::12_motifs	Show matrix
cluster_2	12	REST_m3_PFSK-1_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m1_GM12878_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m13_known_matrix::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m12_known_matrix::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m11_known_matrix::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m14_known_matrix::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m2_U87_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m8_HeLa-S3_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m4_GM12878_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m9_HTB-11_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::12_motifs	Show matrix
cluster_3	47	FLI1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: TAF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN341_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN770_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: PROX1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF5_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF6_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF3_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP3_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP2_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF14_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF9_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP1_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP4_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF16_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: WT1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN263_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF15_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: MAZ_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN467_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: PURA_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: TBX1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: TBX15_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: EGR2_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: EGR2_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: EGR1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN148_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN281_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SPIC_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: REST_m5_HepG2_encode::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN219_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN740_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SALL4_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: EGR4_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF4_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: SP2_HUMAN.H11MO.1.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: KLF12_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: MAZ_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::47_motifs	Show matrix
cluster_4	4	AP2B_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: AP2D_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZN320_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::4_motifs	Show matrix
cluster_5	2	RXRA_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: ZFX_HUMAN.H11MO.1.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_6	2	PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_7	2	RFX1_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs:: THAP1_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs::	ncor_0_4_none_miniatura_motifs::2_motifs	Show matrix
cluster_8	1	HEY2_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_9	1	RREB1_HUMAN.H11MO.0.D::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_10	1	NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_11	1	PAX5_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_12	1	ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix
cluster_13	1	NRF1_HUMAN.H11MO.0.A::ncor_0_4_none_miniatura_motifs	ncor_0_4_none_miniatura_motifs : 1 motif	Show matrix

Note: by default the table displays the first 50 clusters. Click on the Show X entries button to display more (or less) clusters.
Click on the column names to change the order of the data.
Use the Search window to find your motif (s) of interest.

Individual Cluster View

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cluster_1

cluster_2

cluster_3

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cluster_5

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cluster_8

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Display Logo Trees

cluster_1

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cluster_3

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cluster_6

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Display Branch-Motifs

Each cluster has a different color.
Click on the upper buttons to display separately the information of each cluster.
Click on the circles at each tree to display its corresponding merged motifs.

Definitions

Logo tree.
This results shows the hierarchical tree with its logo alignment of one cluster.
The logos are shown in Forward (left logo) and Reverse (right logo) orientation.
Branch-motifs.
On the trees are displayed the branch number that is the number in which the motifs were incorporated in the tree.
The Branch-Motifs table shows the logo in both orientations and the link to the file in TRANSFAC format with the branch-motif.

