/var/www/html/rsat/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab 
 compare-matrices  -v 1 -format transfac -file $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf -distinct -mode matches -strand DR -uth offset_rank 1 -lth w 5 -lth Wr 0.3 -lth cor 0.7 -lth Ncor 0.4 -return matrix_name,matrix_id,cor,Ncor,width,strand,offset,alignments_1ton -sort Ncor -quick -o $RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
 Program version       	1.118
 Quick mode 
 Input files
	file1 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
	file2 	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
 Output files
	match_table_txt	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.tab
	match_table_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa.html
	prefix       	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa
	html_index   	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_index.html
	alignments_1ton_html	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.html
	alignments_1ton	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_disco_compa_alignments_1ton.tab
 Matrices
	file1	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file1	1	24	43
		file1	2	24	23
		file1	3	24	67
		file1	4	24	23
		file1	5	24	26
		file1	6	24	101
		file1	7	24	94
		file1	8	24	28
		file1	9	24	121
		file1	10	24	21
	file2	10 matrices	$RSAT/public_html/tmp/www-data/2026/07/28/peak-motifs.2026-07-28.153924_2026-07-28.153924_P9lKwt/results/discovered_motifs/peak-motifs_motifs_discovered.tf
		file2		1		24		43
		file2		2		24		23
		file2		3		24		67
		file2		4		24		23
		file2		5		24		26
		file2		6		24		101
		file2		7		24		94
		file2		8		24		28
		file2		9		24		121
		file2		10		24		21
 Column content
	1	id1          	Identifier of the first matrix
	2	id2          	Identifier of the second matrix
	3	name1        	Name of the first matrix
	4	name2        	Name of the second matrix
	5	cor          	Pearson coefficient of correlation between frequency matrices
	6	Ncor         	Normalized correlation. Ncor = cor * Wr
	7	w1           	Width of the first matrix
	8	w2           	Width of the second matrix
	9	w            	Alignment length (number of overlapping columns between matrix 1 and matrix 2, as a function of the offset)
	10	W            	Total alignment length (overlapping + non-overlapping columns). W = w1 + w2 - w
	11	Wr           	Relative alignment length (overlap divided by the total alignemnt length). Wr = w/W
	12	wr1          	Alignment length relative to the width of the first matrix. wr1 = w/w1
	13	wr2          	Alignment length relative to the width of the second matrix. wr2 = w/w2
	14	strand       	"strand", i.e. orientation of matrix 2 relative to matrix 1 (D=direct;  R=reverse)
	15	offset       	shift of the second matrix relative to the first matrix (negative:left; positive: right)
id1 id2 name1 name2 cor Ncor w1 w2 w W Wr wr1 wr2 strand offset
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 1.000 1.000 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.872 0.872 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.872 0.872 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.901 0.829 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D -1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.901 0.829 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.949 0.803 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 R 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.949 0.803 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 R 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.799 0.799 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.799 0.799 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.760 0.760 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m5 0.760 0.760 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 D 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.879 0.744 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.879 0.744 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.735 0.735 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.735 0.735 24 24 24 24 1.0000 1.0000 1.0000 R 0
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.726 0.668 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.726 0.668 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 D 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.783 0.663 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.783 0.663 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.720 0.662 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 R 1
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.720 0.662 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 R 1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.851 0.662 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D -3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.851 0.662 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.718 0.661 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.718 0.661 24 24 23 25 0.9200 0.9583 0.9583 R -1
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.847 0.659 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 R 3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.847 0.659 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 R 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.776 0.657 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 R -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.776 0.657 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 R -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.748 0.633 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.748 0.633 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.746 0.631 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m3 0.746 0.631 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.734 0.621 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m1 0.734 0.621 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D 2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 0.723 0.611 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 D -2
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m3 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.723 0.611 24 24 22 26 0.8462 0.9167 0.9167 R -2
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 0.752 0.585 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 R -3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.752 0.585 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 R -3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 0.746 0.580 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D -3
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m1 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m5 0.746 0.580 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 0.787 0.562 24 24 20 28 0.7143 0.8333 0.8333 R 4
oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_7nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.787 0.562 24 24 20 28 0.7143 0.8333 0.8333 R 4
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 0.700 0.545 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D 3
oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m4 oligos_6nt_test_vs_ctrl_m2 0.700 0.545 24 24 21 27 0.7778 0.8750 0.8750 D -3
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