/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	16	2764
		file1	2	17	2249
		file1	3	17	1770
		file1	4	16	1949
		file1	5	12	4365
		file1	6	14	3330
		file1	7	19	2417
		file1	8	21	1088
		file1	9	21	862
		file1	10	14	2152
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/05/18/peak-motifs.2026-05-18.125526_2026-05-18.125526_2J7kWa/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		16		2764
		file2		2		17		2249
		file2		3		17		1770
		file2		4		16		1949
		file2		5		12		4365
		file2		6		14		3330
		file2		7		19		2417
		file2		8		21		1088
		file2		9		21		862
		file2		10		14		2152
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 14 14 14 14 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 19 19 19 19 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 21 21 21 21 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 21 21 21 21 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 12 12 12 12 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.879 0.879 21 21 21 21 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.879 0.879 21 21 21 21 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.850 0.850 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.850 0.850 17 17 17 17 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.889 0.837 16 17 16 17 0.9412 1.0000 0.9412 R -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.889 0.837 17 16 16 17 0.9412 0.9412 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.979 0.825 16 19 16 19 0.8421 1.0000 0.8421 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.979 0.825 19 16 16 19 0.8421 0.8421 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.959 0.822 14 12 12 14 0.8571 0.8571 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.959 0.822 12 14 12 14 0.8571 1.0000 0.8571 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.928 0.812 16 14 14 16 0.8750 0.8750 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.928 0.812 14 16 14 16 0.8750 1.0000 0.8750 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.852 0.802 16 17 16 17 0.9412 1.0000 0.9412 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.852 0.802 17 16 16 17 0.9412 0.9412 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.869 0.786 21 19 19 21 0.9048 0.9048 1.0000 D 2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.869 0.786 19 21 19 21 0.9048 1.0000 0.9048 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.964 0.781 21 17 17 21 0.8095 0.8095 1.0000 R 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.964 0.781 17 21 17 21 0.8095 1.0000 0.8095 R -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.958 0.775 17 21 17 21 0.8095 1.0000 0.8095 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.958 0.775 21 17 17 21 0.8095 0.8095 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.823 0.775 17 16 16 17 0.9412 0.9412 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.823 0.775 16 17 16 17 0.9412 1.0000 0.9412 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.836 0.756 21 19 19 21 0.9048 0.9048 1.0000 D 2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.836 0.756 19 21 19 21 0.9048 1.0000 0.9048 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.839 0.751 19 17 17 19 0.8947 0.8947 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.839 0.751 17 19 17 19 0.8947 1.0000 0.8947 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.722 0.722 16 16 16 16 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
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oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.933 0.687 14 19 14 19 0.7368 1.0000 0.7368 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.933 0.687 19 14 14 19 0.7368 0.7368 1.0000 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.830 0.672 21 17 17 21 0.8095 0.8095 1.0000 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.830 0.672 17 21 17 21 0.8095 1.0000 0.8095 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.819 0.663 17 21 17 21 0.8095 1.0000 0.8095 R -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.819 0.663 21 17 17 21 0.8095 0.8095 1.0000 R 2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.847 0.645 21 16 16 21 0.7619 0.7619 1.0000 D 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.847 0.645 16 21 16 21 0.7619 1.0000 0.7619 D -3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.842 0.642 16 21 16 21 0.7619 1.0000 0.7619 D -3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.842 0.642 21 16 16 21 0.7619 0.7619 1.0000 D 3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.819 0.624 21 16 16 21 0.7619 0.7619 1.0000 D 3
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