Individual Motif View

Individual Motif View

Motif id	Motif name	Cluster	Collection	Width	IC	Number of sites	Consensus	Consensus (Rev)
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m18_KLF14_HUMAN.H11MO.0.D	KLF14_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.66	2224	+++++rrGkGGGCGTGgy+++++++	+++++++RCCACGCCCMCYY+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m13_HEY2_HUMAN.H11MO.0.D	HEY2_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_8	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	17	11.05	8	GbbsGCwCGTGsChybv	BVRDGSCACGWGCSVVC
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m47_SP3_HUMAN.H11MO.0.B	SP3_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.61	415	+++gggrggGGGcGGGGcsrgsg++	++CSCYSGCCCCGCCCCCYCCC+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m67_ZN341_HUMAN.H11MO.0.C	ZN341_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.14	499	+++grggrrrrggrgrrGGARsAGC	GCTSYTCCYYCYCCYYYYCCYC+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m9_EGR2_HUMAN.H11MO.0.A	EGR2_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.83	500	++grgrrkGwGkGGGhGGrr+++++	+++++YYCCDCCCMCWCMYYCYC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m76_KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	8.03	2010	+++++yTsGCrrGArkw+	+WMYTCYYGCSAR+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m22_KLF3_HUMAN.H11MO.0.B	KLF3_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.51	498	+++ggrgrdGGGyGGGGcyggg+++	+++CCCRGCCCCRCCCHYCYCC+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m65_ZN281_HUMAN.H11MO.0.A	ZN281_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	11.34	482	++++++gggwGGGGGAGGGGr++++	++++YCCCCTCCCCCWCCC++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m53_TBX1_HUMAN.H11MO.0.D	TBX1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	12.36	4716	++MHGCCCACCCCTRCCCACCC+++	+++GGGtGGGyAGGGGtGGGcdk++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m43_SP1_HUMAN.H11MO.0.A	SP1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	15.03	499	rgGGGGCGGGGCckGGgsggGg+++	+++CCCCSCCCMGGCCCCGCCCCCY
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m49_SP4_HUMAN.H11MO.1.A	SP4_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.07	496	++++GrrrgGGGmGGRGmyk+++++	+++++MRKCYCCKCCCCYYYC++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m61_ZFX_HUMAN.H11MO.1.A	ZFX_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_5	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	6.63	495	+++kgrrgsvsAGGCCksrg	CYSMGGCCTSBSCYYCM+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m58_WT1_HUMAN.H11MO.0.C	WT1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	11.44	500	+++rgGvGrRGGAGGrGgrGgrG++	++CYCCYCCYCCTCCYYCBCCY+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m10_EGR2_HUMAN.H11MO.1.A	EGR2_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.52	498	+++++grkGyGkGGGhGGrgg++++	++++CCYCCDCCCMCRCMYC+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m32_PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C	PATZ1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.03	491	++ggGGmgGGGgmkGgrrggGrrg+	+CYYCCCYYCCMKCCCCCKCCCC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m44_SP1_HUMAN.H11MO.1.A	SP1_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.10	432	++++++vgGGGGCGGGGCck+++++	+++++MGGCCCCGCCCCCB++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m46_SP2_HUMAN.H11MO.1.B	SP2_HUMAN.H11MO.1.B	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.50	498	++++++GCCCCGCCYCYY+++++++	+++++++rrGrGGCGGGGc++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m35_PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D	PLAG1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_6	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	9.78	25	CCCCTMYWGRKSSCYCC+	+gGrGSsmycwrkAGGGG
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m34_PAX5_HUMAN.H11MO.0.A	PAX5_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_11	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	21	9.99	202	scskGggCArCvrAGCGwGAC	GTCWCGCTYBGYTGCCCMSGS
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m25_KLF6_HUMAN.H11MO.0.A	KLF6_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.11	496	+++++YYCCMDGCCMCDCCCYYCC+	+ggrrGGGhGKGGchkggrr+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m42_SALL4_HUMAN.H11MO.0.B	SALL4_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	6.95	500	++++++CCCWCCCHSC+++++++++	+++++++++gsdGGGwGgG++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m74_KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	8.59	498	sarrymtCGCGAGAr+++	+++YTCTCGCGAKRYYTS
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m73_REST_HUMAN.H11MO.0.A	REST_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	15.87	500	KGGMGCTGTCCRTGGTGCTGAA	tTCAGcACCayGGACAGckcCm
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m26_KLF9_HUMAN.H11MO.0.C	KLF9_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	11.53	256	++++grrGkGGGCGKGgCc++++++	++++++GGCCMCGCCCMCYYC++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m17_KLF12_HUMAN.H11MO.0.C	KLF12_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.08	452	+++++++mgGGGCGGGGC+++++++	+++++++GCCCCGCCCCK+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m80_REST_m4_GM12878_encode	REST_m4_GM12878_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	6.55	100	++++SCTSTCCHBSSTSC++++	++++GsassvdGGasaGs++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m41_RXRA_HUMAN.H11MO.0.A	RXRA_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_5	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	7.01	500	rrgkgrgrsrrRGGkCArrg	CYYTGMCCYYYSYCYCMCYY
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m3_CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A	CTCFL_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_6	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	11.02	450	+gCCrsyAGGGGGCGCyv	BRGCGCCCCCTRSYGGC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m6_E2F6_HUMAN.H11MO.0.A	E2F6_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.43	500	+++++rrGGCGGGArrrr	YYYYTCCCGCCYY+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m69_ZN740_HUMAN.H11MO.0.D	ZN740_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.34	2411	+++++kkkGGGGGGGyrgk++++++	++++++MCYRCCCCCCCMMM+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m27_MAZ_HUMAN.H11MO.0.A	MAZ_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.98	500	+YYYYYYYCYCYCYYCCTCCYYC++	++grrGGaGGrRgrGrgrrrrrrr+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m31_NRF1_HUMAN.H11MO.0.A	NRF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_13	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	17	11.95	500	cwsTGCGCATGCGCrrs	SYYGCGCATGCGCASWG
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m30_NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B	NR1H4_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_10	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	19	8.57	451	rrGGkCArtGrCCbcgvGG	CCBCGVGGYCAYTGMCCYY
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m11_EGR4_HUMAN.H11MO.0.D	EGR4_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.30	6	+++++++KCCCYRCCSCC+++++++	+++++++GGsGGyrGGGm+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m14_KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	KAISO_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	8.59	498	sarrymtCGCGAGAr+++	+++YTCTCGCGAKRYYTS
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m79_REST_m3_PFSK-1_encode	REST_m3_PFSK-1_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	9.97	100	++++++++GGMGCTGTCC++++	++++GGACAGCkCC++++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m19_KLF15_HUMAN.H11MO.0.A	KLF15_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	11.34	479	++CCYCYCCCYBCYCCKCCYY++++	++++rRGGmGGrGvrgGGrgrGG++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m45_SP2_HUMAN.H11MO.0.A	SP2_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.03	499	++sgssrgGrGGCGGGgccggsgs+	+SCSCCGGCCCCGCCYCCYSSCS++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m68_ZN467_HUMAN.H11MO.0.C	ZN467_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	12.65	499	++rGGGAGGrGrrrgrrrrrrrrr+	+YYYYYYYYYCYYYCYCCTCCCY++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m20_KLF16_HUMAN.H11MO.0.D	KLF16_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.93	650	+gkGGGyGkGksgGGgGGGg+++++	+++++CCCCCCCCSMCMCRCCCMC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m23_KLF4_HUMAN.H11MO.0.A	KLF4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.95	500	++++++++RCCMCRCCCW+++++++	+++++++wGGGyGkGGy++++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m59_ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A	ZBT17_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.27	500	++++YYKYCCCTCCCCCWCCYYC++	++grrggwGGGGGAgGGRmrr++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m21_KLF1_HUMAN.H11MO.0.A	KLF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.56	489	++++++++rGGGyGkGGCyggg+++	+++CCCRGCCMCRCCCY++++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m48_SP4_HUMAN.H11MO.0.A	SP4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.73	499	++grgmargrGGCGGrGccrrr+++	+++YYYGGCYCCGCCYCYTKCYC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m37_PURA_HUMAN.H11MO.0.D	PURA_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.21	13	+++CYMYGCCCMCCMMYWCC+++++	+++++GGwrkkgGkgGgCrkRG+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m55_THAP1_HUMAN.H11MO.0.C	THAP1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_7	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	23	8.91	498	GCCCGSAGCCRASATGGCGGCS+	+sGccGCCatstyggctscGGGC
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m24_KLF5_HUMAN.H11MO.0.A	KLF5_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.65	500	++++++++wGGGtGkGGctggg+++	+++CCCAGCCMCACCCW++++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m75_KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.56	500	++++tmtCGCGAGAr+++	+++YTCTCGCGAKA++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m4_E2F1_HUMAN.H11MO.0.A	E2F1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.85	500	+++rgrgGGCGGGArrr+	+YYYTCCCGCCCYCY+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m54_TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C	TFDP1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.72	500	+++rrrrGGCGGGAarr+	+YYTTCCCGCCYYYY+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m66_ZN320_HUMAN.H11MO.0.C	ZN320_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_4	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	12.26	461	GkGGGdcCmgGGGGMmwrtG	CAYWKKCCCCCKGGHCCCMC
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m52_TBX15_HUMAN.H11MO.0.D	TBX15_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.31	6952	++gGGggGGGggGGGtGGGrg++++	++++CYCCCACCCCCCCCCCCCC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m84_REST_m11_known_matrix	REST_m11_known_matrix	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	20.84	100	+GSYKCTGTCCGYGGTGCTGAA	TTCAGCACCrCGGACAGmrsC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m57_VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C	VEZF1_HUMAN.H11MO.1.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	6.09	489	++++++rrrrGGArGgrr+++++++	+++++++YYCCYTCCYYYY++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m77_REST_m1_GM12878_encode	REST_m1_GM12878_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	13.42	100	+++++++GTCCRTGGTGCTGAA	tTCAGCACCayGGAC+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m64_ZN263_HUMAN.H11MO.0.A	ZN263_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.52	499	+++YYCCYCCYCYYCCTCCTCCC++	++GGGAGGAggrrGrggrggrr+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m29_MBD2_HUMAN.H11MO.0.B	MBD2_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	8.38	111	+++++YCKCCGGMSSS++	++ssSkCCGGmgr+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m15_KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	KAISO_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.56	500	++++tmtCGCGAGAr+++	+++YTCTCGCGAKA++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m71_ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C	ZNF76_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_12	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	12.05	498	rrkGcmTkCTGGGArwtGtAGT	ACTACAWYTCCCAGMAKGCMYY
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m82_REST_m8_HeLa-S3_encode	REST_m8_HeLa-S3_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	6.40	100	++++SCHSGSMSAGSWSC++++	++++GswsctskscsdGs++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m62_ZN148_HUMAN.H11MO.0.D	ZN148_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.78	34	+++++kgggkGGGGGaGGGG+++++	+++++CCCCTCCCCCMCCCM+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m56_VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C	VEZF1_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.92	500	+ggrrrrgrrGGAGgrggrgrrr++	++YYYCYCCYCCTCCYYCYYYYCC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m5_E2F4_HUMAN.H11MO.0.A	E2F4_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.86	500	++++HYTYCCCGCCCYS+	+srgGGCGGGRard++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m38_REST_HUMAN.H11MO.0.A	REST_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	15.87	500	KGGMGCTGTCCRTGGTGCTGAA	tTCAGcACCayGGACAGckcCm
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m8_EGR1_HUMAN.H11MO.0.A	EGR1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	8.02	500	++++grrkGcGkGGGyGGrrr++++	++++YYYCCRCCCMCGCMYYC++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m40_RREB1_HUMAN.H11MO.0.D	RREB1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_9	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	12.54	26	rkskkkGkkGkTGkTTkGkGkt	AMCMCMAAMCAMCMMCMMMSMY
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m12_FLI1_HUMAN.H11MO.0.A	FLI1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.72	497	+++YCYYYCCTTCCTKYCYYC++++	++++grrgrmAGGAAGgrrrgr+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m72_ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C	ZSC22_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	10.38	476	+++++rgkcwGAkGGmGGAGG++++	++++CCTCCKCCMTCWGMCY+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m63_ZN219_HUMAN.H11MO.0.D	ZN219_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.01	26	+++++++grGGGGGGyGGa++++++	++++++TCCRCCCCCCYC+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m36_PROX1_HUMAN.H11MO.0.D	PROX1_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	6.60	773	++++CCCMMSMCGYCYYMCCM++++	++++kggkrrGRcGkskkggg++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m1_AP2B_HUMAN.H11MO.0.B	AP2B_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_4	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	7.03	28	+++++GsCyGvGGgs+++++	+++++SCCCBCRGSC+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m7_E2F7_HUMAN.H11MO.0.B	E2F7_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	7.27	500	+++++grGGCGGGRaarr	YYTTYCCCGCCYC+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m85_REST_m12_known_matrix	REST_m12_known_matrix	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	19.93	100	+GGYRCTSTCCGHGGWGCTRAA	tTyAGcwCCdCGGAsAGyrCC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m50_SPIC_HUMAN.H11MO.0.D	SPIC_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	4.65	263	+++++++CYYMCCCWYYHYM+++++	+++++krdrrwGgGkrrg+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m70_ZN770_HUMAN.H11MO.0.C	ZN770_HUMAN.H11MO.0.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	12.51	490	+++gGGAGGCyGaGgcrGGaGgakc	GMTCCTCCYGCCTCRGCCTCCC+++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m60_ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D	ZF64A_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	9.00	483	++ggrgCCCgGGAmycwG++	++CWGRKTCCCGGGCYCC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m39_RFX1_HUMAN.H11MO.0.B	RFX1_HUMAN.H11MO.0.B	cluster_7	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	23	11.09	457	+sssscsGTTGCCAkGGcraCss	SSGTYGCCMTGGCAACSGSSSS+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m2_AP2D_HUMAN.H11MO.0.D	AP2D_HUMAN.H11MO.0.D	cluster_4	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	20	11.61	5	++++cGcCyGrGGCgCGt++	++ACGCGCCYCRGGCG++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m51_TAF1_HUMAN.H11MO.0.A	TAF1_HUMAN.H11MO.0.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	7.40	500	+++++rArrwGGmgGmggmgr++++	++++YCKCCKCCKCCWYYTY+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m28_MAZ_HUMAN.H11MO.1.A	MAZ_HUMAN.H11MO.1.A	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	9.47	486	+++++++rrGGGmGGGGs+++++++	+++++++SCCCCKCCCYY+++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m16_KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	KAISO_HUMAN.H11MO.2.A	cluster_1	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	18	8.03	2010	+++++yTsGCrrGArkw+	+WMYTCYYGCSAR+++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m83_REST_m9_HTB-11_encode	REST_m9_HTB-11_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	6.29	100	++++GswswssswGswGs++++	++++SCWSCWSSSWSWSC++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m78_REST_m2_U87_encode	REST_m2_U87_encode	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	11.12	100	++++++TGTCCrtGGT++++++	++++++ACCAYGGACA++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m87_REST_m14_known_matrix	REST_m14_known_matrix	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	16.10	100	+GGMGCTGTCCATGGTGCTGAA	tTCAGcACCatGGACAGckcC+
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m33_PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C	PATZ1_HUMAN.H11MO.1.C	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	6.87	496	++++++++aGGGAGGrG++++++++	++++++++CYCCTCCCT++++++++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m86_REST_m13_known_matrix	REST_m13_known_matrix	cluster_2	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	22	17.29	100	++GyrCTGTCCryGGTGCTGa+	+TCAGCACCRYGGACAGYRC++
ncor_0_4_none_miniatura_motifs_m81_REST_m5_HepG2_encode	REST_m5_HepG2_encode	cluster_3	ncor_0_4_none_miniatura_motifs	25	5.90	100	++++++CAGCWSCCSSS++++++++	++++++++sssgGSwGCtG++++++

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File	Description
Pairwise comparison	This table shows the pairwise comparison between all the input motifs using different metrics. This is the compare-matrices result.
Matrix description	This table shows information of each input motif.
Cluster-wise Motif Files [zip]	One TRANSFAC file is generated for each cluster including all the input motifs grouped in the corresponding cluster.
Root motifs	A file with the root matrix of each cluster.
Motif collections per cluster	A tab separated file containing the counts of motif of each collection on each cluster.
Clusters	A tab separated file containing the clusters and their correspondng motifs.
Central motifs IDs	A tab separated file containing the central motif, that one who is the most similar to all the others motif in the same cluster.
Central motifs (in TRANSFAC format)	A transfac file containing the central motif, that one who is the most similar to all the others motif within the same cluster.
Input motifs	The input motifs analyzed with matrix-clustering.

References
1. Castro-Mondragon JA et al. RSAT matrix-clustering: dynamic exploration and redundancy reduction of transcription factor binding motif collections. doi: 10.1093/nar/gkx314; Nucleic Acids Research (2017)
2. Last RSAT release: Nguyen NTT et al. RSAT 2018: regulatory sequence analysis tools 20th anniversary. Nucleic Acids Research (2018).
Additional Information
- Jacques van Helden course
Contact
- Jaime Castro-Mondragon - j.a.c.mondragon@ncmm.uio.no
- Morgane Thomas-Chollier - mthomas@biologie.ens.fr
- Jacques van Helden - Jacques.van-Helden@univ-amu.fr

RSAT - matrix-clustering result

Analysis: ncor_0_4_none_miniatura_motifs (11/05/2026 15:27)

Command

Results Summary

Clusters Summary Table

Individual Cluster View

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

Branch Motifs

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